genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447128--2447330	77	2.6	77	80	7	207	42	11	17	28	1.84
2447017--2447330	79	4.0	77	73	11	226	38	11	21	28	1.88
2448017--2448046	8	3.6	8	91	8	51	86	0	0	13	0.57
2451973--2452038	12	5.6	11	81	12	69	78	0	19	1	0.82
2451973--2452004	15	2.2	14	94	5	55	84	0	15	0	0.63
2451973--2452038	24	2.7	25	83	4	98	78	0	19	1	0.82
2451973--2452028	13	4.3	13	83	0	76	78	0	21	0	0.75
2453718--2453957	97	2.5	97	85	2	313	29	27	12	30	1.93
2456144--2456213	21	3.4	20	82	4	68	34	17	14	34	1.90
2456508--2456830	166	1.9	167	82	3	400	39	7	18	33	1.80
2458846--2458911	31	2.1	31	97	0	123	50	9	13	27	1.72
2460634--2460681	21	2.3	20	80	19	62	37	0	0	62	0.95
2463668--2463707	19	2.0	20	95	4	73	45	0	7	47	1.31
2464460--2464528	16	4.1	17	75	21	56	0	27	0	72	0.85
2464459--2464523	15	4.4	15	79	14	73	0	29	0	70	0.87
2464485--2464529	20	2.3	20	88	7	67	0	26	0	73	0.84
2464587--2464778	70	2.8	67	81	5	213	54	10	1	33	1.44
2465084--2465129	22	2.0	22	87	8	65	17	23	8	50	1.74
2465179--2465245	22	2.9	24	75	14	61	38	0	1	59	1.06
2465472--2465515	3	14.7	3	90	0	70	34	2	0	63	1.07
2465705--2465781	27	2.9	27	76	5	68	42	3	3	49	1.39
2465770--2465854	36	2.4	35	80	5	100	49	2	2	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467393--2467807	198	2.1	198	94	0	722	30	24	19	25	1.98
2468940--2469027	27	3.4	27	73	19	64	69	13	7	9	1.36
2469279--2469329	25	2.0	25	84	3	66	37	1	3	56	1.29
2469523--2469591	28	2.4	28	87	7	93	49	0	0	50	1.00
2470070--2470108	20	2.0	20	89	0	60	64	0	0	35	0.94
2470341--2470381	18	2.3	18	87	8	57	46	0	0	53	1.00
2470346--2470406	19	3.1	19	77	13	52	47	1	0	50	1.10
2470336--2470389	19	2.6	23	72	25	64	51	0	0	48	1.00
2475849--2475876	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2475831--2475896	33	2.0	33	88	5	98	40	13	15	30	1.85
2475928--2476022	19	5.6	19	71	27	97	34	17	12	34	1.88
2475920--2476024	32	3.3	32	97	0	192	34	17	12	36	1.87
2475947--2476003	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2475927--2476044	19	6.7	19	68	24	80	33	16	11	37	1.86
2476764--2477001	49	4.8	49	84	6	300	36	17	22	23	1.95
2476773--2477047	100	2.8	98	84	9	334	35	16	23	24	1.95
2476773--2477049	49	5.8	46	79	10	177	35	16	23	24	1.95
2477119--2477437	57	5.6	57	88	5	443	21	17	29	31	1.96
2477119--2477437	29	11.2	28	89	4	421	21	17	29	31	1.96
2477794--2477878	37	2.3	37	87	0	125	43	15	14	27	1.85
2478904--2478934	15	2.1	15	93	0	53	0	0	16	83	0.64
2485726--2485760	15	2.3	15	85	0	52	8	28	8	54	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490567--2490832	112	2.4	112	96	1	480	33	10	28	27	1.90
2493093--2493134	16	2.6	16	96	0	75	42	0	9	47	1.36
2495177--2495210	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2496618--2496664	17	2.5	19	83	13	62	17	6	4	72	1.22
2496925--2496951	7	3.9	7	100	0	54	0	14	0	85	0.61
2496918--2496976	14	4.1	14	76	16	59	1	20	0	77	0.85
2498801--2498846	16	2.9	16	78	9	51	60	6	0	32	1.22
2498749--2498986	87	2.8	87	89	5	358	48	5	3	43	1.41
2499753--2499782	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2499984--2500037	17	3.3	17	69	10	58	55	0	7	37	1.28
2500022--2500046	13	1.9	13	100	0	50	64	0	8	28	1.22
2503492--2503538	22	2.2	22	85	14	64	63	0	2	34	1.06
2510621--2510666	22	2.0	23	84	12	60	60	4	2	32	1.28
2511962--2512004	11	4.2	10	77	16	52	41	0	0	58	0.98
2511963--2512002	22	1.9	22	90	10	66	45	0	0	55	0.99
2513687--2513719	13	2.4	14	95	5	59	12	12	0	75	1.04
2513686--2513720	14	2.5	15	86	13	56	11	11	0	77	1.00
