genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679788--679868	39	2.1	39	100	0	162	41	9	14	33	1.79
679968--680163	88	2.2	90	87	3	279	40	8	16	35	1.78
680107--680219	57	2.0	56	96	1	208	37	11	20	30	1.88
680019--680307	145	2.0	142	85	4	393	40	10	16	32	1.82
680169--680505	86	3.9	87	84	7	425	40	10	15	33	1.82
680441--680643	70	3.0	69	89	2	311	40	9	17	32	1.82
680290--680867	316	1.8	314	86	4	849	42	9	15	33	1.79
680586--680825	95	2.7	89	79	9	254	43	8	14	34	1.75
685437--685792	115	2.9	117	75	17	341	51	1	2	44	1.25
685768--685795	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
686081--686154	22	3.2	22	74	12	60	28	2	2	66	1.19
686082--686130	21	2.3	21	85	3	62	24	4	4	67	1.26
686078--686137	23	2.7	23	76	12	70	26	3	3	66	1.23
686112--686141	15	2.0	15	93	0	51	26	0	3	70	1.03
686078--686165	45	1.9	46	86	6	126	31	2	2	63	1.19
686094--686166	22	3.2	22	75	25	64	34	0	2	63	1.09
686188--686258	36	2.0	35	83	10	90	42	1	1	54	1.17
688695--688766	21	3.4	21	66	16	51	41	0	0	58	0.98
688731--688769	15	2.5	16	87	4	53	35	0	0	64	0.94
689578--689628	20	2.5	21	80	3	59	45	1	1	50	1.24
690885--690957	23	3.3	23	69	26	68	43	0	0	56	0.99
690900--690963	18	3.5	18	79	10	76	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690932--690974	18	2.4	18	88	3	61	37	2	2	58	1.24
696101--696144	2	22.0	2	90	0	70	47	0	50	2	1.13
696232--696257	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
697019--697059	19	2.1	19	86	4	55	56	7	0	36	1.27
697072--697107	18	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
697775--697838	32	1.9	34	84	12	89	57	0	0	42	0.98
697789--697835	20	2.4	19	82	10	58	59	0	0	40	0.97
697778--697840	17	3.8	17	73	25	53	57	0	0	42	0.99
698046--698095	18	2.7	18	77	20	50	58	4	0	38	1.17
703977--704010	3	11.3	3	93	0	59	67	0	0	32	0.91
704009--704035	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
704837--704874	19	2.0	19	90	10	60	60	0	0	39	0.97
704855--704914	20	3.2	19	74	6	52	56	1	0	41	1.09
705035--705061	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
707054--707091	19	2.0	20	89	5	60	44	5	0	50	1.24
707148--707185	14	2.6	15	83	8	51	31	2	0	65	1.06
707243--707298	23	2.4	24	80	14	64	44	1	1	51	1.22
707459--707523	24	2.9	23	70	19	57	43	1	3	52	1.26
707496--707562	18	3.6	18	78	11	55	43	0	0	56	0.99
710725--710749	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
711310--711356	18	2.5	19	80	13	53	48	2	0	48	1.13
711347--711390	16	2.8	16	82	3	54	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711924--711977	22	2.5	21	74	11	56	51	0	0	48	1.00
714471--714503	13	2.4	14	80	10	50	57	0	0	42	0.98
719601--719662	30	2.1	30	81	6	72	54	0	0	45	0.99
719660--719693	15	2.3	15	90	10	52	50	2	0	47	1.16
721296--721334	7	5.7	7	84	6	53	0	15	2	82	0.79
722412--722441	16	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
726725--726780	15	3.7	15	80	4	60	32	0	1	66	1.03
726725--726782	30	1.9	31	86	10	84	32	0	1	65	1.03
727877--727977	37	2.7	35	77	13	96	53	3	0	42	1.19
727987--728022	14	2.8	13	88	12	56	41	0	0	58	0.98
728003--728055	21	2.6	21	77	14	65	41	0	0	58	0.98
728006--728072	22	3.2	21	82	16	77	41	0	0	58	0.98
728077--728168	9	10.0	9	76	8	78	50	2	2	45	1.26
728091--728151	19	2.9	19	78	19	68	50	1	1	45	1.21
728090--728173	28	3.0	28	83	0	96	47	1	1	50	1.16
728091--728148	5	12.2	5	78	10	59	53	1	1	43	1.21
728793--728863	27	2.6	28	88	2	99	23	5	22	47	1.72
