genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1676412--1676888	158	3.0	157	78	4	501	36	13	23	26	1.92
1679260--1679299	20	2.0	20	95	0	71	42	15	17	25	1.88
1680824--1680877	20	2.6	21	85	2	65	38	11	16	33	1.84
1680925--1680979	20	2.6	22	85	5	78	29	12	12	45	1.79
1682200--1682229	8	3.6	8	91	8	51	50	23	0	26	1.50
1682334--1682773	31	13.8	32	80	7	339	22	29	14	33	1.94
1682334--1682667	61	5.3	60	83	8	330	24	28	15	32	1.95
1682334--1682639	92	3.3	90	80	8	269	24	27	15	32	1.95
1682575--1682789	33	6.5	33	85	6	258	20	33	12	33	1.90
1682575--1682788	67	3.2	67	90	3	310	20	33	12	34	1.90
1682779--1682877	33	3.1	32	85	4	146	31	31	17	20	1.95
1682924--1683303	43	8.1	43	83	11	364	25	25	17	31	1.97
1683242--1683365	62	2.0	62	96	0	230	25	25	16	33	1.96
1683314--1683870	43	12.0	43	83	12	610	26	24	17	31	1.97
1683157--1683457	154	2.0	154	93	0	521	25	24	16	32	1.96
1683308--1683870	92	6.0	92	91	4	910	25	24	17	31	1.97
1683786--1683853	22	3.1	21	66	26	52	26	25	17	30	1.97
1684885--1684943	10	5.5	10	90	10	82	86	11	1	0	0.65
1684885--1684943	22	2.8	21	92	2	91	86	11	1	0	0.65
1684885--1684932	1	48.0	1	78	0	51	89	10	0	0	0.48
1685181--1685214	17	2.0	17	88	0	50	82	8	8	0	0.85
1686165--1686412	93	2.7	94	82	8	294	23	28	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1686382--1687212	34	24.6	34	83	5	976	19	32	12	34	1.90
1687218--1687520	65	4.7	65	91	5	474	28	34	17	19	1.95
1687218--1687520	97	3.1	96	91	6	479	28	34	17	19	1.95
1687217--1687520	33	9.4	32	88	6	445	27	34	17	19	1.95
1687513--1688302	49	16.8	48	81	11	833	26	24	17	32	1.97
1687559--1688200	43	14.1	43	83	10	710	26	24	17	31	1.97
1687508--1688253	92	8.1	92	88	5	996	25	24	17	32	1.97
1688019--1688086	22	3.1	22	64	19	61	27	25	16	30	1.96
1688111--1688178	22	3.1	21	66	26	52	23	25	19	32	1.97
1688154--1688366	52	3.7	55	79	9	198	24	23	14	37	1.92
1688154--1688304	55	2.8	53	84	3	196	25	23	15	35	1.95
1688257--1688383	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
1689122--1689205	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
1689162--1689186	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1689143--1689207	32	2.0	32	96	0	121	33	12	16	36	1.87
1689227--1689251	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1690705--1691145	218	2.0	218	99	0	864	28	19	16	34	1.94
1691672--1691722	27	2.0	26	85	11	70	25	39	15	19	1.91
1692469--1692788	157	2.0	157	93	0	541	27	28	18	26	1.98
1696353--1696388	7	5.0	7	86	6	54	83	0	0	16	0.65
1696353--1696388	15	2.5	14	90	4	54	83	0	0	16	0.65
1696774--1696798	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1696798--1696836	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
1708174--1708198	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1708238--1708307	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
1708263--1708287	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1717713--1717794	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
1717777--1717946	52	3.3	51	80	4	171	34	11	23	30	1.91
1717929--1717999	27	2.6	28	84	8	92	23	19	32	23	1.98
1717988--1718113	51	2.4	50	80	10	146	30	10	23	35	1.88
1717718--1718110	211	1.9	211	87	4	578	31	12	25	30	1.93
1720477--1720502	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1720456--1720522	33	2.0	33	85	0	89	44	14	13	26	1.83
1720542--1720628	19	4.9	19	81	16	114	39	13	11	35	1.81
1720583--1720607	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1720564--1720626	32	2.0	32	100	0	126	38	15	12	33	1.86
1721413--1722082	55	12.0	54	86	6	827	23	20	28	27	1.99
1721570--1721714	26	5.3	26	62	21	73	20	18	33	28	1.96
1721681--1721821	28	5.1	27	62	15	65	21	19	31	28	1.97
