genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599009--2599046	16	2.4	16	82	4	51	65	0	2	31	1.06
2599003--2599046	21	2.0	22	82	4	54	63	0	2	34	1.07
2599485--2599522	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2599832--2599863	10	3.2	10	90	0	55	87	0	9	3	0.64
2599825--2599863	20	1.9	21	94	5	71	82	0	12	5	0.83
2601453--2601498	21	2.0	23	84	12	60	50	2	4	43	1.34
2601460--2601508	23	2.2	21	82	13	55	51	0	2	46	1.12
2601486--2601525	18	2.3	18	86	4	55	50	0	0	50	1.00
2601987--2602058	22	3.2	23	74	18	71	44	5	2	47	1.41
2601995--2602061	22	3.0	22	74	12	73	40	4	2	52	1.37
2604146--2604258	37	3.0	38	73	11	106	41	3	3	51	1.36
2604452--2604491	18	2.3	18	86	4	55	20	5	2	72	1.15
2606230--2606271	16	2.6	17	78	21	54	50	0	0	50	1.00
2607318--2607382	27	2.4	25	82	10	67	53	0	1	44	1.09
2609457--2609498	18	2.3	18	91	0	66	42	4	2	50	1.36
2609737--2609775	19	2.1	19	90	0	60	76	5	0	17	0.96
2609766--2609821	16	3.6	16	74	11	62	57	1	0	41	1.09
2609759--2609819	32	1.9	31	83	3	77	57	3	0	39	1.15
2610110--2610177	32	2.1	32	86	10	95	48	0	0	51	1.00
2613382--2613509	54	2.4	54	89	2	186	29	27	14	28	1.95
2619844--2619884	18	2.3	18	86	0	55	85	2	7	4	0.81
2619842--2619887	24	2.0	23	86	4	65	84	2	8	4	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2620372--2620418	20	2.4	19	89	7	67	17	4	12	65	1.40
2624759--2624804	22	2.1	22	96	4	85	41	8	21	28	1.83
2625529--2625588	29	2.0	30	96	3	113	26	16	10	46	1.78
2625655--2625681	13	2.1	13	100	0	54	74	0	18	7	1.05
2625862--2625895	17	2.0	17	94	0	59	41	20	0	38	1.53
2626046--2626097	21	2.5	21	87	0	68	40	3	0	55	1.18
2626467--2626504	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
2628362--2628395	10	3.3	10	88	8	50	47	0	5	47	1.26
2628361--2628396	11	3.4	11	88	7	56	50	0	5	44	1.25
2634904--2635008	27	3.7	28	85	5	131	24	30	14	30	1.94
2634964--2635050	44	2.0	44	93	0	147	28	34	11	25	1.91
2634938--2635080	72	2.0	71	90	4	225	27	33	12	26	1.92
2635008--2635411	27	14.9	27	86	2	468	25	31	13	29	1.93
2635380--2636159	28	26.7	28	82	6	627	29	30	18	22	1.97
2635395--2635991	32	20.1	31	81	8	441	29	30	18	21	1.97
2636249--2636414	45	3.6	45	79	7	163	25	25	16	31	1.97
2636286--2636464	49	3.8	48	77	10	170	24	26	16	33	1.95
2636252--2636463	94	2.3	94	82	4	250	24	25	16	33	1.96
2636834--2636871	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
2637786--2637826	20	2.2	20	86	8	59	21	9	9	58	1.59
2644474--2644525	17	2.7	20	77	14	56	42	0	0	57	0.98
2649038--2649083	22	2.1	22	92	8	76	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2651139--2651174	9	3.9	9	88	3	54	0	0	11	88	0.50
2654185--2654226	16	2.7	16	79	13	52	57	0	0	42	0.99
2657512--2657606	37	2.5	37	89	6	147	42	1	1	55	1.13
2657476--2657558	23	3.5	24	87	9	118	40	1	1	56	1.15
2657550--2657588	10	3.7	10	80	12	51	43	0	0	56	0.99
2657726--2657792	23	3.1	21	73	25	52	32	0	5	61	1.20
2658083--2658121	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2661706--2661754	18	2.7	19	84	9	66	30	30	6	32	1.82
2664293--2664343	15	3.3	15	70	20	50	27	11	13	47	1.78
2664290--2664353	32	2.0	32	100	0	128	25	12	15	46	1.81
2665972--2666013	14	3.1	14	87	12	54	71	0	26	2	0.98
2665983--2666031	18	2.7	18	80	0	62	67	0	30	2	1.02
2667707--2667867	70	2.4	69	75	15	174	54	9	2	32	1.47
2667923--2667962	17	2.4	17	91	8	64	60	5	0	35	1.19
2668205--2668295	32	2.7	34	72	24	84	41	0	2	56	1.12
2668699--2668731	16	2.0	17	88	5	50	39	0	6	54	1.25
2672485--2672509	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2673042--2673092	6	8.8	6	77	16	54	68	0	0	31	0.90
2673037--2673092	11	4.8	12	80	12	64	66	0	1	32	1.03
2673046--2673120	22	3.4	22	75	17	75	66	0	2	30	1.05
2673042--2673098	27	2.1	28	87	9	82	68	0	0	31	0.90
