genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508251--2508433	100	1.8	100	91	0	303	24	28	19	27	1.99
2508354--2509355	55	17.3	59	83	10	1114	27	27	20	25	1.99
2508349--2509355	116	8.7	117	86	8	1183	26	27	20	25	1.99
2510136--2510197	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
2510185--2510209	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2510164--2510230	32	2.1	32	97	0	125	35	11	16	35	1.86
2510166--2510228	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
2512665--2513059	52	7.6	52	69	10	218	29	26	11	32	1.92
2512782--2512856	28	2.7	28	81	4	80	24	32	20	24	1.98
2512667--2513166	261	1.9	261	93	1	860	28	26	12	31	1.93
2513074--2513253	79	2.3	79	84	1	218	25	30	14	30	1.95
2517125--2517159	13	2.7	13	95	0	61	34	17	11	37	1.85
2519616--2519654	21	1.9	20	100	0	69	38	12	17	30	1.88
2519683--2519749	33	2.0	32	86	11	91	34	13	17	34	1.89
2533307--2533368	1	62.0	1	77	0	52	87	8	1	3	0.72
2533307--2533361	9	6.6	8	80	13	58	87	9	0	3	0.66
2533307--2533368	27	2.3	26	86	5	88	87	8	1	3	0.72
2533314--2533354	18	2.2	18	91	4	64	87	9	0	2	0.62
2534476--2535019	61	9.1	61	79	8	575	25	27	18	27	1.98
2534458--2535006	178	3.1	178	85	2	705	26	27	18	26	1.98
2534456--2535006	116	4.6	117	76	12	495	27	27	18	26	1.98
2535074--2535163	41	2.2	42	80	11	105	24	24	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535771--2535825	20	2.8	20	91	0	92	27	14	16	41	1.87
2538176--2538397	79	2.8	77	84	6	268	30	25	13	31	1.93
2538335--2538449	51	2.3	51	84	4	160	30	26	11	31	1.91
2538384--2538531	79	1.9	79	82	2	190	27	27	14	30	1.95
2538254--2538659	130	3.1	129	81	2	436	29	26	12	31	1.93
2538515--2538743	79	2.9	79	81	7	275	28	25	13	32	1.93
2545687--2545740	26	2.1	26	89	6	83	48	16	20	14	1.81
2545948--2546085	43	3.2	43	67	17	115	48	13	23	14	1.79
2545803--2546137	85	4.0	85	80	2	336	46	12	22	18	1.82
2545803--2546137	170	2.0	168	80	4	379	46	12	22	18	1.82
2546431--2546801	85	4.4	85	75	8	253	45	12	21	21	1.83
2546504--2546906	85	4.8	85	74	8	275	46	11	20	21	1.82
2546607--2546914	169	1.8	169	81	2	384	45	12	20	21	1.83
2547065--2547289	46	4.9	46	76	6	188	42	11	25	20	1.86
2547056--2547228	92	1.9	92	85	2	240	43	11	25	19	1.85
2547046--2547269	92	2.4	91	79	9	238	43	11	25	19	1.84
2547337--2547458	35	3.5	35	84	4	158	45	8	21	25	1.79
2547442--2547472	14	2.2	14	94	0	53	38	0	29	32	1.57
2547408--2547507	49	2.1	48	81	5	112	43	6	22	29	1.77
2547338--2547577	118	2.0	119	84	2	313	44	9	20	25	1.81
2547456--2547614	35	4.6	35	74	6	119	44	10	19	25	1.83
2548334--2548359	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548316--2548379	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2552421--2552459	15	2.6	15	87	0	51	48	15	20	15	1.81
2554528--2554553	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2554674--2554719	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2557097--2557122	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2557079--2557142	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2559175--2559375	100	2.0	100	93	1	341	19	17	13	49	1.79
2560584--2560731	51	2.9	51	74	7	156	31	20	7	40	1.80
2560662--2560881	79	2.8	79	80	2	262	30	23	10	35	1.89
2560820--2560938	50	2.4	51	80	5	134	26	22	12	37	1.90
2560743--2560983	129	1.9	130	82	4	308	30	23	9	36	1.87
2560743--2561017	129	2.1	130	79	5	306	30	23	9	36	1.87
2560872--2561042	79	2.2	79	82	5	204	29	24	11	35	1.90
2563771--2563805	18	1.9	18	100	0	70	22	17	22	37	1.94
2564257--2564679	209	2.0	209	94	0	738	24	16	17	41	1.89
2572071--2572143	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2572089--2572164	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2572071--2572164	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2572203--2572228	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2572283--2572321	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
