genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176556--176580	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
176531--176601	21	3.6	20	76	14	76	35	1	0	63	1.03
176526--176591	15	4.3	16	68	14	50	34	1	0	63	1.04
176562--176622	21	2.7	22	87	7	79	32	1	1	63	1.13
176552--176622	11	6.6	11	77	16	78	33	1	1	63	1.12
176552--176622	16	4.4	16	74	20	60	33	1	1	63	1.12
177846--177894	21	2.3	21	85	3	62	67	6	0	26	1.14
179832--179877	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
180350--180375	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
191244--191281	18	2.2	18	95	4	69	60	0	5	34	1.19
191790--191965	90	2.0	90	96	0	325	45	14	17	22	1.85
194559--194598	6	6.7	6	97	0	62	10	5	35	50	1.58
195155--195228	28	2.7	27	73	19	62	59	0	4	36	1.16
198571--198702	34	3.9	34	86	4	176	26	0	32	40	1.56
203403--203487	29	2.7	32	80	15	106	21	1	31	45	1.59
204737--204783	20	2.4	19	86	13	60	31	8	0	59	1.27
205309--205358	23	2.1	24	85	3	66	56	0	2	42	1.11
205627--205699	31	2.4	29	82	11	76	57	1	2	38	1.22
206229--206282	25	2.2	25	86	6	74	51	0	3	44	1.19
206236--206290	25	2.2	25	83	6	67	58	0	3	38	1.16
206595--206753	50	3.2	50	86	1	221	30	20	17	32	1.95
210849--210890	17	2.3	18	80	12	50	40	14	16	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211146--211290	50	2.9	50	91	0	245	27	20	19	32	1.97
219247--219275	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
219487--219513	14	1.9	14	100	0	54	7	0	3	88	0.61
224983--225146	5	32.6	5	66	17	72	39	0	2	58	1.11
224983--225150	11	15.7	11	67	21	56	39	0	2	58	1.11
225103--225147	16	2.8	16	82	0	63	33	0	0	66	0.92
225331--225364	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
225349--225401	27	2.0	27	84	0	70	39	3	7	49	1.49
227522--227578	23	2.5	23	85	0	69	54	10	7	28	1.60
227522--227586	23	2.8	23	78	0	58	53	10	7	27	1.62
228638--228672	13	2.8	13	91	4	54	42	0	0	57	0.99
231444--231486	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
232064--232130	19	3.7	18	81	16	84	31	17	11	38	1.87
243610--243677	12	5.9	11	79	16	66	83	4	1	10	0.84
243610--243666	16	3.6	15	81	11	60	84	3	1	10	0.82
243621--243675	8	6.4	8	80	14	56	83	5	1	9	0.86
243625--243678	23	2.3	24	87	6	76	83	7	1	7	0.88
244899--245073	28	6.2	28	95	2	307	29	32	18	19	1.96
244899--245075	85	2.1	83	95	2	318	28	32	19	19	1.96
245059--245087	14	2.1	14	100	0	58	27	34	17	20	1.95
245032--245115	42	2.0	41	97	2	159	28	34	17	19	1.95
245073--245789	28	25.2	28	86	3	932	28	30	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245004--245142	69	2.0	69	100	0	278	28	34	17	18	1.94
245073--245789	85	8.4	84	86	3	932	28	30	18	22	1.97
245857--245977	49	2.6	47	74	8	122	24	23	18	33	1.96
246672--246747	20	3.8	20	86	6	91	35	14	14	35	1.87
250947--251046	20	4.8	20	78	7	110	30	20	11	39	1.87
250967--251048	43	1.9	43	87	0	119	30	21	10	36	1.88
250947--251049	43	2.5	41	78	7	118	31	20	10	37	1.87
252895--252943	13	4.0	13	73	24	52	38	2	0	59	1.09
255449--255478	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
267707--267774	11	5.6	12	77	18	61	82	4	1	11	0.88
267707--267777	24	2.9	25	83	8	85	83	4	1	11	0.86
267720--267778	28	2.1	27	87	3	82	84	5	1	8	0.82
269017--269177	58	2.8	57	80	10	193	29	34	16	19	1.94
269016--269176	28	5.6	28	83	9	191	29	33	16	20	1.95
269195--269681	28	17.1	28	71	17	285	28	32	16	22	1.96
269458--269653	55	3.6	54	77	9	175	26	34	16	22	1.95
276116--276172	23	2.5	23	85	0	69	54	10	7	28	1.60
