genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1801918--1801942	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1801899--1801961	19	3.7	18	74	24	64	31	12	19	36	1.89
1802014--1802041	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1808058--1808090	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1809786--1810021	118	2.0	118	87	3	341	30	12	14	42	1.82
1810174--1810208	17	1.9	19	88	11	56	54	5	5	34	1.48
1812015--1812051	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
1816716--1816747	16	2.0	16	100	0	64	37	31	6	25	1.81
1817612--1817637	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1823533--1823605	38	1.9	38	83	10	96	46	17	10	24	1.80
1824605--1824655	11	4.8	11	85	7	54	0	19	0	80	0.71
1824607--1824652	19	2.4	19	85	0	56	0	19	0	80	0.71
1824607--1824662	9	6.0	9	80	14	51	0	16	1	82	0.76
1829849--1830079	110	2.1	110	85	1	302	34	5	9	50	1.57
1831065--1831114	24	2.0	24	84	7	64	48	10	0	42	1.37
1831433--1831462	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1831886--1831965	40	2.0	40	90	4	126	38	11	18	31	1.86
1832536--1832650	59	1.9	62	82	8	148	32	8	6	53	1.56
1832625--1832698	29	2.5	30	74	17	73	36	14	2	45	1.60
1832627--1832690	29	2.3	27	81	10	74	37	14	1	46	1.53
1834824--1835242	79	5.3	78	77	12	360	36	11	23	28	1.90
1834834--1835242	158	2.6	158	83	8	494	36	11	23	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1837456--1837493	20	1.9	20	88	0	58	34	18	2	44	1.64
1838098--1838399	61	5.0	61	80	4	331	28	20	26	25	1.99
1841284--1841350	34	2.0	34	91	5	109	20	23	17	37	1.94
1841553--1841962	42	9.7	42	75	8	291	20	27	18	33	1.96
1841553--1841962	126	3.2	127	78	9	392	20	27	18	33	1.96
1841553--1842004	84	5.4	83	74	9	337	20	27	18	33	1.96
1842012--1842467	42	10.8	41	71	13	210	17	28	19	34	1.95
1842011--1842467	85	5.4	85	85	1	578	17	28	19	34	1.95
1842955--1843004	8	6.1	8	78	17	50	80	0	0	20	0.72
1842958--1843001	6	6.8	6	85	14	61	81	0	0	18	0.68
1842939--1842998	26	2.3	26	86	8	79	75	0	1	23	0.90
1842947--1843021	20	3.8	20	80	15	75	78	2	1	17	0.93
1843218--1843267	19	2.7	18	87	6	73	20	20	12	48	1.80
1857044--1857089	4	11.5	4	95	0	83	73	0	0	26	0.83
1858610--1858663	21	2.7	20	86	13	76	31	14	16	37	1.89
1858704--1858779	21	3.7	20	86	8	100	26	15	17	40	1.89
1858799--1858839	20	2.0	20	85	0	55	29	12	21	36	1.90
1859342--1859396	26	2.1	27	86	10	78	43	29	0	27	1.55
1861041--1861065	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1867380--1867420	20	2.0	20	85	0	55	29	12	21	36	1.90
1868944--1869163	117	1.9	116	82	6	275	35	7	24	32	1.84
1869054--1869467	78	5.3	78	80	7	423	35	11	24	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1871380--1871412	17	1.9	17	93	0	57	12	9	21	57	1.62
1871805--1871915	51	2.2	51	81	7	122	41	10	16	31	1.82
1877633--1877681	19	2.5	20	83	3	55	40	10	16	32	1.82
1878502--1878775	99	2.7	101	82	9	371	32	18	13	34	1.90
1883799--1884016	51	4.5	51	76	13	244	29	19	9	41	1.82
1883914--1883985	20	3.6	20	80	0	90	34	15	9	40	1.80
1884001--1884032	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
1884907--1884947	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
1888613--1888720	52	2.1	52	87	0	153	33	17	15	33	1.92
1888780--1888841	33	1.9	32	90	3	97	41	12	14	30	1.83
1889762--1890048	154	1.9	156	81	5	359	41	18	13	26	1.87
1892752--1892950	64	3.1	63	70	7	170	38	13	26	22	1.91
1892766--1893051	128	2.2	130	82	3	328	37	15	25	22	1.93
1893056--1893194	65	2.2	64	76	3	145	39	9	24	26	1.85
1893107--1893357	66	3.8	66	75	6	206	41	15	20	22	1.89
1893806--1894145	75	4.5	75	77	6	256	45	8	17	27	1.78
1893908--1894184	75	3.7	75	81	2	189	46	9	15	28	1.77
1904012--1904038	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1905521--1905587	33	2.0	33	85	5	91	23	28	17	29	1.97
