genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2624899--2624951	23	2.3	23	87	12	74	83	0	16	0	0.66
2625003--2625028	12	2.2	12	100	0	52	0	23	7	69	1.14
2625744--2626127	140	2.7	140	86	3	524	33	11	10	44	1.75
2632090--2632151	23	2.7	23	76	2	61	80	9	8	1	0.97
2632093--2632168	41	1.9	37	85	15	91	77	7	13	1	1.04
2633080--2633512	169	2.5	169	89	3	629	29	27	14	29	1.95
2634045--2634191	47	3.1	47	76	0	150	23	21	16	38	1.93
2634158--2634372	90	2.4	90	78	5	229	23	17	17	41	1.90
2634303--2634405	47	2.3	46	83	6	129	24	21	16	37	1.93
2634321--2634417	47	2.1	46	84	7	126	27	22	13	36	1.92
2634495--2634603	45	2.4	45	80	3	103	24	19	17	38	1.93
2635659--2636062	168	2.4	166	89	3	605	30	10	8	50	1.67
2640204--2640348	77	1.9	77	95	2	265	31	12	26	29	1.93
2641239--2641264	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2641219--2641282	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
2643363--2643407	20	2.1	22	88	8	67	4	26	48	20	1.68
2643676--2643717	23	2.0	22	86	13	61	42	0	21	35	1.53
2643850--2643887	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2647581--2647605	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2651655--2651814	82	2.0	82	97	0	302	26	15	17	40	1.89
2652479--2652521	22	2.0	21	81	4	50	58	2	27	11	1.46
2652670--2652708	19	2.0	20	85	5	53	25	7	0	66	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2661599--2661634	18	2.0	18	100	0	72	44	11	5	38	1.63
2661718--2661769	24	2.3	23	80	12	54	46	1	5	46	1.38
2673087--2673140	21	2.7	20	88	5	74	31	14	18	35	1.91
2673053--2673115	33	1.9	33	87	3	92	30	14	15	39	1.87
2682618--2682648	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2684725--2684750	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2684871--2684916	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2688613--2688637	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2688592--2688654	33	1.9	32	90	3	99	28	15	17	38	1.91
2688622--2688679	19	3.0	20	77	10	66	34	13	17	34	1.89
2688708--2688771	33	1.9	32	87	12	94	37	10	18	32	1.86
2689527--2689581	21	2.6	21	97	0	101	34	14	14	36	1.87
2689628--2689694	20	3.3	20	77	4	62	34	11	14	38	1.84
2689639--2689695	21	2.8	21	83	2	71	31	12	14	42	1.82
2693377--2693416	21	1.9	21	84	0	53	35	22	5	37	1.76
2699357--2699409	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2700636--2700687	20	2.4	21	81	12	61	5	26	48	19	1.71
2701121--2701159	13	3.0	13	96	0	69	35	17	15	30	1.91
2706726--2706793	33	2.1	32	91	2	109	33	13	16	36	1.87
2706748--2706773	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2706826--2706878	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2708115--2708490	79	4.8	79	80	3	389	27	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2708115--2708490	157	2.4	158	79	4	402	27	25	13	33	1.94
2708579--2708611	11	3.0	11	100	0	66	27	18	0	54	1.44
2712200--2712225	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2712180--2712244	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2712875--2712965	39	2.3	39	78	16	98	35	23	4	37	1.75
2714325--2714367	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
2715023--2715054	8	4.0	8	100	0	64	62	25	0	12	1.30
2716910--2716940	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2720413--2720438	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2720393--2720457	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2721565--2721615	26	2.0	26	84	3	68	19	3	9	66	1.36
2721534--2721953	164	2.6	161	80	7	395	31	8	7	52	1.60
2722059--2722566	151	3.3	151	83	5	517	33	8	7	50	1.62
2722678--2722717	16	2.5	16	95	0	71	25	7	0	67	1.16
2722676--2722740	16	4.1	15	79	16	69	26	4	0	69	1.08
2727552--2727609	10	5.5	11	82	13	61	1	24	0	74	0.92
