genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746309--746489	52	3.5	52	97	0	317	29	17	17	34	1.93
746498--746522	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
746590--746614	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
747659--747718	14	4.3	14	83	12	70	83	11	5	0	0.80
747675--747707	13	2.6	13	95	4	59	84	12	3	0	0.72
747674--747726	24	2.3	23	84	12	72	83	9	7	0	0.83
747659--747718	10	5.8	10	72	14	50	83	11	5	0	0.80
747659--747718	13	4.4	14	74	16	54	83	11	5	0	0.80
748690--749744	55	18.5	55	82	9	1115	27	27	20	25	1.99
748690--749744	116	9.2	112	81	10	1105	27	27	20	25	1.99
748727--749743	171	6.0	171	91	2	1563	27	27	20	24	1.99
749471--749559	28	3.2	29	66	22	82	26	29	19	24	1.98
749591--749676	27	3.1	29	64	32	78	24	29	20	25	1.99
750640--750665	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
753016--753148	51	2.6	51	78	4	142	30	25	10	33	1.90
753132--753206	27	2.7	28	89	6	109	24	33	20	22	1.97
753159--753335	79	2.2	79	89	4	268	26	25	15	32	1.95
753270--753488	51	4.3	51	79	10	205	30	25	10	33	1.90
753477--753551	28	2.7	28	85	8	91	26	32	13	28	1.94
756294--756355	31	2.0	31	100	0	124	45	12	19	22	1.84
757331--757383	20	2.6	21	91	8	83	30	18	11	39	1.86
757581--757618	17	2.3	17	86	13	53	50	2	2	44	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758231--758285	19	2.8	20	86	2	85	29	20	14	36	1.92
758330--758359	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
767135--767172	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
770575--770599	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
770693--770756	33	2.0	32	90	3	101	37	21	7	32	1.83
771909--771972	33	2.0	32	90	3	101	37	21	7	32	1.83
777877--777902	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
778104--778141	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
778273--778313	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
778561--778602	20	2.0	21	86	4	59	19	45	28	7	1.76
779988--780032	22	2.0	22	83	8	56	37	2	26	33	1.69
780586--780610	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
780598--780654	21	2.8	20	81	5	78	38	15	15	29	1.89
780711--780736	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
780691--780758	33	2.1	33	94	2	120	33	20	13	32	1.91
781007--781073	31	2.2	29	82	15	82	20	7	10	61	1.53
782257--782289	11	3.1	11	86	8	50	72	0	0	27	0.85
790778--790826	22	2.2	22	88	0	71	38	18	0	42	1.50
794453--794484	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
798527--798561	15	2.4	15	90	4	54	37	22	5	34	1.78
803401--803433	13	2.4	14	85	10	50	36	0	3	60	1.12
804968--805008	18	2.3	18	87	4	57	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805532--805578	16	2.8	18	81	15	64	38	0	14	46	1.45
806770--806808	20	2.0	20	90	10	62	35	0	0	64	0.94
806907--806975	29	2.4	29	82	4	86	49	1	5	43	1.35
807412--807437	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
807394--807457	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
813607--813631	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
813743--813788	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
814056--814096	20	2.0	20	85	0	55	24	39	24	12	1.89
816194--816219	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
816176--816239	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
820969--821000	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
824488--824560	37	2.0	36	87	10	105	17	13	30	38	1.89
829339--829373	14	2.4	14	95	4	61	34	17	8	40	1.80
830214--830285	36	2.0	36	97	0	135	22	18	20	38	1.93
830301--830356	2	28.0	2	83	0	67	46	1	7	44	1.41
