genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

This is table  14  of  23  ( 2702 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170580--2170605	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
2170823--2170996	94	1.9	94	86	2	251	39	10	21	28	1.86
2184821--2185165	166	2.1	165	83	3	426	38	14	13	33	1.85
2185123--2185161	20	2.0	19	85	5	51	30	17	7	43	1.77
2185352--2185404	27	2.0	26	85	14	72	62	0	0	37	0.96
2185365--2185407	12	3.1	14	87	12	54	62	0	0	37	0.95
2185356--2185407	10	4.2	12	80	20	63	61	0	0	38	0.96
2188095--2188194	4	24.8	4	74	11	71	1	27	3	69	1.10
2188086--2188146	13	4.5	13	76	8	68	0	21	3	75	0.94
2188083--2188146	10	6.4	10	76	16	62	0	21	3	75	0.95
2188081--2188182	41	2.6	40	82	10	115	0	26	2	69	1.09
2189379--2189430	20	2.6	19	87	6	68	34	17	17	30	1.93
2189500--2189525	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2193603--2193633	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2195715--2195752	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
2195864--2195909	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2197334--2197400	33	2.0	33	85	0	89	34	10	13	41	1.79
2197354--2197378	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2197477--2197597	52	2.3	52	92	0	206	34	18	18	28	1.94
2200954--2200997	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
2201779--2201834	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
2203711--2203777	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204191--2204215	10	2.5	10	100	0	50	20	32	20	28	1.97
2204238--2204263	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2206633--2206679	23	2.0	24	84	12	62	59	19	4	17	1.53
2208037--2208078	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
2209171--2209237	37	1.9	35	85	11	93	31	23	10	34	1.89
2209698--2209722	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2209675--2209742	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
2210938--2210963	11	2.4	11	100	0	52	46	7	0	46	1.31
2210931--2210966	19	1.9	18	88	5	54	44	11	0	44	1.39
2214741--2214770	14	2.2	13	94	5	51	10	23	20	46	1.80
2215526--2215573	14	3.4	14	83	8	62	41	0	4	54	1.20
2216818--2217015	92	2.2	92	80	3	220	33	18	8	40	1.80
2227143--2227174	16	2.0	16	100	0	64	31	6	25	37	1.81
2227168--2227219	19	2.5	22	76	23	67	34	3	40	21	1.71
2227279--2227338	28	2.1	28	100	0	120	28	10	21	40	1.85
2227798--2227824	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2227810--2227865	19	2.8	21	86	8	80	33	14	17	33	1.90
2227895--2227932	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
2227915--2227940	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2227894--2227960	33	2.0	32	88	11	100	35	11	17	34	1.87
2231099--2231157	30	2.0	30	86	6	84	20	15	11	52	1.73
2231580--2231645	23	2.9	23	83	0	87	6	10	22	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232119--2232162	12	3.5	12	82	11	61	11	27	11	50	1.72
2232606--2232639	10	3.5	10	84	8	52	20	0	0	79	0.73
2233996--2234049	20	2.7	20	88	0	72	33	11	14	40	1.82
2237968--2238029	14	4.6	12	73	24	52	83	9	3	3	0.86
2239119--2239403	28	9.9	28	87	3	354	30	30	17	22	1.96
2239119--2239403	84	3.3	84	87	3	390	30	30	17	22	1.96
2240243--2240327	20	3.7	20	71	28	71	30	15	11	42	1.83
2251094--2251133	20	2.0	20	100	0	80	35	20	5	40	1.74
2251085--2251138	20	3.1	18	80	17	60	37	18	5	38	1.74
2251094--2251142	20	2.5	20	93	0	71	36	20	6	36	1.78
2255957--2255986	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2256002--2256075	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
2258447--2258565	51	2.3	51	84	4	159	31	25	12	30	1.93
2258370--2258646	130	2.2	128	83	5	337	27	26	14	31	1.95
2258499--2258805	79	3.9	79	81	2	357	26	26	15	31	1.95
