genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3125668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434697--2434754	12	4.8	12	77	10	64	1	3	8	86	0.76
2434696--2434774	17	4.6	17	76	13	81	1	3	10	84	0.80
2434696--2434755	13	4.8	13	80	13	63	1	3	10	85	0.79
2445079--2445109	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
2447315--2447710	51	7.6	51	70	9	224	31	12	26	29	1.92
2447519--2447590	28	2.6	28	84	4	92	23	20	34	20	1.96
2447350--2447701	52	6.7	52	69	9	205	32	12	26	28	1.93
2449641--2449687	22	2.1	22	84	0	58	34	6	29	29	1.82
2449653--2449703	22	2.3	22	86	0	66	39	5	31	23	1.79
2450228--2450300	20	3.7	19	84	12	78	30	15	16	38	1.89
2450350--2450397	13	4.2	13	70	29	54	31	12	18	37	1.88
2450329--2450397	33	2.1	33	91	5	113	30	13	20	36	1.90
2453182--2453261	41	1.9	42	92	2	135	31	18	12	37	1.88
2453814--2453856	16	2.6	18	82	17	58	23	9	13	53	1.69
2455904--2455962	30	2.0	30	100	0	118	32	30	16	20	1.95
2456467--2456517	22	2.3	22	96	0	93	25	5	25	43	1.77
2456815--2456843	13	2.2	13	100	0	58	44	13	24	17	1.85
2460055--2460121	29	2.3	29	82	5	82	34	13	13	38	1.84
2465497--2465536	21	1.9	21	85	10	55	27	32	2	37	1.70
2467642--2467666	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2470626--2470682	23	2.5	23	83	11	64	71	5	1	21	1.14
2471335--2471460	61	2.1	61	86	0	171	44	31	20	3	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471349--2471485	61	2.2	61	82	0	166	45	29	20	5	1.72
2474481--2474542	33	1.9	32	86	3	88	30	14	14	40	1.86
2474511--2474567	20	2.9	19	84	5	78	35	12	15	36	1.85
2475567--2475599	15	2.1	16	88	5	50	42	3	12	42	1.57
2478700--2478725	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2478680--2478746	32	2.1	32	88	5	100	37	13	13	35	1.84
2480597--2480676	39	2.1	39	100	0	160	32	23	23	20	1.98
2484924--2484962	13	3.0	13	88	0	60	33	17	15	33	1.92
2486493--2486518	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2486473--2486537	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
2488678--2488734	13	3.9	13	76	24	60	35	17	14	33	1.90
2488658--2488756	32	3.1	32	95	2	173	36	17	14	32	1.89
2488689--2488753	19	3.7	19	76	23	88	38	18	12	30	1.88
2493718--2494208	80	6.1	80	80	3	515	26	26	13	32	1.93
2493718--2494208	159	3.1	160	83	2	603	26	26	13	32	1.93
2498363--2498404	21	2.0	21	85	4	57	30	4	9	54	1.53
2504528--2504604	28	2.8	27	84	7	93	25	15	33	24	1.95
2504592--2504815	52	4.3	51	79	6	216	33	11	25	30	1.90
2504798--2504870	27	2.6	29	82	10	98	23	20	31	24	1.98
2507301--2507326	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2507280--2507346	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2507366--2507433	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2507388--2507412	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2507369--2507431	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2508222--2508303	28	3.0	28	63	21	64	21	23	28	26	1.99
2508202--2509415	55	22.0	54	88	3	1654	21	20	29	28	1.98
2515537--2515613	28	2.8	27	84	7	93	25	16	33	23	1.96
2515601--2515823	52	4.3	51	79	6	232	31	11	26	30	1.91
2515624--2515777	53	2.9	51	83	8	184	32	11	26	29	1.91
2515806--2515878	27	2.7	27	87	6	94	23	21	31	23	1.98
2518298--2518323	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2518277--2518343	33	2.0	33	85	0	89	43	17	14	23	1.87
2518385--2518410	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2518365--2518429	32	2.0	32	90	0	103	38	13	13	33	1.85
2524235--2524275	20	2.0	20	100	0	82	4	9	24	60	1.47
2526008--2526033	12	2.2	12	100	0	52	42	7	0	50	1.31
2527070--2527113	20	2.2	20	83	0	52	40	6	2	50	1.42
2535728--2535795	33	2.1	32	88	2	100	35	13	14	36	1.85
2535870--2535895	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2536447--2536490	21	2.0	21	86	4	61	31	29	2	36	1.70
2538176--2538216	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
2540460--2540490	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2542178--2542203	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2542158--2542221	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2544746--2544784	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2544770--2544849	20	3.8	20	76	15	79	42	12	15	30	1.83
2546855--2546885	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2550943--2550968	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2550923--2550986	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2552641--2552676	3	12.0	3	87	0	54	33	0	36	30	1.58
2554109--2554160	20	2.5	20	81	3	59	28	15	15	40	1.88
2554148--2554176	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2554971--2554996	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2557351--2557397	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2557520--2557584	13	5.0	13	94	0	112	35	15	18	30	1.92
2557520--2557583	26	2.5	26	100	0	128	34	15	18	31	1.93
2557570--2557648	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2559663--2559693	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2561497--2561541	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2563599--2563624	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2563899--2564116	109	2.0	109	92	0	364	40	12	6	40	1.70
2569110--2569145	10	3.5	10	88	7	54	33	22	0	44	1.53
2574440--2574506	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2574462--2574486	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2575128--2575184	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
2576473--2576750	154	1.8	154	82	4	364	38	18	16	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2578068--2578111	14	2.9	16	83	13	65	0	22	0	77	0.77
2578228--2578258	13	2.5	12	94	5	53	12	9	0	77	0.99
2580495--2581529	140	7.4	138	77	5	762	42	10	22	23	1.85
2580565--2581529	35	27.6	36	77	6	652	42	10	23	23	1.85
2581776--2582186	91	4.6	90	85	4	535	27	16	28	27	1.97
2581776--2582219	181	2.5	180	81	7	535	27	15	29	28	1.96
2594857--2594881	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2594944--2594968	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2594977--2595105	52	2.5	52	96	0	240	35	17	17	29	1.93
2601809--2601853	18	2.5	18	100	0	90	40	15	22	22	1.91
2610491--2610894	28	13.7	28	75	11	220	30	28	15	25	1.96
2610497--2610874	29	12.7	29	79	7	309	30	28	15	25	1.96
2610497--2610874	86	4.2	86	77	11	339	30	28	15	25	1.96
2610704--2610778	35	2.2	35	87	2	116	21	33	10	34	1.88
2610704--2610795	35	2.7	35	82	1	105	19	31	13	35	1.90
2610769--2610920	56	2.7	58	83	7	186	36	27	15	19	1.93
2610940--2611277	48	7.1	48	79	10	347	24	26	17	31	1.97
2610987--2611268	93	3.0	92	88	3	404	24	26	18	30	1.98
2612099--2612123	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2612079--2612145	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2612186--2612210	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2612219--2612347	52	2.5	52	98	0	249	35	17	17	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616150--2616530	79	4.8	79	83	3	464	31	13	25	28	1.94
2616001--2616530	157	3.4	154	82	4	536	32	13	25	28	1.93
2617375--2617400	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2617460--2617532	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2617439--2617532	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2617439--2617514	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2618140--2618246	53	2.0	53	100	0	214	33	26	5	34	1.80
2620032--2620070	13	3.0	13	88	0	60	35	15	15	33	1.89
2620056--2620134	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
2626241--2626266	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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