genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2879421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1611777--1611814	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1614362--1614426	34	2.0	33	90	6	105	43	15	13	27	1.85
1619996--1620070	1	75.0	1	72	0	60	86	9	4	0	0.68
1619996--1620057	17	3.5	17	93	6	97	87	11	1	0	0.62
1619997--1620056	8	6.9	8	85	14	75	86	11	1	0	0.64
1619996--1620057	9	6.8	9	85	14	83	87	11	1	0	0.62
1619996--1620069	10	7.7	10	83	13	77	86	9	4	0	0.69
1621136--1621570	55	7.4	54	76	15	352	27	25	20	27	1.99
1621160--1621575	119	3.5	115	81	9	457	26	25	19	28	1.99
1621307--1621392	27	3.1	27	65	14	68	25	23	20	30	1.99
1621160--1621567	61	6.9	60	81	8	419	26	25	19	27	1.99
1621159--1621567	121	3.5	116	83	6	470	26	25	19	27	1.99
1621590--1621843	61	4.3	61	84	6	310	25	26	21	25	1.99
1621430--1621725	154	1.9	157	87	6	440	24	27	20	27	1.99
1621394--1621782	215	1.8	216	87	6	592	24	27	20	27	1.99
1621314--1621843	276	1.9	275	86	5	748	25	26	20	27	1.99
1622718--1622742	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1625015--1625198	51	3.6	51	79	5	190	30	25	10	33	1.90
1625015--1625198	52	3.6	52	80	3	192	30	25	10	33	1.90
1625208--1625383	79	2.2	80	87	1	246	27	27	14	29	1.95
1625319--1625435	51	2.3	51	81	0	144	30	24	12	31	1.93
1625081--1625617	237	2.3	237	84	3	704	28	26	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1625446--1625699	79	3.3	78	82	3	307	27	25	13	32	1.94
1625635--1625749	48	2.3	51	85	7	148	31	25	11	32	1.91
1625556--1625860	127	2.4	129	82	3	355	29	21	11	37	1.89
1629771--1629845	20	3.8	19	78	7	87	33	12	12	42	1.79
1633425--1635384	42	46.5	42	75	4	971	17	26	16	39	1.90
1633934--1635384	298	4.9	295	75	7	783	17	26	16	39	1.91
1633425--1635356	127	15.3	127	76	4	1082	17	26	16	39	1.90
1635091--1635357	129	2.1	127	80	6	290	18	26	15	39	1.90
1635877--1636081	48	4.3	48	75	13	167	19	19	20	41	1.91
1635899--1636077	96	1.9	95	82	9	229	19	18	22	39	1.93
1636140--1636273	44	3.1	44	72	7	121	21	20	14	44	1.86
1636440--1638956	42	59.5	42	75	5	959	17	27	15	39	1.91
1636443--1638967	84	29.9	83	75	6	1289	17	27	15	39	1.91
1636440--1638967	127	19.9	126	75	5	1417	17	27	15	39	1.91
1636440--1638885	169	14.5	166	74	8	1121	18	27	15	39	1.91
1639510--1639564	8	6.8	8	86	12	60	76	0	3	20	0.94
1639510--1639559	24	2.1	24	88	7	75	78	0	4	18	0.91
1639913--1639957	12	3.6	12	88	11	72	53	11	24	11	1.68
1642428--1642813	79	4.9	79	84	2	454	34	12	25	27	1.92
1644060--1644090	9	3.4	9	90	0	53	87	0	12	0	0.55
1644059--1644091	13	2.5	13	90	9	50	84	0	15	0	0.61
1646102--1646298	42	4.6	42	77	8	173	42	10	26	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1646137--1646300	42	3.8	45	79	7	180	42	11	26	19	1.85
1646137--1646298	87	1.9	86	85	1	225	42	11	25	19	1.85
1646312--1646600	124	2.3	123	82	4	339	32	19	22	24	1.98
1646312--1646596	62	4.6	61	82	6	297	32	19	22	25	1.97
1646505--1646709	109	1.9	109	86	4	297	29	20	22	26	1.99
1646443--1646749	170	1.8	171	87	3	458	31	19	22	26	1.98
1646613--1647489	62	14.3	62	82	4	868	31	18	24	26	1.98
1646613--1647489	185	4.8	184	80	7	859	31	18	24	26	1.98
1653666--1653780	51	2.3	50	81	6	133	37	8	22	31	1.85
1653716--1653893	79	2.3	79	84	3	216	35	13	23	28	1.92
1653776--1653921	79	1.8	79	86	0	211	38	15	19	26	1.91
1659283--1659334	22	2.3	23	80	9	63	36	3	1	57	1.28
1660702--1660757	24	2.4	24	82	14	64	58	14	5	21	1.55
1661511--1661713	107	1.9	107	82	6	259	34	8	19	36	1.83
1661510--1661900	143	2.7	143	81	7	386	33	10	19	36	1.86
1661510--1661965	36	12.7	36	73	8	318	33	10	19	36	1.86
1663922--1665014	156	7.0	155	77	7	831	36	22	17	22	1.94
1664026--1664987	156	6.1	157	79	5	871	37	23	17	22	1.94
