genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124--2168	22	2.0	23	95	4	83	64	8	8	17	1.47
2175--2255	1	81.0	1	90	0	99	91	0	8	0	0.42
2170--2255	21	4.0	21	87	3	118	89	1	9	0	0.54
2175--2255	19	4.3	19	89	6	119	91	0	8	0	0.42
3802--4629	27	29.5	28	73	18	517	21	17	32	27	1.96
4458--4505	23	2.1	24	88	7	73	25	16	25	33	1.96
6810--6942	71	1.9	70	87	1	187	47	12	12	27	1.78
7151--7178	11	2.5	11	100	0	56	35	0	25	39	1.56
7770--8784	28	36.3	28	81	7	786	25	17	30	26	1.97
8303--8783	220	2.2	222	84	3	623	28	16	29	25	1.96
14428--14452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14440--14490	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
14546--14571	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
14527--14590	33	2.0	32	90	3	101	39	18	12	29	1.88
22199--22223	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22211--22263	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
22296--22363	33	2.1	32	86	2	91	38	13	13	35	1.83
23329--23354	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24184--24394	49	4.3	49	84	2	253	36	15	23	25	1.94
24871--25138	59	4.6	59	79	4	274	15	16	32	35	1.90
25494--25532	20	2.0	19	90	5	60	38	23	10	28	1.87
25648--25699	20	2.7	20	88	8	72	36	23	13	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28945--29010	33	2.0	33	87	0	96	25	16	19	37	1.93
29065--29115	19	2.6	19	87	9	68	37	19	13	29	1.90
35229--35265	13	2.8	14	84	12	51	32	18	16	32	1.93
38478--38545	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
38499--38523	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
38480--38542	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
38585--38611	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
41826--41855	8	3.8	8	90	0	51	40	0	16	43	1.48
41825--41855	16	1.9	16	100	0	62	38	0	19	41	1.51
42403--42441	20	2.0	19	90	5	60	35	20	10	33	1.86
44553--44582	13	2.2	14	94	5	53	50	13	10	26	1.73
44608--44634	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
56658--56762	20	5.6	20	73	19	84	27	18	12	41	1.86
56695--56725	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
56675--56744	33	2.1	33	91	0	113	27	18	11	42	1.84
59040--59256	51	4.2	51	74	4	186	28	24	13	33	1.93
59041--59264	103	2.2	103	84	4	276	28	25	13	32	1.94
59247--59318	28	2.6	28	88	4	101	22	31	20	25	1.98
59412--59530	51	2.3	51	89	0	184	29	29	13	27	1.94
59544--59663	52	2.3	52	81	2	134	28	28	12	30	1.93
59381--59710	132	2.5	129	84	2	419	27	27	13	31	1.94
60457--60518	33	1.9	33	90	3	99	27	11	17	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60560--60680	20	5.9	20	70	16	79	31	13	18	37	1.89
63094--63118	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69268--69293	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
69248--69311	33	2.0	32	87	9	94	28	14	20	37	1.91
69393--69417	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82186--82231	9	5.3	9	87	7	69	89	10	0	0	0.50
82189--82246	18	3.0	20	80	19	77	84	13	1	0	0.70
82185--82276	24	3.7	23	74	21	78	80	13	5	1	0.94
82185--82252	32	2.1	32	86	10	95	83	14	1	0	0.71
82185--82248	27	2.5	26	85	12	87	84	14	1	0	0.70
82188--82258	6	11.3	6	76	20	58	83	14	2	0	0.77
82185--82258	12	7.3	11	74	22	65	82	14	2	0	0.78
83343--83705	55	6.3	56	77	10	303	28	26	19	25	1.99
83343--83705	116	3.2	109	79	9	332	28	26	19	25	1.99
83339--83651	55	5.5	55	78	10	328	27	26	19	26	1.99
83422--83705	61	4.9	61	74	14	251	27	27	19	25	1.99
83757--83993	61	3.9	62	89	3	338	24	25	17	32	1.97
