genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11696--11777	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
11760--12306	51	10.4	52	66	13	235	31	12	26	29	1.93
11760--12141	51	7.3	51	71	11	288	31	12	27	28	1.93
11913--11988	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
11704--12306	211	2.8	211	93	1	967	31	12	27	28	1.93
12124--12199	27	2.8	28	84	6	93	22	21	32	23	1.98
14670--14695	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14649--14715	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
14735--14802	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
14757--14781	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14738--14800	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
14858--14914	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
15206--15269	2	32.0	2	90	0	92	51	4	0	43	1.22
16463--16497	16	2.1	17	89	5	54	40	11	8	40	1.72
16832--16907	32	2.4	32	88	2	118	48	0	2	48	1.15
16988--17018	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
17410--17446	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
17838--17908	32	2.2	32	92	0	115	43	11	11	33	1.76
20559--20605	23	2.0	25	87	8	71	31	12	12	42	1.81
21262--21290	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21364--21404	19	2.2	18	86	4	55	70	2	0	26	0.99
21367--21404	18	2.2	17	86	13	51	71	2	0	26	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22427--22460	16	2.1	16	88	0	50	41	5	0	52	1.25
23250--23289	20	2.1	19	86	13	55	12	17	0	70	1.18
23361--23407	10	4.4	11	79	12	53	4	34	0	61	1.15
24662--24805	76	1.9	78	85	7	204	44	12	13	29	1.80
26084--26132	20	2.5	20	79	0	53	38	14	14	32	1.86
29763--29825	24	2.7	23	87	7	99	34	14	4	46	1.66
32200--32274	20	3.8	20	80	0	96	34	13	12	40	1.81
36431--36474	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
36739--36787	23	2.0	25	84	7	66	63	10	2	24	1.37
38463--38492	9	3.2	9	95	4	51	13	0	0	86	0.57
38461--38494	14	2.5	14	85	4	52	17	0	0	82	0.67
38507--38570	16	4.1	16	75	15	53	57	1	0	40	1.08
39031--39065	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
39390--39422	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
39872--39944	28	2.6	29	82	4	87	60	5	0	34	1.20
40467--40499	15	2.1	16	88	5	50	51	0	3	45	1.16
40372--40616	123	2.0	126	85	4	336	35	8	9	46	1.67
40748--40784	19	1.9	19	94	0	65	45	8	2	43	1.47
40881--40919	17	2.2	17	86	9	51	48	2	0	48	1.15
41174--41229	16	3.6	15	75	13	51	46	0	0	53	1.00
42326--42479	77	2.0	77	100	0	308	38	11	15	33	1.84
44136--44176	21	2.0	20	85	4	55	73	0	26	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47377--47423	15	3.2	14	91	8	60	23	0	0	76	0.78
50113--50152	19	2.0	20	85	4	55	30	10	7	52	1.62
60494--60546	21	2.5	20	79	8	61	71	1	0	26	0.96
60490--60548	25	2.4	25	83	13	70	69	3	0	27	1.04
60502--60561	24	2.4	24	78	13	68	65	3	0	31	1.09
68007--68036	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
69616--69739	30	4.2	30	75	9	112	37	11	1	49	1.49
74001--74072	20	3.6	20	80	0	90	34	13	9	41	1.78
88060--88111	14	3.7	13	80	12	50	80	9	5	3	0.99
89325--90119	28	27.5	28	80	9	659	28	30	19	22	1.98
89607--89897	32	9.4	32	82	5	289	30	29	18	20	1.97
89565--89897	94	3.6	95	80	7	327	30	29	18	21	1.97
90709--90783	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
90709--90786	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
94789--94835	17	2.7	17	77	9	51	63	6	4	25	1.36
95851--95877	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
