genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  13  of  17  ( 2014 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088567--2088674	24	4.4	23	75	13	90	10	29	25	35	1.89
2090947--2090989	23	1.9	22	85	4	59	46	2	51	0	1.13
2091134--2091395	128	2.1	121	80	11	269	44	4	8	43	1.54
2092807--2092843	18	2.1	18	100	0	74	27	37	8	27	1.84
2094035--2094076	20	2.1	21	86	8	61	59	0	0	40	0.97
2094345--2094385	17	2.3	18	80	16	50	56	0	0	43	0.99
2096035--2096133	50	2.0	50	89	0	153	18	4	33	44	1.68
2097135--2097195	20	2.8	22	79	16	65	40	8	4	45	1.55
2097944--2097991	22	2.1	23	84	3	62	54	0	2	43	1.12
2098067--2098114	24	2.0	24	84	8	62	39	2	0	58	1.10
2103172--2103232	28	2.2	28	85	5	79	52	0	3	44	1.17
2103194--2103232	9	4.2	9	87	6	60	53	0	0	46	1.00
2103380--2103441	23	2.7	23	85	5	72	53	9	3	33	1.50
2103409--2103453	23	2.0	23	86	0	63	57	6	2	33	1.37
2103438--2103492	28	1.9	28	88	3	83	72	9	0	18	1.10
2103800--2103826	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2104122--2104166	20	2.2	20	80	0	54	40	0	0	60	0.97
2104131--2104192	17	3.6	17	71	14	56	46	0	0	53	1.00
2104144--2104216	18	4.1	18	73	18	64	46	0	0	53	1.00
2104127--2104177	27	1.9	26	84	11	68	43	0	0	56	0.99
2106256--2106299	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
2110050--2110139	27	3.4	27	84	9	123	11	34	22	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110068--2110157	24	3.6	24	85	7	101	12	26	27	33	1.92
2112441--2112483	23	1.9	22	85	4	59	46	2	51	0	1.13
2112646--2112697	17	3.1	17	80	8	61	42	0	1	55	1.10
2112653--2112698	20	2.3	20	88	7	67	45	0	0	54	0.99
2112599--2112847	126	2.0	125	88	6	373	42	3	11	42	1.58
2114357--2114393	18	2.1	18	100	0	74	27	37	8	27	1.84
2115582--2115623	20	2.1	21	86	8	61	59	0	0	40	0.97
2115890--2115930	17	2.3	18	80	16	50	56	0	0	43	0.99
2118738--2118778	16	2.6	16	81	14	50	58	7	4	29	1.46
2119318--2119375	19	2.9	19	82	10	55	58	1	0	39	1.08
2119331--2119375	19	2.3	19	92	3	72	53	2	0	44	1.13
2119660--2119736	39	2.0	39	82	7	95	40	15	0	44	1.47
2120905--2120982	5	16.4	5	76	16	69	32	0	0	67	0.90
2120898--2120983	29	3.0	29	76	20	92	32	0	0	67	0.91
2120905--2120979	38	1.9	40	86	5	109	32	0	0	68	0.90
2123608--2123704	31	3.0	32	72	10	90	23	20	14	41	1.89
2124170--2124234	33	2.0	33	90	0	103	35	15	13	35	1.87
2132713--2132841	52	2.5	52	93	0	222	27	17	17	37	1.92
2132850--2132874	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2133847--2134209	49	7.6	47	77	11	232	30	17	26	25	1.97
2133747--2134205	101	4.7	101	81	8	308	31	17	26	24	1.97
2133947--2134209	43	5.7	43	79	11	249	29	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133833--2134215	92	4.0	91	83	7	410	31	17	26	24	1.97
2134216--2134270	28	2.0	28	81	0	65	18	21	27	32	1.96
2134226--2134295	30	2.4	29	90	4	106	15	17	31	35	1.91
2134390--2134471	33	2.5	32	82	2	92	34	15	30	19	1.93
2134446--2134533	29	3.1	29	75	9	108	23	15	29	30	1.96
2135954--2135989	16	2.3	16	95	4	65	0	0	16	83	0.65
2145472--2145546	21	3.6	21	96	0	141	36	9	17	37	1.82
2145578--2145639	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
2145606--2145678	32	2.3	32	92	0	119	35	9	16	38	1.81
2145608--2145670	19	3.7	18	70	24	55	34	11	15	38	1.83
2145695--2145737	21	2.0	21	95	0	77	44	6	18	30	1.76
2146596--2146622	12	2.2	12	100	0	54	22	14	37	25	1.93
2149780--2149815	18	2.0	18	94	0	63	27	2	38	30	1.71
2150085--2150112	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2154581--2154643	32	2.0	32	96	0	117	36	11	15	36	1.84
2160115--2160139	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2160095--2160161	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2160202--2160226	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2160235--2160363	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
