genome.fa.s247.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold247
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4737410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134892--135173	150	1.9	149	86	6	410	54	4	1	39	1.32
135055--135122	23	3.0	23	76	4	75	55	1	0	42	1.08
135022--135090	31	2.3	28	77	22	77	56	0	1	42	1.08
135601--135635	2	17.5	2	87	0	52	2	48	2	45	1.32
139543--139587	23	2.0	23	86	8	65	26	0	2	71	0.98
139551--139594	23	1.9	24	81	9	56	31	0	2	65	1.05
139977--140007	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
140168--140262	29	3.1	31	72	13	79	45	0	0	54	0.99
140167--140262	32	3.0	32	72	15	83	45	0	0	54	0.99
140167--140236	29	2.4	30	81	6	83	40	0	0	60	0.97
140705--140748	23	1.9	23	85	0	61	59	0	2	38	1.10
140711--140763	23	2.3	24	81	15	67	56	1	1	39	1.21
147764--147815	21	2.5	22	81	15	65	53	0	0	46	1.00
147760--147827	29	2.3	29	80	14	70	50	0	0	50	1.00
147776--147827	15	3.5	15	80	20	65	48	0	0	51	1.00
148391--148455	31	2.1	32	88	2	96	50	4	7	36	1.52
150440--150464	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
150688--150721	13	2.8	12	86	8	50	61	0	0	38	0.96
150942--150991	15	3.5	14	82	12	50	42	4	2	52	1.31
152739--152787	14	3.6	14	78	15	59	51	0	0	48	1.00
152731--152798	17	4.0	17	80	17	70	51	0	0	48	1.00
152738--152790	26	1.9	29	88	11	85	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154229--154278	18	2.7	18	81	12	57	46	0	0	54	1.00
155869--155919	14	3.7	13	80	12	57	49	1	0	49	1.12
155869--155918	21	2.4	21	83	6	57	48	2	0	50	1.12
157105--157133	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
157351--157393	10	4.1	11	79	8	54	58	0	4	37	1.19
157351--157389	21	1.9	20	89	5	60	58	0	5	35	1.20
157407--157456	18	2.8	18	87	6	66	56	0	2	42	1.11
158509--158562	19	2.8	20	86	8	67	37	0	0	62	0.95
158523--158611	32	2.8	31	77	17	85	39	2	0	58	1.11
158532--158611	16	5.0	17	74	15	73	40	2	0	57	1.12
159758--159807	26	1.9	26	84	8	66	52	0	0	48	1.00
159790--159843	14	3.6	14	74	13	54	59	0	0	40	0.98
161140--161250	56	2.0	57	92	7	192	48	4	13	33	1.63
161569--161597	3	10.0	3	92	7	51	65	0	0	34	0.93
162996--163030	18	1.9	18	88	11	54	65	0	0	34	0.93
164089--164118	3	10.0	3	92	0	51	36	0	30	33	1.58
167267--167328	28	2.2	28	83	8	74	54	1	4	38	1.31
167346--167374	14	2.0	15	93	6	51	79	6	0	13	0.93
170792--170832	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
171213--171245	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
171875--171905	14	2.1	15	94	5	55	41	0	0	58	0.98
173083--173146	28	2.2	30	83	10	89	46	1	1	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173083--173171	32	3.0	28	75	13	88	49	1	1	48	1.16
179780--179840	22	2.5	25	74	17	65	57	0	0	42	0.98
179776--179844	13	5.1	14	75	12	63	57	0	0	42	0.98
179964--180036	32	2.3	31	76	9	76	52	1	1	45	1.18
180073--180184	59	1.9	59	85	3	154	44	4	12	38	1.62
181857--181899	19	2.3	19	87	0	59	6	30	0	62	1.21
182761--182870	56	2.0	56	92	0	184	37	8	12	41	1.73
182814--182950	69	2.0	69	94	0	238	37	5	13	42	1.69
182994--183036	23	1.9	23	86	13	63	48	0	2	48	1.14
183053--183164	38	3.0	37	81	12	113	36	0	5	58	1.21
184579--184632	17	3.3	17	77	15	60	57	0	0	42	0.98
184570--184651	32	2.6	33	80	5	89	52	0	0	47	1.00
184580--184666	32	2.9	30	75	14	81	55	1	0	43	1.07
184666--184712	24	2.0	24	83	8	60	61	4	4	29	1.34
184722--184762	20	2.0	20	90	9	66	68	0	4	26	1.10
185360--185421	32	1.9	32	93	0	106	40	0	4	54	1.22
