genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424997--2425037	17	2.3	18	87	4	57	46	17	9	26	1.79
2426387--2426462	31	2.5	31	93	2	127	27	19	11	40	1.87
2434420--2434467	15	3.2	15	72	0	51	39	41	2	16	1.60
2439052--2439119	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2439054--2439116	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2439073--2439097	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2439159--2439184	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2439141--2439205	33	2.0	33	87	0	94	26	15	15	43	1.86
2441655--2441723	27	2.5	27	83	2	84	24	30	21	23	1.99
2441546--2441880	51	6.3	52	69	12	177	29	25	12	32	1.93
2441538--2441879	105	3.2	104	72	14	329	29	25	12	32	1.92
2441810--2441988	80	2.2	82	87	5	274	29	26	13	30	1.95
2441949--2442020	28	2.6	28	86	0	90	25	34	16	23	1.95
2445838--2445894	26	2.2	26	80	0	60	38	26	7	28	1.82
2446033--2446106	13	5.6	13	74	15	55	32	14	17	35	1.91
2446033--2446106	26	2.8	26	73	20	82	32	14	17	35	1.91
2446116--2446595	28	16.8	28	84	5	552	27	30	17	23	1.97
2446116--2446595	57	8.4	56	83	6	552	27	30	17	23	1.97
2447527--2447598	30	2.4	29	86	4	99	26	23	8	41	1.82
2456008--2456136	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
2456008--2456156	52	2.9	51	91	4	228	30	17	18	33	1.94
2456145--2456169	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456226--2456255	13	2.2	14	94	5	53	36	16	13	33	1.88
2456207--2456275	32	2.1	33	89	2	104	39	17	10	33	1.83
2457018--2457338	48	6.6	48	81	5	320	31	18	26	23	1.98
2457016--2457355	149	2.3	145	88	2	475	31	18	26	24	1.97
2457057--2457355	48	6.1	48	82	5	366	31	19	25	24	1.98
2457363--2457540	31	5.8	31	78	13	183	18	18	32	30	1.95
2457571--2458111	34	16.7	34	78	11	251	33	13	31	20	1.92
2457706--2457789	27	3.0	28	82	6	116	26	15	36	21	1.93
2457770--2458212	30	13.9	30	83	10	394	33	14	29	22	1.94
2457645--2458178	128	4.2	129	89	5	759	32	14	31	22	1.93
2459168--2459201	17	2.0	17	88	0	50	0	8	8	82	0.85
2459448--2459488	8	5.1	8	85	11	57	2	0	9	87	0.62
2459452--2459491	15	2.7	14	88	11	62	2	0	7	90	0.55
2464433--2464581	52	2.9	52	90	0	235	30	16	18	34	1.94
2464570--2464594	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2464651--2464680	13	2.2	14	94	5	53	36	16	13	33	1.88
2464632--2464700	32	2.1	33	89	2	104	39	17	10	33	1.83
2465775--2465827	20	2.7	19	88	5	70	30	15	13	41	1.85
2466239--2466349	31	3.6	29	82	10	98	17	19	35	27	1.94
2466253--2466360	31	3.4	31	87	7	155	17	17	36	28	1.93
2466198--2466360	64	2.7	59	80	15	176	17	17	33	31	1.93
2466392--2467033	34	20.0	33	81	11	492	33	14	31	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466392--2466999	128	4.7	129	86	6	691	32	13	31	21	1.93
2466527--2466610	27	3.0	28	82	6	116	26	15	36	21	1.93
2466591--2467033	30	13.9	30	83	10	394	33	14	29	22	1.94
2466466--2466999	128	4.2	129	89	5	759	32	14	31	22	1.94
2467989--2468022	17	2.0	17	88	0	50	0	8	8	82	0.85
2468269--2468310	8	5.1	8	85	5	57	2	0	9	88	0.61
2468274--2468313	15	2.7	14	88	11	62	2	0	7	90	0.55
2468260--2468313	19	2.8	19	83	13	58	1	1	9	87	0.71
2468271--2468313	1	43.0	1	80	0	50	2	0	6	90	0.52
2473255--2473403	52	2.9	52	90	0	235	30	16	18	34	1.94
2473392--2473416	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2473473--2473502	13	2.2	14	94	5	53	36	16	13	33	1.88
2473454--2473522	32	2.1	33	89	2	104	39	17	10	33	1.83
2474597--2474649	20	2.7	19	88	5	70	30	15	13	41	1.85
2476498--2476591	48	2.0	48	81	8	111	29	12	11	45	1.78
2476625--2476760	59	2.3	58	81	8	168	29	11	12	47	1.76
2476715--2476817	29	3.5	29	75	7	73	28	7	12	51	1.67
2476625--2476776	59	2.6	59	78	8	166	28	10	12	48	1.74
