genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626326--2626398	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2626305--2626398	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2626305--2626380	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2628353--2628463	55	2.0	55	94	0	195	45	12	23	18	1.83
2629185--2629295	50	2.2	51	88	1	161	41	16	16	26	1.88
2633377--2633483	41	2.6	42	86	4	132	41	14	25	19	1.89
2633394--2633567	41	4.3	40	80	2	188	43	14	22	19	1.87
2633422--2633567	40	3.7	40	78	4	143	43	13	23	19	1.87
2634127--2634523	67	6.0	67	84	4	450	40	12	22	23	1.89
2634862--2634945	38	2.2	38	97	0	159	23	15	17	42	1.88
2638412--2638674	40	6.5	40	72	6	145	44	13	21	20	1.85
2638670--2638758	41	2.2	41	83	4	108	39	8	25	25	1.85
2642617--2642690	20	3.8	19	83	3	103	32	16	12	39	1.85
2644826--2644920	47	2.0	47	100	0	190	30	25	10	33	1.89
2646510--2646549	18	2.3	17	87	8	62	85	7	5	2	0.83
2647855--2648615	28	26.6	29	80	8	724	27	29	17	25	1.98
2648530--2648633	32	3.3	32	82	8	115	25	31	19	23	1.98
2649623--2649951	79	4.2	78	81	8	301	31	14	26	27	1.95
2649824--2650054	107	2.2	107	87	4	333	29	16	28	25	1.97
2649953--2650106	79	1.9	79	81	5	186	33	15	24	27	1.95
2649768--2650106	186	1.8	184	83	4	448	31	15	25	27	1.95
2650042--2650157	51	2.3	51	87	3	171	33	12	22	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650097--2650319	79	2.8	78	82	3	261	32	13	26	27	1.94
2653187--2653345	42	3.7	44	75	9	148	40	13	24	22	1.89
2653369--2653649	61	4.7	61	79	8	262	29	19	24	25	1.98
2653562--2653648	27	3.2	28	62	22	67	27	18	25	28	1.98
2653543--2653670	55	2.3	55	93	0	220	22	21	25	30	1.99
2653597--2654142	94	5.6	93	78	10	453	25	18	29	26	1.98
2653771--2653953	61	3.1	60	86	8	243	26	17	28	26	1.98
2653786--2653974	55	3.3	55	87	5	236	23	17	29	29	1.97
2653473--2654543	304	3.5	304	85	5	1338	25	19	28	26	1.98
2654076--2654258	61	3.1	61	81	11	177	28	19	27	24	1.98
2654001--2654491	210	2.3	209	89	2	725	24	19	29	26	1.99
2654171--2654277	55	1.9	55	94	0	187	26	21	25	27	1.99
2654092--2654578	265	1.8	268	87	6	727	24	19	29	26	1.98
2654297--2654543	55	4.4	55	85	8	302	21	20	29	29	1.98
2654523--2654598	39	1.9	39	89	5	118	28	13	32	25	1.93
2666888--2667213	79	4.1	79	75	10	247	31	14	27	26	1.95
2667121--2667318	105	1.9	104	86	5	283	31	15	27	25	1.95
2669154--2669236	20	4.5	19	71	22	70	42	14	15	27	1.86
2669169--2669199	13	2.4	13	94	0	53	41	16	12	29	1.85
2669136--2669219	33	2.5	33	90	0	132	41	14	15	28	1.86
2669252--2669281	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
2669088--2669299	115	1.8	115	90	0	343	40	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2670255--2670349	42	2.2	43	85	5	122	45	10	24	20	1.82
2670404--2670719	60	5.4	60	80	5	296	29	20	24	25	1.99
2670396--2670625	61	3.8	60	80	8	196	32	20	23	22	1.98
2670403--2670720	55	5.5	55	77	7	235	29	20	23	25	1.99
2670727--2670929	55	3.5	60	84	10	248	26	20	27	26	1.99
2670583--2670869	155	1.9	149	87	4	421	26	20	27	25	1.99
2670744--2671232	265	1.8	268	88	4	763	25	19	29	26	1.99
2670943--2671194	55	4.4	56	82	9	255	23	20	28	27	1.99
2670575--2671137	210	2.7	211	91	1	884	27	19	27	25	1.99
2670943--2671194	110	2.2	112	83	10	300	23	20	28	27	1.99
2671657--2671681	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2671742--2671804	19	3.7	18	76	24	73	38	17	12	31	1.87
2671761--2671818	13	4.0	13	76	23	62	34	17	13	34	1.89
2671741--2671840	32	3.1	32	94	1	164	36	18	13	33	1.89
2677783--2677813	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
2683824--2683870	24	2.0	24	95	0	85	38	12	17	31	1.87
2683860--2683910	20	2.5	20	87	0	66	41	17	9	31	1.82
