genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807885--807915	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
808159--808226	33	2.0	34	83	13	88	47	1	0	51	1.09
812580--812665	40	2.2	40	80	2	111	30	10	13	45	1.78
817498--817649	66	2.3	66	90	2	236	46	7	8	37	1.62
818328--818377	21	2.4	22	81	15	61	50	0	0	50	1.00
822858--822900	21	2.0	21	82	8	52	37	13	18	30	1.90
825160--825198	3	13.7	3	89	10	64	33	0	0	66	0.92
834187--834235	20	2.4	21	80	6	57	36	4	2	57	1.30
834808--834848	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
837038--837074	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
837180--837225	2	23.0	2	86	0	65	43	0	2	54	1.12
843616--843714	1	99.0	1	71	0	72	85	14	0	0	0.59
843616--843712	7	13.9	7	79	15	87	85	14	0	0	0.60
843619--843710	12	8.5	11	77	19	88	84	15	0	0	0.62
843616--843714	18	5.3	20	77	14	97	85	14	0	0	0.59
843618--843713	16	6.4	15	81	12	101	85	14	0	0	0.60
845063--845634	34	17.9	32	80	10	451	21	32	13	32	1.93
845032--845270	32	7.7	32	85	6	260	23	29	17	29	1.97
845032--845238	62	3.3	62	92	2	319	24	28	17	29	1.97
845032--845270	93	2.6	94	85	4	288	23	29	17	29	1.97
845212--845600	160	2.4	156	86	9	536	21	34	12	31	1.91
845215--845635	194	2.2	192	84	10	536	21	34	12	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845508--845598	27	3.1	27	78	19	110	21	35	14	28	1.93
845534--845637	35	3.0	34	82	8	120	19	33	11	35	1.88
845706--846615	49	18.8	49	89	1	1315	23	26	17	31	1.97
845706--846615	98	9.4	98	97	1	1673	23	26	17	31	1.97
846438--846649	43	4.8	43	86	6	250	25	25	17	31	1.97
846438--846615	92	2.0	86	89	6	266	25	25	18	30	1.98
846573--846957	171	2.3	168	91	4	611	24	24	14	36	1.93
847756--847822	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
847776--847800	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
847873--847897	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
847906--848026	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
851151--851178	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
851680--851719	20	1.9	22	90	10	66	65	0	0	35	0.93
852367--852414	22	2.2	22	81	7	53	52	0	4	43	1.20
853063--853151	7	13.0	7	68	17	53	41	0	3	55	1.17
853338--853368	6	5.2	6	96	0	53	19	0	0	80	0.71
854565--854596	13	2.6	13	90	9	50	0	18	0	81	0.70
854738--854774	19	2.0	18	89	5	56	37	2	0	59	1.12
855050--855096	19	2.5	18	80	16	51	40	0	2	57	1.11
855062--855112	21	2.6	19	76	14	50	49	0	1	49	1.12
854910--855277	165	2.2	164	80	12	388	49	0	8	41	1.39
858993--859040	20	2.3	20	78	3	51	35	4	8	52	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859064--859150	21	4.1	21	72	5	68	29	8	9	52	1.62
859247--859519	11	26.0	11	65	20	68	34	5	9	51	1.56
859252--859555	21	14.6	21	73	8	174	34	5	9	51	1.56
859252--859521	62	4.3	64	75	9	218	34	5	8	51	1.56
859506--859555	20	2.5	20	80	3	55	38	4	10	48	1.56
859678--859785	20	5.3	20	72	11	69	32	6	8	52	1.57
860326--860426	42	2.4	41	78	18	111	32	5	11	49	1.64
860318--860616	21	14.3	21	65	19	76	33	5	8	52	1.54
860586--860630	21	2.1	21	83	0	54	42	4	2	51	1.34
860550--860737	103	1.8	101	82	10	240	37	6	6	49	1.54
860649--860716	21	3.2	21	81	8	93	42	1	4	51	1.31
868540--868578	17	2.3	17	86	0	60	41	2	0	56	1.13
868583--868615	16	2.1	16	94	0	57	45	12	3	39	1.57
870997--871034	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
872857--872885	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
875429--875466	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
