genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239698--2239738	21	2.0	21	85	9	57	19	19	12	48	1.80
2239755--2239801	21	2.2	21	92	0	76	23	19	0	57	1.41
2239767--2239815	21	2.3	21	86	6	64	12	20	0	67	1.22
2244995--2245043	21	2.3	21	85	0	62	36	26	2	34	1.68
2245047--2245116	28	2.5	28	88	4	97	34	20	7	38	1.80
2249467--2249624	54	2.9	54	83	0	208	24	16	31	27	1.96
2250079--2250134	20	2.8	20	86	2	76	44	14	16	25	1.84
2250179--2250234	20	2.7	21	86	5	78	28	12	14	44	1.81
2252651--2253123	79	6.0	79	80	6	476	28	21	12	36	1.90
2252651--2253121	158	3.0	155	84	4	552	28	21	12	36	1.90
2252649--2253674	237	4.2	235	70	15	625	27	21	12	37	1.90
2253080--2253147	28	2.4	28	87	4	93	26	22	19	32	1.97
2253107--2253683	79	7.3	78	83	3	622	27	21	13	37	1.91
2253001--2253228	107	2.1	108	84	6	295	27	21	14	35	1.93
2252921--2253308	186	2.1	186	84	1	510	27	22	14	35	1.93
2252763--2253466	344	2.0	344	81	4	848	28	22	13	36	1.91
2253107--2253683	236	2.4	237	82	4	673	27	21	13	37	1.91
2253608--2253718	49	2.2	51	84	6	147	28	22	13	35	1.92
2253529--2253767	128	1.9	129	83	4	313	27	23	13	35	1.92
2262232--2262256	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2262256--2262282	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2266135--2266189	20	2.8	20	85	0	74	40	14	14	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266085--2266221	71	1.9	71	95	0	247	40	14	18	27	1.89
2267129--2267340	28	7.4	28	90	2	280	20	18	32	27	1.97
2268578--2268628	9	5.8	9	79	11	52	1	1	11	84	0.79
2268589--2268617	15	1.9	15	100	0	58	3	0	6	89	0.57
2268564--2268631	24	2.8	24	82	8	84	2	2	10	83	0.85
2277877--2277943	20	3.7	20	70	25	67	32	8	17	40	1.81
2277897--2277923	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
2277877--2277974	33	3.0	33	92	1	162	32	10	17	39	1.83
2277930--2277956	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2278016--2278146	52	2.5	52	96	0	244	35	18	16	29	1.93
2291911--2291947	15	2.5	15	100	0	74	83	5	10	0	0.79
2291927--2291967	10	3.9	10	84	9	55	85	2	9	2	0.78
2293422--2293541	34	4.0	30	73	14	95	21	34	15	28	1.94
2293456--2293640	34	5.7	34	77	10	206	17	35	13	33	1.89
2293452--2293671	61	3.5	61	85	10	282	17	35	14	33	1.90
2293456--2293703	61	3.9	61	83	10	185	18	34	14	32	1.91
2293682--2293970	32	9.0	32	90	3	440	28	34	18	19	1.95
2294009--2294379	43	8.0	43	81	11	355	22	25	19	32	1.98
2294232--2294436	52	3.9	52	94	0	338	21	25	19	34	1.96
2295273--2295299	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2295253--2295317	32	2.0	33	93	3	114	32	12	16	38	1.86
2295359--2295487	52	2.5	52	98	0	249	35	17	17	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303420--2303598	51	3.7	51	73	15	191	38	12	20	28	1.89
2303465--2303541	20	3.8	20	81	6	93	37	11	19	31	1.88
2303420--2303589	91	1.9	91	91	0	277	40	12	20	27	1.88
2318241--2318283	22	2.0	22	81	9	52	27	2	6	62	1.33
2318319--2318371	22	2.4	22	84	12	65	32	5	1	60	1.31
2318339--2318388	24	2.2	22	82	7	55	44	2	0	54	1.11
2319839--2319945	29	3.7	29	79	0	124	58	8	12	20	1.59
2319839--2319953	58	2.0	58	85	0	158	59	10	11	19	1.60
2322181--2322333	76	2.0	76	100	0	306	43	13	12	31	1.81
2322925--2322996	20	3.7	20	75	7	67	36	13	12	37	1.83
2322960--2323118	61	2.6	61	91	3	241	37	17	13	31	1.88
2323312--2323354	10	4.4	10	85	2	52	65	20	11	2	1.36
2327700--2327735	16	2.2	17	90	5	56	50	0	13	36	1.43
2329596--2329625	11	2.7	11	94	0	51	33	40	6	20	1.78
2331846--2331937	20	4.7	20	82	5	107	32	16	14	36	1.88
2331827--2331937	39	2.8	39	78	10	127	33	18	13	35	1.89