2673036--2673121	34	2.5	33	80	15	88	62	0	3	33	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2673075--2673115	15	2.6	16	85	14	50	63	0	2	34	1.08
2673509--2673553	24	1.9	23	81	4	54	53	4	0	42	1.21
2677104--2677132	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2677132--2677163	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2677431--2677470	20	2.0	21	85	14	57	37	2	5	55	1.35
2677539--2677580	18	2.3	18	84	11	59	59	0	0	40	0.97
2677551--2677602	18	2.7	20	80	11	56	61	0	0	38	0.96
2677719--2677781	32	2.0	32	96	0	117	61	1	0	36	1.05
2690590--2690664	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
2690587--2690664	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
2691764--2691820	18	3.2	18	97	2	107	50	0	0	49	1.00
2691764--2691844	36	2.2	36	85	12	105	51	1	1	45	1.16
2692900--2692946	19	2.5	19	82	0	58	36	4	0	59	1.17
2692904--2692954	25	2.0	25	82	14	61	33	3	0	62	1.13
2699777--2699827	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
2700793--2700831	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2706532--2706681	34	4.4	34	84	3	194	21	6	29	43	1.76
2706532--2706672	68	2.1	68	90	2	221	20	5	29	44	1.74
2711138--2711202	34	1.9	34	90	0	103	29	1	20	49	1.58
2712052--2712096	23	2.0	22	83	12	56	42	0	4	53	1.21
2712170--2712207	20	1.9	20	88	0	58	71	0	0	28	0.87
2712487--2712513	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2712625--2712671	19	2.5	19	74	16	53	42	0	4	53	1.20
2713355--2713391	18	2.1	18	89	0	56	37	0	2	59	1.12
2713577--2713607	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2715175--2715218	19	2.3	19	88	7	63	54	0	22	22	1.45
2716567--2716614	24	2.0	24	91	0	78	31	2	8	58	1.39
2718505--2718530	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2718569--2718644	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2718590--2718662	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2718569--2718662	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2719284--2719344	31	2.0	31	100	0	122	44	26	3	26	1.69
2721087--2721196	50	2.2	50	98	0	211	34	15	24	25	1.95
2721187--2721224	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2723304--2723334	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2728016--2728156	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
2728145--2728169	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2728235--2728259	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2728213--2728279	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2728317--2728358	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
2731045--2731070	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2731109--2731184	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2731130--2731202	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2731109--2731202	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2731824--2731884	31	2.0	31	100	0	122	44	26	3	26	1.69
2733627--2733736	50	2.2	50	100	0	220	33	15	25	25	1.95
2733727--2733764	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2735844--2735874	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2739936--2739961	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2740000--2740075	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2740021--2740093	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2740000--2740093	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2740715--2740775	31	2.0	31	100	0	122	44	26	3	26	1.69
2742519--2742628	50	2.2	50	100	0	220	33	15	25	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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