837061--837299	97	2.5	97	86	1	327	29	12	29	28	1.93
837667--837691	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
837666--837744	33	2.4	34	78	6	90	35	13	20	30	1.92
847119--847158	13	3.1	13	92	0	71	30	17	15	37	1.90
848614--848680	33	2.0	33	97	0	125	22	26	20	29	1.99
854074--854291	96	2.3	97	86	0	294	29	10	29	30	1.90
854676--854700	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854655--854719	33	2.0	32	88	8	96	30	15	15	38	1.88
854687--854743	20	2.9	20	86	2	80	38	14	15	31	1.87
854685--854743	19	3.1	19	85	2	82	38	15	15	30	1.88
854844--854894	20	2.5	20	93	0	84	31	13	17	37	1.89
859883--860269	28	13.7	29	87	1	425	22	15	28	33	1.95
859883--860269	57	6.8	56	81	5	404	22	15	28	33	1.95
859915--860275	142	2.6	140	85	2	465	24	14	28	32	1.94
859862--860275	29	14.6	29	82	4	258	24	14	28	32	1.94
861557--861589	10	3.4	10	95	4	59	0	0	15	84	0.61
873008--873199	97	2.0	96	88	5	289	31	11	27	29	1.92
874914--874962	11	4.1	11	82	15	53	0	20	0	79	0.73
874914--874962	13	3.8	13	83	2	64	0	20	0	79	0.73
884006--884060	21	2.7	20	77	5	56	40	18	10	30	1.85
885276--885343	28	2.7	24	72	16	64	38	16	5	39	1.73
896436--896480	23	1.9	23	86	4	63	48	11	2	37	1.51
897530--897577	16	2.9	16	96	3	87	18	18	18	43	1.88
898696--898749	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
898799--898825	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
900408--900436	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
900407--900468	9	6.4	10	77	22	62	67	0	0	32	0.91
905415--905813	207	1.9	206	94	0	708	42	9	13	34	1.76
905882--905932	3	17.0	3	95	0	93	64	1	0	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907595--907634	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
908197--908230	16	2.1	16	100	0	68	50	11	5	32	1.63
908431--908468	5	7.8	5	94	5	69	42	0	57	0	0.98
911958--912386	215	2.0	218	89	1	657	43	17	13	26	1.86
912511--912590	39	2.1	39	90	0	124	38	18	22	20	1.93
914126--914194	32	2.2	32	94	0	120	52	4	0	43	1.21
921560--921642	31	2.8	29	78	12	87	45	1	1	51	1.16
930670--930695	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
936872--936910	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
939495--939520	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
940301--940375	20	3.8	20	80	7	98	42	10	13	33	1.78
940932--941875	28	32.3	29	84	5	1140	21	17	32	28	1.96
940933--941871	379	2.5	378	85	5	1347	21	17	32	28	1.96
952862--952901	19	2.1	19	85	0	53	70	7	10	12	1.35
955618--955694	20	3.9	19	75	14	84	41	12	12	32	1.82
958156--958181	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
958977--959680	52	13.5	53	75	8	455	37	15	23	24	1.93
958960--959676	104	6.9	104	80	3	612	37	15	23	23	1.93
958977--959680	156	4.5	155	78	5	627	37	15	23	24	1.93
959809--960227	96	4.4	94	71	15	297	36	11	28	22	1.89
959855--959999	32	4.4	32	83	10	161	35	12	29	22	1.91
959855--960040	32	5.7	32	78	14	152	36	12	29	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959855--960306	35	13.8	32	72	15	164	37	10	28	23	1.88
959913--960201	157	1.9	155	80	10	347	38	11	28	22	1.88
960288--960361	27	2.7	26	87	4	94	28	10	36	24	1.89
961122--961147	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
961103--961165	32	2.0	32	87	6	92	28	15	15	39	1.89
961206--961258	20	2.7	20	100	0	106	33	20	15	30	1.93
961563--961680	60	1.9	62	84	6	161	34	12	27	24	1.92
970355--970408	21	2.7	20	77	8	65	37	14	11	37	1.82
972405--972443	21	1.9	21	89	5	62	43	0	23	33	1.54
972537--972563	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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