2576290--2576320	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2578334--2578412	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2578399--2578437	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2580880--2580952	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2580898--2580973	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2580880--2580973	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2581012--2581037	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2581092--2581130	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
2582211--2582310	36	2.8	36	95	0	173	36	21	15	28	1.93
2581822--2582734	484	1.9	486	91	0	1515	29	21	15	33	1.94
2585036--2585466	156	2.8	156	88	2	643	35	23	19	21	1.95
2586078--2586379	161	1.9	162	86	4	432	40	11	11	36	1.79
2587268--2587309	9	4.4	9	82	17	50	0	14	2	83	0.75
2587269--2587319	24	2.1	25	89	7	79	0	15	1	82	0.76
2587269--2587319	12	4.3	11	81	16	57	0	15	1	82	0.76
2587936--2588396	168	2.9	159	83	10	539	49	7	14	28	1.70
2588152--2588488	167	2.0	167	80	7	371	51	8	13	26	1.69
2590862--2590928	35	1.9	35	93	3	118	29	23	13	32	1.93
2591918--2591947	14	2.1	15	93	6	53	33	13	6	46	1.69
2592120--2592153	16	2.1	16	100	0	68	35	29	0	35	1.58
2596165--2596194	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
2596125--2596243	62	1.9	63	89	1	186	27	15	14	42	1.86
2598542--2598767	79	2.8	79	83	3	283	30	24	12	33	1.92
2598701--2598818	52	2.3	52	80	5	132	33	26	10	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598412--2598940	211	2.5	208	83	5	674	29	23	12	34	1.91
2598755--2598906	79	1.9	79	87	2	225	30	25	9	34	1.88
2598755--2598953	79	2.5	78	79	6	220	29	24	11	34	1.91
2599911--2599958	21	2.3	20	79	6	51	18	14	10	56	1.66
2602026--2602132	52	2.1	52	85	0	142	34	16	14	33	1.90
2605630--2605873	132	1.8	133	82	4	314	22	20	14	42	1.89
2606216--2606247	15	2.1	15	100	0	64	37	18	12	31	1.88
2606756--2606848	21	4.5	21	80	10	84	35	13	18	32	1.90
2607702--2607726	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2610102--2610148	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2610269--2610312	13	3.4	13	93	0	79	31	13	20	34	1.92
2610269--2610328	22	2.5	24	89	10	88	35	15	18	31	1.91
2610269--2610329	13	5.0	13	78	15	76	36	14	18	31	1.91
2610315--2610393	20	3.7	20	75	15	68	45	15	13	25	1.83
2612399--2612429	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2614233--2614277	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2616496--2616520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2617182--2617206	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2617282--2617322	20	2.0	20	95	0	73	31	12	19	36	1.89
2617256--2617324	33	2.1	33	86	5	95	28	11	20	39	1.87
2618273--2618332	31	2.0	31	83	9	79	30	25	16	28	1.97
2618778--2618870	21	4.5	21	81	10	93	35	12	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619245--2619309	33	2.0	32	87	3	94	32	13	15	38	1.87
2619271--2619332	20	3.2	20	86	11	92	35	12	17	33	1.88
2619386--2619426	20	2.0	20	95	0	73	31	12	19	36	1.89
2619360--2619428	33	2.1	33	81	5	77	30	10	18	40	1.84
2620707--2620993	84	3.4	83	72	11	255	18	22	12	46	1.83
2622317--2622537	47	4.8	47	70	11	141	22	21	17	39	1.92
2622582--2622680	47	2.1	47	86	0	135	28	21	12	38	1.89
2623971--2624283	168	1.9	165	82	7	391	31	10	8	48	1.68
2624528--2624570	5	8.8	5	94	5	79	18	0	0	81	0.69
2624899--2624940	10	4.2	10	88	8	59	80	0	19	0	0.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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