genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093283--2093349	33	2.1	33	88	2	100	37	19	10	32	1.86
2097923--2097948	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
2098596--2098647	20	2.4	21	87	9	70	21	50	25	3	1.65
2100015--2100063	22	2.1	24	88	7	75	42	0	26	30	1.55
2100615--2100639	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2100720--2100786	33	2.1	32	85	2	89	34	17	11	35	1.87
2106841--2106928	14	6.6	14	71	7	58	32	13	19	34	1.91
2106938--2107432	28	17.5	28	82	6	453	28	28	17	26	1.97
2108115--2108241	50	2.5	50	93	1	218	28	17	9	44	1.79
2111435--2111463	10	3.0	10	95	5	51	51	0	0	48	1.00
2113246--2114354	552	2.0	554	98	0	2141	34	16	11	37	1.85
2118855--2118888	17	1.9	17	94	5	59	67	0	0	32	0.91
2122419--2122443	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
2125042--2125089	18	2.7	18	83	6	53	14	2	8	75	1.13
2125896--2125930	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2126728--2126769	21	2.0	22	86	9	61	23	0	11	64	1.27
2126866--2126912	22	2.3	22	85	10	64	63	0	0	36	0.94
2126861--2126908	19	2.5	19	80	10	53	62	0	0	37	0.95
2129888--2129950	19	3.7	18	74	24	64	33	11	17	38	1.85
2129907--2129931	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2129888--2129958	32	2.2	32	92	0	115	33	11	16	38	1.85
2130003--2130029	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129982--2130049	34	2.0	33	88	2	100	32	16	11	39	1.84
2133451--2133506	12	4.9	12	72	18	57	33	19	14	32	1.92
2138326--2138352	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2138391--2138464	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
2138927--2138959	17	2.0	16	94	5	57	84	15	0	0	0.61
2140857--2141023	51	3.3	51	81	0	199	30	27	11	30	1.91
2140908--2141154	131	1.9	131	82	1	307	29	26	12	31	1.92
2140766--2141235	182	2.6	181	90	2	721	27	25	13	32	1.94
2141038--2141157	51	2.4	51	85	2	170	30	26	12	30	1.93
2146533--2146557	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2146517--2146578	33	1.9	32	87	9	90	40	16	16	27	1.89
2150081--2150134	21	2.6	21	96	0	99	51	12	20	14	1.75
2151040--2151092	20	2.7	20	100	0	106	35	9	24	30	1.87
2151062--2151156	50	1.9	50	91	0	154	42	12	17	27	1.86
2150994--2151146	70	2.2	69	88	3	227	41	12	18	28	1.86
2152099--2152231	49	2.7	49	94	0	221	32	18	30	18	1.95
2152099--2152265	49	3.5	48	88	3	196	32	19	28	19	1.96
2152289--2152428	64	2.2	62	82	8	174	26	15	27	30	1.96
2152289--2152418	32	4.0	31	71	10	84	26	16	26	30	1.96
2152399--2152709	28	11.1	28	87	1	408	26	15	27	30	1.96
2152407--2152712	169	1.8	169	91	1	506	26	15	27	31	1.96
2153986--2154015	15	2.1	15	93	6	53	0	0	10	90	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167215--2167389	90	1.9	91	89	1	271	42	11	15	30	1.82
2167273--2167394	20	5.6	20	73	18	100	41	13	16	28	1.85
2170940--2170979	8	5.0	8	90	0	53	40	0	10	50	1.36
2170933--2170979	12	3.9	12	85	0	67	40	0	10	48	1.38
2171774--2171844	25	2.9	25	76	15	69	76	1	21	1	0.95
2171801--2171843	21	2.0	23	86	9	63	74	0	25	0	0.82
2171887--2171936	24	2.3	20	80	13	55	44	0	0	56	0.99
2171940--2171978	19	2.0	20	85	14	55	28	5	0	66	1.12
2173516--2173583	33	2.1	33	91	2	111	35	11	14	38	1.83
2174230--2174348	21	5.6	22	67	13	79	34	28	1	35	1.68
2174250--2174358	42	2.6	42	95	2	184	34	25	1	37	1.67
2175715--2175757	20	2.0	22	82	8	54	6	30	44	18	1.76
2176027--2176067	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
2176200--2176237	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2182378--2182445	33	2.1	32	94	2	118	32	13	17	36	1.89
2182400--2182425	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2182478--2182530	20	2.7	20	90	0	79	30	15	13	41	1.85