186929--186986	28	2.1	28	96	0	107	51	12	6	29	1.65
187426--187472	21	2.2	22	81	11	62	44	0	2	53	1.12
187511--187572	24	2.6	23	73	16	63	43	11	1	43	1.50
188391--188417	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
189441--189479	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
190758--190793	18	2.0	18	94	0	63	50	2	5	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190786--190855	24	2.9	24	75	10	61	38	4	1	55	1.28
191021--191133	58	2.0	58	84	8	151	53	1	5	38	1.34
191902--191951	25	1.9	26	88	8	75	60	0	10	30	1.30
192607--192636	15	2.0	15	93	0	51	50	0	3	46	1.18
194354--194507	8	19.0	8	67	27	51	40	0	1	57	1.10
194423--194513	19	5.1	18	70	20	66	38	0	1	60	1.04
195115--195158	19	2.3	20	80	11	56	34	9	0	56	1.31
195488--195524	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
195544--195568	5	5.0	5	100	0	50	20	80	0	0	0.72
198271--198343	16	4.4	16	73	21	62	34	1	2	61	1.19
198339--198404	28	2.4	28	80	10	73	53	0	0	46	1.00
198363--198416	27	2.0	27	86	13	76	46	0	0	53	1.00
198804--198828	13	1.9	13	100	0	50	8	16	12	64	1.49
198945--198999	27	2.1	27	83	10	69	45	1	0	52	1.11
201680--201711	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
203226--203324	17	5.5	17	68	17	74	45	0	1	53	1.07
203199--203321	37	3.3	36	80	7	124	43	1	1	52	1.20
203352--203393	11	3.8	11	78	12	50	47	0	0	52	1.00
203370--203444	39	1.9	39	84	12	102	50	4	1	44	1.29
205424--205486	30	2.1	29	91	2	99	23	30	0	46	1.53
210121--210260	29	4.7	28	78	14	122	62	0	2	34	1.15
210122--210260	30	4.7	29	76	13	113	61	0	2	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210682--210752	30	2.4	30	100	0	142	38	0	5	56	1.23
210762--210806	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
214079--214108	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
217150--217189	20	2.0	20	85	9	55	52	0	0	47	1.00
218880--218920	20	2.0	21	90	4	66	34	2	0	63	1.08
219068--219122	22	2.5	22	80	13	62	43	0	0	56	0.99
219178--219214	17	2.3	17	86	9	51	45	0	8	45	1.32
220077--220122	7	6.6	7	79	18	51	41	0	0	58	0.98
220078--220118	19	2.0	21	86	9	59	41	0	0	58	0.98
220240--220274	18	2.0	18	88	5	54	65	0	5	28	1.15
220746--220797	20	2.5	21	75	12	54	36	0	0	63	0.95
220765--220830	32	2.1	32	82	5	80	37	0	0	62	0.96
220806--220886	26	3.0	24	73	22	65	44	2	1	51	1.22
224878--225071	58	3.3	58	86	2	255	16	20	32	30	1.94
224917--225103	58	3.2	58	83	2	187	17	19	33	29	1.95
235899--235963	32	2.0	32	82	5	78	38	0	3	58	1.14
235915--235978	26	2.7	24	84	15	89	40	0	1	57	1.08
235930--235996	25	2.7	24	84	11	73	40	0	2	56	1.14
236131--236168	16	2.2	17	90	9	60	50	0	2	47	1.15
236147--236213	30	2.3	29	77	10	75	55	0	1	43	1.09
238557--238595	17	2.3	18	91	8	64	56	5	2	35	1.35
238763--238803	3	13.7	3	90	10	66	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238761--238803	16	2.8	16	93	6	72	37	0	0	62	0.95
238758--238803	19	2.4	19	92	3	74	39	0	0	60	0.97
238939--238968	14	2.2	13	94	5	51	33	0	0	66	0.92
239086--239157	25	3.0	24	70	18	62	52	0	1	45	1.09
239078--239167	21	4.1	21	70	19	60	56	0	2	41	1.11
239490--239534	21	2.1	21	84	8	56	33	4	0	62	1.15
239859--239919	24	2.5	24	82	7	79	39	0	4	55	1.21
240976--241013	11	3.2	12	85	11	51	31	2	0	65	1.06
244826--244871	23	2.0	24	82	4	58	43	2	6	47	1.41
246410--246437	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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