2164606--2165065	229	2.0	229	98	0	886	28	9	13	48	1.74
2170113--2170232	52	2.3	52	95	0	213	29	16	18	35	1.93
2170104--2170252	52	2.9	51	86	4	201	31	15	17	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170241--2170265	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2170305--2170374	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2170330--2170354	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2172183--2172220	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
2176194--2176249	21	2.7	21	97	0	103	46	12	14	26	1.80
2183184--2183224	20	2.1	19	90	4	64	31	9	9	48	1.69
2188394--2188484	30	3.1	30	74	15	89	17	15	18	48	1.82
2188576--2188838	119	2.2	118	80	8	268	19	17	19	43	1.88
2188509--2188849	59	5.8	58	73	10	244	20	16	18	44	1.86
2188821--2188945	53	2.4	53	94	1	216	22	12	16	48	1.79
2188923--2189061	59	2.4	59	80	8	149	15	16	20	47	1.83
2190236--2190273	14	2.8	14	81	18	53	31	7	0	60	1.25
2192300--2192339	18	2.2	18	90	0	62	50	0	0	50	1.00
2194008--2194066	20	2.9	21	76	5	66	32	8	15	44	1.76
2196115--2196169	21	2.6	20	83	11	65	63	1	18	16	1.39
2196115--2196166	22	2.4	22	84	9	63	61	1	19	17	1.44
2200074--2200128	19	2.8	19	76	13	58	36	9	12	41	1.75
2200854--2200916	33	1.9	33	93	0	108	36	9	12	41	1.76
2201785--2202457	66	10.2	66	74	6	393	17	22	17	42	1.89
2201785--2202408	199	3.2	195	78	5	571	17	22	17	42	1.88
2201982--2202408	133	3.2	133	79	3	355	15	22	18	43	1.87
2203932--2203975	23	1.9	23	81	9	54	77	2	6	13	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207058--2207124	32	2.1	32	91	0	107	35	16	4	43	1.68
2207058--2207108	16	3.1	17	71	18	54	39	15	3	41	1.66
2207080--2207124	15	2.8	17	71	21	51	28	17	4	48	1.66
2207519--2207666	73	2.0	73	94	0	260	45	11	16	26	1.82
2213005--2213053	23	2.2	23	82	10	66	55	0	0	44	0.99
2213291--2213365	38	1.9	38	83	2	96	44	2	10	42	1.53
2213982--2214013	5	6.4	5	92	0	55	37	40	0	21	1.54
2216738--2216780	2	21.5	2	85	0	59	55	2	41	0	1.12
2216738--2216778	18	2.3	18	95	0	73	56	2	41	0	1.13
2219758--2219800	20	2.2	20	82	0	50	67	0	9	23	1.19
2224724--2224779	22	2.7	21	83	13	71	35	19	10	33	1.87
2224829--2224893	32	2.0	33	87	3	96	38	15	18	27	1.91
2227355--2227380	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2230783--2230812	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
2231241--2231281	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2231321--2231391	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
2231361--2231497	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
2233840--2233895	19	2.9	19	86	2	76	35	17	17	28	1.93
2234819--2234873	21	2.7	21	88	8	78	41	10	16	30	1.83
2234941--2234979	20	2.0	20	94	0	69	30	12	10	46	1.75
2239822--2240029	60	3.5	58	80	9	181	18	19	21	41	1.91
2241455--2241492	14	2.8	14	81	18	53	31	7	0	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242486--2242527	21	2.0	21	81	9	50	16	2	19	61	1.44
2244774--2244976	66	3.0	66	76	7	185	15	21	18	44	1.86
2245731--2245758	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2245792--2245868	21	3.8	20	79	5	91	29	15	11	42	1.82
2245813--2245885	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2245792--2245885	41	2.3	41	96	0	170	30	17	12	39	1.87
2248329--2248367	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2248353--2248431	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2250446--2250476	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2252280--2252324	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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