genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  14  of  20  ( 2389 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976674--1976796	54	2.4	51	86	6	158	32	23	12	31	1.91
1976780--1976908	27	4.7	27	85	8	172	24	31	20	24	1.98
1976783--1976908	55	2.3	55	100	0	252	23	31	20	23	1.98
1976862--1977040	79	2.3	79	90	5	274	25	26	16	31	1.97
1976973--1977192	51	4.3	51	80	5	174	30	24	11	33	1.91
1977011--1977192	52	3.5	51	84	3	220	30	24	10	34	1.90
1977175--1977255	28	2.9	28	83	8	94	24	29	16	29	1.96
1984714--1985067	155	2.3	156	83	3	448	24	14	20	40	1.90
1991459--1991587	52	2.5	52	93	0	231	28	17	17	35	1.93
1991596--1991620	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1991673--1991736	19	3.7	19	74	23	77	35	17	10	35	1.85
1991665--1991735	32	2.2	32	94	0	124	35	18	11	35	1.86
1992780--1992838	21	2.8	21	77	10	57	59	1	20	18	1.47
1999327--1999390	33	1.9	33	87	0	92	34	15	14	35	1.88
2001094--2001157	33	1.9	33	81	6	76	32	15	14	37	1.87
2001187--2001260	20	3.8	19	83	5	85	37	14	13	33	1.86
2003287--2003331	20	2.2	20	84	8	54	13	28	40	17	1.88
2007540--2007564	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2007519--2007583	32	2.0	32	90	3	103	29	16	16	36	1.92
2007553--2007606	21	2.7	20	88	5	74	29	16	18	35	1.93
2007651--2007681	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2007635--2007701	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013585--2013636	20	2.6	20	100	0	104	30	19	11	38	1.87
2016195--2016225	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2016179--2016245	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
2017749--2017811	19	3.6	19	72	24	75	34	20	12	31	1.90
2017736--2017811	32	2.4	32	95	0	134	34	19	14	31	1.92
2023208--2023261	20	2.7	20	88	5	74	35	18	14	31	1.91
2023342--2023368	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2027721--2027851	51	2.5	52	83	3	140	46	12	11	29	1.77
2027892--2027943	20	2.5	21	87	3	79	30	17	13	38	1.88
2031024--2031058	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
2031677--2031718	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
2034585--2034745	84	1.9	83	97	1	304	23	8	19	48	1.76
2037928--2037963	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2038416--2038453	16	2.4	16	86	8	51	73	0	2	23	0.95
2040599--2040661	24	2.7	23	82	7	81	50	4	6	38	1.49
2044548--2044574	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
2044735--2044784	16	3.1	16	72	11	57	36	0	10	54	1.34
2044723--2044802	32	2.5	31	88	6	115	41	3	10	45	1.56
2045666--2045707	19	2.2	19	91	0	66	61	11	9	16	1.55
2046304--2046336	9	3.8	9	84	8	50	45	0	0	54	0.99
2046295--2046340	17	2.6	17	93	3	74	43	0	2	54	1.12
2046810--2046834	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2046832--2046858	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
2047020--2047096	16	4.8	16	81	0	73	46	3	10	38	1.56
2047013--2047090	32	2.4	32	80	2	93	47	2	10	39	1.51
2047922--2047974	17	3.2	16	84	10	72	56	11	1	30	1.45
2048672--2048795	62	2.0	62	100	0	248	41	16	6	35	1.74
2050358--2050382	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2050767--2050804	20	1.9	20	88	0	58	42	0	2	55	1.14
2051741--2051771	15	2.0	16	93	6	55	90	0	9	0	0.46
2051981--2052024	12	3.8	12	81	6	54	70	0	0	29	0.88
2051983--2052046	30	2.1	31	85	8	87	65	0	0	34	0.93
2051978--2052060	28	2.9	28	77	10	78	63	0	0	36	0.94
2051981--2052033	11	4.9	11	74	25	51	69	0	0	30	0.88
2052479--2052508	12	2.5	12	94	0	51	66	3	6	23	1.30
2053159--2053232	36	2.1	36	87	5	105	33	13	16	36	1.88
2056771--2056821	20	2.5	20	80	3	57	37	11	21	29	1.89
2056879--2056993	51	2.2	52	89	1	169	26	14	15	42	1.86
