genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1687913--1687980	26	2.6	26	97	0	127	63	5	2	27	1.32
1689787--1689838	21	2.5	20	74	20	52	34	0	25	40	1.56
1691170--1691516	180	1.9	176	84	7	450	38	8	26	27	1.84
1691647--1691681	17	2.1	17	94	5	63	74	0	25	0	0.82
1692907--1692975	25	2.8	25	70	12	61	23	18	23	34	1.96
1698032--1698083	20	2.7	20	76	11	54	40	13	11	34	1.81
1698988--1699112	34	3.6	34	82	5	135	34	20	12	32	1.90
1699573--1699627	20	2.8	20	94	0	101	32	12	14	40	1.84
1699573--1699649	41	1.9	40	86	7	111	33	12	12	40	1.82
1700727--1700927	79	2.6	78	83	2	224	29	16	28	24	1.97
1700879--1700950	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
1700828--1701328	263	1.9	263	88	3	767	31	13	26	27	1.94
1700938--1701323	52	7.4	52	71	11	225	32	12	25	29	1.93
1703668--1703693	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1703733--1703787	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
1706577--1706601	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1706589--1706626	20	1.9	20	100	0	76	26	13	15	44	1.83
1706761--1706800	21	2.1	18	86	13	53	60	20	7	12	1.56
1706961--1706994	17	2.0	17	88	0	50	64	5	5	23	1.38
1711183--1711282	51	2.0	51	87	0	146	39	13	14	34	1.84
1712210--1712369	80	2.0	80	97	0	302	41	9	16	31	1.81
1714884--1714940	13	3.9	13	72	24	51	36	14	15	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1714864--1714964	32	3.1	32	94	1	175	35	11	16	35	1.86
1714862--1714959	19	5.8	18	69	28	81	34	12	16	36	1.86
1715000--1715026	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1714916--1715098	86	2.1	84	81	8	201	36	16	15	31	1.90
1715014--1715162	52	2.9	51	91	3	244	34	18	17	30	1.94
1718598--1718642	20	2.3	20	96	3	83	20	8	15	55	1.66
1719801--1719839	17	2.3	17	86	8	53	74	2	0	23	0.94
1720124--1720278	81	1.9	80	83	8	199	36	23	10	29	1.88
1725208--1725346	51	2.7	52	86	1	190	44	11	14	29	1.80
1725402--1725455	20	2.7	20	85	8	65	33	16	9	40	1.80
1726035--1726167	61	2.2	61	97	0	248	42	12	22	23	1.87
1726197--1726302	52	2.1	49	83	8	126	35	13	22	28	1.92
1726215--1726367	52	2.9	52	84	3	175	37	12	23	26	1.90
1726504--1727334	32	27.2	32	75	8	298	24	16	27	30	1.96
1726536--1726738	95	2.1	95	82	6	241	27	18	23	30	1.98
1726587--1726884	31	9.4	32	79	6	162	25	15	27	31	1.96
1726753--1727296	31	18.1	31	80	8	278	23	15	30	31	1.95
1726753--1727334	93	6.5	93	72	14	344	23	15	29	31	1.95
1726922--1727140	28	7.6	28	75	10	169	24	16	28	30	1.96
1726857--1727142	143	2.0	143	86	1	394	24	16	29	29	1.96
1727003--1727335	184	1.8	182	83	3	445	23	15	28	31	1.96
1727318--1727650	91	3.7	90	79	4	287	33	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1727390--1727515	62	2.0	62	86	1	173	36	11	24	27	1.89
1727319--1727884	30	19.0	30	74	6	269	30	12	30	26	1.92
1727531--1727783	118	2.1	118	85	7	327	28	12	33	25	1.92
1727528--1728004	29	16.3	30	74	13	255	29	13	31	25	1.94
1727528--1728004	58	8.1	58	75	10	283	29	13	31	25	1.94
1727261--1728005	88	8.4	88	77	8	455	31	13	29	26	1.94
1732780--1732855	20	3.8	20	80	0	98	34	13	13	39	1.83
1736919--1736943	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1736899--1736963	33	2.0	32	85	11	87	32	16	15	35	1.91
1739362--1739411	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
1739369--1739411	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
1741347--1741570	113	2.0	113	99	0	439	25	21	11	41	1.86
1745827--1745880	20	2.7	19	83	11	65	33	18	14	33	1.92
1746268--1746320	20	2.7	20	82	2	63	33	13	20	32	1.91
1747210--1747260	20	2.5	20	96	0	93	41	17	13	27	1.87
1747259--1747313	20	2.7	20	80	2	65	43	14	16	25	1.86
1747365--1747390	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1747345--1747412	33	2.1	32	91	2	109	33	19	13	33	1.90
