genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783284--783419	65	2.1	65	90	2	211	37	2	19	41	1.64
783394--783441	22	2.1	23	96	3	89	35	0	8	56	1.30
790267--790341	20	3.8	19	76	13	80	40	13	13	33	1.83
790264--790341	40	2.0	39	87	7	113	39	14	12	33	1.84
790914--791473	29	19.5	29	90	4	834	23	17	30	28	1.97
790914--791476	86	6.5	85	90	4	828	23	17	31	28	1.97
790914--791474	57	9.8	57	90	4	835	23	17	30	28	1.97
792705--792744	17	2.3	18	84	16	57	2	2	12	82	0.87
793519--793551	15	2.2	15	100	0	66	39	12	24	24	1.89
806754--806828	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
806751--806828	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
807027--807439	79	5.1	80	76	6	307	34	11	25	28	1.91
807173--807384	80	2.6	82	81	3	250	35	13	26	24	1.93
813393--813443	20	2.5	21	90	3	77	39	11	17	31	1.86
813502--813640	51	2.7	51	82	5	172	32	14	10	42	1.80
820546--820570	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
820982--821253	80	3.4	79	77	8	291	34	12	25	27	1.92
820997--821309	159	2.0	160	82	5	393	34	11	25	28	1.91
821296--821497	81	2.5	78	83	7	260	29	12	27	30	1.93
823182--823207	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
823341--823379	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
823927--823958	16	2.0	16	93	0	55	40	18	6	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825332--825372	20	2.0	21	85	9	57	7	31	43	17	1.76
825642--825683	22	2.0	21	86	13	61	40	0	21	38	1.53
825815--825852	13	2.9	13	92	0	58	31	18	15	34	1.92
827244--827310	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
827789--827814	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
827884--827938	21	2.5	22	91	5	94	36	12	25	25	1.91
828033--828103	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
828143--828183	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
833494--833543	20	2.5	20	83	6	66	28	14	18	40	1.89
833567--833605	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
834426--834491	10	5.7	12	72	22	52	45	0	0	54	0.99
834427--834473	24	2.0	24	83	8	60	46	0	0	53	1.00
834426--834530	9	11.6	9	71	19	67	40	0	0	60	0.97
834482--834521	5	8.4	5	84	15	50	32	0	0	67	0.91
834434--834530	28	3.5	28	80	12	87	39	0	0	60	0.97
834459--834550	29	3.2	28	80	10	80	38	3	0	58	1.14
835622--835670	12	4.1	12	82	10	55	42	2	0	55	1.11
839724--839762	19	2.1	19	90	9	62	71	0	0	28	0.86
839784--839833	26	1.9	26	83	0	64	30	2	0	68	1.01
839983--840140	85	1.9	85	83	2	210	43	5	7	43	1.56
840761--840837	19	4.3	19	73	15	56	48	3	1	46	1.28
840762--840838	17	4.4	17	76	3	55	48	3	1	46	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840790--840840	19	2.7	19	84	6	68	49	3	0	47	1.20
840853--840909	24	2.3	24	75	3	60	59	3	0	36	1.14
840940--840981	19	2.2	19	87	8	59	42	2	0	54	1.13
840977--841004	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
840977--841006	13	2.2	13	94	5	51	70	0	0	30	0.88
841001--841047	20	2.2	20	85	11	58	61	0	4	34	1.15
841798--841842	20	2.3	19	85	14	56	46	2	0	51	1.13
841853--841915	28	2.6	23	75	22	65	55	0	0	44	0.99
841871--841915	22	2.0	22	83	8	56	53	0	0	46	1.00
841887--841989	26	4.0	25	69	18	77	44	1	0	53	1.11
841951--842000	26	1.9	26	84	8	66	46	2	0	52	1.12
842820--842853	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
843112--843154	18	2.3	19	76	8	52	62	2	30	4	1.28
843150--843245	26	3.7	26	72	5	86	66	1	28	4	1.16
843148--843246	52	1.9	52	93	0	171	64	1	28	6	1.23
843253--843434	6	32.5	6	68	19	74	36	0	0	62	0.99
843250--843434	11	17.1	11	71	18	77	37	0	0	62	1.00
