genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2897593--2897633	21	2.0	21	86	13	59	43	14	17	24	1.86
2898475--2898603	52	2.5	52	100	0	258	29	19	17	34	1.94
2898609--2898636	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2898677--2898743	19	3.8	19	77	22	92	35	17	11	34	1.87
2898699--2898723	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2898680--2898742	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
2903732--2903786	9	5.9	9	83	12	67	85	10	1	1	0.75
2903728--2903797	22	3.3	21	76	17	74	84	11	1	2	0.80
2903729--2903797	13	5.2	12	81	13	75	85	10	1	2	0.76
2903739--2903799	9	6.1	10	83	9	63	83	9	1	4	0.86
2904932--2905440	28	17.5	28	82	9	551	29	30	16	22	1.96
2904948--2905426	114	4.1	114	86	4	597	29	30	16	23	1.96
2904932--2905440	85	5.8	85	84	6	612	29	30	16	22	1.96
2908472--2908705	79	3.0	79	93	0	405	30	14	27	27	1.95
2908657--2908732	27	2.8	27	88	6	100	21	21	32	25	1.97
2909947--2910219	35	7.8	35	97	0	510	19	30	6	43	1.76
2910228--2910256	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
2915976--2916096	52	2.3	52	95	0	215	28	18	19	34	1.95
2915976--2916116	52	2.7	52	87	4	196	29	17	19	33	1.95
2916105--2916129	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2916194--2916218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2916172--2916238	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2919932--2920089	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
2919861--2920254	170	2.3	171	95	2	700	36	14	24	24	1.93
2920169--2920634	49	9.6	49	84	6	596	31	18	25	24	1.97
2920102--2920634	98	5.4	98	90	5	739	32	17	25	24	1.97
2920634--2920699	33	2.0	34	96	3	125	16	18	37	27	1.92
2920706--2921191	34	14.9	34	77	16	446	32	13	33	20	1.91
2920706--2921190	62	7.4	68	86	7	511	32	13	33	20	1.91
2920954--2921132	28	6.0	28	72	15	119	29	13	34	22	1.93
2921107--2921224	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
2922434--2922527	1	94.0	1	67	0	53	0	0	15	84	0.63
2922434--2922523	14	6.7	13	79	13	94	0	0	16	83	0.65
2922434--2922525	18	5.6	16	76	18	82	0	0	16	83	0.64
2922434--2922521	26	3.4	24	84	12	104	0	0	17	82	0.66
2929404--2929524	52	2.3	52	95	0	215	28	18	19	34	1.95
2929404--2929544	52	2.7	52	87	4	196	29	17	19	33	1.95
2929533--2929557	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2929622--2929646	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2929600--2929666	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2934128--2934173	21	2.2	21	84	7	58	32	23	17	26	1.97
2936739--2937140	61	6.5	61	85	4	531	24	28	19	28	1.98
2936739--2937125	184	2.1	185	87	4	559	24	27	19	27	1.99
2937100--2937176	39	2.0	39	89	0	118	20	33	15	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2937037--2937227	98	1.9	101	87	4	280	23	30	19	26	1.98
2936981--2937285	160	1.9	162	94	1	542	23	29	20	26	1.99
2936916--2937360	223	2.0	222	86	3	617	23	28	18	28	1.98
2937139--2937693	55	9.4	61	81	6	487	25	27	19	26	1.99
2937139--2937691	185	3.1	182	85	7	662	25	27	19	26	1.99
2937139--2937693	122	4.7	121	80	8	533	25	27	19	26	1.99
2937420--2937693	111	2.4	109	85	8	365	27	26	20	25	1.99
2937717--2937982	61	4.4	62	82	10	322	25	27	19	27	1.99
2937744--2937974	122	1.9	123	89	4	360	25	27	19	26	1.99
2937952--2938125	42	4.1	42	81	7	217	19	24	13	42	1.87
2938975--2939038	33	2.0	32	87	3	92	32	12	15	39	1.85
2938997--2939022	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2939064--2939116	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2939104--2939131	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
2939112--2939149	20	2.0	19	90	10	60	42	18	10	28	1.83
2939118--2939168	20	2.5	20	87	6	68	35	15	13	35	1.87
