genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9216--9435	58	3.8	58	77	9	182	40	4	18	36	1.70
9246--9437	29	6.7	29	78	8	187	40	4	17	38	1.69
13020--13120	53	1.9	53	85	4	141	21	14	30	32	1.94
16916--16959	16	2.8	16	85	0	52	63	2	2	31	1.19
17039--17085	16	2.9	16	72	15	51	51	8	6	34	1.58
20079--20105	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24038--24076	21	2.0	20	85	10	53	33	0	0	66	0.92
25186--25233	14	3.4	14	75	16	53	45	0	0	54	0.99
25153--25235	15	5.6	15	69	21	50	45	0	0	54	0.99
25167--25235	29	2.3	30	92	2	113	44	0	0	55	0.99
25157--25221	16	4.2	16	73	25	59	44	0	0	55	0.99
25240--25277	17	2.3	17	86	4	51	36	0	0	63	0.95
25418--25462	11	4.3	11	80	8	58	33	0	0	66	0.92
25628--25692	3	21.3	3	73	14	53	64	1	1	32	1.12
25620--25695	22	3.3	22	79	13	82	67	1	1	30	1.07
25628--25694	15	4.4	14	81	9	62	65	1	1	31	1.10
25620--25696	25	3.2	24	82	12	97	67	1	1	29	1.07
29203--29361	43	3.7	41	78	9	151	32	12	18	35	1.89
33609--34110	250	2.0	251	94	0	889	35	19	11	33	1.87
35471--35518	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
35636--35694	26	2.3	27	82	8	70	49	1	0	49	1.11
37460--37580	41	3.0	41	78	0	134	41	10	13	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41142--41206	34	1.9	34	83	0	85	29	26	12	32	1.92
42322--42376	21	2.7	21	83	11	69	34	21	10	32	1.89
42405--42460	19	2.9	19	86	2	76	33	16	17	32	1.92
42445--42471	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
43042--43165	56	2.2	56	95	0	221	28	29	3	39	1.72
44984--45012	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
51233--51288	19	2.9	19	86	2	76	33	16	17	32	1.92
51273--51299	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
53328--53367	21	1.9	21	100	0	80	15	15	22	47	1.82
55962--55996	18	1.9	18	88	0	52	28	20	31	20	1.97
56506--56682	53	3.4	52	82	4	221	25	15	31	27	1.96
56519--56599	26	3.1	26	66	22	69	24	17	33	24	1.96
65770--65846	29	2.8	27	77	11	84	45	0	1	53	1.08
66017--66068	20	2.4	23	76	23	67	28	1	0	69	0.99
66789--66820	14	2.3	14	100	0	64	21	15	18	43	1.87
66920--66965	20	2.4	19	82	13	58	34	0	2	63	1.07
67428--67453	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
70978--71039	28	2.2	30	86	13	87	58	6	0	35	1.24
73689--73713	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
78801--78835	18	1.9	18	94	0	61	0	28	17	54	1.43
79375--79442	28	2.4	29	79	16	72	45	0	0	54	0.99
80245--80284	21	1.9	21	90	10	64	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81948--81997	16	3.1	17	76	23	63	48	0	0	52	1.00
81893--82015	14	8.2	15	69	25	57	42	0	0	57	0.98
81936--82015	31	2.5	32	88	6	110	45	0	0	55	0.99
81975--82031	26	2.3	25	82	8	64	43	0	0	56	0.99
82003--82103	33	3.1	32	72	22	93	59	0	0	39	1.04
82396--82438	13	3.7	12	81	15	54	41	0	2	55	1.12
82544--82598	16	3.6	16	80	9	69	43	0	0	56	0.99
82544--82585	14	2.9	14	85	7	57	42	0	0	57	0.99
83253--83291	21	1.9	19	85	10	51	48	0	2	48	1.15
84285--84361	28	2.8	27	78	11	84	38	1	0	59	1.06
84285--84385	30	3.3	30	74	20	93	38	0	0	60	1.04
84457--84491	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
84734--84790	21	2.8	21	82	10	73	59	1	0	38	1.08
84761--84820	16	3.4	18	77	17	72	58	0	0	41	0.98
84818--84850	18	1.9	17	88	11	50	57	3	0	39	1.14
84909--84963	19	3.0	19	87	10	71	69	0	0	30	0.89
86244--86268	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
87532--87567	16	2.3	16	85	4	56	50	0	0	50	1.00
87781--87814	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
