genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1403666--1403764	23	4.4	22	75	16	87	82	13	4	0	0.80
1403662--1403758	6	16.7	6	75	19	64	82	13	4	0	0.81
1403662--1403755	20	4.5	20	76	16	75	82	12	4	0	0.80
1405195--1405372	34	5.3	33	87	4	257	18	31	12	37	1.88
1405382--1405464	28	2.9	29	78	8	89	34	30	15	19	1.93
1405388--1405474	31	2.9	31	77	19	96	34	28	16	20	1.94
1405536--1406173	39	15.0	39	72	16	387	27	25	19	27	1.99
1405487--1405787	87	3.4	87	91	1	469	26	25	19	28	1.99
1405623--1406427	126	6.0	128	74	15	643	25	25	19	29	1.98
1405749--1406528	101	8.4	87	86	5	826	25	25	18	30	1.98
1406135--1406573	49	8.7	52	80	6	490	24	25	17	32	1.97
1406135--1406664	101	5.3	101	87	2	665	24	25	17	32	1.97
1405893--1406642	202	3.9	202	82	7	644	25	25	17	31	1.97
1407335--1407359	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1407430--1407455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1410842--1411248	205	2.0	205	89	0	627	36	16	17	29	1.92
1412210--1412239	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
1412258--1412348	20	4.6	20	82	10	114	28	17	13	40	1.87
1414413--1414464	20	2.7	20	87	3	70	32	11	15	40	1.83
1414498--1414546	20	2.5	20	89	0	71	30	14	14	40	1.85
1416879--1416919	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
1417051--1417076	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423283--1423350	33	2.1	33	88	2	102	32	11	16	39	1.84
1423383--1423431	20	2.5	20	89	0	71	30	14	14	40	1.85
1427196--1427538	114	3.0	113	77	9	347	43	8	9	38	1.68
1427254--1427538	115	2.5	112	81	7	342	42	7	9	40	1.64
1429210--1429622	28	14.3	28	79	7	373	27	29	17	26	1.97
1429210--1429646	145	3.0	144	79	7	472	27	29	17	26	1.97
1429210--1429609	173	2.3	171	81	7	472	27	28	17	26	1.98
1433067--1433094	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1433760--1434241	101	4.8	98	78	7	432	32	17	24	24	1.97
1433757--1434247	49	9.8	49	77	5	428	32	17	24	25	1.96
1433868--1434244	150	2.5	150	89	0	585	32	18	24	24	1.97
1434252--1434343	48	1.9	48	86	0	130	34	16	23	25	1.95
1434395--1434484	34	2.7	32	81	10	90	38	13	28	18	1.89
1434487--1434590	28	3.7	28	80	5	129	21	15	29	33	1.94
1434485--1434590	56	1.9	56	86	3	151	20	15	30	33	1.93
1434954--1435033	36	2.2	37	95	4	153	42	13	16	27	1.86
1434972--1435030	18	3.3	18	64	17	50	42	11	16	28	1.84
1436074--1436099	9	2.9	9	100	0	52	0	0	11	88	0.52
1436066--1436112	12	4.0	11	82	17	51	0	4	10	85	0.74
1436066--1436111	18	2.5	18	83	13	58	0	4	8	86	0.68
1446238--1446263	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1449432--1449559	52	2.5	52	92	3	206	31	17	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449432--1449579	52	2.9	50	84	12	176	32	16	17	33	1.93
1449568--1449592	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1449656--1449680	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1453952--1453982	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1456063--1456101	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
1458656--1458681	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1464402--1464857	49	9.1	49	81	6	459	32	17	25	24	1.96
1464402--1464857	101	4.5	99	82	5	463	32	17	25	24	1.96
1464480--1464854	149	2.5	150	91	1	603	32	18	25	24	1.97
1464775--1464944	87	2.0	87	84	6	229	28	20	26	24	1.99
1464862--1464953	48	1.9	48	84	0	121	31	18	26	23	1.97
1464949--1465094	34	4.3	33	82	7	170	37	13	31	17	1.88
1465085--1465172	28	3.2	28	86	1	124	18	17	30	34	1.93
1465534--1465614	37	2.2	37	97	0	153	44	13	14	27	1.83
1471209--1471559	156	2.2	156	81	2	400	40	19	14	26	1.90
1473026--1473064	19	2.1	19	85	0	51	17	7	2	71	1.21
1473385--1473830	150	2.9	151	82	5	483	50	8	9	30	1.65
