genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  14  of  17  ( 2014 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2254606--2254682	21	3.8	20	79	5	91	29	15	11	42	1.82
2254627--2254699	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2254606--2254699	41	2.3	41	96	0	170	30	17	12	39	1.87
2254994--2255369	132	2.8	133	83	3	429	15	24	19	40	1.90
2254994--2255368	198	1.9	198	81	5	463	15	24	19	41	1.90
2255016--2255434	132	3.2	131	80	5	427	16	25	18	39	1.91
2254994--2255368	66	5.7	65	82	6	373	15	24	19	41	1.90
2262445--2262592	73	2.0	73	93	0	251	42	10	19	27	1.84
2265006--2265052	17	2.8	17	80	0	58	46	0	6	46	1.28
2274784--2274822	20	2.0	20	94	0	69	35	12	5	46	1.65
2281508--2281545	14	2.8	14	81	18	53	31	7	0	60	1.25
2293590--2293718	52	2.5	52	92	0	213	27	16	17	37	1.91
2293727--2293751	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2293796--2293847	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
2294618--2295080	100	4.8	104	78	10	271	31	17	26	24	1.97
2294712--2295089	102	3.9	95	80	13	377	31	17	26	24	1.97
2294709--2295084	48	7.9	48	75	13	314	30	17	26	24	1.97
2294612--2295085	48	9.9	48	71	12	271	31	17	26	24	1.97
2295086--2295140	28	2.0	28	81	0	65	18	21	27	32	1.96
2295096--2295165	30	2.4	29	90	4	106	15	17	31	35	1.91
2295138--2295218	34	2.4	34	76	19	87	35	14	30	18	1.91
2295260--2295341	33	2.5	32	82	2	92	34	15	30	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295320--2295405	28	3.0	28	78	9	111	20	16	31	31	1.95
2295314--2295399	29	3.0	29	79	8	113	24	16	29	30	1.96
2296822--2296875	16	3.3	16	85	10	65	3	1	12	81	0.91
2296836--2296887	22	2.2	24	83	6	63	3	7	7	80	1.00
2296828--2296878	16	3.1	16	86	8	66	3	3	11	80	0.98
2306360--2306430	21	3.4	21	96	0	133	35	9	16	38	1.82
2306462--2306523	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
2306511--2306535	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2306490--2306560	32	2.2	32	94	0	124	36	11	15	36	1.83
2306492--2306554	19	3.7	18	74	24	64	34	12	15	36	1.86
2306579--2306621	21	2.0	21	95	0	77	44	6	18	30	1.76
2307480--2307506	12	2.2	12	100	0	54	22	14	37	25	1.93
2307927--2308003	38	2.0	38	84	0	100	46	10	3	38	1.56
2308057--2308091	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2310689--2310724	18	2.0	18	94	0	63	27	2	38	30	1.71
2310994--2311021	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2314054--2314105	18	2.8	18	80	11	61	32	0	1	65	1.04
2322939--2322991	27	2.0	27	96	0	97	35	28	3	32	1.75
2325920--2325950	15	2.1	14	94	5	53	90	0	9	0	0.46
2328344--2328454	12	8.9	12	66	19	50	36	0	0	63	1.01
2328296--2328393	19	5.2	20	69	11	55	29	2	2	66	1.14
2328373--2328509	61	2.2	60	82	8	152	40	0	0	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328428--2328528	46	2.2	45	87	6	143	40	0	0	57	1.12
2328549--2328621	16	4.3	16	75	14	58	58	0	1	39	1.06
2328990--2329051	2	31.0	2	90	0	97	50	4	0	45	1.23
2329113--2329141	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2329312--2329348	19	1.9	20	88	5	58	62	0	5	32	1.18
2339362--2339740	185	2.0	185	88	2	564	30	16	16	36	1.91
2350595--2350655	19	3.0	20	73	26	58	45	1	0	52	1.10
2350704--2350749	15	3.0	16	81	9	51	41	0	0	58	0.98
2350986--2351027	20	2.2	20	87	8	61	35	0	0	64	0.94
2351026--2351062	18	2.0	20	89	10	60	54	0	0	45	1.00
2352351--2352395	10	4.3	10	83	10	63	84	0	15	0	0.62
2352351--2352393	22	2.0	22	90	0	68	83	0	16	0	0.64
2353217--2353282	32	2.0	33	91	2	107	40	1	0	57	1.08
2353228--2353265	18	2.1	18	85	9	51	42	0	0	57	0.98
2353227--2353284	8	7.2	8	75	7	55	41	1	0	56	1.09
