genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
619101--619145	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
623028--623081	17	3.1	17	94	5	90	24	16	11	48	1.79
623067--623105	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
625634--625659	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
625714--625752	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
635632--635825	103	1.9	103	93	0	334	26	11	20	41	1.87
638869--638894	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
642241--642295	27	2.0	27	82	6	67	7	9	12	70	1.32
642600--642706	56	1.9	56	86	0	151	14	21	12	51	1.75
642589--642715	56	2.3	56	81	1	148	14	22	12	51	1.75
645834--646031	85	2.3	84	77	10	197	43	12	23	20	1.85
646207--646320	41	2.8	40	73	2	120	45	10	25	18	1.81
646198--646366	81	2.1	81	80	2	187	44	11	23	20	1.84
646363--646663	46	6.5	46	71	6	171	41	11	23	22	1.86
652069--652142	20	3.8	20	81	3	87	35	9	14	40	1.79
655144--655216	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
655162--655237	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
655144--655237	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
655276--655301	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
659362--659391	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
661405--661483	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
661470--661508	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663294--663340	23	2.0	23	100	0	94	31	4	12	51	1.59
663977--664049	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
663995--664070	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
663977--664070	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
664109--664134	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
667568--667726	52	3.1	52	76	7	171	36	10	24	28	1.88
673047--673085	13	3.0	13	80	0	51	38	15	12	33	1.85
673114--673143	14	2.2	14	94	5	53	43	6	23	26	1.78
673154--673184	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
673208--673344	53	2.6	53	92	1	229	27	16	17	37	1.92
673332--673385	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
673424--673464	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
678329--678360	12	2.7	12	95	0	55	31	25	9	34	1.87
688868--689225	33	10.8	33	91	4	485	21	34	13	31	1.91
689249--689372	34	3.8	33	75	13	123	20	31	12	34	1.91
689228--689367	61	2.3	61	91	2	219	21	34	14	30	1.93
689380--689446	33	2.0	33	94	0	116	28	32	17	20	1.96
690317--690446	52	2.5	52	92	1	208	35	17	16	30	1.92
697086--697135	13	4.3	13	72	27	58	26	16	14	44	1.85
697067--697124	20	2.9	20	89	0	89	22	13	15	48	1.80
697151--697224	20	3.7	19	80	7	85	29	13	13	43	1.82
699527--699640	51	2.3	48	86	7	149	26	26	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699577--699864	75	3.8	75	82	9	334	27	25	14	32	1.94
699577--699872	79	3.8	78	84	6	365	28	25	13	32	1.94
699577--699862	154	1.9	151	86	3	403	27	25	14	32	1.94
699808--699924	51	2.3	51	82	7	157	31	25	11	31	1.91
699907--699980	28	2.6	30	83	8	93	25	29	18	25	1.98
699777--700112	158	2.1	158	81	7	371	28	25	13	33	1.93
702830--702864	17	2.1	18	89	10	56	45	14	14	25	1.82
708353--708440	32	2.8	32	87	0	113	21	28	17	32	1.96
708434--708565	28	4.5	28	79	17	151	21	33	14	30	1.93
708415--708586	27	6.0	27	77	16	168	21	33	14	30	1.93
708388--708788	33	12.8	32	77	10	313	19	33	13	33	1.91
708805--709376	51	12.1	49	74	14	321	25	27	17	29	1.98
708779--709156	144	2.7	139	81	9	446	25	27	17	28	1.98
709031--709184	39	3.7	39	73	14	137	27	27	18	25	1.98
708988--709235	87	2.9	87	93	1	417	26	27	18	27	1.98
