genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181787--181923	53	2.6	53	92	1	229	27	16	18	38	1.91
181893--181963	20	3.5	20	73	17	67	28	12	15	43	1.83
182003--182043	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
182631--182691	31	2.0	31	93	0	104	21	18	4	55	1.60
183684--183708	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
187332--187357	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
187440--187495	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
187483--187513	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
187537--187673	53	2.6	53	92	1	229	27	16	18	38	1.91
187643--187713	20	3.5	20	73	17	67	28	12	15	43	1.83
187753--187793	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
189127--189522	52	7.6	50	69	11	222	29	26	11	32	1.91
189302--189522	51	4.3	51	82	4	239	30	26	10	32	1.90
189302--189522	104	2.1	104	84	4	279	30	26	10	32	1.90
189138--189629	262	1.9	262	93	0	860	28	27	12	31	1.93
189535--189716	79	2.3	79	81	1	204	24	28	15	30	1.96
192152--192489	51	6.6	53	73	11	256	30	26	11	32	1.91
192499--193020	79	6.6	79	91	0	803	26	27	15	31	1.96
204858--204907	11	4.7	10	83	11	64	88	12	0	0	0.53
204843--204907	25	2.6	25	85	9	80	86	10	3	0	0.69
204843--204896	15	3.5	16	90	5	76	87	9	3	0	0.67
206339--206549	33	7.1	28	76	8	136	28	29	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206398--206490	33	2.8	33	95	1	161	26	34	19	19	1.96
206598--206871	49	5.8	49	69	11	176	26	24	17	31	1.97
206599--206959	188	1.9	189	81	2	431	26	23	17	32	1.97
207889--208014	20	5.7	20	73	20	99	42	13	14	29	1.83
207882--208021	51	3.0	46	73	20	148	42	13	15	28	1.84
208979--209612	28	22.4	28	82	5	729	23	16	29	29	1.97
210826--210879	20	2.8	20	77	2	56	3	3	11	81	0.95
218919--218943	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
218899--218968	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
219008--219032	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
219041--219160	52	2.3	52	95	0	213	35	18	16	29	1.93
226041--226122	13	5.9	13	76	17	76	84	15	0	0	0.63
226041--226123	19	4.3	19	82	8	105	84	15	0	0	0.63
226041--226119	24	3.5	24	85	11	96	83	16	0	0	0.65
226044--226121	40	2.0	39	89	2	120	83	16	0	0	0.65
226362--226393	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
227340--227422	31	2.7	31	98	0	157	27	31	19	21	1.97
227402--227698	34	8.7	33	85	8	357	20	35	12	31	1.90
227431--227822	68	5.4	67	76	16	367	20	34	11	33	1.89
227649--227750	54	2.0	50	88	7	150	21	35	13	29	1.92
227615--227783	87	2.0	84	91	3	275	21	34	13	30	1.91
227699--227842	33	4.1	35	84	11	179	20	34	11	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227699--227842	35	4.1	35	83	9	177	20	34	11	33	1.88
227828--227896	33	2.0	35	94	5	124	26	36	17	20	1.94
227943--228259	43	7.1	43	82	8	391	24	24	18	31	1.97
227891--228258	92	4.1	91	91	3	566	25	25	18	31	1.97
228147--228214	21	3.2	21	62	25	52	26	27	17	27	1.98
228163--228233	21	3.2	24	61	19	62	26	25	19	28	1.99
228168--228236	22	3.2	22	62	25	56	26	26	17	30	1.97
228212--228365	52	2.9	53	81	4	193	25	24	14	35	1.94
229197--229221	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
229177--229246	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
229286--229310	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
229319--229443	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
238638--238763	20	5.8	20	66	21	74	38	14	15	31	1.88
240618--240662	20	2.1	22	84	8	58	15	28	37	17	1.91
246054--246104	19	2.7	20	84	9	70	29	15	15	39	1.89
246764--246836	36	2.0	36	97	0	137	17	35	4	42	1.69