2514339--2514381	22	2.0	22	86	9	61	53	2	4	39	1.34
2514525--2514553	13	2.1	14	93	6	51	82	0	3	13	0.79
2514085--2514591	262	1.9	262	85	5	695	45	8	7	38	1.62
2521315--2521346	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2522396--2522445	18	2.6	18	84	12	55	34	4	4	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2530476--2530547	20	3.6	20	78	0	90	33	13	12	40	1.83
2534775--2534802	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2539859--2539918	24	2.4	25	83	8	77	70	1	3	25	1.12
2539872--2539921	8	6.2	8	77	9	57	70	0	4	26	1.05
2540334--2540410	24	3.5	20	79	20	84	16	11	7	63	1.50
2540333--2540416	44	1.9	43	83	13	109	16	10	7	65	1.45
2540348--2540424	24	3.6	21	75	23	72	14	9	6	70	1.33
2541775--2541809	17	2.1	17	100	0	70	54	5	5	34	1.48
2543996--2544530	91	6.0	90	80	3	521	30	17	14	38	1.89
2543996--2544531	182	3.0	176	82	5	619	30	17	13	38	1.89
2544838--2544871	15	2.3	15	94	0	59	8	23	20	47	1.78
2545508--2545804	144	2.1	143	92	1	495	28	27	14	28	1.95
2548204--2548277	21	3.5	22	75	14	75	71	6	2	18	1.20
2548195--2548277	20	4.2	20	77	10	73	72	6	2	19	1.17
2548253--2548324	32	2.2	33	87	7	101	65	9	8	16	1.46
2549240--2549272	16	2.0	17	88	5	50	33	3	0	63	1.10
2549348--2549380	6	5.8	6	86	13	52	27	0	0	72	0.85
2549349--2549388	12	3.9	10	87	12	55	25	0	0	75	0.81
2549529--2549587	15	3.9	14	72	14	55	45	0	3	50	1.18
2549506--2549588	31	2.7	30	80	10	89	40	0	3	55	1.17
2550353--2550403	18	2.5	21	75	12	54	37	3	5	52	1.44
2551894--2551948	28	2.0	27	82	3	65	67	5	1	25	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551993--2552043	11	4.5	11	77	22	52	78	5	0	15	0.93
2551993--2552041	12	4.2	12	78	2	55	79	6	0	14	0.91
2552071--2552122	20	2.7	18	75	18	52	1	32	1	63	1.16
2552682--2552725	23	1.9	23	85	0	61	45	6	11	36	1.67
2553289--2553350	26	2.3	26	80	2	70	58	0	3	38	1.15
2553315--2553386	18	4.2	17	75	12	76	52	0	0	47	1.00
2553307--2553360	27	2.0	26	85	3	72	57	0	0	42	0.98
2553315--2553416	18	6.3	18	68	23	75	51	0	0	47	1.07
2561434--2561503	35	2.0	35	97	0	131	20	24	14	41	1.89
2562732--2562784	27	2.0	27	84	0	70	26	16	32	24	1.97
2564980--2565035	20	2.8	19	91	5	85	42	10	14	32	1.80
2570371--2570543	81	2.2	80	90	5	271	14	4	52	28	1.62
2570506--2570582	24	3.2	24	67	7	75	18	3	48	29	1.66
2570486--2570810	45	7.2	45	86	2	425	14	10	48	26	1.77
2570516--2570591	24	3.2	24	68	7	73	13	3	48	34	1.60
2573316--2573344	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
2573319--2573574	128	2.0	128	98	0	494	34	23	17	25	1.96
2578464--2578496	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2582772--2582796	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2584109--2584150	3	14.0	3	89	0	66	28	2	2	66	1.16
2585100--2585138	2	19.5	2	89	0	60	46	0	0	53	1.00
2585351--2585381	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589019--2589089	20	3.5	20	82	0	88	33	8	12	45	1.73
2589110--2589148	20	1.9	21	94	5	71	33	15	10	41	1.81
2589460--2589505	22	2.1	22	95	0	83	32	36	4	26	1.76
2590049--2590087	20	2.0	20	84	0	51	25	15	7	51	1.70
2592536--2592589	28	2.0	27	81	3	63	44	3	1	50	1.30
2594763--2594806	2	23.0	2	90	9	74	50	0	0	50	1.00
2595603--2595630	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2595582--2595623	17	2.3	19	80	12	52	52	0	0	47	1.00
2595770--2596369	228	2.6	229	81	4	697	37	9	4	47	1.58
2596498--2596539	22	1.9	22	90	9	68	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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