2258499--2258805	157	1.9	158	82	3	386	26	26	15	31	1.95
2267303--2268089	55	13.9	55	87	7	1033	27	27	21	23	1.99
2267303--2268089	116	6.9	110	89	4	1033	27	27	21	23	1.99
2267018--2268089	171	6.2	170	85	6	1215	26	27	20	25	1.99
2268129--2268496	61	6.1	60	80	11	362	24	23	20	30	1.98
2268486--2268647	42	3.7	43	79	9	141	19	27	12	41	1.87
2268731--2268853	61	2.0	61	85	3	167	26	26	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268818--2269360	42	12.5	44	76	11	451	20	28	12	38	1.89
2268823--2269360	87	6.2	87	79	10	418	20	28	12	38	1.89
2269332--2269404	35	2.2	34	82	7	96	20	21	16	41	1.90
2269870--2270144	79	3.5	78	80	5	295	28	26	14	31	1.95
2275862--2275921	7	8.9	7	78	10	54	85	11	0	3	0.72
2275860--2275931	6	12.0	6	76	19	62	83	13	0	2	0.76
2275861--2275931	11	6.2	11	80	15	72	84	12	0	2	0.73
2275860--2275922	19	3.5	17	81	10	63	84	12	0	3	0.75
2275861--2275931	9	7.7	9	82	16	65	84	12	0	2	0.73
2275860--2275929	24	3.0	23	82	14	81	82	14	0	2	0.77
2275860--2275931	19	3.9	17	74	16	56	83	13	0	2	0.76
2276916--2276973	21	2.7	22	82	12	68	5	3	8	82	0.92
2276937--2276979	8	5.1	8	86	5	50	2	0	11	86	0.67
2276941--2276979	13	3.0	13	85	11	53	2	0	10	87	0.65
2277750--2277775	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2277730--2277794	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2277847--2277901	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
2278477--2278501	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2280363--2280399	13	2.8	13	91	0	56	40	16	13	29	1.86
2286532--2286557	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2286512--2286576	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2286629--2286683	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290420--2290445	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2290502--2290554	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
2290542--2290566	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2291120--2291164	22	2.0	22	91	8	74	35	31	0	33	1.58
2292536--2292580	20	2.1	22	88	8	67	4	26	48	20	1.68
2293021--2293056	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
2299285--2299335	21	2.5	21	81	9	61	27	15	17	39	1.90
2310784--2310860	20	3.8	20	79	6	93	41	11	14	32	1.82
2312192--2312266	20	3.8	19	85	7	96	28	17	13	41	1.87
2314549--2314786	51	4.6	51	84	7	295	30	24	11	33	1.90
2314549--2314785	102	2.3	103	86	5	329	30	24	10	33	1.90
2314797--2315314	79	6.6	79	92	0	822	25	26	16	32	1.96
2315268--2315340	28	2.6	28	93	0	119	20	30	21	27	1.98
2315189--2315421	107	2.2	107	84	1	288	25	24	16	33	1.96
2315110--2315478	186	2.0	187	82	4	451	25	25	15	33	1.95
2315297--2315478	79	2.3	80	80	3	215	27	24	14	33	1.94
2317842--2318084	94	2.6	93	80	10	296	26	26	13	33	1.93
2319913--2319954	22	2.0	20	86	9	57	38	21	4	35	1.75
2321637--2321686	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2321644--2321686	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2321792--2321817	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2321804--2321854	17	2.8	18	79	11	59	41	11	15	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326391--2326420	3	10.0	3	92	0	51	30	33	0	36	1.58
2328114--2328140	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2330703--2331005	30	9.9	30	76	9	220	24	28	13	33	1.93
2330698--2330911	93	2.3	90	83	7	252	24	27	14	34	1.94
2330698--2331025	61	5.3	61	78	6	261	23	28	13	34	1.92
2330766--2331025	123	2.1	123	81	6	294	23	28	12	34	1.92
2330796--2332188	34	42.5	33	76	8	1075	19	31	12	36	1.89
2330796--2332188	66	21.3	65	79	9	1185	19	31	12	36	1.89
2331475--2331562	27	3.0	27	77	17	104	22	34	12	30	1.91
2332195--2332464	87	3.0	88	84	4	353	27	25	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23