genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181563--181645	42	1.9	43	90	7	132	34	3	30	31	1.75
182166--182238	20	3.7	20	88	3	103	24	16	17	41	1.90
182289--182341	20	2.7	20	90	0	79	35	13	20	30	1.91
187985--188059	20	3.8	20	78	3	89	30	13	13	42	1.82
188007--188062	19	2.9	19	76	5	58	33	14	14	37	1.86
187987--188062	39	1.9	39	97	0	143	31	13	14	40	1.84
187987--188072	39	2.4	35	84	11	104	32	13	13	39	1.85
196770--196795	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
196750--196813	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
201300--201330	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
205360--205411	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
205360--205417	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
207995--208084	42	2.2	42	85	2	119	31	0	25	43	1.55
208799--208848	19	2.5	20	84	9	68	28	12	16	44	1.83
211169--211235	28	2.4	28	87	0	89	25	19	31	23	1.98
211223--211393	52	3.3	50	78	10	173	31	12	26	29	1.93
211225--211560	104	3.2	102	71	12	277	31	12	25	29	1.93
211376--211451	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
211169--211562	212	1.9	212	89	3	623	30	13	26	28	1.94
211439--211557	51	2.3	53	84	7	145	34	11	21	31	1.90
213875--213900	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
213854--213920	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214055--214081	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
214045--214082	7	4.9	8	90	9	53	13	0	0	86	0.56
219952--220043	20	4.6	20	82	5	114	40	9	14	35	1.79
221395--221446	12	4.5	11	81	11	52	86	7	1	3	0.76
221408--221446	16	2.5	15	88	8	60	89	7	0	2	0.56
222428--223187	72	10.8	71	77	8	558	26	22	14	37	1.92
222428--223296	68	12.4	72	75	9	473	26	23	13	36	1.92
222488--223137	283	2.3	282	78	7	667	25	22	14	37	1.92
222871--223057	35	5.3	35	64	23	95	26	23	13	36	1.92
223819--223954	52	2.6	52	89	1	202	33	13	11	41	1.80
226988--227047	20	3.0	20	95	2	102	38	15	25	21	1.92
228104--228154	20	2.5	21	87	9	70	29	17	11	41	1.85
229699--229723	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
229698--229734	15	2.5	15	90	0	56	89	0	10	0	0.49
230401--230432	17	1.9	16	93	6	55	81	3	15	0	0.82
234304--234344	20	2.0	21	85	4	57	48	14	7	29	1.71
234710--234945	101	2.3	101	82	5	262	31	16	27	23	1.96
234768--234945	49	3.6	49	81	4	194	31	18	26	23	1.97
235592--235771	49	3.6	49	80	4	189	33	19	23	22	1.97
235538--235769	101	2.3	101	82	2	268	33	18	25	22	1.97
235500--235769	52	5.4	49	74	6	168	32	18	24	23	1.97
234661--239042	829	5.3	828	92	0	6954	30	17	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236367--236602	52	4.7	49	78	5	193	32	17	26	23	1.97
236367--236602	101	2.3	101	81	2	258	32	17	26	23	1.97
236373--236602	49	4.6	49	79	4	199	31	18	26	24	1.97
237158--237428	49	5.4	49	71	6	204	30	17	26	25	1.97
238027--238262	101	2.3	100	79	3	222	33	17	25	23	1.96
238085--238262	49	3.6	49	82	4	194	31	18	24	25	1.98
238813--239720	49	19.7	48	70	15	476	30	17	25	26	1.98
238851--239042	101	1.9	101	83	2	251	31	18	26	23	1.97
239006--239163	39	3.8	39	72	15	138	27	20	25	25	1.99
238953--239212	86	2.9	85	86	5	331	28	19	26	25	1.99
239043--239659	137	4.6	137	74	12	476	28	17	25	27	1.98
239227--239392	39	4.0	39	67	14	98	28	20	22	27	1.99
239043--239339	136	2.2	136	90	1	472	29	19	24	25	1.98
239178--239714	88	6.0	88	82	5	576	29	17	25	27	1.97
238904--239436	224	2.4	226	86	1	714	29	18	25	26	1.98
239737--239861	29	4.3	30	79	9	125	19	16	31	32	1.94
239737--239867	57	2.3	57	82	6	149	21	16	31	31	1.95
239882--240043	27	5.7	27	79	13	173	30	11	33	24	1.91