87766--87815	12	4.2	12	78	21	52	0	52	0	48	1.00
87924--87957	8	3.8	9	88	11	52	29	0	0	70	0.87
91917--91956	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93909--93947	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
96362--96387	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
97465--97512	16	3.1	16	79	11	64	47	12	4	35	1.60
97887--97933	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
99411--99442	11	2.8	11	95	4	55	31	0	0	68	0.90
104255--104328	38	2.0	37	94	2	130	33	21	18	25	1.96
104300--104424	62	2.0	62	86	6	173	33	22	16	28	1.95
104301--104422	31	3.9	31	82	8	142	32	22	15	28	1.95
105244--105272	15	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
106896--106948	23	2.3	24	78	15	58	41	1	3	52	1.30
120853--120877	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
122659--122703	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
125183--125209	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
127473--127545	2	38.5	2	79	15	84	47	1	2	47	1.24
127474--127545	32	2.2	32	85	4	101	48	1	2	47	1.25
127473--127569	12	8.6	12	72	15	66	46	2	4	47	1.33
128680--128733	27	2.1	26	93	6	92	25	9	14	50	1.73
130452--130585	50	2.6	51	94	1	225	29	16	13	41	1.86
131488--131528	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
132754--132813	27	2.3	27	82	2	77	25	25	15	35	1.94
136805--136849	17	2.7	16	83	10	54	60	4	2	33	1.29
137632--137670	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138210--138239	15	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
141036--141090	15	3.7	15	76	9	60	63	1	0	34	1.05
141023--141092	16	4.7	15	71	10	54	61	1	1	35	1.14
141692--141736	19	2.2	21	84	7	58	55	4	4	35	1.40
141858--141919	26	2.4	26	94	0	106	25	4	12	56	1.56
143083--143138	18	3.1	17	82	12	60	37	3	0	58	1.15
143311--143370	17	3.6	17	72	14	54	58	10	0	31	1.31
143246--143393	16	9.1	16	66	16	63	52	12	1	33	1.47
144765--144818	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
145840--145877	20	1.9	19	94	5	67	55	0	0	44	0.99
145812--145889	20	3.8	20	80	6	61	55	1	3	39	1.26
146250--146295	14	3.6	13	82	11	51	54	0	0	45	0.99
149244--149283	6	6.5	6	85	5	53	62	0	0	37	0.95
149193--149289	50	2.0	48	82	11	117	51	0	0	48	1.00
150360--150415	17	3.3	17	73	9	60	51	1	0	46	1.11
150342--150423	34	2.4	34	87	0	119	54	1	0	43	1.07
156127--156152	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
156850--156893	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
159080--159110	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
160914--160958	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
163261--163313	20	2.7	20	100	0	106	33	20	15	30	1.93
164336--164361	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164316--164379	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
166905--166943	13	3.0	13	96	0	69	41	15	12	30	1.85
169020--169050	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
173443--173489	22	2.1	22	100	0	94	51	25	4	19	1.65
177952--178005	20	2.7	20	91	2	81	35	16	9	38	1.81
181132--181863	61	12.3	60	82	6	751	27	18	26	26	1.98
181071--181863	180	4.4	180	82	5	885	28	18	26	26	1.98
181738--181833	30	3.2	30	63	18	72	29	16	28	26	1.97
187243--187360	51	2.3	51	85	0	164	33	14	22	28	1.94
187343--187416	28	2.7	28	85	6	98	27	22	29	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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