1913043--1913135	44	2.0	44	83	6	114	15	17	39	27	1.89
1913038--1913146	47	2.3	48	76	13	127	16	18	36	28	1.92
1914440--1914535	44	2.2	43	85	3	122	44	17	28	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1914533--1914943	42	9.8	42	76	5	314	35	19	28	17	1.94
1914531--1914953	84	5.0	84	79	5	433	35	18	28	16	1.93
1925635--1925689	21	2.7	21	86	11	78	30	20	12	36	1.90
1925635--1925688	20	2.7	20	88	8	74	29	20	12	37	1.90
1925718--1925773	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
1925758--1925784	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1925739--1925803	32	2.0	32	90	3	103	38	15	18	27	1.91
1926381--1926410	15	2.0	15	100	0	60	26	13	0	60	1.34
1928244--1928285	13	3.2	13	96	0	75	40	16	11	30	1.85
1934454--1934479	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1934539--1934590	20	2.6	20	100	0	104	34	19	15	30	1.93
1934994--1935058	33	2.0	33	100	0	130	44	24	3	27	1.68
1936849--1936887	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1936873--1936951	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
1938966--1938996	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1940799--1940843	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1943058--1943083	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1943122--1943197	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1943143--1943215	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1943122--1943215	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1947270--1947327	29	2.0	29	93	0	98	18	15	36	29	1.92
1947504--1947670	76	2.2	76	91	3	268	14	17	40	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947539--1947672	29	5.1	26	69	25	86	14	17	41	26	1.88
1947721--1947909	76	2.5	75	80	1	209	18	17	38	25	1.93
1948686--1948735	18	2.8	18	78	0	55	18	0	6	76	0.99
1952433--1952479	22	2.1	22	84	7	60	55	10	6	27	1.58
1955159--1955211	20	2.7	20	85	5	63	33	15	16	33	1.90
1956800--1956833	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
1961004--1961041	20	1.9	20	100	0	76	42	10	15	31	1.81
1961077--1961113	13	2.8	13	91	0	65	37	16	5	40	1.71
1963594--1963666	20	3.7	19	83	7	76	30	15	16	38	1.89
1965625--1965657	16	2.1	16	94	0	57	66	0	0	33	0.92
1965625--1965657	11	3.1	11	86	8	50	66	0	0	33	0.92
1970343--1970386	23	1.9	23	90	0	70	47	0	4	47	1.22
1972768--1972816	7	7.3	7	73	17	50	79	0	0	20	0.73
1989257--1989321	33	2.0	32	87	3	94	30	15	13	40	1.86
1989288--1989381	20	4.8	20	88	6	122	34	13	19	32	1.91
1995542--1995569	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
1997476--1997577	38	2.7	38	93	1	168	35	4	21	38	1.75
1998120--1998146	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1998101--1998165	32	2.0	32	90	3	103	29	15	15	40	1.88
1998130--1998187	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
1998131--1998186	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
1998216--1998389	72	2.4	72	92	0	276	35	14	14	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006641--2006739	33	2.9	34	77	11	103	39	2	3	55	1.27
2006635--2006752	35	3.5	32	78	9	101	39	2	2	55	1.27
2009871--2009897	14	1.9	14	100	0	54	37	3	22	37	1.72
2019164--2019212	24	2.0	24	100	0	98	32	20	16	30	1.94
2020654--2020683	15	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
2021723--2021770	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2028800--2030088	155	8.3	153	72	9	729	39	19	16	25	1.91
2028825--2030097	621	2.0	620	83	5	1590	38	19	16	25	1.92
2032386--2033191	164	4.9	163	83	6	882	48	8	12	30	1.70
2032427--2033191	328	2.3	328	84	5	972	48	7	12	30	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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