genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251655--2251748	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
2251787--2251812	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2270740--2270813	20	3.7	20	78	7	69	40	12	16	31	1.85
2270783--2270924	48	2.9	49	79	8	171	42	9	18	29	1.82
2271861--2272303	28	15.6	28	79	5	318	24	16	30	28	1.97
2271861--2272303	56	7.8	56	79	5	408	24	16	30	28	1.97
2271833--2272303	84	5.5	84	78	8	389	24	16	30	28	1.97
2272310--2272382	26	2.8	26	70	27	73	34	16	15	34	1.90
2285590--2285973	41	9.0	41	76	11	286	41	11	25	21	1.86
2285597--2285974	88	4.4	84	78	10	331	41	11	25	21	1.86
2285578--2285881	129	2.4	129	91	2	490	41	11	25	21	1.86
2285604--2286000	170	2.3	172	80	10	408	41	11	25	21	1.86
2285967--2286632	245	2.7	247	87	3	927	29	19	26	25	1.98
2285967--2286637	61	11.0	61	87	2	859	29	19	26	25	1.98
2288311--2288371	19	3.5	19	72	25	71	37	13	16	32	1.87
2288330--2288355	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2288310--2288408	32	3.1	32	91	7	157	36	13	16	34	1.87
2289065--2289124	24	2.5	24	83	5	68	61	5	5	28	1.38
2291046--2291168	1	123.0	1	77	0	93	0	8	5	86	0.71
2291048--2291162	32	3.7	32	97	2	216	0	7	6	86	0.72
2297393--2297452	24	2.5	24	83	5	68	61	5	5	28	1.38
2304402--2304437	13	2.8	13	86	0	54	33	13	16	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306269--2306404	43	3.3	43	70	14	151	41	5	28	25	1.76
2306239--2306408	79	2.2	79	97	1	324	40	4	27	27	1.76
2306236--2306360	36	3.3	36	68	14	115	41	4	27	27	1.73
2307060--2307111	20	2.7	20	88	8	72	40	17	13	28	1.87
2323796--2323882	43	2.0	43	90	0	138	29	28	20	20	1.98
2330582--2330610	9	3.3	9	90	9	51	89	0	10	0	0.48
2331548--2332498	31	30.9	31	81	5	1072	23	28	15	32	1.95
2331549--2332498	92	10.3	92	85	3	1112	23	28	15	32	1.95
2331548--2332498	215	4.4	216	84	2	1184	23	28	15	32	1.95
2338262--2338306	21	2.2	20	84	4	54	22	11	4	62	1.46
2338883--2338913	3	10.3	3	100	0	62	32	35	0	32	1.58
2340502--2340571	33	2.1	33	89	7	106	32	22	12	31	1.92
2340973--2341091	32	4.0	27	71	21	85	20	29	14	36	1.92
2340994--2341146	33	4.6	34	81	5	179	18	32	12	36	1.88
2341154--2341899	49	16.0	48	73	12	340	25	23	17	32	1.97
2341154--2341901	92	8.1	92	81	8	687	25	23	17	32	1.97
2341388--2341553	39	4.0	39	69	15	109	30	24	18	27	1.98
2341530--2341946	49	8.5	50	78	8	392	23	23	18	33	1.97
2341152--2341901	190	4.0	188	82	8	752	25	23	17	32	1.97
2341529--2341990	98	4.7	98	82	7	478	23	24	18	33	1.97
2346955--2347084	69	1.9	70	80	1	154	40	12	21	26	1.88
2349287--2349329	20	2.2	20	91	0	68	44	9	13	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349409--2349460	19	2.6	20	81	6	61	30	9	13	46	1.75
2349425--2349592	52	3.3	50	83	5	196	31	13	12	42	1.82
2349425--2349617	104	1.9	100	81	6	235	31	14	11	41	1.82
2354099--2354223	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
2354099--2354243	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
2354232--2354256	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2354320--2354344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2354302--2354364	33	1.9	33	86	0	90	41	15	11	31	1.83
2355089--2355119	15	2.1	15	93	0	53	41	12	3	41	1.59
2361544--2361672	52	2.5	52	89	0	204	31	17	15	35	1.91
2361544--2361692	52	2.9	51	84	4	192	32	16	16	34	1.91
2361681--2361705	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2361746--2361812	33	2.0	33	85	0	89	38	14	13	32	1.86
2362348--2362734	169	2.3	171	83	8	448	36	14	25	23	1.93
2362581--2363140	49	11.6	52	75	13	352	31	17	26	23	1.97
2362688--2363140	43	9.8	44	75	15	371	30	18	27	23	1.98
2362635--2363138	92	5.3	92	90	3	720	30	18	27	23	1.97