83983--84172	42	4.4	42	77	9	161	21	26	13	38	1.90
83978--84130	45	3.5	43	79	8	141	22	25	13	39	1.90
84836--84942	20	5.7	20	73	18	88	28	15	12	42	1.83
84873--84902	13	2.3	13	94	0	51	33	10	10	46	1.71
87143--87362	51	4.3	50	71	8	174	28	25	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87131--87364	102	2.3	102	77	2	274	27	24	12	35	1.92
87347--87418	28	2.6	28	84	6	94	22	33	19	25	1.97
87512--87624	51	2.2	52	85	4	151	31	27	11	29	1.92
87481--87896	132	3.2	130	80	5	430	26	26	13	33	1.94
90640--90683	19	2.4	18	92	7	79	29	18	4	47	1.68
91446--91530	37	2.3	37	91	0	143	25	16	15	42	1.87
91893--92159	28	9.4	29	84	6	282	32	29	18	19	1.96
91893--92159	57	4.7	57	82	10	291	32	29	18	19	1.96
91890--92156	29	9.4	28	79	13	146	32	29	18	19	1.96
92181--92416	49	4.8	49	83	3	292	25	27	15	31	1.95
92181--92377	101	2.0	98	89	3	304	25	26	15	32	1.96
92188--92412	101	2.3	98	85	2	297	25	28	15	30	1.96
92188--92446	101	2.6	101	82	4	267	25	27	15	32	1.95
92401--92521	52	2.3	52	78	10	124	30	20	12	36	1.90
101837--101889	27	2.0	27	92	0	88	22	22	30	24	1.99
101837--101897	27	2.3	27	85	5	79	22	22	29	24	1.99
109255--109327	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
109273--109348	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
109255--109348	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
109387--109412	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
111640--111665	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111619--111683	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111619--111683	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
114213--114250	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
116333--116363	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
118166--118210	22	2.1	21	84	8	56	26	17	4	51	1.65
121478--121590	59	1.9	59	100	0	226	30	15	18	34	1.93
121573--122167	308	1.9	310	80	4	682	38	19	17	24	1.93
122312--122672	142	2.5	142	79	4	354	43	9	9	36	1.72
125164--125210	22	2.1	22	92	7	78	82	0	17	0	0.66
125164--125210	12	4.3	11	84	15	62	82	0	17	0	0.66
125263--125309	21	2.2	22	85	11	62	12	14	8	63	1.50
134507--134552	22	2.1	22	88	11	69	58	0	23	17	1.38
137164--137318	20	6.7	20	66	26	76	42	9	16	30	1.81
137164--137318	70	2.2	71	88	3	224	42	9	16	30	1.81
137214--137318	20	4.8	20	72	21	84	41	10	16	31	1.82
138190--138293	32	3.2	31	74	12	93	28	16	25	28	1.97
138248--138689	28	15.5	28	78	8	403	23	16	28	31	1.96
151361--151485	20	5.7	20	72	18	106	40	14	16	28	1.87
151361--151535	91	1.9	90	88	1	260	41	12	17	29	1.86
152541--152605	32	2.0	32	84	3	85	27	18	15	38	1.91
158315--158358	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
158392--158442	20	2.6	20	90	3	77	25	13	17	43	1.86
159002--159470	164	2.9	160	84	6	538	51	9	8	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161071--161100	11	2.7	11	94	0	51	86	0	13	0	0.57
161061--161111	19	2.6	19	84	9	59	80	0	19	0	0.71
161062--161118	18	3.2	17	78	11	62	78	0	19	1	0.83
161232--161336	51	2.1	51	96	0	192	23	6	27	41	1.79
162096--162390	143	2.1	144	84	6	377	37	7	9	45	1.65
165259--165303	20	2.1	22	88	8	67	48	6	8	35	1.61
165513--165548	13	2.8	13	91	0	54	33	16	13	36	1.89
170663--170700	10	3.5	11	82	10	51	52	0	15	31	1.43
170788--170814	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
181519--181576	19	3.2	18	72	18	57	34	1	34	29	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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