genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2705463--2705531	14	4.9	14	81	15	72	85	7	7	0	0.74
2705474--2705509	10	3.6	10	92	0	63	88	0	11	0	0.50
2705471--2705525	10	6.1	9	80	14	60	87	3	9	0	0.66
2706861--2706913	27	2.0	26	92	3	88	18	32	15	33	1.92
2706763--2707043	32	8.7	32	79	13	272	21	30	13	33	1.92
2706793--2707043	67	3.8	66	86	7	316	21	31	13	33	1.92
2706888--2707044	35	4.6	34	84	9	205	21	33	12	32	1.91
2707115--2707577	49	9.8	48	78	10	481	25	23	18	33	1.97
2707186--2707250	22	3.0	22	64	20	55	29	23	15	32	1.95
2707115--2707711	92	6.5	92	85	5	773	25	23	18	32	1.97
2707200--2707665	141	3.3	139	75	11	418	25	23	18	32	1.97
2707493--2707701	87	2.4	87	83	4	258	24	23	21	29	1.99
2708559--2708583	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2708634--2708658	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2715357--2715398	23	2.0	21	86	13	59	33	0	4	61	1.17
2715451--2715502	26	2.0	26	92	0	86	36	1	11	50	1.50
2716070--2716103	13	2.5	14	90	4	52	38	0	0	61	0.96
2716211--2716255	17	2.5	17	85	7	54	44	0	0	55	0.99
2716226--2716279	23	2.3	24	83	3	65	53	1	0	44	1.11
2716322--2716352	15	2.1	15	93	0	53	41	3	0	54	1.16
2717377--2717464	35	2.5	34	78	12	88	55	1	0	43	1.07
2717411--2717468	19	2.7	23	77	20	63	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2717409--2717455	19	2.4	21	86	13	73	61	0	0	38	0.96
2717394--2717464	35	2.0	37	83	10	94	60	1	0	38	1.06
2717585--2717633	20	2.3	21	80	16	57	59	0	0	40	0.98
2718681--2718711	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2722744--2722773	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2731294--2731325	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2735433--2735553	36	3.5	34	91	6	158	28	27	12	31	1.93
2735446--2735553	36	3.0	36	94	1	182	25	28	12	33	1.92
2736020--2736090	24	3.0	24	82	0	97	47	9	18	23	1.78
2740231--2740328	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
2740226--2740326	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
2740250--2740306	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2740652--2740888	58	4.1	57	72	12	162	48	13	13	24	1.78
2740770--2740853	29	2.9	28	70	10	71	47	10	14	27	1.77
2740826--2740999	58	3.0	57	74	11	147	52	10	10	25	1.69
2747699--2747728	4	7.5	4	100	0	60	0	26	0	73	0.84
2750104--2750150	14	3.4	14	74	11	51	44	2	2	51	1.25
2750131--2750231	36	3.1	29	74	20	85	53	0	0	44	1.13
2750694--2750766	30	2.4	31	79	4	76	47	1	1	49	1.18
2750722--2750803	41	2.0	42	83	9	105	50	1	1	47	1.16
2750857--2750898	19	2.3	18	87	4	57	30	0	0	69	0.89
2752578--2752602	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753344--2753403	31	1.9	32	83	10	79	53	0	1	45	1.10
2753499--2753532	16	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
2754488--2754543	19	3.3	17	79	13	62	55	1	0	42	1.10
2754900--2754932	11	2.8	12	86	9	50	24	0	0	75	0.80
2755372--2755406	15	2.3	15	90	5	52	37	0	0	62	0.95
2755501--2755530	14	2.1	15	93	6	53	36	0	6	56	1.26
2755792--2756017	110	2.1	107	82	8	283	37	7	3	51	1.49
2759385--2759429	20	2.2	21	92	4	74	51	2	8	37	1.46
2759396--2759479	28	3.0	27	78	13	89	47	2	7	42	1.43
2759512--2759696	93	2.0	95	89	2	284	44	14	2	38	1.57
2760076--2760146	36	2.0	36	83	5	90	67	11	1	19	1.29
2760577--2760614	14	2.7	14	87	0	58	50	2	0	47	1.15
2761512--2761550	2	19.5	2	94	0	69	53	0	0	46	1.00
2761550--2761576	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2771139--2771382	97	2.5	96	86	2	364	25	25	14	33	1.94
2775384--2775431	22	2.2	22	81	7	53	43	4	2	50	1.33
2775392--2775448	23	2.5	23	77	13	64	40	3	3	52	1.35