2059296--2059606	81	3.9	79	75	7	268	28	26	12	33	1.92
2059296--2059607	160	1.9	162	81	2	378	28	26	12	33	1.92
2059489--2059682	80	2.4	80	79	4	185	27	23	11	36	1.90
2061492--2061601	58	1.9	58	84	1	150	20	16	30	31	1.95
2061512--2061604	29	3.2	30	75	6	102	23	15	29	32	1.95
2061701--2061757	29	2.0	28	82	3	69	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061836--2062008	37	4.8	36	81	7	165	25	17	24	31	1.97
2061836--2062013	74	2.5	73	80	7	184	25	17	24	32	1.97
2061942--2062018	37	2.1	37	87	4	102	27	15	20	36	1.93
2062170--2062277	55	2.0	55	85	3	146	34	11	24	30	1.90
2064347--2064411	34	1.9	33	90	3	103	32	18	13	35	1.90
2064778--2064938	63	2.6	63	90	0	259	33	17	15	33	1.91
2073037--2073102	22	3.0	22	93	0	114	19	33	21	25	1.97
2073586--2073746	63	2.6	63	87	0	232	34	16	15	34	1.90
2078391--2078443	19	2.7	19	80	11	63	33	13	15	37	1.86
2078785--2078839	3	18.7	3	96	3	103	65	0	0	34	0.93
2082220--2082284	33	2.0	33	84	6	87	29	16	15	38	1.90
2082312--2082367	19	2.9	19	89	2	76	33	16	14	35	1.88
2092988--2093013	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2093122--2093170	21	2.4	21	83	6	57	30	20	0	48	1.50
2095498--2095562	32	2.0	32	85	8	87	30	13	15	40	1.86
2095528--2095584	20	3.0	20	82	7	73	33	14	17	35	1.90
2096679--2096704	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2099256--2099291	13	2.8	13	95	0	63	33	13	19	33	1.91
2101349--2101386	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
2103032--2103076	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2105286--2105343	13	4.0	13	76	23	62	29	13	15	41	1.86
2105266--2105361	32	3.0	32	96	1	174	28	12	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105266--2105361	19	5.6	19	70	28	90	28	12	15	43	1.83
2105413--2105468	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
2116889--2116951	1	63.0	1	74	0	54	87	7	1	3	0.71
2116891--2116949	11	5.9	10	79	18	61	86	8	1	3	0.75
2116888--2116950	8	8.0	8	79	13	60	85	9	1	3	0.77
2116889--2116951	19	3.4	17	83	14	72	87	7	1	3	0.71
2116889--2116951	14	4.5	14	78	7	65	87	7	1	3	0.71
2120866--2120986	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
2120866--2121006	52	2.7	52	85	4	187	29	17	19	34	1.94
2120995--2121019	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2121083--2121107	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2121061--2121127	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2121806--2122159	28	12.2	28	82	7	361	29	29	17	23	1.97
2121812--2122163	57	6.1	56	82	8	370	29	28	17	24	1.97
2121810--2122162	85	4.1	85	83	9	419	29	28	16	24	1.97
2121812--2122202	28	13.2	32	80	10	220	29	27	17	25	1.97
2122233--2122337	45	2.2	47	83	6	124	22	28	16	32	1.96
2123047--2123173	20	5.8	20	69	23	78	28	16	13	41	1.86
2123037--2123218	51	3.8	50	76	17	206	28	15	12	42	1.84
2126473--2126497	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2130274--2130662	63	6.2	62	75	5	273	43	14	20	21	1.87
2130275--2130613	125	2.7	126	78	5	303	44	14	20	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130432--2130530	32	3.1	32	72	21	91	45	12	21	21	1.84
2132551--2132617	33	2.0	33	88	0	98	35	8	7	47	1.63
2135955--2136008	20	2.7	20	76	2	54	38	12	14	33	1.85
2144306--2144330	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
2144910--2144966	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
2144996--2145048	20	2.7	20	82	5	63	35	13	16	33	1.88
2145134--2145208	39	1.9	39	97	0	141	45	20	14	20	1.85
2147037--2147106	34	2.1	34	100	0	140	28	8	27	35	1.86
2150981--2151023	18	2.3	19	84	4	52	25	2	2	69	1.12
2151107--2151138	15	2.1	15	94	0	55	31	6	0	62	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20