genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
598620--598713	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
598620--598695	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
599321--599427	53	2.0	53	98	0	205	33	25	5	35	1.79
601211--601236	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
603315--603345	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
607493--607565	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
607472--607565	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
607472--607547	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
609054--609078	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
614838--614886	20	2.5	19	87	9	71	30	22	8	38	1.83
615589--615641	21	2.5	21	80	17	65	22	28	3	45	1.70
616408--616464	13	3.9	13	72	24	51	33	14	15	36	1.88
616421--616483	19	3.6	19	72	24	75	30	14	15	39	1.87
616385--616484	32	3.1	32	91	4	157	32	14	16	38	1.88
625692--625717	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
625731--625775	24	1.9	23	86	4	63	40	11	26	22	1.87
625949--625995	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
628562--628628	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
628709--628761	20	2.6	21	82	5	65	28	15	16	39	1.89
628795--628835	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
629341--629365	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
631455--631551	13	5.7	19	68	27	74	36	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
631456--631564	32	3.4	32	93	1	173	35	13	15	34	1.87
631637--631765	52	2.5	52	94	0	222	36	17	18	27	1.93
636339--636969	316	2.0	315	92	1	1059	37	15	20	26	1.92
637576--637611	9	3.9	9	88	3	54	0	13	0	86	0.58
637576--637615	10	4.1	10	83	6	55	0	15	0	85	0.61
637578--637624	16	2.6	17	84	15	60	2	17	0	80	0.80
637593--637634	20	2.2	19	86	4	57	2	26	0	71	0.98
638868--639135	28	9.5	28	83	3	304	25	16	27	29	1.97
638868--639135	86	3.2	84	84	3	349	25	16	27	29	1.97
643403--643553	79	1.9	79	85	5	207	27	22	15	35	1.94
649857--649908	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
650570--650630	24	2.5	24	100	0	122	39	29	0	31	1.57
665449--665474	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
665902--665956	20	2.8	20	94	0	92	16	41	30	10	1.83
668034--668058	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
668014--668081	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
671549--671677	52	2.5	52	93	0	222	27	17	19	34	1.95
671772--671796	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
671751--671816	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
680612--681431	61	13.5	61	84	5	979	25	26	20	28	1.99
680612--681408	123	6.6	122	87	4	1055	25	26	19	28	1.99
684928--684955	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684993--685050	13	4.0	13	74	23	53	32	15	15	36	1.89
685007--685091	19	4.7	19	73	20	83	32	16	14	36	1.89
684930--685069	32	4.4	32	77	11	135	32	16	16	35	1.91
685928--686478	39	11.8	51	71	18	230	31	17	24	25	1.97
685975--686329	85	4.0	88	85	5	466	29	18	25	26	1.98
685975--686311	172	1.9	180	87	7	510	29	18	25	27	1.98
686337--686477	43	3.1	43	78	13	158	34	15	23	26	1.95
686293--686477	92	2.0	94	87	2	266	34	16	23	25	1.96
686480--686864	34	12.1	32	77	14	336	33	13	34	18	1.90
686580--686827	27	8.3	27	74	18	138	31	13	34	20	1.92
686545--686854	61	5.0	61	84	6	399	31	13	34	19	1.91
686827--687115	31	9.2	31	82	7	334	35	15	28	20	1.93
686827--687109	126	2.3	124	86	3	388	34	15	28	21	1.94
688399--688448	7	7.3	7	73	13	50	0	0	18	82	0.68
688403--688453	18	2.9	17	85	11	68	0	0	21	78	0.75