2476988--2477085	47	2.1	47	80	3	108	39	18	10	31	1.84
2477470--2477609	59	2.4	59	82	1	174	25	10	15	48	1.77
2483314--2483389	31	2.4	32	80	6	84	38	13	13	35	1.83
2483336--2483401	31	2.1	31	88	0	96	40	12	13	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2485192--2485229	16	2.4	16	86	4	51	73	0	0	26	0.83
2485202--2485233	16	2.1	16	94	5	57	68	0	0	31	0.90
2496019--2496065	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
2496065--2496100	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2502129--2502168	16	2.6	16	92	4	64	32	7	7	52	1.58
2503160--2503224	22	2.6	25	81	18	91	32	0	6	61	1.21
2503230--2503280	22	2.3	22	86	0	66	29	0	9	60	1.28
2503635--2503702	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2503656--2503680	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2503637--2503699	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2503742--2503767	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2503724--2503788	33	2.0	33	87	0	94	26	15	15	43	1.86
2506244--2506312	27	2.5	27	88	6	95	26	31	20	21	1.98
2506190--2506582	107	3.7	104	73	11	330	27	27	14	30	1.95
2506299--2506468	52	3.3	51	76	11	175	29	25	12	32	1.93
2506132--2506467	104	3.2	103	71	13	297	30	25	12	31	1.92
2506452--2506528	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2506130--2506535	212	1.9	212	88	3	620	28	27	13	31	1.94
2508871--2508984	57	2.0	57	94	0	201	33	10	18	37	1.85
2510006--2510049	18	2.3	19	88	7	63	36	20	9	34	1.84
2511906--2512022	2	58.5	2	100	0	234	0	49	0	50	1.00
2512022--2512061	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512401--2512446	22	2.1	22	87	0	65	39	2	0	58	1.10
2514802--2514827	12	2.2	12	100	0	52	0	7	50	42	1.31
2518420--2518444	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
2526212--2526282	35	2.0	35	97	0	133	16	7	16	59	1.58
2531167--2531295	52	2.5	52	96	0	240	28	18	17	34	1.94
2531304--2531328	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2531373--2531456	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
2531381--2531477	19	5.8	18	72	27	97	37	17	12	32	1.87
2531373--2531475	32	3.2	32	98	0	197	35	18	12	33	1.89
2532268--2532348	13	7.1	12	71	28	70	35	17	12	34	1.87
2532269--2532348	34	2.4	34	100	0	160	35	17	12	35	1.88
2533287--2533349	21	3.0	21	93	2	101	22	15	17	44	1.86
2535664--2535720	31	2.0	27	86	13	78	17	17	29	35	1.93
2535712--2535924	59	3.6	59	89	2	313	25	16	30	26	1.97
2535712--2535921	30	7.1	30	88	3	311	24	16	31	27	1.96
2535718--2535921	89	2.3	88	91	3	338	24	17	31	27	1.97
2535718--2536192	34	14.8	34	85	9	315	29	14	32	23	1.94
2535887--2536192	68	4.5	66	85	6	382	33	12	33	21	1.90
2535887--2536192	102	3.0	100	87	7	411	33	12	33	21	1.90
2537623--2537666	21	2.1	21	88	12	65	0	0	18	81	0.68
2537635--2537674	21	1.9	21	84	0	53	0	5	12	82	0.82
2551548--2551676	52	2.5	52	90	0	222	29	17	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551754--2551805	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2551762--2551826	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
2551754--2551824	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
2557010--2557080	26	2.9	24	81	8	97	54	1	8	35	1.39
2558703--2558754	1	52.0	1	100	0	104	0	0	100	0	0.00
2560663--2560707	13	4.0	12	75	24	53	35	15	15	33	1.89
2560646--2560709	33	1.9	33	87	6	94	35	17	15	31	1.91
2566861--2566896	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
2569378--2569429	20	2.6	20	93	0	95	40	19	13	26	1.88
2569514--2569539	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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