276116--276180	23	2.8	23	78	0	58	53	10	7	27	1.62
280028--280070	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
280656--280731	20	3.8	20	87	6	118	32	17	10	39	1.83
294656--294715	16	3.9	15	79	14	59	85	6	1	6	0.82
294656--294723	15	4.5	15	79	3	64	85	7	1	5	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294654--294725	23	3.1	23	83	13	94	83	9	1	5	0.86
295939--296794	28	30.1	28	87	2	1138	28	31	17	22	1.97
295942--296794	113	7.5	113	86	2	1165	28	31	17	22	1.97
296862--296990	49	2.7	47	81	6	154	21	25	18	34	1.96
297677--297793	20	5.8	20	90	4	155	33	16	11	38	1.85
298263--298291	13	2.1	14	93	6	51	65	27	0	6	1.18
308263--308328	32	2.0	34	85	8	91	33	6	7	53	1.54
308278--308343	35	1.9	34	84	3	87	33	6	6	54	1.50
309661--309703	19	2.3	19	87	0	59	13	25	6	53	1.65
315492--315517	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
315556--315629	20	3.7	19	85	7	94	28	14	13	43	1.84
317905--318083	51	3.5	50	81	5	191	29	23	11	36	1.89
318019--318346	79	4.2	79	82	7	400	26	25	15	32	1.95
318066--318378	159	2.0	156	86	6	436	26	25	14	33	1.94
324510--324783	64	4.5	58	81	12	297	24	28	18	28	1.98
324546--324778	119	2.0	115	88	5	342	25	27	19	27	1.99
324817--325113	120	2.5	121	91	2	463	25	28	20	25	1.99
324817--325113	61	4.9	59	87	3	425	25	28	20	25	1.99
324510--325374	335	2.6	335	85	7	1111	25	27	19	27	1.99
325133--325896	55	13.3	55	82	9	797	27	26	20	25	1.99
324938--325333	210	1.9	211	84	6	532	25	27	19	27	1.99
325577--325717	27	5.1	27	62	3	75	29	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325545--325685	28	5.1	28	61	10	74	29	26	19	23	1.98
326842--326867	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
326943--326973	13	2.4	13	88	0	53	29	12	16	41	1.85
326924--326988	33	2.0	33	96	0	121	29	15	13	41	1.86
326923--326989	20	3.7	20	72	25	76	28	17	13	40	1.88
328223--328336	56	2.0	56	100	0	228	34	29	14	21	1.93
329360--329539	51	3.5	51	82	2	202	29	26	11	32	1.91
329481--329800	79	4.1	79	80	7	384	27	25	14	33	1.94
335706--335889	41	4.5	42	76	8	146	44	8	22	23	1.81
335586--336015	81	5.3	82	72	7	254	44	11	20	22	1.84
336075--336191	41	2.8	40	74	5	117	42	8	27	21	1.81
335992--336215	82	2.7	82	74	6	213	44	12	24	18	1.84
336343--336767	41	10.4	41	70	11	196	46	12	22	19	1.83
336421--336526	40	2.6	40	78	3	104	47	10	21	20	1.80
336976--337119	41	3.5	41	72	11	100	45	13	20	20	1.84
337154--337260	41	2.6	41	82	10	128	47	14	19	18	1.82
338666--338721	14	3.9	14	76	4	58	8	1	5	83	0.85
345894--345933	21	1.9	21	89	0	62	30	5	25	40	1.77
351415--351459	19	2.2	21	88	7	67	20	2	4	73	1.11
352740--352765	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
352808--352833	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
352788--352854	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355207--355329	51	2.4	50	85	8	158	34	22	10	32	1.89
360683--360712	10	2.9	10	95	5	51	86	13	0	0	0.57
361662--363101	55	25.3	55	83	10	1520	26	28	20	24	1.99
362929--363080	47	3.0	48	78	17	182	28	30	23	17	1.96
362896--363080	102	1.8	102	95	0	334	28	30	22	18	1.97
363954--363979	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
366351--366474	54	2.4	53	83	4	153	37	20	10	31	1.87
371697--371721	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
371674--371741	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
373771--373809	20	1.9	20	84	5	51	10	28	43	17	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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