genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1256027--1256099	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1256045--1256120	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1256027--1256120	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1256642--1256708	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1259861--1259885	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1261773--1261845	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1261791--1261866	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1261773--1261866	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1261905--1261930	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1262388--1262454	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1267798--1267926	52	2.5	52	90	0	213	27	18	17	36	1.94
1267935--1267959	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1268004--1268055	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1268012--1268076	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
1268004--1268074	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
1268868--1268913	19	2.3	20	88	3	67	28	10	17	43	1.82
1268975--1269022	24	2.0	24	91	0	78	22	22	12	41	1.88
1269494--1269590	36	2.9	34	82	10	121	29	12	25	31	1.92
1278307--1278383	32	2.4	32	93	0	127	28	19	18	33	1.95
1278274--1278434	84	1.9	84	94	0	286	28	18	18	34	1.94
1278339--1278454	52	2.2	52	89	3	171	31	18	18	31	1.95
1278443--1278467	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1278590--1278628	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
1279400--1279453	20	2.7	20	88	8	74	31	16	11	40	1.84
1279512--1279544	15	2.2	15	100	0	66	39	12	6	42	1.67
1283223--1283296	21	3.6	20	72	13	60	44	0	21	33	1.53
1284635--1284659	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1284757--1284881	52	2.4	52	94	0	214	35	18	18	28	1.94
1292062--1292093	8	3.9	8	92	8	55	87	12	0	0	0.54
1292061--1292094	9	3.9	9	84	7	52	88	11	0	0	0.52
1292060--1292096	15	2.5	15	87	12	58	89	10	0	0	0.49
1292061--1292093	17	1.9	17	93	0	57	87	12	0	0	0.53
1293016--1293234	31	6.9	31	74	13	187	22	35	15	27	1.94
1293032--1293320	96	3.1	95	80	11	266	22	34	14	27	1.94
1293148--1293320	90	2.0	87	84	10	226	23	35	14	26	1.93
1293176--1293381	62	3.4	60	80	11	228	21	36	15	26	1.93
1293117--1293417	152	2.0	153	86	7	423	21	36	14	27	1.93
1293236--1293475	34	7.7	33	72	14	122	20	33	15	30	1.94
1293328--1293414	27	3.2	27	90	0	138	19	39	16	25	1.92
1293269--1293443	89	2.0	89	83	6	221	21	35	15	28	1.93
1293461--1293588	33	4.0	32	84	12	174	28	32	18	19	1.96
1293461--1293575	33	3.5	32	88	8	178	29	31	20	19	1.97
1293581--1294237	49	13.7	49	86	6	893	25	24	17	31	1.97
1295176--1295200	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1303051--1303179	52	2.5	52	93	0	213	28	18	17	35	1.93
1303051--1303199	52	2.9	52	89	2	192	30	18	17	34	1.94
1303188--1303212	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1303255--1303370	19	6.7	19	76	22	130	36	18	12	33	1.87
1303250--1303349	32	3.1	32	98	0	191	36	18	12	34	1.87
1303274--1303330	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1307272--1307296	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1307252--1307316	33	2.0	32	85	11	87	33	18	13	33	1.90
1307367--1307393	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1314003--1314063	11	5.5	11	76	18	63	77	0	19	3	0.91
1314021--1314063	21	2.0	20	86	8	59	79	0	18	2	0.85
1314002--1314062	10	5.6	10	73	17	50	75	0	21	3	0.94
1314003--1314064	12	5.4	12	72	14	51	77	0	19	3	0.90
1314965--1315412	159	2.8	156	78	11	511	33	12	12	40	1.81
1319292--1319336	24	1.9	24	86	4	65	24	20	15	40	1.91
1319342--1319506	80	2.1	80	84	1	215	29	24	10	35	1.89
1323349--1323395	17	2.8	17	80	0	58	55	4	4	36	1.39
