genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1725933--1726022	32	2.8	32	84	1	108	18	34	15	31	1.93
1726056--1726170	35	3.4	34	83	4	135	17	31	13	37	1.89
1726143--1726212	30	2.4	29	90	4	106	35	31	17	15	1.91
1726227--1726373	49	3.0	49	82	2	179	25	25	15	32	1.96
1726390--1726694	52	6.0	49	83	6	358	23	25	17	33	1.96
1726273--1726498	119	1.9	120	91	2	375	24	26	14	34	1.94
1726390--1726687	101	2.9	101	91	2	452	23	25	18	33	1.97
1727389--1727428	13	3.1	13	85	0	62	30	17	15	37	1.90
1727419--1727510	19	5.5	19	63	28	64	35	16	15	32	1.90
1727401--1727518	32	3.7	32	96	0	200	33	16	16	33	1.91
1727563--1727587	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1732920--1733004	19	4.8	18	72	25	65	34	14	14	37	1.86
1732913--1732982	31	2.2	32	92	2	115	35	15	14	34	1.88
1737063--1737109	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
1739391--1739417	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1739403--1739477	20	3.8	20	94	1	125	33	13	18	34	1.90
1748330--1748410	22	3.8	21	80	4	81	38	3	4	53	1.41
1749415--1749451	19	1.9	19	89	10	58	75	5	0	18	0.99
1756990--1757219	122	1.9	122	88	0	352	38	10	16	34	1.83
1759087--1759113	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1760091--1760127	18	2.1	18	94	0	65	13	45	13	27	1.81
1760887--1760977	8	11.1	8	70	18	55	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1760840--1760903	25	2.6	25	82	7	78	42	4	0	53	1.22
1760861--1760930	35	2.0	35	91	2	115	37	2	0	60	1.12
1760934--1760976	22	2.0	22	86	9	61	34	0	0	65	0.93
1760919--1760986	24	2.8	24	77	11	66	38	0	0	61	0.96
1761021--1761087	18	3.6	17	73	25	55	37	7	0	55	1.28
1761298--1761341	23	1.9	23	86	9	63	54	2	0	43	1.12
1761540--1761585	16	2.9	16	72	21	51	43	0	0	56	0.99
1764210--1764266	17	3.1	19	78	12	57	59	3	0	36	1.14
1764838--1764884	24	1.9	25	91	4	78	55	0	6	38	1.26
1771536--1771662	68	1.9	68	93	0	218	44	22	6	26	1.77
1775038--1775153	52	2.2	52	86	3	162	29	15	20	34	1.94
1775228--1775252	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1775207--1775272	32	2.0	33	94	2	116	36	15	12	36	1.84
1775774--1776198	49	8.8	51	77	13	299	32	18	24	24	1.97
1775874--1776193	49	7.0	45	81	10	382	31	18	24	25	1.98
1775821--1776193	92	4.0	92	95	1	638	31	18	24	25	1.97
1776215--1776550	29	11.5	29	83	4	381	23	16	29	30	1.96
1776261--1776542	59	4.8	59	89	3	390	23	16	30	29	1.96
1776241--1776550	89	3.5	88	88	3	437	23	16	29	30	1.96
1777985--1778082	1	98.0	1	71	0	52	1	2	13	83	0.78
1777991--1778080	7	11.6	8	77	12	82	1	2	13	83	0.80
1777985--1778082	15	6.7	14	76	15	92	1	2	13	83	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1777993--1778067	11	6.2	12	77	16	75	0	2	13	84	0.74
1777985--1778079	8	12.7	7	77	20	79	1	2	13	83	0.80
1791841--1791969	52	2.5	52	96	0	231	28	17	18	35	1.93
1791841--1791989	52	2.9	52	91	2	192	30	16	18	34	1.94
1792045--1792142	13	5.8	18	71	28	90	37	16	12	33	1.86
1792043--1792140	32	3.0	32	93	1	160	36	16	12	34	1.86
1792673--1792801	52	2.5	52	96	0	231	29	18	17	34	1.94
1792673--1792819	52	2.8	52	86	4	215	30	17	18	34	1.94
1792789--1792853	34	1.9	34	87	3	96	38	9	18	33	1.83
1792820--1792878	21	2.8	21	100	0	118	37	10	16	35	1.83
1792894--1792951	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
1793483--1793611	52	2.5	52	91	2	197	31	17	16	34	1.92
1793483--1793631	52	2.9	51	83	7	185	32	16	16	33	1.92
1793620--1793644	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1794284--1794412	52	2.5	52	89	2	197	31	17	15	35	1.91
1794284--1794432	52	2.9	52	82	4	194	32	17	16	34	1.92
1794421--1794445	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1794486--1794552	33	2.0	33	85	0	89	40	13	13	32	1.83
