genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828839--2828921	37	2.2	37	100	0	166	13	24	32	30	1.93
2828890--2828976	31	2.8	31	83	0	111	13	25	31	29	1.94
2829048--2829497	121	3.7	120	84	2	546	42	13	25	19	1.87
2829120--2829451	43	8.1	42	68	20	136	42	12	25	18	1.86
2829380--2829494	43	2.7	40	82	10	115	40	15	26	16	1.89
2829542--2829697	42	3.7	42	76	6	127	45	10	24	19	1.81
2829583--2829723	42	3.5	40	82	6	140	43	12	24	20	1.86
2829542--2829720	83	2.2	83	81	5	211	43	11	23	21	1.85
2829697--2829872	58	2.9	60	85	6	180	31	18	22	27	1.97
2830911--2830936	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2830893--2830956	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2837122--2837147	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2837268--2837313	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2839701--2839752	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
2842975--2843099	52	2.4	52	91	0	214	28	19	17	35	1.94
2842975--2843119	52	2.8	51	87	4	202	30	18	17	33	1.94
2843105--2843132	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2843194--2843218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2843173--2843238	32	2.0	33	91	2	107	37	16	12	33	1.86
2844041--2844333	52	6.1	49	82	11	351	33	18	24	23	1.97
2844153--2844334	43	4.1	43	84	9	249	31	18	25	24	1.98
2844107--2844333	91	2.4	94	93	2	379	32	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844339--2844556	32	6.7	32	91	3	321	18	19	33	28	1.96
2844339--2844563	96	2.3	98	92	3	366	18	19	34	28	1.95
2844571--2845146	31	17.9	31	75	14	275	32	14	32	20	1.93
2844559--2844986	64	6.7	59	72	17	227	32	13	34	19	1.90
2844627--2844808	96	1.9	91	83	7	231	29	15	34	20	1.94
2844719--2845015	36	8.6	35	80	11	262	32	13	34	19	1.90
2844718--2845076	170	2.1	166	84	7	449	32	13	33	19	1.91
2844566--2845077	134	3.9	131	77	12	366	32	14	33	20	1.92
2844610--2845150	230	2.3	224	82	10	598	32	14	32	20	1.92
2844986--2845140	63	2.5	62	86	8	199	30	16	29	22	1.96
2846083--2846141	18	3.3	18	76	2	57	0	16	5	77	0.93
2846397--2846476	22	3.5	22	82	14	99	0	1	13	85	0.67
2846409--2846478	8	8.5	8	86	10	81	0	0	12	87	0.55
2846387--2846476	9	9.7	9	78	17	87	0	2	13	84	0.72
2846387--2846478	37	2.5	36	86	10	123	0	2	13	84	0.71
2846387--2846478	13	7.0	13	77	7	89	0	2	13	84	0.71
2846399--2846478	1	80.0	1	72	0	61	0	1	12	86	0.64
2853382--2853504	52	2.4	52	90	0	192	28	17	17	37	1.92
2853382--2853525	52	2.8	52	81	4	166	29	16	17	36	1.92
2853582--2853647	19	3.8	18	70	25	61	37	18	12	31	1.87
2853580--2853645	33	2.0	33	91	2	107	36	18	12	33	1.88
2853896--2855194	62	21.2	62	81	5	1334	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856340--2856461	20	5.6	20	71	19	100	29	14	12	43	1.82
2870432--2870504	8	8.6	8	76	13	67	82	12	4	1	0.88
2870431--2870485	10	5.9	9	81	14	67	83	12	3	0	0.77
2870432--2870504	18	4.2	17	76	13	69	82	12	4	1	0.88
2870430--2870504	10	7.4	10	76	11	64	82	12	4	1	0.86
2871720--2871935	28	7.6	28	88	1	306	30	31	16	21	1.95
2871719--2872008	56	5.0	57	84	6	316	28	30	17	23	1.97
2871720--2871931	85	2.5	85	90	0	327	29	32	16	22	1.95
2871778--2872006	28	7.8	29	83	7	150	28	29	18	23	1.98
2872074--2872196	49	2.6	46	81	7	131	21	27	19	31	1.97
2872890--2872961	20	3.6	20	80	0	81	33	12	11	43	1.78
2877504--2877547	22	2.0	22	95	0	79	29	4	15	50	1.64
2878255--2878303	20	2.5	20	86	3	73	28	14	14	42	1.84
2878405--2878503	20	4.8	20	68	20	78	34	13	16	36	1.87
2878471--2878515	20	2.2	20	84	7	56	35	11	17	35	1.86
2878880--2878945	35	1.9	34	87	3	96	30	12	25	31	1.92
2880843--2881278	78	5.6	79	84	3	481	37	11	22	29	1.88