1324644--1324701	19	3.0	20	85	7	84	34	15	17	32	1.91
1324685--1324709	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1326660--1326684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1326693--1326821	52	2.5	53	91	2	208	33	20	17	28	1.95
1340645--1340703	1	59.0	1	79	0	64	89	8	1	0	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1340640--1340714	8	9.5	8	85	5	91	85	13	1	0	0.67
1340640--1340726	25	3.5	24	80	15	97	82	16	1	0	0.72
1340645--1340717	11	6.6	11	85	7	87	86	12	1	0	0.64
1340642--1340729	38	2.2	40	84	9	119	82	15	1	0	0.72
1342179--1342334	34	4.5	35	82	9	194	19	32	12	35	1.89
1342177--1342334	69	2.3	69	86	3	228	20	32	12	34	1.89
1342325--1342478	32	4.8	32	85	4	204	29	35	19	15	1.93
1342324--1342489	63	2.6	65	85	9	236	28	35	18	16	1.93
1349480--1349846	155	2.4	154	85	4	506	39	19	16	25	1.91
1352337--1352361	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1352443--1352494	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
1358623--1358647	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1363517--1363542	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1363499--1363562	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1365762--1365806	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1369648--1369693	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1373117--1373141	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1374003--1374549	49	11.5	49	80	9	595	32	17	25	25	1.96
1374052--1374562	92	5.5	92	90	3	815	31	17	25	25	1.97
1374056--1374567	141	3.7	141	82	8	654	31	17	25	25	1.97
1374555--1374632	32	2.5	32	93	4	133	17	16	38	26	1.92
1374615--1375501	34	26.3	34	81	9	835	33	12	33	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1374772--1374840	33	2.2	29	75	18	75	40	11	28	18	1.86
1374635--1375501	104	8.6	102	80	9	881	34	12	33	20	1.90
1374945--1375005	28	2.2	27	85	2	77	31	13	32	22	1.92
1374876--1375500	100	6.3	96	78	11	520	33	12	32	20	1.90
1375111--1375179	33	2.2	29	77	18	84	37	10	31	20	1.86
1375215--1375630	34	13.0	32	76	10	180	33	13	30	22	1.93
1375209--1375372	64	2.6	61	78	11	170	31	15	31	20	1.94
1375231--1375338	32	3.5	31	86	5	137	29	16	31	22	1.96
1375473--1375631	30	5.2	30	74	8	133	35	13	27	24	1.92
1375471--1375631	63	2.6	63	86	5	215	36	13	26	24	1.92
1380462--1380658	105	1.9	105	96	0	367	22	25	27	23	2.00
1383632--1383812	52	3.5	52	93	1	301	29	16	17	37	1.92
1383821--1383845	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1383886--1383952	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1383908--1383932	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1385206--1385231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1385959--1386504	49	11.5	49	80	9	582	32	16	25	25	1.96
1386008--1386504	92	5.3	92	89	3	778	32	17	25	25	1.97
1386012--1386478	141	3.3	141	83	8	642	32	16	24	25	1.96
1387168--1387219	21	2.5	21	81	9	63	38	15	17	28	1.90
1387279--1387304	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1388278--1388313	18	1.9	19	88	5	56	47	0	13	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1388084--1388836	166	4.6	163	78	7	682	53	7	10	28	1.62
1388544--1388931	153	2.6	149	81	6	435	51	6	10	31	1.61
1388686--1388982	146	2.0	145	81	3	337	51	6	9	32	1.59
1388750--1389237	248	2.0	240	86	8	681	53	4	8	33	1.51
1388895--1389078	88	2.1	90	83	4	230	53	1	8	37	1.38
1388984--1389376	160	2.5	160	82	8	469	54	5	8	31	1.53
1390946--1390984	20	2.0	20	84	0	51	48	23	17	10	1.78
1394312--1394445	52	2.6	51	80	8	173	38	5	25	30	1.80
1403664--1403743	1	80.0	1	73	0	61	86	8	5	0	0.71
1403662--1403762	9	11.6	9	73	19	56	82	13	3	0	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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