2353289--2353342	24	2.1	27	86	13	78	29	1	1	66	1.12
2353289--2353349	24	2.4	26	79	17	74	29	1	3	65	1.18
2353367--2353454	27	3.2	24	73	21	68	43	1	1	54	1.15
2353379--2353476	43	2.2	46	79	15	118	44	0	1	54	1.07
2353833--2353874	22	1.9	22	85	9	59	50	2	0	47	1.14
2354504--2354598	46	2.1	46	82	7	113	52	1	1	45	1.14
2356904--2356953	19	2.5	20	71	15	50	54	0	4	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356940--2356999	17	3.6	17	73	8	61	61	0	0	38	0.96
2356940--2356988	15	3.1	15	79	5	53	63	0	0	36	0.95
2362108--2362137	10	3.0	10	90	0	51	13	0	66	20	1.24
2368408--2368448	14	2.9	14	92	3	64	26	7	2	63	1.33
2382036--2382075	5	8.2	5	83	5	55	37	0	60	2	1.11
2386995--2387110	30	3.8	30	81	5	144	43	17	12	27	1.84
2390372--2390398	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
2392693--2392717	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
2396113--2396211	40	2.5	40	83	3	110	38	15	11	35	1.83
2399530--2399558	13	2.2	13	100	0	58	37	13	6	41	1.72
2399637--2399699	33	1.9	32	87	12	92	38	15	15	30	1.89
2401206--2401281	20	3.7	20	82	6	98	28	14	15	40	1.87
2403233--2403303	28	2.5	28	93	0	124	23	29	15	30	1.95
2403255--2403479	79	2.8	78	86	5	319	29	24	12	32	1.92
2406051--2406113	32	1.9	33	90	3	101	31	15	12	39	1.85
2406029--2406133	20	5.7	19	75	19	73	32	15	14	38	1.87
2408206--2408547	71	4.7	71	81	6	359	30	2	11	55	1.48
2409450--2409489	20	2.0	20	85	9	55	30	0	7	62	1.23
2412071--2412158	21	3.8	22	74	14	79	48	0	0	51	1.00
2412093--2412157	15	4.3	15	72	16	53	44	0	0	55	0.99
2412119--2412165	21	2.2	21	84	3	58	46	2	0	51	1.13
2412281--2412318	18	2.2	17	90	4	58	21	0	0	78	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412841--2412879	7	5.4	7	87	3	51	53	0	0	46	1.00
2412841--2412885	14	3.1	14	83	6	54	53	0	0	46	1.00
2413512--2413622	57	2.0	57	85	1	152	32	9	4	53	1.54
2413926--2413953	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2419738--2419791	18	3.2	18	71	28	64	44	0	0	55	0.99
2419736--2419793	13	3.3	20	65	34	60	44	0	0	55	0.99
2419698--2419793	32	2.8	33	85	7	113	45	0	0	54	0.99
2419743--2419794	14	3.4	14	71	19	50	46	0	0	53	1.00
2419743--2419794	16	3.2	16	73	10	61	46	0	0	53	1.00
2419796--2419853	21	2.7	21	72	17	57	34	0	1	63	1.04
2419810--2419843	10	3.3	10	84	8	50	26	0	0	73	0.83
2420086--2420125	17	2.4	17	87	4	55	72	0	0	27	0.85
2420089--2420142	21	2.7	21	81	13	60	70	0	0	29	0.88
2420110--2420161	20	2.6	19	79	11	52	59	0	1	38	1.08
2420120--2420208	31	3.1	30	83	12	100	52	0	2	44	1.13
2420158--2420219	27	2.4	26	76	10	65	51	1	1	45	1.20
2420724--2420748	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2424073--2424122	24	2.1	24	85	10	68	60	4	0	36	1.16
2424132--2424243	27	4.1	27	73	19	81	40	2	0	57	1.13
2424170--2424237	34	2.0	34	88	5	102	38	1	0	60	1.06
2424170--2424238	8	8.0	8	75	20	59	37	1	0	60	1.06
2424828--2424874	16	2.9	16	77	0	58	19	17	25	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431386--2431410	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
2437732--2437787	2	28.0	2	96	0	103	48	0	51	0	1.00
2438952--2439009	12	4.8	12	81	14	75	75	0	17	6	1.01
2438952--2439016	11	5.6	11	83	8	76	75	0	18	6	1.00
2438953--2439009	24	2.4	24	93	0	96	77	0	17	5	0.95
2438943--2439016	35	2.0	38	87	7	109	74	0	18	6	1.04
2439855--2439887	11	3.1	11	86	8	50	39	0	0	60	0.97
2439872--2439903	16	2.0	16	93	0	55	46	3	0	50	1.17
2439903--2439990	44	2.0	44	88	2	133	65	2	4	27	1.23
2440543--2440586	15	2.9	15	75	3	52	34	0	4	61	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17