96204--96309	26	4.2	26	78	14	107	53	0	0	44	1.13
97704--97760	18	2.8	21	82	17	75	45	8	0	45	1.34
97704--97763	22	2.9	22	76	21	74	46	8	0	45	1.33
97703--97769	22	3.2	21	73	16	59	49	7	0	43	1.31
97838--97886	21	2.3	21	86	13	66	59	2	0	38	1.09
97838--97878	21	2.0	22	90	9	68	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105872--105897	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
105903--105965	2	32.0	2	90	3	101	49	1	49	0	1.10
115704--115751	19	2.5	19	86	3	60	35	14	14	35	1.87
120485--120512	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
120575--120599	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
122968--123016	20	2.4	21	86	6	66	40	0	0	59	0.98
123512--123579	30	2.4	29	79	15	79	41	0	2	55	1.15
123545--123586	19	2.2	19	83	8	50	33	0	0	66	0.92
123604--123642	18	2.1	19	95	4	71	41	0	0	58	0.98
123613--123649	18	2.1	18	89	0	56	48	2	0	48	1.15
124643--124839	77	2.5	78	82	3	209	29	16	28	25	1.97
124794--124865	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
125057--125132	27	2.8	26	90	6	107	22	22	32	22	1.98
124743--125243	263	1.9	262	90	2	799	31	13	26	27	1.94
124853--125238	52	7.4	52	72	9	250	32	12	25	29	1.93
127530--127555	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
127509--127575	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
127598--127622	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
127679--127756	21	3.7	22	86	8	108	33	15	12	38	1.85
127864--127888	10	2.5	10	100	0	50	44	8	16	32	1.76
128667--128754	26	3.3	26	65	20	72	20	18	34	27	1.96
128509--129480	55	16.9	59	86	5	1107	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128572--129480	462	2.0	462	93	1	1554	24	20	28	26	1.99
130468--130528	1	61.0	1	73	0	50	0	1	11	86	0.63
130481--130529	9	5.6	9	81	11	57	0	0	16	83	0.64
130468--130529	14	4.8	13	82	9	65	0	1	12	85	0.67
130481--130529	15	3.0	17	85	11	59	0	0	16	83	0.64
143076--143145	28	2.5	27	84	9	79	27	20	30	22	1.98
143134--143521	52	7.4	52	71	12	240	32	12	25	29	1.93
143337--143412	27	2.8	26	88	9	100	22	22	32	22	1.98
143026--143523	263	1.9	262	89	2	766	32	13	25	28	1.94
152962--152992	16	2.0	15	93	6	53	25	19	3	51	1.62
153109--153150	3	14.3	3	90	5	68	66	0	2	30	1.04
153642--153684	14	3.1	14	80	19	54	41	0	0	58	0.98
162455--162484	14	2.1	14	100	0	60	36	13	16	33	1.88
162491--162519	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
162634--162670	15	2.5	15	86	13	58	0	16	0	83	0.64
164285--164341	26	2.2	26	77	0	60	36	0	3	59	1.14
164887--164923	4	9.0	4	90	3	56	48	24	0	27	1.51
164893--164953	4	15.2	4	96	0	68	50	9	0	39	1.35
165151--165180	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
166785--166826	16	2.8	16	85	7	52	42	0	2	54	1.13
166777--166826	14	3.3	15	80	8	57	46	2	2	50	1.24
168164--168210	22	2.2	21	88	11	69	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168164--168203	11	3.6	11	86	6	55	30	0	0	70	0.88
168978--169037	16	4.1	15	76	20	56	41	1	3	53	1.27
168979--169037	28	2.1	27	87	9	84	42	1	3	52	1.28
169176--169340	74	2.2	73	76	7	170	40	5	7	46	1.54
169486--169533	18	2.7	19	75	12	50	45	0	2	52	1.12
170652--170685	13	2.7	12	86	13	50	44	0	11	44	1.40
173059--173118	16	3.8	16	72	12	52	53	15	5	26	1.62
174383--174421	20	1.9	21	94	5	71	48	5	0	46	1.24
175342--175397	29	2.0	29	82	10	71	78	1	5	14	1.00
176155--176197	17	2.5	17	88	3	59	65	0	4	30	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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