2947755--2947781	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2947814--2947866	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2947854--2947882	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2947868--2947918	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
2948800--2948829	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2948849--2948952	20	5.6	19	74	19	94	28	18	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2948862--2948931	33	2.1	33	97	0	131	28	18	12	40	1.88
2948882--2948912	13	2.4	13	94	0	53	32	16	12	38	1.86
2950922--2950977	28	2.0	28	93	6	96	25	21	19	33	1.97
2950926--2950997	28	2.6	27	82	8	81	23	26	22	27	1.99
2951039--2951103	28	2.3	27	82	10	69	24	30	15	29	1.96
2950914--2951271	109	3.3	106	80	9	350	25	23	16	34	1.95
2950914--2951271	108	3.3	103	81	9	353	25	23	16	34	1.95
2951168--2951343	78	2.2	79	82	3	212	30	24	11	32	1.91
2954827--2954877	20	2.5	20	87	0	66	41	19	9	29	1.84
2954906--2954960	20	2.8	20	89	5	78	38	16	14	30	1.89
2954927--2954988	31	2.0	32	87	9	92	41	12	16	29	1.85
2955521--2955545	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2956789--2957015	111	2.1	110	97	0	427	24	15	31	28	1.96
2957556--2957595	13	3.1	13	92	0	71	42	15	15	27	1.86
2962061--2962100	9	4.4	9	83	0	53	30	30	0	40	1.57
2962068--2962102	18	1.9	18	94	0	61	28	25	0	45	1.54
2963691--2963744	20	2.7	20	88	5	74	37	20	12	29	1.90
2963773--2963827	20	2.8	20	91	2	85	36	18	12	32	1.88
2963813--2963839	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2965966--2966089	47	2.6	47	88	0	185	20	20	29	29	1.98
2966076--2966119	21	2.1	21	91	0	70	13	18	34	34	1.90
2967207--2967254	20	2.3	20	85	3	60	29	16	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2968153--2968303	66	2.3	66	90	0	239	48	16	19	15	1.81
2968183--2968289	34	3.2	34	62	15	78	46	19	18	14	1.84
2968285--2968488	65	3.1	64	71	10	144	43	16	20	19	1.88
2969806--2969847	18	2.3	18	84	11	59	64	7	11	16	1.48
2973954--2974021	33	2.1	32	89	8	102	30	14	19	35	1.92
2979206--2979343	52	2.7	50	77	11	134	33	15	25	25	1.95
2979357--2979471	51	2.3	51	84	1	151	27	13	28	30	1.94
2979267--2979679	129	3.2	130	90	1	605	30	14	27	28	1.95
2979482--2979601	51	2.4	51	84	0	159	25	14	30	30	1.95
2979537--2979917	79	4.8	79	86	1	467	32	14	24	27	1.95
2979652--2979707	28	1.9	28	85	7	76	28	23	28	19	1.98
2979537--2979917	157	2.4	159	86	1	516	32	14	24	27	1.95
2979857--2979965	51	2.1	51	84	3	139	32	11	26	30	1.91
2982404--2982479	32	2.4	32	95	0	134	32	18	14	34	1.91
2982417--2982500	19	4.6	19	76	19	90	29	16	14	39	1.88
2983098--2983197	42	2.4	42	85	8	125	43	11	28	18	1.83
2983290--2983993	55	12.3	55	79	9	689	25	19	28	27	1.99
2983290--2983993	110	6.2	116	83	5	805	25	19	28	27	1.99
2994694--2994743	20	2.5	20	100	0	100	40	16	18	26	1.90
2994785--2994809	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2994766--2994828	32	2.0	32	93	0	108	34	15	12	36	1.86
2994763--2994829	19	3.8	19	74	22	74	35	14	11	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2995580--2996113	49	10.8	49	85	4	635	32	17	25	24	1.97
2996116--2996197	33	2.5	33	84	3	114	15	17	35	31	1.91
2996211--2996413	35	5.9	33	87	4	255	36	12	33	17	1.88
2996211--2996413	69	3.0	67	84	7	266	36	12	33	17	1.88
2996877--2996916	18	2.3	18	86	4	55	75	2	5	17	1.10
3004923--3005027	20	4.7	20	75	22	102	42	12	17	27	1.85
3005825--3006593	28	27.1	28	79	8	756	24	17	28	28	1.97
3005825--3006593	57	13.5	57	81	9	815	24	17	28	28	1.97
3005833--3006593	85	8.9	84	80	7	774	24	17	28	29	1.97
3007811--3007842	11	2.9	11	95	0	55	9	15	6	68	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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