1474976--1475203	115	2.0	114	90	2	359	45	17	7	29	1.75
1475493--1475544	27	2.0	24	85	10	68	40	0	0	59	0.97
1476706--1476772	33	2.0	33	83	11	84	26	14	29	28	1.96
1479827--1480048	79	2.8	78	76	5	223	32	14	25	27	1.95
1482346--1482479	49	2.7	50	84	1	180	41	13	16	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483111--1483884	55	13.4	59	78	9	608	26	20	26	26	1.99
1483110--1483859	348	2.2	344	83	5	895	26	20	26	26	1.99
1484904--1484964	12	4.9	12	80	13	61	1	8	8	81	0.92
1485291--1485355	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
1485293--1485363	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
1485312--1485336	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1485408--1485432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1485441--1485569	52	2.5	52	89	0	213	37	18	17	27	1.93
1491573--1491669	19	5.8	18	68	27	79	32	12	16	38	1.86
1491575--1491677	32	3.2	32	94	0	179	33	12	17	36	1.88
1491721--1491746	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1491701--1491767	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
1494104--1494228	51	2.4	49	78	11	124	32	24	10	32	1.89
1494159--1494309	78	1.9	80	86	2	216	31	29	11	27	1.91
1494239--1494411	51	3.3	52	83	4	215	31	25	10	32	1.90
1494239--1494411	52	3.4	51	83	4	204	31	25	10	32	1.90
1494097--1494442	182	1.9	183	86	3	500	30	26	10	32	1.91
1494424--1494628	79	2.6	79	81	4	218	22	31	18	26	1.97
1507801--1509064	55	22.4	54	84	9	1430	27	28	19	23	1.99
1509818--1509894	21	3.7	21	94	0	118	32	9	20	37	1.84
1509816--1509913	42	2.3	42	77	3	108	33	11	19	35	1.87
1509951--1510047	19	5.8	18	72	27	97	32	11	17	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1509953--1510055	32	3.2	32	97	0	188	33	11	18	36	1.87
1509972--1510028	13	3.9	13	74	24	51	35	12	17	35	1.87
1510079--1510142	34	1.9	33	90	3	101	25	14	14	46	1.81
1512552--1512700	78	1.9	80	85	2	212	32	27	12	28	1.92
1512632--1512804	51	3.4	50	80	9	186	31	25	10	32	1.89
1512632--1512804	52	3.4	51	81	7	188	31	25	10	32	1.89
1512490--1512835	182	1.9	183	89	1	534	31	26	10	32	1.90
1527295--1527357	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1527314--1527426	13	7.9	13	68	24	68	34	16	17	30	1.93
1527293--1527365	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
1529778--1529899	52	2.3	52	85	2	174	31	26	10	31	1.90
1529917--1530145	79	2.9	79	77	4	237	26	28	13	31	1.93
1536263--1536655	124	3.2	123	87	5	560	24	27	19	28	1.98
1536262--1536658	61	6.4	60	82	7	476	24	27	19	28	1.98
1536482--1536869	217	1.8	208	87	8	575	24	28	20	25	1.99
1536678--1537262	55	10.3	54	82	8	532	25	27	22	24	2.00
1536678--1537262	110	5.1	111	82	8	614	25	27	22	24	2.00
1536678--1537263	165	3.4	165	84	5	706	25	27	22	24	2.00
1538056--1538117	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
1538105--1538217	13	7.9	13	68	24	68	34	16	17	30	1.93
1538084--1538156	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
1538086--1538148	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540539--1540703	51	3.2	49	78	10	152	29	27	10	32	1.91
1540716--1540938	78	2.8	78	81	5	261	25	28	15	30	1.96
1549822--1550042	79	2.8	79	77	11	213	33	13	24	27	1.93
1552403--1552479	20	3.8	20	94	0	127	46	12	12	27	1.79
1558414--1558470	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1558526--1558593	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1558547--1558571	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1558528--1558590	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1558613--1558667	20	2.8	18	79	15	65	23	12	16	47	1.81
1561104--1561172	27	2.5	27	88	6	95	24	30	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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