709118--709195	39	2.0	39	92	0	129	30	25	19	24	1.98
709157--709376	99	2.2	98	77	6	221	25	25	17	31	1.97
709433--709964	85	6.2	86	84	4	551	25	17	28	29	1.97
709442--709960	113	4.5	113	85	4	594	24	17	28	29	1.97
709511--709960	28	15.9	28	84	2	542	24	17	29	29	1.97
712877--713238	108	3.4	108	72	10	350	29	26	12	31	1.93
712819--713306	211	2.3	212	87	2	698	29	25	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712817--713311	52	9.4	53	68	13	218	29	25	12	32	1.92
713034--713385	159	2.2	160	91	1	555	28	26	13	31	1.94
713294--713370	28	2.8	28	83	0	91	23	31	19	25	1.98
713326--713558	79	2.9	78	77	5	243	26	25	15	33	1.95
716966--717170	101	2.0	101	97	0	383	23	23	25	27	2.00
716966--717195	101	2.3	100	89	4	311	26	22	24	26	2.00
727006--727923	55	16.3	55	83	5	1018	27	28	20	24	1.99
728663--728708	10	4.8	10	86	2	60	82	0	0	17	0.67
728818--728880	19	3.7	18	70	24	55	33	12	17	36	1.88
728819--728888	32	2.2	32	92	0	113	32	12	18	35	1.89
728905--728946	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
728933--728958	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
731328--731882	52	10.6	52	69	16	304	29	26	11	32	1.91
731339--731995	211	3.1	210	92	2	1032	29	26	12	32	1.92
731896--732118	79	2.8	79	80	4	234	26	28	14	30	1.95
732549--732763	27	7.0	32	77	15	165	21	34	13	30	1.92
732544--732786	123	2.0	124	91	3	404	21	33	13	30	1.93
732779--732897	33	3.7	33	86	6	158	27	35	17	19	1.94
732890--733682	49	16.7	49	83	7	1005	25	26	18	29	1.98
732890--733682	98	8.4	97	91	3	1114	25	26	18	29	1.98
733695--733821	67	1.9	68	83	1	166	24	24	11	39	1.89
734585--734609	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734565--734631	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
734651--734675	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
734684--734808	52	2.4	52	91	0	196	37	16	17	28	1.92
741655--742692	520	2.0	520	94	0	1806	28	21	18	32	1.96
746459--746483	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
746439--746539	32	3.1	32	94	1	166	33	10	18	36	1.86
746438--746534	19	5.7	19	70	27	83	32	11	18	37	1.87
746578--746605	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
746611--746791	52	3.5	52	96	0	317	35	17	18	28	1.93
760615--760744	16	8.1	16	76	16	119	83	14	1	0	0.77
760612--760752	26	5.8	24	77	18	132	82	15	1	0	0.79
760628--760753	40	3.2	39	84	11	161	83	15	1	0	0.73
760614--760751	33	4.3	32	83	9	158	82	15	1	0	0.78
760632--760738	1	107.0	1	71	0	70	85	13	1	0	0.69
760632--760754	30	4.0	30	78	14	117	82	14	2	0	0.76
762190--762723	58	9.2	57	84	9	500	32	32	15	18	1.93
762184--762682	89	5.7	86	84	9	546	31	33	15	19	1.93
762190--762697	206	2.5	203	92	2	820	32	32	15	19	1.93
762727--762992	49	5.5	49	80	6	312	24	25	20	29	1.99
762728--763001	92	2.9	96	89	4	385	24	26	19	30	1.98
763754--763806	19	2.7	20	91	2	90	32	11	16	39	1.85
763849--763875	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763828--763894	34	2.0	33	88	2	98	32	16	11	38	1.85
774969--775045	20	3.8	20	86	5	111	42	12	12	31	1.81
776386--776932	79	6.9	79	77	8	481	29	25	13	32	1.93
776394--776942	158	3.5	156	79	8	567	29	24	12	33	1.93
776367--776958	238	2.5	234	79	6	602	28	24	13	33	1.93
785740--785802	3	22.0	3	80	9	78	66	0	1	31	1.01
785740--785802	11	5.5	12	81	11	78	66	0	1	31	1.01
785740--785802	14	4.4	14	80	9	74	66	0	1	31	1.01
785753--785802	25	2.0	25	96	0	91	64	0	2	34	1.05
786016--786081	25	2.6	25	97	0	123	27	21	6	45	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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