2684703--2684752	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2684710--2684752	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2688564--2688591	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
2690270--2690327	19	3.0	20	82	7	75	34	15	15	34	1.89
2690643--2690727	32	2.7	31	83	5	100	25	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2690664--2691980	28	46.4	29	84	5	1596	24	17	29	28	1.97
2693228--2693337	1	110.0	1	71	0	58	3	2	10	83	0.86
2693228--2693317	8	10.9	8	77	12	76	2	2	12	83	0.83
2693228--2693337	12	9.4	12	78	8	86	3	2	10	83	0.86
2693228--2693338	48	2.4	47	83	8	129	3	2	10	82	0.89
2705563--2705591	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
2706489--2707508	35	29.2	35	75	6	631	42	10	22	23	1.85
2707755--2708164	90	4.6	90	84	3	481	27	16	26	29	1.97
2707755--2708164	181	2.3	178	83	5	511	27	16	26	29	1.97
2711343--2711369	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2711324--2711388	32	2.0	33	87	3	96	26	18	16	38	1.92
2711354--2711410	19	2.9	19	89	5	78	29	17	17	35	1.93
2716117--2716172	21	2.7	21	80	2	69	33	17	12	35	1.88
2716977--2717019	22	2.0	20	86	8	59	58	13	9	18	1.62
2718157--2718197	20	2.0	20	85	4	55	9	26	41	21	1.84
2720726--2720756	15	2.1	15	93	0	53	16	25	16	41	1.88
2722307--2722332	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2727072--2727097	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2729553--2729577	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2729532--2729596	32	2.0	32	90	3	103	29	16	16	36	1.92
2729566--2729619	21	2.7	20	88	5	74	29	16	18	35	1.93
2729648--2729674	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736259--2736313	20	2.8	20	83	8	69	34	16	14	34	1.89
2736346--2736411	34	2.0	34	85	8	91	37	12	16	33	1.86
2736412--2736615	95	2.1	95	98	0	390	41	17	13	27	1.87
2742625--2742666	13	3.2	13	89	0	66	28	14	16	40	1.88
2744512--2744588	22	3.7	21	75	16	65	36	3	31	28	1.75
2745135--2745161	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2745146--2745202	19	2.9	19	82	10	71	33	19	15	31	1.93
2745230--2745299	34	2.1	34	86	7	99	34	11	20	34	1.88
2865754--2866380	79	8.2	78	75	8	445	33	12	24	28	1.92
2867986--2868096	55	2.0	55	91	0	177	46	13	22	17	1.82
2870675--2871983	28	45.9	29	86	8	1616	27	32	18	21	1.96
2872524--2872596	20	3.7	20	77	0	74	35	12	12	39	1.80
2880207--2880327	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2880207--2880347	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2880336--2880360	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2880400--2880469	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2880425--2880449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2881030--2881407	169	2.2	169	81	8	404	37	15	25	22	1.93
2881317--2881978	49	13.7	49	86	4	929	30	18	26	25	1.98
2881978--2882315	33	10.2	34	90	6	502	18	17	35	28	1.94
2881983--2882315	133	2.5	133	95	1	600	18	18	35	28	1.94
2881978--2882315	100	3.4	101	89	8	534	18	17	35	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2882317--2882796	34	14.4	34	81	9	476	33	12	33	20	1.90
2882385--2882748	195	1.9	197	85	7	508	32	12	35	20	1.89
2882787--2882843	30	1.9	30	100	0	114	33	19	22	24	1.97
2884133--2884164	7	4.9	7	88	11	50	0	0	9	90	0.45
2884133--2884162	13	2.3	13	100	0	60	0	0	6	93	0.35
2891016--2891136	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2891016--2891156	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2891145--2891169	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2891211--2891280	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2891236--2891260	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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