2727554--2727612	22	2.7	22	81	5	66	1	23	0	74	0.91
2727552--2727612	11	5.4	12	73	13	58	1	22	0	75	0.89
2729747--2730133	79	4.9	79	80	4	402	33	14	24	26	1.94
2729747--2730131	159	2.4	158	80	2	459	33	14	24	27	1.94
2730066--2730197	50	2.6	50	89	1	192	35	13	25	25	1.93
2732482--2732583	20	4.7	20	76	19	87	41	13	16	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733169--2733527	46	8.6	42	73	15	203	41	11	25	21	1.87
2733420--2733559	38	3.4	40	71	14	115	41	13	25	19	1.88
2733374--2733559	85	2.2	83	83	6	239	41	12	25	19	1.88
2733528--2734018	62	8.1	62	83	6	567	29	18	26	24	1.98
2733563--2734018	183	2.5	183	84	3	596	29	19	26	25	1.98
2733953--2734173	94	2.4	94	81	3	266	28	16	28	26	1.97
2734123--2734212	39	2.3	39	94	0	153	31	14	30	24	1.95
2734026--2734306	133	2.1	133	87	0	391	27	15	30	26	1.96
2734153--2734477	94	3.4	94	88	4	456	27	16	30	25	1.96
2733967--2734400	227	1.9	227	87	1	638	27	16	29	26	1.97
2735453--2735488	9	3.8	9	89	10	54	0	2	11	86	0.68
2748802--2748827	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2748781--2748845	34	2.0	34	87	6	98	27	13	15	43	1.85
2750899--2750941	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
2751372--2751409	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2753491--2753521	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2757579--2757604	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2757555--2757622	34	2.1	32	88	5	100	27	14	16	41	1.87
2764666--2764724	24	2.5	24	94	0	109	16	23	5	54	1.62
2766067--2766104	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
2768038--2768218	84	2.1	83	83	7	206	45	16	21	16	1.85
2768379--2768506	43	3.0	43	77	11	127	35	14	29	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2768495--2768820	85	3.8	83	77	4	276	37	11	28	22	1.89
2768943--2769340	47	8.4	47	75	9	326	40	17	19	22	1.91
2768949--2769340	141	2.8	140	80	6	416	40	17	19	22	1.91
2769361--2769506	35	4.2	35	87	2	197	41	10	22	25	1.86
2771156--2771266	58	1.9	57	90	1	177	21	22	7	48	1.74
2772157--2772202	20	2.3	20	80	0	56	4	17	2	76	1.06
2773230--2773255	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2780900--2781326	166	2.6	163	82	8	472	32	10	7	50	1.64
2781822--2781854	13	2.5	13	95	0	57	66	0	24	9	1.20
2783615--2783975	147	2.5	147	83	6	475	23	17	18	40	1.91
2785750--2786065	78	4.0	79	84	2	379	28	24	11	35	1.90
2791915--2791977	31	2.0	31	93	0	108	36	4	17	41	1.71
2793399--2793467	34	1.9	33	86	13	93	34	20	8	36	1.83
2793462--2793501	13	3.1	13	92	0	62	30	22	12	35	1.91
2793970--2794036	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2795478--2795660	73	2.5	73	88	3	260	35	12	16	34	1.87
2795647--2795709	33	1.9	33	86	0	90	33	12	15	38	1.86
2795810--2795852	22	2.0	22	90	9	70	39	9	6	44	1.64
2802493--2802530	20	1.9	20	88	0	58	34	15	13	36	1.87
2803034--2803109	39	2.0	38	87	7	109	25	7	15	51	1.70
2803034--2803109	38	2.0	39	87	7	111	25	7	15	51	1.70
2805345--2805461	51	2.3	51	83	5	148	40	9	21	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805286--2805600	130	2.4	133	80	9	376	39	10	21	28	1.86
2808657--2808681	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
2810087--2810130	23	2.0	22	83	12	56	54	0	0	45	0.99
2814694--2814719	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2818078--2818106	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2818106--2818136	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
2820901--2820939	3	13.3	3	94	5	71	64	0	0	35	0.94
2820926--2821007	36	2.2	36	79	12	87	53	6	2	37	1.39
2825158--2825839	79	8.7	77	78	5	595	37	12	21	28	1.90
2828281--2828333	20	2.6	20	81	3	61	32	18	11	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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