843250--843433	16	10.6	18	69	15	70	36	0	0	62	1.00
843287--843374	20	4.8	20	70	25	70	45	0	0	54	0.99
843302--843384	32	2.6	31	83	11	96	43	0	0	56	0.99
843359--843449	25	3.5	26	77	15	89	34	0	0	65	0.93
843342--843435	36	2.6	36	79	14	104	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843391--843433	13	3.4	13	75	18	54	27	0	0	72	0.85
843606--843693	32	2.7	32	73	15	81	39	1	3	55	1.24
844623--844656	15	2.3	15	100	0	68	47	0	11	41	1.40
852330--852355	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
852353--852458	55	2.0	54	92	3	178	45	10	21	22	1.82
853847--854163	170	1.9	168	83	2	411	22	27	14	35	1.93
853807--854254	43	10.5	42	71	8	165	20	27	16	35	1.94
853807--854251	85	5.2	86	70	8	264	20	27	15	35	1.94
853888--854490	43	14.3	42	70	8	158	21	27	16	34	1.95
854251--854402	82	1.9	81	83	1	196	23	22	18	36	1.95
853888--854490	42	14.3	43	69	8	195	21	27	16	34	1.95
855816--856359	166	3.3	166	83	6	645	25	11	10	52	1.69
855833--856304	168	2.8	168	86	3	634	27	10	9	52	1.66
855844--856372	168	3.2	164	83	6	602	27	10	10	52	1.68
856952--856976	11	2.3	11	100	0	50	76	0	24	0	0.80
857790--858253	127	3.5	127	86	6	574	33	10	12	42	1.78
859081--859135	21	2.8	18	77	20	56	36	10	25	27	1.89
859094--859138	21	2.1	22	95	4	83	35	11	24	28	1.90
859126--859156	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
863371--863409	20	2.0	20	94	0	69	23	5	7	64	1.40
865882--865908	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
865863--865927	32	2.0	33	84	3	87	26	16	16	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865894--865945	19	2.7	18	74	11	50	28	15	17	38	1.90
873969--874037	34	2.0	35	88	2	104	44	1	24	28	1.62
878153--878178	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
878133--878196	33	2.0	32	87	9	94	28	14	20	37	1.91
878301--878339	20	2.0	19	90	5	60	30	7	23	38	1.83
880720--880744	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
885049--885082	16	2.1	16	100	0	68	20	44	17	17	1.87
886916--886941	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
887075--887113	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
891216--891249	15	2.2	16	89	5	52	44	14	2	38	1.61
892459--892666	84	2.5	83	83	3	233	42	15	24	17	1.88
892404--892703	84	3.6	83	74	11	208	44	15	22	17	1.86
892889--893210	85	3.8	85	77	6	260	35	13	30	21	1.91
893305--894096	47	16.8	47	77	8	578	37	15	22	24	1.93
893305--894096	94	8.4	93	76	8	638	37	15	22	24	1.93
893305--894096	142	5.6	138	78	10	710	37	15	22	24	1.93
893297--894096	189	4.2	189	81	6	867	37	14	23	24	1.93
894086--894200	35	3.4	33	89	5	108	40	9	22	27	1.85
894109--894226	35	3.4	35	90	2	157	38	10	22	27	1.87
894224--894297	30	2.5	29	78	8	87	41	2	21	33	1.67
895910--896014	53	2.0	53	83	1	131	21	20	7	50	1.73
901913--901946	18	1.9	18	88	5	52	70	14	14	0	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902707--903257	165	3.3	162	78	7	520	48	9	11	29	1.71
903814--903851	20	1.9	19	89	5	58	57	13	0	28	1.36
904368--904422	20	2.8	20	88	0	83	40	7	16	36	1.76
904385--904503	52	2.3	51	85	1	157	42	11	15	30	1.83
905249--905399	52	2.9	52	82	2	178	33	14	24	27	1.94
905468--905545	38	2.1	37	90	4	122	43	19	21	15	1.87
905581--905668	42	2.1	42	85	4	115	40	13	27	18	1.88
905633--906356	37	19.0	37	70	17	242	35	15	26	22	1.94
905482--906356	116	7.7	112	73	14	408	36	15	26	21	1.93
905774--905990	43	5.4	43	75	15	116	40	16	24	18	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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