1749458--1749482	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
1751379--1751425	22	2.0	22	84	8	58	31	2	29	36	1.70
1752010--1752067	19	3.1	18	85	11	80	36	15	15	32	1.89
1752011--1752066	20	2.8	20	89	7	80	33	16	16	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1752111--1752141	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
1752095--1752161	33	2.0	33	88	5	100	32	13	16	37	1.88
1758113--1758175	19	3.6	19	76	24	84	39	15	15	28	1.89
1758131--1758188	13	4.0	13	76	23	62	39	15	15	29	1.88
1758113--1758208	32	3.0	32	93	4	158	40	16	14	28	1.88
1758242--1758285	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1760416--1760468	21	2.5	21	78	9	63	64	3	9	22	1.40
1760394--1760461	21	3.2	21	74	13	61	57	4	13	25	1.54
1764373--1764411	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1764853--1764895	20	2.1	21	91	4	70	16	46	27	9	1.77
1766033--1766075	22	2.0	20	86	8	59	13	9	13	62	1.53
1766989--1767014	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1766971--1767034	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
1767068--1767111	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1768143--1768278	51	2.6	52	89	1	193	43	11	14	30	1.81
1770980--1771061	21	4.1	20	85	6	112	37	17	12	32	1.86
1770980--1771061	41	2.0	40	88	6	121	37	17	12	32	1.86
1771097--1771164	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1771099--1771161	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1771118--1771142	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1771204--1771229	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1771184--1771250	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1773695--1773767	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1773750--1773920	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1773903--1773984	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
1786375--1786454	13	5.9	13	79	16	65	81	7	11	0	0.88
1786376--1786454	14	5.8	14	80	12	76	82	6	11	0	0.84
1786376--1786437	14	4.6	14	89	2	83	85	8	6	0	0.74
1786375--1786453	27	3.0	26	75	15	81	81	7	11	0	0.89
1787420--1788997	55	28.3	55	87	5	2076	27	29	20	22	1.98
1787583--1787670	26	3.3	26	68	14	79	27	31	19	21	1.97
1789684--1789760	21	3.8	20	84	5	91	38	14	12	33	1.84
1789679--1789760	41	2.0	40	86	6	112	37	15	12	34	1.85
1789796--1789863	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1789798--1789860	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1789817--1789841	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1789903--1789928	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1789883--1789949	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1792393--1792465	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1792448--1792618	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1792601--1792682	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
1794501--1794611	59	2.0	54	83	15	138	46	10	10	31	1.73
1795986--1796044	28	2.1	29	84	9	77	22	13	13	50	1.76
1805570--1805729	80	2.0	79	90	3	250	44	17	4	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1808332--1808382	22	2.4	21	77	6	59	33	0	0	66	0.92
1810904--1810938	16	2.2	16	94	0	61	62	0	0	37	0.95
1815419--1815487	20	3.5	20	69	20	56	69	1	2	26	1.11
1815826--1815862	17	2.2	17	90	0	56	45	2	0	51	1.15
1816193--1816232	20	1.9	21	85	10	55	52	7	5	35	1.51
1821917--1821962	24	2.0	23	95	4	83	71	0	19	8	1.11
1822761--1822859	48	2.1	48	92	0	162	50	13	7	29	1.67
1822975--1823069	46	2.0	47	90	6	149	49	6	18	25	1.71
1823819--1823889	29	2.4	30	79	6	83	14	22	14	49	1.78
1823879--1823992	46	2.4	47	82	5	131	20	20	14	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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