genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  17  of  17  ( 2014 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2742619--2742656	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2744736--2744766	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2748827--2748852	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2748891--2748966	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2748912--2748984	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2748891--2748984	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2761372--2761429	2	30.0	2	93	6	102	50	0	0	50	1.00
2766622--2766673	18	2.9	18	97	0	95	28	7	13	50	1.69
2766878--2766918	21	1.9	21	85	5	55	48	7	9	34	1.64
2767906--2767956	18	2.9	18	77	8	61	47	0	0	52	1.00
2770190--2770224	18	1.9	18	88	11	54	45	0	2	51	1.16
2771639--2771681	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2774783--2774828	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
2775954--2776002	23	2.1	24	84	3	64	51	0	6	42	1.27
2776542--2776582	21	2.0	21	86	13	59	60	0	0	39	0.96
2777014--2777117	16	6.5	16	72	12	61	45	20	12	22	1.84
2777040--2777138	32	3.1	31	78	11	110	45	21	12	21	1.84
2777024--2777131	16	6.8	16	70	4	56	46	20	12	21	1.82
2778034--2778072	16	2.4	17	83	12	55	43	23	15	17	1.87
2778879--2778917	18	2.1	19	85	4	53	43	0	0	56	0.99
2791457--2791489	14	2.4	14	100	0	66	51	0	21	27	1.48
2792421--2792453	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797109--2797264	34	4.6	34	95	0	276	41	35	0	23	1.55
2797156--2797254	25	4.2	25	64	29	74	41	37	0	21	1.53
2802013--2802147	34	4.0	34	92	0	207	40	35	0	23	1.55
2805946--2806032	27	3.1	26	76	14	68	52	4	3	39	1.39
2808072--2808144	30	2.7	26	74	15	65	38	4	8	49	1.52
2808079--2808144	26	2.4	26	87	10	87	36	3	9	51	1.49
2808908--2808956	21	2.3	20	80	13	55	28	4	0	67	1.09
2808925--2808964	20	2.0	20	85	14	55	30	5	0	65	1.14
2809764--2809813	17	3.0	17	82	2	66	44	0	0	56	0.99
2809747--2809804	21	2.6	22	76	23	59	37	0	1	60	1.07
2810920--2810984	24	2.6	25	79	13	64	36	0	1	61	1.05
2812540--2812666	57	2.2	58	84	8	161	42	0	0	56	1.04
2812582--2812666	32	2.8	32	75	18	92	47	0	0	52	1.00
2812558--2812656	18	5.9	18	69	19	63	43	0	1	55	1.06
2814192--2814238	20	2.2	23	85	11	64	31	2	2	63	1.18
2814264--2814306	15	2.8	15	82	3	50	37	2	0	60	1.10
2821248--2821297	21	2.2	23	79	13	59	32	8	10	50	1.65
2823712--2823761	25	2.0	25	100	0	100	40	16	8	36	1.77
2824993--2825041	20	2.4	20	89	3	71	40	0	0	59	0.98
2825860--2825889	15	2.0	15	93	0	51	63	0	23	13	1.29
2828042--2828088	20	2.2	23	85	11	64	31	2	2	63	1.18
2828114--2828156	15	2.8	15	82	3	50	37	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831602--2831642	21	2.0	21	90	0	64	48	14	12	24	1.78
2835109--2835157	22	2.2	23	82	10	66	32	8	10	48	1.66
2836977--2837016	18	2.2	18	100	0	80	45	10	5	40	1.60
2838845--2838893	20	2.4	20	89	3	71	40	0	0	59	0.98
2839711--2839740	15	2.0	15	93	0	51	63	0	23	13	1.29
2844508--2844581	36	2.0	37	86	5	105	16	20	22	40	1.91
2846085--2846139	16	3.5	16	75	24	55	50	3	1	43	1.30
2846086--2846151	32	2.1	31	83	11	80	48	3	1	46	1.26
2846089--2846163	31	2.5	30	76	8	80	46	5	1	46	1.33
2846272--2846314	21	2.0	22	86	4	61	39	0	0	60	0.97
2851075--2851254	31	5.9	31	84	5	222	23	29	16	30	1.96
2851075--2851248	61	2.9	61	88	3	253	24	29	16	29	1.97
2851197--2851580	34	11.8	33	78	14	363	21	33	12	32	1.90
2851393--2851607	61	3.5	61	93	4	355	21	33	12	32	1.91
2851435--2851600	27	5.6	27	73	19	116	22	36	13	28	1.92
2851512--2851580	35	2.0	35	88	0	102	20	37	10	31	1.86
2851613--2851797	33	5.7	32	84	6	221	29	32	18	19	1.96
2851607--2851789	64	2.8	65	88	0	269	29	34	16	19	1.93
2851803--2852331	49	10.7	50	78	11	547	23	26	17	32	1.97
2851803--2852336	102	5.4	99	91	2	755	23	26	17	31	1.97
2852107--2852374	43	6.0	43	72	16	186	26	26	17	29	1.98
2852149--2852247	52	1.9	52	91	0	162	22	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2852222--2852288	19	3.2	21	68	16	57	31	25	13	29	1.94
2853157--2853219	32	2.0	32	90	0	99	36	11	15	36	1.84
2853263--2853287	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2853296--2853423	51	2.5	52	90	1	195	37	18	14	28	1.91
2858401--2858460	17	3.4	18	81	6	70	33	0	1	65	1.03
2858380--2858473	48	2.0	48	81	10	113	28	1	2	68	1.08
2858499--2858547	18	2.6	19	74	6	55	46	2	0	51	1.12
2861146--2861223	24	3.1	24	84	10	111	61	5	6	26	1.41
2861141--2861210	27	2.7	26	86	6	99	62	4	5	27	1.36
2862865--2862948	42	2.0	42	100	0	168	52	16	7	23	1.68
2864703--2865316	80	7.7	80	81	3	621	36	14	23	26	1.92
2869503--2869567	24	2.5	28	73	19	68	43	3	1	52	1.26
2869510--2869561	25	2.1	24	82	3	59	42	3	1	51	1.31
2869942--2870010	17	4.1	17	78	10	52	55	0	2	42	1.15
2869952--2870052	17	6.1	16	75	20	59	58	0	0	41	0.98
2869968--2870040	27	2.8	25	83	12	76	57	0	0	42	0.98
2869954--2870052	34	2.9	33	78	14	103	58	0	0	41	0.98
2870003--2870033	10	3.1	10	95	0	53	54	0	0	45	0.99
2869989--2870071	7	10.9	7	74	21	53	63	0	0	36	0.94
2869971--2870040	17	4.0	17	78	17	72	57	0	0	42	0.99
2869979--2870076	34	2.9	34	76	8	92	60	0	0	39	0.97
2870069--2870100	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870502--2870536	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
2871356--2871404	25	2.0	25	84	8	64	36	0	2	61	1.08
2872250--2872311	30	2.0	31	87	9	90	35	35	12	16	1.87
2874446--2874484	17	2.5	15	87	8	51	38	5	0	56	1.22
2876162--2876232	32	2.2	33	84	2	90	46	0	0	53	1.00
2876249--2876291	16	2.6	16	85	3	50	32	2	0	65	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17

The End!