genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038159--2038194	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2042247--2042337	1	91.0	1	77	0	74	0	7	5	86	0.69
2042247--2042336	33	2.7	33	94	5	155	0	7	5	86	0.70
2054305--2054372	22	3.2	21	76	15	68	48	4	7	39	1.51
2055682--2055720	20	1.9	21	89	5	62	35	0	2	61	1.10
2055673--2055725	17	2.9	17	75	20	54	35	0	1	62	1.06
2055852--2055900	17	2.8	18	82	14	59	48	0	0	51	1.00
2057242--2057290	12	4.1	12	76	7	55	69	8	0	22	1.14
2057783--2057840	28	2.1	28	80	6	64	60	8	0	31	1.27
2058315--2058535	34	6.5	33	83	6	255	40	25	7	26	1.82
2058315--2058531	102	2.1	101	88	3	337	40	25	7	26	1.82
2062942--2063160	34	6.5	33	77	9	226	42	26	6	25	1.79
2062944--2063160	68	3.2	68	82	0	274	41	25	6	25	1.79
2062942--2063160	102	2.2	101	86	1	321	42	26	6	25	1.79
2068886--2068922	2	19.5	2	83	10	51	56	0	0	43	0.99
2073973--2074031	20	2.8	21	84	5	75	35	11	13	38	1.82
2074841--2074986	61	2.4	61	75	7	143	37	10	24	26	1.89
2074923--2076042	52	20.8	52	71	11	573	37	15	22	24	1.93
2075129--2076042	113	8.4	113	79	6	692	38	14	22	24	1.92
2075138--2075685	224	2.4	226	81	4	667	38	14	23	24	1.91
2076057--2076238	32	5.7	33	79	10	175	18	19	31	30	1.96
2076057--2076252	31	6.2	32	81	6	195	19	19	31	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076057--2076252	96	2.1	94	84	7	254	19	19	31	29	1.97
2076239--2076365	33	3.8	32	76	11	121	39	14	28	18	1.89
2076240--2076399	68	2.4	66	81	4	178	37	13	29	19	1.90
2076375--2076457	27	2.9	28	78	5	87	32	14	27	25	1.95
2077721--2077764	21	2.1	21	83	8	54	6	11	9	72	1.27
2077756--2077791	15	2.4	15	90	9	56	11	5	0	83	0.80
2077748--2077792	23	2.0	23	81	0	54	11	6	2	80	0.99
2077756--2077791	8	4.9	7	90	10	54	11	5	0	83	0.80
2077737--2077824	31	2.9	31	77	3	81	9	9	9	72	1.28
2085111--2085162	20	2.5	21	87	3	70	28	19	15	36	1.92
2093209--2093247	20	2.0	20	100	0	78	43	10	15	30	1.80
2095185--2095210	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2097753--2097778	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2099857--2099887	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2101691--2101735	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2103954--2103979	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2104504--2104529	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
2105569--2105593	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2105548--2105611	32	2.0	33	87	3	94	28	15	15	40	1.88
2108166--2108197	13	2.5	13	94	0	55	34	15	18	31	1.93
2110275--2110305	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2114369--2114394	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114349--2114412	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2115292--2115823	155	3.4	153	78	6	502	25	17	19	37	1.94
2120913--2120960	19	2.5	19	86	6	62	77	6	12	4	1.11
2122726--2122837	54	2.1	54	85	3	147	30	25	8	34	1.87
2122780--2123085	80	3.8	80	79	4	258	29	26	11	32	1.92
2122780--2123080	161	1.9	160	79	3	345	29	25	11	32	1.92
2122937--2123221	133	2.1	134	82	5	346	29	27	11	32	1.91
2125630--2125667	20	2.0	20	84	5	51	60	13	5	21	1.52
2128882--2128918	18	2.1	18	89	0	56	51	16	5	27	1.66
2131357--2131407	20	2.6	20	87	3	68	37	17	13	31	1.89
2133359--2133401	20	2.0	22	86	8	63	13	27	37	20	1.91
2135923--2135962	15	2.6	16	85	14	50	12	17	15	55	1.70
2140002--2140055	20	2.7	20	91	5	83	35	18	12	33	1.89
2140084--2140143	19	3.0	20	78	7	77	31	16	18	33	1.93
2140771--2140843	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2140789--2140864	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2140771--2140864	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2140903--2140928	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2144990--2145028	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
