genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  8  of  17  ( 2014 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323823--1323861	15	2.7	15	92	4	62	25	0	2	71	0.98
1323997--1324054	21	2.8	21	78	2	64	37	8	0	53	1.32
1331223--1331247	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1331270--1331320	24	2.1	24	88	0	75	25	25	9	39	1.86
1331315--1331356	13	3.2	13	79	0	57	30	14	16	38	1.89
1331413--1331456	20	2.2	20	84	8	54	34	11	20	34	1.88
1334662--1334698	16	2.4	16	95	4	67	21	13	13	51	1.75
1338834--1338877	23	1.9	22	81	9	52	56	2	18	22	1.52
1341402--1341453	20	2.6	20	100	0	104	51	9	11	26	1.68
1342323--1342459	52	2.7	52	93	1	222	41	12	16	29	1.84
1343447--1343471	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1343427--1343493	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1343534--1343558	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1343567--1343695	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
1353277--1353357	21	3.3	24	79	14	69	43	0	1	55	1.07
1353995--1354085	20	4.5	20	70	15	62	57	1	1	40	1.13
1353967--1354044	39	2.0	39	85	5	104	58	0	0	41	0.98
1354000--1354096	15	6.5	15	68	18	60	58	1	1	39	1.12
1353995--1354096	14	6.9	14	68	16	55	58	0	0	39	1.11
1353967--1354039	19	3.7	19	77	12	76	57	0	0	42	0.98
1361101--1361134	16	2.1	16	88	0	50	61	14	0	23	1.33
1362484--1362787	128	2.3	129	83	7	375	33	13	25	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1362643--1362759	50	2.3	51	86	1	173	32	14	25	27	1.95
1362742--1362818	28	2.7	30	92	7	126	24	20	32	22	1.98
1362798--1362916	51	2.3	51	77	0	148	31	12	26	29	1.93
1362919--1363141	78	2.9	79	85	4	321	32	15	24	27	1.95
1363076--1363194	51	2.4	50	84	6	145	33	15	26	25	1.95
1367404--1367532	52	2.5	52	92	0	213	29	14	18	37	1.91
1367404--1367552	52	2.9	51	87	4	201	30	14	18	35	1.91
1367541--1367565	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1367635--1367691	13	3.9	13	72	24	51	33	19	14	33	1.91
1367609--1367710	32	3.2	32	91	1	161	35	17	12	34	1.88
1368725--1381731	92	141.5	92	86	5	15631	30	17	26	25	1.98
1368443--1387069	276	66.7	276	80	11	15776	30	17	26	25	1.98
1370884--1370951	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1371571--1371638	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1372258--1372325	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1372896--1372963	21	3.2	21	64	25	52	27	16	29	26	1.97
1373724--1373791	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1374902--1374969	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1375178--1375245	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1375865--1375932	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1376552--1376619	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1377466--1377533	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1378200--1378267	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1378476--1378543	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1378752--1378819	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1379027--1379094	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1381449--1381717	43	6.0	43	76	10	268	30	17	25	26	1.98
1381704--1381757	26	2.1	26	100	0	108	40	12	24	22	1.89
1381622--1381849	118	1.9	118	94	0	402	33	16	25	25	1.96
1381737--1382413	43	14.5	48	72	16	452	30	17	26	26	1.97
1381730--1383201	92	15.2	92	74	16	1046	30	18	26	24	1.98
1381520--1381941	210	2.0	210	91	0	673	32	16	24	26	1.96
1381730--1382741	185	5.3	184	79	12	1020	30	17	26	26	1.97
1382238--1382375	44	3.1	44	77	11	172	28	17	28	26	1.98
1382238--1382411	48	3.8	48	74	11	161	29	17	25	27	1.97
1382661--1383038	102	3.7	102	74	15	277	30	19	26	22	1.98