2880843--2881278	157	2.8	156	78	6	481	37	11	22	29	1.88
2883903--2883928	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
2884496--2884556	29	2.1	29	90	0	95	13	14	14	57	1.66
2885131--2885179	24	2.1	22	85	7	62	57	12	12	18	1.65
2885501--2885668	88	1.9	88	86	2	239	44	12	16	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2886674--2886717	13	3.2	13	83	6	52	6	18	2	72	1.17
2890990--2891457	158	3.0	150	74	10	396	39	19	15	25	1.90
2893174--2893736	167	3.4	165	79	7	588	50	7	9	32	1.64
2893174--2893799	167	3.8	164	75	11	492	49	8	10	31	1.66
2894104--2894143	20	2.0	21	90	5	64	50	2	2	45	1.28
2895291--2895475	79	2.3	79	85	5	250	34	14	23	27	1.94
2895291--2895508	79	2.8	76	80	8	249	33	14	24	27	1.95
2895444--2895662	51	4.3	51	83	4	271	31	11	26	30	1.92
2895673--2895791	51	2.3	51	83	0	148	32	11	26	29	1.92
2895544--2895851	130	2.4	130	88	1	458	33	11	25	29	1.91
2898220--2898246	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2898865--2898961	41	2.4	41	84	6	117	47	8	24	19	1.77
2898967--2899133	42	3.9	43	74	11	146	41	12	25	19	1.87
2899122--2899488	61	6.1	60	81	6	379	30	19	25	24	1.98
2899130--2899512	122	3.2	114	81	7	444	29	19	25	25	1.99
2899323--2899510	55	3.3	55	82	9	241	26	18	26	28	1.98
2899375--2899667	156	1.9	156	87	0	435	27	18	26	26	1.98
2899528--2899777	55	4.4	55	85	3	275	24	20	26	28	1.99
2899528--2899777	110	2.2	113	87	5	346	24	20	26	28	1.99
2899250--2899874	272	2.3	270	84	3	823	27	18	27	26	1.98
2900864--2900950	1	87.0	1	74	0	66	2	2	9	86	0.75
2900848--2900950	10	9.8	10	75	18	52	1	6	7	83	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2900864--2900950	23	3.9	21	80	14	84	2	2	9	86	0.75
2912270--2912295	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2920139--2920192	20	2.7	20	91	2	81	33	20	11	35	1.88
2926609--2926679	20	3.5	20	74	0	79	39	12	14	33	1.83
2927550--2928005	28	16.0	28	86	6	521	23	17	30	28	1.97
2929218--2929329	8	13.9	8	75	15	81	5	2	9	82	0.93
2929225--2929328	10	10.6	10	74	13	65	5	1	8	83	0.87
2929238--2929287	26	1.9	26	91	0	82	6	2	10	82	0.92
2929227--2929321	39	2.5	37	79	6	93	5	2	9	83	0.88
2929248--2929309	18	3.4	18	82	4	70	3	0	9	87	0.66
2929218--2929319	19	5.3	19	80	5	107	4	1	9	83	0.87
2929218--2929328	49	2.3	49	81	9	136	5	2	9	82	0.91
2929225--2929310	1	86.0	1	75	0	55	4	1	9	84	0.80
2939633--2939658	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2939613--2939676	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2944642--2944667	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2945361--2945891	52	10.6	50	80	7	433	32	17	24	25	1.96
2945404--2945849	150	3.0	151	87	2	592	32	17	25	24	1.97
2945751--2945886	43	3.0	43	76	11	128	32	18	24	25	1.97
2945908--2946150	57	4.3	57	80	8	237	19	16	30	34	1.93
2945895--2946150	85	3.0	85	82	4	300	19	17	29	33	1.95
2945908--2946151	28	8.6	28	76	4	204	19	15	30	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2946509--2946593	37	2.3	37	95	0	152	44	15	15	24	1.85
2947622--2947670	1	49.0	1	79	0	53	2	4	4	89	0.63
2947613--2947670	23	2.6	23	83	8	66	6	3	3	86	0.79
2947623--2947669	12	3.9	12	80	8	60	2	4	4	89	0.65
2947619--2947667	20	2.5	20	90	9	75	4	4	4	87	0.73
2953154--2953208	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
2953232--2953286	19	2.8	19	78	8	65	30	16	12	40	1.86
2953883--2954024	51	2.8	54	80	11	172	40	10	17	30	1.84
2953931--2953985	20	2.8	20	94	5	96	41	10	16	30	1.83
2954888--2955042	32	5.1	30	80	9	156	23	19	29	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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