2362635--2363138	187	2.7	184	89	4	720	30	18	27	23	1.97
2363151--2363280	33	4.0	33	91	5	210	20	18	33	28	1.96
2363151--2363279	65	2.0	65	93	3	224	19	18	33	28	1.96
2363159--2363352	33	5.8	35	82	12	130	26	16	31	24	1.96
2363281--2363591	34	10.0	32	75	16	235	33	13	33	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2363319--2363520	27	6.9	28	74	16	176	30	12	35	20	1.91
2363287--2363649	61	5.9	61	83	8	386	32	13	33	20	1.92
2363381--2363544	90	1.8	88	87	5	240	32	13	33	20	1.91
2363320--2363664	27	11.3	30	73	15	154	32	13	33	21	1.92
2364600--2364647	24	2.0	24	88	8	71	0	14	4	81	0.84
2371816--2371944	52	2.5	52	93	0	213	31	17	15	34	1.92
2371816--2371964	52	2.9	51	87	4	201	32	17	16	33	1.92
2371953--2371977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2372018--2372084	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2372040--2372064	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2376416--2376440	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2376428--2376480	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
2378165--2378195	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
2382740--2382775	13	2.8	13	91	8	56	36	16	16	30	1.91
2383836--2383861	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2386086--2386130	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2387934--2387964	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2390034--2390072	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2390513--2390555	20	2.1	20	86	4	59	16	41	30	11	1.83
2392614--2392639	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2394543--2394585	21	2.0	21	90	0	68	37	0	30	32	1.58
2395142--2395166	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395154--2395206	21	2.6	21	84	3	72	41	15	15	28	1.87
2396537--2396574	13	2.9	13	96	0	67	31	15	15	36	1.90
2398459--2398505	22	2.1	22	84	0	58	34	6	29	29	1.82
2398471--2398521	22	2.3	22	86	0	66	39	5	31	23	1.79
2399046--2399118	20	3.7	19	84	12	78	30	15	16	38	1.89
2399168--2399215	13	4.2	13	70	29	54	31	12	18	37	1.88
2399147--2399215	33	2.1	33	91	5	113	30	13	20	36	1.90
2400365--2400396	16	2.1	15	94	5	55	37	0	0	62	0.95
2401997--2402077	42	1.9	42	94	0	144	30	18	12	38	1.88
2402631--2402669	16	2.4	16	87	8	53	28	5	15	51	1.64
2404755--2404813	30	2.0	30	100	0	118	32	30	16	20	1.95
2408884--2408950	29	2.3	29	82	5	82	34	13	13	38	1.84
2412349--2412377	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2414345--2414384	21	1.9	21	85	10	55	27	32	2	37	1.70
2419499--2419549	23	2.2	23	82	6	59	74	3	0	21	0.98
2419499--2419548	24	2.1	23	81	3	55	76	4	0	20	0.95
2420046--2420102	28	2.0	28	83	6	71	40	26	19	14	1.89
2423375--2423401	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2423356--2423417	33	1.9	32	86	3	88	29	12	16	41	1.85
2423386--2423442	19	2.9	19	85	10	80	33	14	17	35	1.90
2424442--2424474	15	2.1	16	94	5	59	42	6	12	39	1.67
2427605--2427653	13	4.2	13	70	24	54	32	16	16	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427585--2427653	34	2.1	32	89	10	104	34	15	15	33	1.90
2429089--2429484	52	7.6	51	72	8	276	31	12	26	30	1.92
2429089--2429309	102	2.1	102	84	3	273	31	12	26	30	1.92
2431813--2431877	34	1.9	33	90	3	103	44	9	16	29	1.79
2431911--2431964	21	2.7	20	72	8	56	40	14	11	33	1.82
2432932--2433013	26	2.9	29	66	23	84	19	20	30	29	1.97
2432743--2433630	55	15.4	59	84	9	999	25	20	27	27	1.99
2432743--2433631	116	7.7	115	87	6	1109	25	20	27	26	1.99
2433545--2433729	100	1.9	100	91	0	307	27	20	28	23	1.99
2434696--2434774	1	79.0	1	71	0	50	1	3	10	84	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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