239875--240043	55	3.0	54	84	7	196	29	12	33	24	1.92
239978--240104	34	3.8	33	82	7	148	31	13	34	20	1.91
239984--240425	31	14.0	31	81	8	423	33	14	30	21	1.93
241702--241742	17	2.4	17	92	8	66	0	0	9	90	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241702--241777	9	8.6	9	74	18	61	0	6	7	85	0.74
241702--241769	1	68.0	1	73	0	55	0	7	5	86	0.70
248841--248915	32	2.3	32	90	0	114	34	16	13	36	1.87
249610--249915	52	6.1	49	74	7	202	32	17	27	23	1.96
249680--249915	101	2.3	101	83	2	285	32	17	26	22	1.97
250281--250504	84	2.7	83	80	6	236	20	24	12	43	1.85
251694--252037	164	2.1	166	82	4	412	31	11	9	47	1.71
251674--252037	165	2.2	163	79	5	410	31	11	9	48	1.71
251698--252100	165	2.4	164	77	6	402	33	11	8	46	1.70
252426--252473	18	2.6	18	86	3	69	64	4	18	12	1.43
252441--252480	18	2.2	18	86	0	53	67	2	22	7	1.28
252710--252758	20	2.5	20	80	12	64	44	10	14	30	1.78
253322--253817	157	3.2	152	81	6	547	33	9	7	50	1.62
254816--254841	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
254794--254861	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
254976--255016	20	2.0	20	90	0	64	26	12	21	39	1.89
255521--255563	20	2.0	22	91	8	72	37	27	0	34	1.57
256939--256990	20	2.4	21	81	12	61	5	26	48	19	1.71
257252--257290	20	1.9	19	85	10	51	43	2	20	33	1.65
257424--257461	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
263618--263643	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
263600--263663	33	2.0	33	90	3	103	31	12	20	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263744--263769	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
263726--263788	33	1.9	33	86	0	90	30	14	20	34	1.92
263758--263798	20	2.0	20	90	0	64	26	12	21	39	1.89
266303--266402	42	2.4	42	98	0	191	35	11	18	36	1.86
275856--276530	156	4.3	155	76	7	580	27	15	17	39	1.90
275934--276534	310	1.9	311	81	4	719	27	15	16	39	1.89
281137--281257	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
281137--281277	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
281266--281290	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281355--281379	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
281333--281399	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
282144--284083	49	39.8	49	85	4	2496	31	17	26	24	1.97
284124--284709	34	17.7	33	82	6	625	33	12	33	20	1.90
284124--284709	66	8.8	66	86	5	658	33	12	33	20	1.90
284293--284686	33	12.1	28	71	20	104	33	11	32	21	1.90
285685--285717	13	2.5	13	90	9	50	0	3	6	90	0.52
292993--293113	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
292993--293133	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
293122--293146	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
293211--293235	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
293189--293255	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
299337--299445	29	3.8	28	78	7	103	58	8	10	22	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302711--302742	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
309018--309044	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
311000--311024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
310980--311043	32	2.0	33	93	3	112	34	12	17	35	1.87
311086--311110	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
311119--311247	52	2.5	52	92	0	213	37	17	17	28	1.92
314547--314604	30	2.0	28	93	6	98	39	8	24	27	1.84
315157--315229	20	3.7	19	87	3	83	30	16	16	36	1.91
315176--315229	19	2.8	19	91	2	81	29	16	16	37	1.91
321956--321981	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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