2776727--2776772	23	2.0	23	86	4	65	60	2	2	34	1.21
2778062--2778104	14	2.9	15	86	10	61	44	6	9	39	1.64
2778185--2778229	21	2.2	21	84	7	58	22	6	0	71	1.09
2778670--2778807	38	3.6	37	75	12	127	45	1	5	47	1.35
2778611--2778771	78	2.1	77	82	5	200	43	1	8	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778670--2778832	77	2.1	78	82	7	190	43	2	7	46	1.44
2779201--2779237	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
2782863--2783051	52	3.7	51	82	3	202	43	12	13	30	1.81
2783088--2783161	20	3.6	20	88	3	94	32	18	12	36	1.88
2786746--2786799	20	2.6	21	85	2	74	38	12	12	35	1.82
2786746--2786803	21	2.8	20	84	2	80	36	13	12	37	1.82
2787968--2788032	33	2.0	33	87	6	96	33	15	15	35	1.89
2789612--2789647	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58
2794642--2794680	20	2.0	20	85	5	53	17	38	30	12	1.88
2796712--2796736	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
2797592--2797705	55	2.1	55	81	4	133	47	4	11	36	1.60
2799766--2799797	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
2801370--2801449	8	9.6	8	71	11	54	47	0	2	50	1.14
2801406--2801456	18	2.5	21	84	15	72	41	0	0	58	0.98
2801870--2801911	23	2.0	20	86	13	57	26	4	0	69	1.08
2801904--2802001	40	2.5	40	83	9	114	41	3	1	54	1.23
2801904--2802001	41	2.5	39	83	9	119	41	3	1	54	1.23
2802066--2802110	20	2.2	20	92	0	72	42	0	0	57	0.98
2803199--2803229	15	2.1	15	100	0	62	58	0	0	41	0.98
2805131--2805189	20	3.3	20	69	30	69	30	15	15	38	1.88
2805293--2805335	22	2.0	22	90	9	70	39	9	6	44	1.64
2817094--2817134	17	2.5	17	84	4	57	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817838--2817875	11	3.4	11	80	20	51	21	0	0	78	0.74
2821642--2821770	52	2.5	52	94	0	231	27	17	18	36	1.93
2821865--2821922	13	3.9	13	73	26	53	32	17	13	36	1.89
2821846--2821943	20	5.7	19	70	29	94	34	18	12	34	1.88
2821841--2821942	33	3.1	33	98	1	197	34	18	11	35	1.87
2822776--2822848	38	1.9	38	83	5	94	42	5	2	49	1.40
2823651--2823683	8	4.1	8	96	0	57	39	0	0	60	0.97
2823828--2823856	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
2825184--2825235	22	2.4	22	83	3	61	28	0	28	42	1.56
2825191--2825295	37	3.0	34	82	8	138	26	2	31	39	1.71
2825260--2825301	22	1.9	22	90	0	66	26	7	30	35	1.83
2829907--2830006	37	2.9	34	84	8	137	27	4	32	37	1.75
2829972--2830013	22	1.9	22	90	0	66	28	7	30	33	1.84
2834644--2834684	20	2.0	21	86	13	59	31	0	0	68	0.90
2838112--2838154	13	3.4	13	84	15	63	48	13	0	37	1.43
2839464--2839507	21	2.1	21	83	8	54	25	6	13	54	1.63
2846624--2846648	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2846657--2846780	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
2847741--2847781	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2847817--2847891	20	3.8	20	74	11	66	44	17	12	26	1.83
2847976--2848030	21	2.5	22	94	5	103	27	25	10	36	1.89
2848100--2848125	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856384--2856498	31	3.7	31	88	6	171	26	31	19	23	1.98
2856540--2856591	27	1.9	27	92	0	86	23	36	17	23	1.95
2856570--2856729	33	4.7	33	87	6	230	21	34	12	31	1.91
2856508--2856729	34	6.7	33	80	12	233	21	33	13	31	1.92
2856508--2856924	70	5.9	70	79	15	398	20	33	12	33	1.91
2856643--2856815	87	2.0	88	93	1	294	20	32	13	33	1.91
2856757--2856944	35	5.4	34	84	7	225	20	34	12	32	1.90
2856597--2856885	158	1.8	157	92	2	490	20	33	12	33	1.91
2856738--2856944	34	5.9	35	82	11	244	19	34	12	33	1.89
2856756--2856944	104	1.8	102	86	4	247	20	33	12	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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