1794508--1794532	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1791496--1795910	801	5.5	799	93	3	7328	32	15	20	30	1.94
1795097--1795213	52	2.2	52	87	3	173	30	17	17	33	1.94
1795202--1795226	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1795289--1795313	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1795899--1795923	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1795986--1796010	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1795964--1796030	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
1796554--1796682	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
1796554--1796702	52	2.9	51	90	4	228	30	17	18	33	1.94
1796691--1796715	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1796756--1796855	33	3.0	33	94	0	164	38	16	12	34	1.85
1796778--1796835	13	3.9	13	73	26	53	32	17	13	36	1.89
1796791--1796856	20	3.7	20	73	26	83	34	18	12	34	1.88
1797386--1797514	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
1795964--1797621	832	2.0	824	95	1	3012	33	15	19	31	1.93
1797386--1797532	52	2.8	51	90	4	224	30	17	18	34	1.94
1798312--1798378	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1798334--1798358	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1799223--1799709	48	10.2	48	79	8	514	31	17	26	24	1.97
1799223--1799705	188	2.5	189	80	6	559	31	17	26	24	1.97
1799283--1799704	140	3.0	137	85	5	544	31	18	26	24	1.97
1799724--1800480	28	25.3	28	71	13	270	25	15	29	29	1.96
1799749--1800480	57	12.2	57	71	14	368	25	15	29	28	1.96
1799866--1799940	35	2.2	35	87	2	116	34	10	33	21	1.88
1799925--1800544	29	20.7	29	72	12	326	25	16	30	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1800091--1800182	35	2.7	35	86	1	105	34	13	31	20	1.91
1799761--1800544	242	3.2	242	90	3	1149	26	15	30	28	1.96
1800108--1800182	35	2.2	34	92	2	123	33	10	33	22	1.89
1799765--1800544	121	6.5	121	78	9	867	26	15	30	27	1.96
1801971--1802050	14	5.8	14	82	8	85	0	0	15	85	0.61
1801971--1802047	25	3.0	26	81	16	97	0	0	14	85	0.59
1801986--1802048	1	63.0	1	77	0	63	0	0	11	88	0.50
1801976--1802050	19	3.9	19	81	14	84	0	0	14	85	0.60
1801982--1802050	13	5.4	13	83	8	88	0	0	13	86	0.56
1801970--1802051	27	3.0	27	85	10	105	0	0	15	84	0.63
1801971--1802048	37	2.1	37	85	7	104	0	0	14	85	0.59
1803954--1804021	19	3.9	19	74	21	76	33	11	16	38	1.85
1804061--1804086	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1804041--1804107	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1806455--1806571	51	2.4	48	83	9	130	31	23	11	33	1.90
1806553--1806629	27	2.8	27	86	5	102	27	32	15	24	1.95
1806586--1806819	79	2.9	78	83	6	283	27	26	14	31	1.95
1816770--1816795	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2072390--2072462	20	3.6	20	77	3	92	35	15	19	30	1.92
2072408--2072483	21	3.7	21	76	3	91	42	13	17	27	1.86
2072394--2072483	41	2.2	41	95	0	162	40	14	17	27	1.89
2072522--2072547	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076595--2076620	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2076573--2076640	33	2.1	32	88	2	100	33	13	19	33	1.90
2076721--2076745	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2082487--2082511	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2084633--2084663	12	2.6	12	100	0	62	93	6	0	0	0.35
2085944--2086382	28	15.5	28	82	6	404	28	29	16	25	1.97
2086337--2086398	32	2.0	31	84	9	81	30	29	16	24	1.96
2087087--2087202	20	5.9	20	68	8	85	32	15	11	40	1.83
2092579--2092623	22	2.0	22	95	0	81	35	0	31	33	1.58
2093303--2093328	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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