1382854--1383009	52	3.0	52	75	13	135	32	16	26	25	1.96
1383133--1383244	44	2.6	43	77	14	106	28	19	26	25	1.99
1384312--1384565	97	2.6	93	79	16	259	27	17	29	24	1.97
1384310--1384599	51	6.0	47	70	22	165	28	17	28	24	1.97
1385071--1385304	95	2.4	98	79	17	258	30	18	25	25	1.98
1385248--1385362	48	2.3	50	75	18	121	31	17	24	26	1.97
1386250--1386674	190	2.2	194	81	12	477	28	17	26	26	1.98
1386033--1387038	92	10.6	91	72	19	440	30	17	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385298--1387069	96	18.5	95	70	18	730	30	17	26	25	1.98
1444404--1444471	21	3.2	21	65	19	50	27	16	27	27	1.97
1443904--1459304	92	166.2	90	86	5	11792	30	17	25	25	1.98
1445863--1445930	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1446599--1446666	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1447335--1447402	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1448065--1448132	21	3.2	21	64	25	52	27	16	29	26	1.97
1449396--1449463	21	3.2	21	65	19	50	27	16	27	27	1.97
1450855--1450922	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1451591--1451658	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1454961--1455028	21	3.2	21	65	19	50	27	16	27	27	1.97
1456420--1456487	21	3.2	21	64	25	52	27	17	27	26	1.98
1443881--1459304	276	55.5	276	84	6	13990	30	17	25	25	1.98
1459421--1459495	31	2.4	32	88	2	116	34	18	14	32	1.91
1459432--1459514	19	4.7	19	74	18	81	33	18	13	34	1.89
1460256--1460695	101	4.5	95	84	7	603	32	19	25	22	1.97
1460612--1461496	92	9.7	92	92	0	1431	29	18	25	25	1.98
1460242--1461496	184	6.7	184	88	4	1474	30	18	25	24	1.98
1460242--1461496	276	4.5	276	87	5	1483	30	18	25	24	1.98
1461513--1461643	52	2.5	52	93	0	226	29	16	18	35	1.92
1461513--1461663	52	2.9	51	89	3	214	31	15	18	34	1.93
1461652--1461676	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1461720--1461801	13	5.5	13	74	25	74	35	17	13	34	1.88
1461728--1461841	19	6.8	18	77	20	122	35	16	12	35	1.86
1461720--1461820	31	3.2	31	98	1	193	35	17	12	33	1.88
1463363--1463387	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1463343--1463407	33	2.0	33	90	6	105	38	15	18	27	1.91
1463322--1463408	20	4.7	19	74	21	78	40	12	17	29	1.86
1464905--1464981	32	2.4	32	78	4	84	46	9	11	32	1.72
1470647--1470676	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
1470624--1470689	33	2.0	33	90	0	105	33	19	13	33	1.91
1470721--1470775	19	2.8	20	77	5	67	38	12	14	34	1.84
1478296--1479038	79	9.4	79	82	7	674	32	12	25	29	1.93
1478323--1479038	157	4.5	157	83	5	788	32	12	25	29	1.93
1478297--1479038	236	3.1	235	82	4	877	32	12	25	29	1.93
1478974--1479091	51	2.3	51	86	5	159	27	11	28	31	1.92
1478894--1479151	130	2.0	130	85	6	353	31	10	26	31	1.90
1478813--1479250	209	2.1	209	84	7	570	32	12	25	29	1.92
1479024--1479496	79	6.0	79	80	9	534	33	13	24	29	1.93
1479024--1479496	157	3.0	157	82	6	557	33	13	24	29	1.93
1481314--1481357	21	2.1	21	83	8	54	25	6	38	29	1.81
1481878--1481999	20	5.6	20	72	17	91	42	12	16	28	1.84
1481829--1482051	50	4.7	50	77	11	216	43	13	15	28	1.83
1481925--1482001	20	3.8	20	89	0	100	44	9	15	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1481878--1482052	90	1.9	90	88	0	260	43	12	14	29	1.82
1484468--1484523	20	2.8	20	83	5	78	30	17	12	39	1.87
1484549--1484601	19	2.7	20	88	2	81	35	13	18	32	1.90
1484980--1485015	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
1489802--1489879	40	2.0	40	86	0	111	52	11	7	28	1.65
1489903--1489945	18	2.4	17	80	7	50	34	9	2	53	1.46
1490439--1490463	8	3.1	8	100	0	50	40	0	12	48	1.40
1490996--1491037	3	14.0	3	100	0	84	33	33	0	33	1.58
1491622--1491676	28	2.0	29	89	7	87	43	0	0	56	0.99
1492708--1492750	14	3.1	13	86	10	50	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17