1666202--1666358	84	1.9	84	89	5	246	33	16	31	18	1.93
1666434--1666633	42	4.7	42	73	7	172	35	19	27	18	1.95
1666435--1666722	42	6.8	42	70	7	152	35	19	27	18	1.95
1666451--1666716	127	2.1	127	97	0	496	36	18	26	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666451--1666847	127	3.1	127	86	2	467	34	17	27	19	1.95
1666704--1666890	42	4.4	43	76	6	168	31	16	31	21	1.95
1666931--1667050	43	2.8	42	74	2	132	34	15	28	21	1.94
1666622--1667685	507	2.1	507	87	1	1544	33	17	28	20	1.95
1667280--1667398	41	2.9	41	83	3	150	32	20	29	17	1.95
1667478--1667681	42	4.8	43	67	11	114	33	17	28	20	1.95
1666603--1667728	85	13.3	85	71	8	458	33	17	28	20	1.95
1666930--1667737	170	4.8	170	72	7	525	34	17	28	20	1.95
1667436--1667801	170	2.2	170	80	5	402	33	16	28	21	1.95
1667617--1667852	127	1.9	127	80	1	285	32	16	28	22	1.95
1667847--1667930	43	2.0	43	83	4	107	35	25	20	19	1.95
1668057--1668143	42	2.1	42	82	0	102	32	14	33	19	1.92
1668283--1668397	43	2.6	45	87	6	166	37	15	30	16	1.90
1668527--1668632	48	2.2	48	86	3	151	40	19	20	18	1.92
1668600--1668683	36	2.3	36	83	4	107	41	13	25	20	1.88
1674069--1675132	155	6.8	156	80	5	1004	36	21	18	23	1.95
1674069--1675125	316	3.4	310	79	6	1033	36	21	18	23	1.94
1676600--1676636	19	1.9	19	89	10	58	29	16	10	43	1.82
1676887--1676912	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1676869--1677029	32	5.0	32	66	16	91	37	15	16	29	1.90
1676804--1677030	97	2.4	97	94	0	393	36	14	18	30	1.91
1681096--1681125	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681085--1681125	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
1683193--1683231	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1685775--1685800	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1685692--1685898	97	2.1	97	98	0	396	34	14	19	31	1.92
1685872--1685897	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1687014--1687073	23	2.6	23	76	12	70	0	21	1	76	0.87
1687022--1687063	19	2.2	19	91	8	68	0	14	2	83	0.75
1687700--1688161	166	2.9	165	82	7	486	51	8	12	27	1.69
1697941--1697979	15	2.8	13	85	14	60	66	2	0	30	1.05
1702364--1702390	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1702344--1702407	32	2.0	33	87	9	96	26	15	15	42	1.87
1702449--1702521	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1702428--1702521	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1702428--1702503	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1704964--1705001	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1704990--1705066	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
1707075--1707105	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1711167--1711193	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1711147--1711210	32	2.0	33	87	9	96	26	15	15	42	1.87
1711252--1711324	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1711231--1711324	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1711231--1711306	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1713210--1713354	29	5.0	28	64	12	69	20	6	22	51	1.70
1713123--1713531	58	7.1	57	77	5	333	25	8	17	49	1.74
1713211--1713529	172	1.8	173	81	4	394	24	7	18	49	1.73
1715257--1715482	115	2.0	116	89	4	350	42	7	10	40	1.66
1718674--1719280	73	8.7	72	73	9	334	27	14	27	30	1.95
1718695--1719396	141	5.1	139	78	5	525	26	14	28	30	1.95
1719027--1719548	135	3.9	135	77	4	425	25	15	27	31	1.96
1718674--1719565	68	13.0	68	73	8	457	26	15	27	30	1.96
1725921--1725946	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1725900--1725964	32	2.0	33	90	6	105	29	12	13	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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