2147034--2147112	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2147099--2147137	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2149564--2149636	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149582--2149657	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2149564--2149657	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2149696--2149721	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2150951--2151049	34	2.9	35	64	19	89	43	17	15	24	1.87
2152201--2152252	21	2.5	21	93	0	86	11	5	28	53	1.60
2157090--2157117	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2157117--2157149	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2158965--2159017	18	2.9	18	86	10	72	45	7	9	37	1.65
2162505--2162534	10	3.1	10	95	4	53	73	0	10	16	1.09
2163282--2163350	29	2.4	29	81	11	79	28	7	1	62	1.31
2164643--2164685	9	4.8	9	94	0	77	76	0	23	0	0.78
2165100--2165126	13	2.1	13	100	0	54	18	59	0	22	1.38
2169628--2169674	20	2.4	20	89	3	69	31	12	17	38	1.87
2169595--2169656	32	1.9	33	87	9	92	32	16	12	38	1.86
2169723--2169775	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
2169710--2169775	33	2.0	33	88	5	98	33	13	18	34	1.90
2172424--2172959	267	2.0	267	99	0	1054	34	15	20	29	1.93
2176212--2176248	13	2.8	13	95	0	65	35	16	10	37	1.83
2178702--2178728	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2178712--2178768	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
2178799--2178857	30	2.0	30	86	6	84	33	11	20	33	1.89
2181258--2181413	84	1.9	84	86	2	224	26	19	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182822--2182908	33	2.6	33	98	0	165	31	17	17	34	1.93
2182846--2182910	20	3.6	19	69	26	61	30	18	16	33	1.94
2185584--2185684	50	2.0	50	88	0	148	35	11	22	29	1.90
2194253--2194281	15	1.9	15	100	0	58	20	51	6	20	1.70
2194941--2194974	16	2.1	16	88	0	50	38	0	2	58	1.13
2195193--2195248	29	1.9	29	85	0	76	46	3	3	46	1.37
2203281--2203323	2	21.5	2	90	0	68	48	2	0	48	1.14
2203545--2203622	37	2.1	37	90	0	120	29	20	17	32	1.96
2204829--2204866	20	1.9	20	84	10	51	36	2	15	44	1.61
2205874--2206120	126	2.0	123	82	2	296	43	9	5	42	1.59
2208053--2208089	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2208931--2208968	19	2.0	19	85	10	51	47	0	5	47	1.24
2209090--2209126	19	1.9	19	89	10	58	45	2	0	51	1.15
2210977--2211015	3	13.0	3	94	0	69	30	0	0	69	0.89
2212102--2212178	39	2.1	39	87	7	115	45	2	1	50	1.23
2212150--2212208	25	2.5	24	81	8	66	50	0	0	49	1.00
2212166--2212230	25	2.6	25	82	2	69	55	3	0	41	1.15
2212328--2212368	21	2.0	21	90	9	66	34	2	0	63	1.08
2212328--2212376	21	2.3	21	86	10	64	32	2	2	63	1.17
2215674--2215720	16	2.9	16	93	0	85	59	0	0	40	0.97
2215974--2216032	25	2.4	25	73	18	61	40	0	5	54	1.23
2216923--2217012	16	5.6	16	80	6	85	55	8	1	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219141--2219198	30	1.9	30	85	0	80	58	12	6	22	1.57
2219315--2219356	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
2222532--2222573	19	2.2	20	86	4	59	45	2	4	47	1.36
2226166--2226214	25	2.0	25	83	0	62	10	0	18	71	1.13
2229480--2229504	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2229461--2229523	32	1.9	32	87	9	92	36	17	15	30	1.91
2230999--2231023	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2230979--2231048	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
2231088--2231112	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2231121--2231245	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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