694847--694917	10	6.9	10	76	6	70	26	26	7	39	1.82
694863--694939	22	3.6	22	80	7	104	24	25	11	37	1.90
694851--694943	42	2.2	42	98	0	177	24	26	9	38	1.86
695447--695513	37	1.9	35	88	11	102	34	11	23	29	1.91
697850--697940	45	2.0	45	100	0	182	31	26	4	37	1.76
699685--699744	20	2.9	22	75	25	67	51	3	25	20	1.62
701861--701902	20	2.1	20	95	0	75	19	11	14	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701952--702036	29	2.9	29	86	10	118	35	5	29	29	1.81
703002--703065	24	2.7	24	82	0	74	23	20	10	45	1.82
703076--703100	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
703561--703652	37	2.7	33	76	16	82	27	13	25	34	1.92
704684--705104	34	12.4	34	83	9	468	21	32	11	34	1.89
704719--704770	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
704682--705087	68	6.0	69	86	6	523	20	32	11	35	1.89
705138--705688	49	11.6	49	83	7	672	25	25	18	30	1.98
705132--705679	92	5.8	92	88	6	783	25	25	18	30	1.98
705593--706154	67	9.9	55	71	17	373	24	24	14	37	1.93
705594--706158	171	3.3	171	96	0	1013	24	24	14	36	1.92
706959--707025	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
706979--707003	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
707065--707205	52	2.7	50	86	6	201	34	18	17	30	1.94
710318--710372	20	2.8	20	91	0	92	27	12	12	47	1.78
712728--712968	79	3.1	79	78	2	225	26	24	14	34	1.94
712732--713021	158	1.8	158	80	4	352	26	23	14	35	1.94
725117--725165	17	2.9	17	84	0	53	12	10	0	77	0.99
732218--732247	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
732292--732344	19	2.7	20	85	2	72	39	15	16	28	1.89
732314--732378	33	2.0	33	87	3	96	40	15	15	29	1.88
738529--738555	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738510--738574	32	2.0	32	87	3	94	26	18	16	38	1.92
738538--738595	19	3.0	19	80	9	73	32	17	15	34	1.91
738624--738690	33	2.0	33	91	5	109	37	13	16	32	1.88
738638--738670	13	2.5	13	95	0	57	36	15	15	33	1.88
747223--747274	19	2.7	19	87	3	68	25	19	17	38	1.93
747324--747390	33	2.0	33	91	5	109	37	13	16	32	1.88
747338--747370	13	2.5	13	95	0	57	36	15	15	33	1.88
749988--750244	81	3.2	81	88	2	358	29	12	31	27	1.92
750182--750293	53	2.1	53	88	4	165	32	9	28	29	1.89
750095--750372	133	2.1	133	82	6	332	33	9	27	29	1.89
758360--758396	15	2.5	15	90	0	56	83	16	0	0	0.64
759586--759644	31	1.9	30	83	10	75	23	27	15	33	1.95
759651--759742	27	3.2	27	71	16	76	21	31	13	33	1.92
759711--759941	34	6.9	35	77	12	229	19	30	11	39	1.86
759628--759804	96	1.8	95	87	4	266	20	29	12	37	1.90
759710--760017	69	4.7	69	75	15	262	20	31	11	37	1.87
759779--759900	62	2.0	62	86	1	174	21	31	11	35	1.89
759746--760058	96	3.3	96	82	5	375	21	30	12	35	1.91
759624--759934	130	2.4	130	87	6	461	19	29	11	38	1.88
760008--760132	29	4.3	30	80	10	136	31	31	17	20	1.95
760008--760132	57	2.2	59	80	13	152	31	31	17	20	1.95
760213--760445	39	5.5	39	71	18	180	26	26	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760155--760606	87	5.0	87	84	6	553	25	25	18	30	1.98
760416--760751	52	6.7	49	75	5	289	24	24	17	33	1.96
760416--760751	101	3.4	99	83	3	372	24	24	17	33	1.96
761306--761352	18	2.7	18	93	3	78	27	12	10	48	1.74
761592--761693	20	4.8	20	75	17	98	32	14	12	40	1.84
761615--761655	13	3.2	13	96	0	73	29	12	17	41	1.85
766531--766648	51	2.3	51	91	2	184	39	14	15	30	1.87
767038--767084	18	2.7	18	96	3	87	25	12	10	51	1.72
767325--767379	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
781946--781990	22	2.0	22	83	8	56	66	2	11	20	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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