2331974--2332030	20	2.8	21	86	2	80	29	14	17	38	1.89
2335148--2335256	29	3.8	29	83	3	148	58	11	8	21	1.59
2335148--2335261	58	2.0	58	89	3	176	59	12	7	20	1.57
2336712--2336766	25	2.2	25	100	0	110	18	14	12	54	1.71
2337742--2337774	17	1.9	17	93	0	57	42	30	9	18	1.81
2338458--2338529	37	2.0	36	83	8	92	54	5	1	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340942--2341000	24	2.6	23	86	10	77	10	6	3	79	1.03
2340965--2341026	22	2.8	21	82	7	61	16	8	3	72	1.21
2340965--2341011	22	2.1	22	88	4	67	12	6	4	76	1.12
2342328--2342515	90	2.0	92	87	6	272	39	15	6	38	1.74
2345564--2345609	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
2347986--2348032	23	2.0	25	83	8	62	51	2	0	46	1.13
2348798--2348846	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
2351495--2351534	16	2.6	16	84	4	55	47	0	5	47	1.24
2352694--2352754	10	6.0	11	72	16	51	34	1	3	60	1.23
2352695--2352748	20	2.7	20	88	5	74	33	1	3	61	1.25
2353531--2353555	8	3.1	8	100	0	50	24	0	12	64	1.27
2355086--2355133	21	2.3	21	82	10	64	75	0	20	4	0.97
2356652--2356702	22	2.3	21	80	16	59	45	0	1	52	1.12
2356652--2356708	20	2.6	22	83	10	64	45	0	1	52	1.11
2363927--2364145	57	3.9	56	81	7	264	34	21	12	31	1.91
2363882--2364145	114	2.3	114	85	3	336	34	21	11	31	1.90
2370874--2370916	10	4.0	11	79	14	54	34	16	0	48	1.46
2372461--2372494	18	1.9	18	88	5	52	8	17	14	58	1.61
2373225--2373278	19	2.8	19	85	2	72	31	16	14	37	1.89
2375214--2375245	13	2.5	13	95	5	57	40	0	3	56	1.15
2376031--2376107	27	3.0	26	70	24	74	49	0	0	50	1.00
2377158--2377195	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2377623--2377658	18	1.9	19	88	5	56	38	2	5	52	1.39
2378063--2378099	19	2.0	19	89	5	58	45	0	5	48	1.25
2378284--2378355	22	3.2	22	71	19	60	50	0	2	47	1.15
2378265--2378326	18	3.6	17	70	10	54	51	0	0	48	1.00
2378437--2378504	23	3.1	21	68	21	50	51	2	2	42	1.32
2378289--2378504	43	4.9	44	71	13	142	49	2	2	45	1.27
2378665--2378717	22	2.2	25	83	9	67	54	1	0	43	1.11
2378653--2378721	22	3.0	22	77	10	57	55	2	1	40	1.24
2378692--2378753	14	4.5	14	83	2	63	51	0	4	43	1.23
2378700--2378764	27	2.4	26	76	5	67	49	0	4	46	1.22
2378740--2378781	19	2.2	19	83	8	50	54	0	0	45	0.99
2383392--2383424	8	4.4	8	85	14	52	0	12	0	87	0.53
2383394--2383424	14	2.2	14	100	0	62	0	12	0	87	0.55
2387766--2388394	61	10.0	61	78	10	291	30	13	31	24	1.94
2387746--2388394	31	20.7	31	80	8	536	30	14	30	24	1.94
2387746--2388401	92	7.0	92	81	7	642	30	14	31	24	1.94
2389680--2389721	13	3.5	13	87	9	54	0	0	16	83	0.65
2390656--2390680	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
2392294--2392811	172	3.0	172	90	2	779	31	15	22	30	1.95
2398150--2398180	11	2.8	11	95	0	53	77	0	3	19	0.90
2398635--2398693	23	2.5	24	78	18	61	10	8	1	79	1.00
2403932--2404013	33	2.5	33	84	4	103	39	15	12	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403955--2404013	13	5.0	13	71	23	58	40	15	13	30	1.86
2406547--2406612	13	5.1	13	83	0	87	36	10	15	37	1.82
2406547--2406611	26	2.5	26	97	0	121	35	10	15	38	1.82
2411130--2411164	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
2412817--2412871	19	2.8	20	77	5	67	40	14	12	32	1.84
2412870--2412999	20	6.7	19	82	4	143	37	15	17	29	1.91
2412888--2413002	20	5.8	20	84	4	162	37	16	16	29	1.91
2412870--2412999	39	3.3	39	94	0	224	37	15	17	29	1.91
2414903--2414961	31	1.9	31	89	0	91	44	10	6	38	1.65
2421161--2421189	12	2.3	13	94	5	51	65	27	0	6	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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