733568--733606	3	14.3	3	80	20	50	25	0	0	74	0.82
733566--733604	5	7.4	5	97	2	60	23	0	0	76	0.78
736016--736059	22	2.0	22	100	0	88	31	9	4	54	1.52
741444--741496	22	2.4	21	81	9	61	26	18	24	30	1.98
743846--743891	24	1.9	24	86	0	65	41	28	6	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743886--743949	28	2.3	28	91	5	103	53	20	7	18	1.69
743896--743950	28	2.0	28	100	0	110	49	21	10	18	1.78
745387--745443	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
745400--745462	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
745386--745470	32	2.7	32	98	0	161	32	12	17	36	1.88
745548--745676	52	2.5	52	92	0	195	37	17	15	29	1.91
755831--755866	18	1.9	19	88	5	56	27	0	2	69	1.02
756297--756344	19	2.5	19	76	10	53	27	8	4	60	1.44
756410--756444	10	3.5	10	96	0	61	65	0	0	34	0.93
757075--757175	37	2.9	34	80	8	121	38	24	2	33	1.71
760936--760965	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
761584--761635	18	2.7	21	77	14	58	59	0	1	38	1.08
762211--762300	16	5.6	16	73	10	76	36	3	1	58	1.22
762208--762295	32	2.8	32	83	8	108	35	3	1	60	1.21
764208--764232	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
765232--765298	34	2.0	34	82	5	82	58	7	0	34	1.26
765322--765359	9	4.2	9	83	10	51	0	23	2	73	0.95
765993--766018	10	2.6	10	100	0	52	69	0	0	30	0.89
766217--766252	10	3.5	10	85	7	54	75	2	0	22	0.94
766209--766261	21	2.5	20	76	11	61	67	9	1	20	1.28
766401--766475	38	1.9	40	83	5	100	57	4	1	37	1.26
766515--766584	10	7.1	10	72	19	58	65	1	0	32	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766506--766585	18	4.3	20	70	22	59	66	1	0	32	1.00
766508--766615	37	3.2	35	79	13	102	64	0	0	34	1.00
766506--766616	16	6.4	16	69	19	71	64	0	0	34	1.00
766509--766622	48	2.4	45	78	20	117	64	1	0	34	1.04
767165--767215	20	2.5	20	83	3	57	33	5	0	60	1.21
770946--771107	33	5.4	31	69	24	89	58	0	0	40	1.02
771007--771105	11	7.8	13	69	29	56	57	0	0	42	0.98
771012--771110	26	3.7	25	75	19	76	58	0	0	41	0.98
771000--771095	14	6.2	17	68	27	63	58	0	0	41	0.98
771013--771107	20	4.4	22	70	21	67	58	0	0	41	0.98
772724--772757	16	2.1	16	88	5	50	50	11	0	38	1.39
773032--773079	24	2.0	25	83	4	62	54	14	8	22	1.67
775852--775900	25	2.0	25	84	8	64	57	4	4	34	1.37
776422--776532	57	1.9	57	92	0	186	21	10	18	49	1.77
776565--776598	18	1.9	18	88	5	52	17	0	8	73	1.08
776592--776687	45	2.1	46	81	12	119	31	0	15	53	1.43
776803--776901	22	4.6	21	76	12	60	52	3	3	41	1.32
776857--776900	9	4.8	9	88	5	61	56	0	0	43	0.99
776860--776901	5	8.8	5	84	10	52	54	0	0	45	0.99
776841--776901	15	4.1	15	75	14	54	55	0	1	42	1.09
780642--780710	34	2.0	34	97	0	129	44	5	23	26	1.75
781661--781694	17	2.0	17	100	0	68	23	11	5	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784007--784084	39	2.0	39	85	5	104	55	1	1	42	1.16
784280--784305	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
784745--784793	22	2.3	21	79	10	55	34	2	0	63	1.06
784905--784965	21	2.7	23	72	12	63	34	3	0	62	1.12
784898--784945	21	2.2	21	85	3	60	37	2	0	60	1.09
785028--785063	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
792267--792298	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
795172--795253	33	2.5	33	78	7	87	52	2	2	42	1.27
801547--801576	15	2.1	15	93	6	53	3	20	6	70	1.25
804983--805035	21	2.6	20	75	3	52	15	18	0	66	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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