248496--248542	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
250755--250785	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
252590--252634	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
257941--258060	51	2.3	52	97	1	224	29	18	18	34	1.95
258069--258093	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
258136--258193	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258229--258270	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
259218--259271	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
259299--259356	19	3.1	18	88	11	89	32	17	15	34	1.91
259340--259366	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
259321--259384	32	2.0	32	90	3	101	39	15	15	29	1.89
265125--265158	17	2.0	17	94	0	59	20	38	0	41	1.53
268873--269209	157	2.1	157	81	4	385	35	14	23	26	1.93
268873--269209	79	4.3	79	80	5	346	35	14	23	26	1.93
269143--269256	51	2.2	51	83	6	151	35	8	25	30	1.86
269063--269339	130	2.1	129	85	3	360	35	12	23	27	1.92
269195--269459	79	3.3	80	83	4	365	36	14	23	25	1.93
277223--277267	22	2.0	23	87	12	67	37	0	6	55	1.26
277712--277741	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
278275--278344	10	6.7	10	71	19	54	38	0	1	60	1.06
278272--278328	24	2.4	24	96	0	105	42	0	1	56	1.10
278308--278355	15	3.1	15	72	3	51	45	0	0	54	0.99
278299--278363	30	2.2	30	86	8	98	44	0	0	55	0.99
278275--278363	24	3.2	29	83	12	100	42	0	1	56	1.06
278842--278895	16	3.4	16	84	0	72	62	5	3	27	1.34
281711--281755	15	3.0	15	80	0	54	22	37	4	35	1.74
282346--282390	18	2.6	18	82	3	56	66	2	2	28	1.15
282403--282460	25	2.3	26	79	8	66	63	3	1	31	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282652--282686	14	2.3	16	90	9	56	45	0	2	51	1.16
288119--288154	18	2.0	18	88	0	54	41	8	0	50	1.33
290341--290365	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
290402--290439	20	1.9	20	94	0	67	26	21	15	36	1.93
290422--290451	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
292729--292911	51	3.6	51	93	0	294	30	24	11	33	1.90
292846--293130	79	3.6	78	76	9	238	28	25	12	33	1.92
293480--293662	51	3.6	51	90	0	276	31	24	10	33	1.90
293595--293881	79	3.6	77	79	10	301	27	26	12	33	1.93
292528--294412	751	2.5	751	96	0	3481	28	26	13	31	1.93
294231--294464	51	4.6	51	92	0	378	30	25	11	32	1.91
294395--294631	79	3.0	77	78	5	235	26	25	13	34	1.93
294400--294672	79	3.5	77	75	12	234	27	25	12	34	1.92
299033--299118	13	7.5	13	69	28	70	34	17	13	33	1.89
299033--299134	33	3.1	33	94	2	170	35	18	13	32	1.90
299068--299133	20	3.7	20	73	26	83	33	18	15	33	1.92
299167--299219	19	2.7	20	85	2	72	37	20	13	28	1.90
299207--299360	71	2.2	71	95	2	274	33	20	14	31	1.93
299798--299892	22	4.4	22	80	5	113	27	31	3	37	1.72
303338--303371	17	2.0	17	88	0	50	67	5	2	23	1.26
305207--305231	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
305268--305305	20	1.9	20	94	0	67	26	21	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305288--305317	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
307559--307738	52	3.5	51	84	10	235	28	26	10	34	1.90
307670--307901	79	3.0	78	76	11	244	26	26	12	34	1.92
308298--308475	50	3.6	50	88	5	254	30	24	11	33	1.90
308413--308594	76	2.4	77	81	11	221	26	26	12	33	1.93
307358--309213	740	2.5	735	89	7	2806	28	26	13	31	1.93
309038--309266	48	4.6	49	77	15	211	30	26	10	32	1.90
309201--309431	78	2.9	77	75	14	220	26	26	12	34	1.92
310442--310478	15	2.2	17	86	13	51	8	2	2	86	0.76
310440--310484	16	2.9	16	83	3	56	8	4	4	82	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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