2183018--2183062	23	1.9	23	82	13	56	46	0	0	53	1.00
2192170--2192197	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2192152--2192217	33	2.0	33	85	5	89	42	13	13	30	1.83
2193091--2193618	49	10.9	49	76	9	404	33	17	26	23	1.96
2193091--2193615	101	5.4	100	74	12	412	32	17	26	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193063--2193671	49	12.7	49	73	11	218	33	17	25	22	1.96
2193060--2193618	200	2.9	196	84	6	685	33	17	25	23	1.96
2193345--2193602	136	1.9	137	87	0	383	31	18	26	24	1.98
2193680--2194031	28	12.5	28	81	10	400	19	17	30	32	1.95
2193708--2194027	56	5.7	56	91	2	509	18	18	30	32	1.95
2193680--2194027	84	4.1	82	86	8	452	18	18	30	32	1.95
2194448--2194514	33	2.0	33	85	0	89	34	11	13	40	1.81
2194588--2194712	52	2.4	52	95	0	232	36	19	16	27	1.93
2202903--2203105	34	5.9	35	84	8	258	20	33	11	33	1.89
2202930--2203118	34	5.3	36	86	7	271	20	34	10	34	1.87
2202898--2203116	69	3.1	70	88	5	338	20	34	11	34	1.88
2203106--2203670	32	17.5	33	88	8	785	27	35	17	19	1.94
2203106--2203670	97	5.8	97	92	4	853	27	35	17	19	1.94
2203105--2203670	130	4.4	131	89	5	820	27	35	17	19	1.94
2203712--2203983	43	6.0	43	77	12	274	25	25	18	30	1.98
2203658--2204029	95	4.0	94	93	2	599	25	25	18	31	1.97
2203844--2204092	52	4.9	52	75	12	239	25	23	16	35	1.95
2203939--2204266	52	5.9	55	75	11	247	24	23	14	37	1.92
2203936--2204332	174	2.3	174	96	0	740	24	24	13	37	1.92
2205008--2205074	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2205028--2205052	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2205091--2205178	20	4.8	20	68	22	66	37	14	10	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211796--2211917	37	3.3	37	100	0	244	43	14	15	26	1.85
2212941--2212992	17	3.2	16	89	5	70	1	0	13	84	0.70
2212950--2212990	13	3.2	13	93	3	66	2	0	12	85	0.70
2212941--2212992	12	4.3	12	80	7	61	1	0	13	84	0.70
2217593--2217630	20	2.0	19	85	10	51	31	13	13	42	1.82
2217618--2217643	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2229635--2229667	5	6.6	5	86	13	50	21	0	0	78	0.75
2229974--2230014	17	2.4	18	80	19	52	36	2	2	58	1.24
2232486--2232547	11	5.2	12	71	24	51	30	0	0	69	0.89
2232506--2232541	7	5.6	7	81	18	51	27	0	0	72	0.85
2232505--2232546	12	3.6	12	87	3	59	26	0	0	73	0.83
2235021--2235057	18	2.1	18	94	0	65	27	10	18	43	1.83
2238593--2238644	20	2.6	20	81	0	59	34	15	13	36	1.87
2238672--2238727	21	2.7	21	83	5	69	30	19	14	35	1.91
2239301--2239511	31	6.6	31	75	6	179	15	25	29	28	1.96
2239284--2239518	63	3.7	62	78	7	200	16	25	30	28	1.96
2239384--2239511	67	1.9	68	85	1	177	17	25	28	28	1.97
2239710--2239821	44	2.6	44	81	7	131	41	11	26	20	1.87
2239688--2239821	42	3.1	41	80	6	133	43	10	27	18	1.83
2239809--2239901	40	2.3	41	92	5	156	43	19	23	13	1.87
2239681--2240360	268	2.5	270	84	4	844	40	15	24	20	1.90
2240069--2240170	40	2.5	40	87	0	141	38	20	26	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240259--2240393	43	3.2	42	82	6	150	43	11	25	19	1.85
2240288--2240394	40	2.6	43	86	4	148	39	14	25	20	1.91
2242835--2242908	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2242853--2242928	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
2242835--2242928	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
2242967--2242992	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2245209--2245253	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2249166--2249204	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
2251655--2251728	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2251673--2251748	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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