1723078--1723142	22	2.8	22	81	11	76	0	7	6	86	0.72
1723078--1723135	12	4.8	12	79	8	64	0	6	6	86	0.72
1723078--1723142	11	5.5	11	80	12	67	0	7	6	86	0.72
1723092--1723143	19	2.7	18	82	11	68	0	3	9	86	0.69
1723075--1723142	10	6.9	10	77	9	61	0	8	5	85	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735533--1735614	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
1735597--1735766	52	3.3	50	81	4	196	32	11	25	30	1.91
1735751--1735821	27	2.6	28	88	6	101	23	21	30	23	1.99
1735808--1735941	51	2.5	51	80	10	153	31	10	24	33	1.89
1738277--1738343	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1738298--1738323	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1738385--1738409	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1738366--1738428	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
1738363--1738430	19	3.9	19	76	21	76	39	14	10	35	1.80
1742288--1742341	20	2.7	20	97	0	99	38	9	18	33	1.83
1744834--1744861	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
1744911--1744973	33	1.9	32	87	12	92	34	12	19	33	1.89
1750272--1750316	23	2.0	23	82	4	56	22	4	6	66	1.33
1754789--1754832	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
1758183--1758240	23	2.7	21	79	10	64	37	13	15	32	1.87
1760528--1760564	16	2.3	16	90	0	56	27	5	13	54	1.61
1761813--1762071	72	3.7	72	89	2	346	38	10	14	35	1.81
1761813--1762069	141	1.8	143	87	3	385	38	10	14	35	1.81
1762336--1762404	27	2.6	27	79	11	70	40	1	1	56	1.17
1765008--1765038	15	2.1	15	93	0	53	54	0	3	41	1.16
1765621--1765668	26	1.9	25	87	8	71	68	0	4	27	1.07
1765716--1765767	15	3.6	14	77	12	52	48	1	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766911--1766959	25	2.0	25	84	8	64	40	2	8	48	1.44
1770642--1770732	19	4.7	19	71	20	80	54	0	3	41	1.16
1770596--1770783	59	3.0	64	78	14	196	53	1	2	43	1.22
1772467--1772501	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00
1773197--1773235	16	2.4	16	91	0	60	43	5	0	51	1.24
1773966--1774049	16	5.2	16	76	9	55	25	7	15	52	1.68
1774007--1774049	17	2.6	16	88	3	59	27	2	16	53	1.55
1775372--1775396	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
1782719--1782782	32	1.9	35	90	9	107	35	23	10	29	1.89
1783421--1783445	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1785421--1785459	15	2.7	15	80	4	53	38	20	5	35	1.75
1786832--1786891	19	3.5	18	70	25	58	28	11	21	38	1.89
1786818--1786902	32	2.7	32	98	0	161	30	12	20	36	1.90
1786947--1786974	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1793997--1794029	12	2.7	12	95	4	57	87	12	0	0	0.53
1794025--1794071	21	2.2	21	85	14	62	65	10	17	6	1.43
1795319--1795430	30	3.7	30	90	3	172	26	29	18	25	1.98
1795319--1795553	31	7.7	30	77	11	101	26	29	15	28	1.96
1795464--1795819	34	11.1	33	72	14	255	21	30	12	36	1.90
1795499--1795553	27	2.0	28	92	3	94	25	32	14	27	1.95
1795528--1795827	33	9.2	33	72	12	235	20	29	12	38	1.89
1795532--1795787	64	3.8	66	73	16	188	21	28	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1795668--1795819	27	4.9	29	76	14	85	20	30	13	35	1.91
1795529--1795819	98	2.9	96	78	9	266	20	28	13	37	1.90
1795887--1797588	49	34.8	49	79	9	1703	23	25	18	32	1.97
1795938--1797588	101	17.0	98	89	4	2042	23	25	18	32	1.97
1796660--1796725	22	3.0	22	62	33	52	24	25	19	30	1.98
1796502--1797588	150	7.3	150	84	5	1280	22	25	18	32	1.97
1797983--1798142	80	2.0	80	87	0	230	23	15	28	32	1.95
1798366--1798431	32	2.0	33	88	2	98	34	12	16	36	1.86
1798505--1798629	52	2.4	52	93	0	205	36	17	18	28	1.94
1801885--1801969	32	2.7	32	94	0	143	31	11	18	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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