881239--881445	79	2.6	79	83	1	245	28	15	29	25	1.96
881397--881468	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
881318--881629	107	2.9	109	86	4	393	28	15	29	27	1.96
881509--881579	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
884022--884086	33	2.0	33	84	0	85	43	15	15	26	1.86
884130--884154	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884111--884173	32	2.0	32	93	0	108	34	15	12	36	1.86
884108--884175	19	3.9	19	78	21	76	36	14	11	36	1.83
888405--888583	89	2.0	90	93	2	306	51	7	2	37	1.44
888818--888937	2	60.0	2	77	3	62	40	7	2	49	1.44
892368--892543	88	2.0	89	95	1	318	52	7	2	37	1.44
892778--892930	2	76.5	2	76	5	94	41	5	2	50	1.40
892850--892929	30	2.7	30	90	0	124	43	6	3	46	1.46
893712--893750	20	1.9	21	89	5	62	33	0	0	66	0.92
893717--893766	26	2.0	26	84	4	66	34	0	2	64	1.05
893741--893814	16	4.2	18	73	18	59	47	0	1	51	1.09
893783--893823	18	2.2	19	86	4	57	48	0	0	51	1.00
893888--893948	17	3.7	17	79	14	58	49	3	3	44	1.35
895368--895413	15	3.1	15	81	15	60	45	0	0	54	0.99
895373--895419	14	3.3	14	80	14	51	42	0	0	57	0.98
896287--896317	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
897476--897552	40	1.9	40	97	0	145	44	5	3	46	1.44
897828--897873	22	2.2	20	85	14	58	63	0	0	36	0.95
902649--902692	18	2.5	17	85	7	52	38	11	0	50	1.39
902683--902755	33	2.3	31	80	13	87	41	0	4	54	1.19
902917--902970	26	2.1	26	83	13	67	42	0	1	55	1.10
907003--907099	11	8.1	12	73	18	62	63	1	1	34	1.08
907070--907105	10	3.6	10	92	7	56	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911221--911259	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
914237--914275	18	2.2	18	86	9	53	43	2	2	51	1.29
917973--918068	39	2.4	40	79	6	106	43	6	7	42	1.57
918635--918676	23	2.0	22	86	13	61	42	0	0	57	0.99
918789--918831	20	2.1	21	86	4	61	67	0	0	32	0.91
922482--922523	20	2.0	21	86	13	61	73	4	0	21	1.01
924490--924527	20	1.9	20	94	0	67	23	23	31	21	1.98
925165--925189	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
925342--925392	11	4.8	10	79	15	50	76	0	3	19	0.94
925341--925383	21	2.1	20	87	12	61	79	0	4	16	0.90
929104--929237	67	2.0	67	82	2	162	33	16	10	39	1.83
929487--929568	39	2.1	39	88	0	119	41	14	3	40	1.64
930373--930407	15	2.3	15	95	0	61	34	2	0	62	1.10
930370--930413	14	3.1	14	87	6	61	31	2	0	65	1.05
937431--937467	14	2.6	15	79	12	51	62	0	0	37	0.96
937431--937490	30	2.0	30	83	6	77	53	1	1	43	1.20
938394--938477	27	3.1	26	77	15	89	39	1	0	59	1.05
941952--941981	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
941979--942013	15	2.3	15	90	0	52	54	0	2	42	1.15
941986--942030	15	2.9	15	90	3	63	55	0	2	42	1.12
942013--942051	19	2.0	19	85	5	51	48	0	0	51	1.00
942019--942070	19	2.8	19	83	11	63	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942011--942110	52	2.0	49	81	14	116	50	0	0	50	1.00
942093--942173	32	2.7	31	81	7	96	43	0	0	56	0.99
942107--942170	11	5.9	12	76	12	52	40	0	0	59	0.97
942110--942171	21	3.0	20	81	9	72	40	0	0	59	0.97
943374--943408	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
943408--943438	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
948346--948374	15	1.9	15	100	0	58	27	3	6	62	1.37
951374--951419	24	1.9	24	82	8	58	54	0	0	45	0.99
956348--956401	21	2.7	21	73	21	53	70	0	1	27	0.98
956907--956945	17	2.3	17	91	8	62	53	0	7	38	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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