genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606017--2606135	42	2.8	42	75	8	116	16	19	13	50	1.78
2605844--2606205	169	2.1	169	82	3	433	17	20	14	46	1.83
2605840--2606205	85	4.3	85	77	7	341	17	20	15	46	1.84
2607231--2607535	167	1.8	164	80	10	370	32	11	7	49	1.66
2608312--2608364	28	1.9	27	85	11	72	73	0	20	5	1.03
2610040--2610070	4	7.8	4	92	0	53	25	3	25	45	1.69
2611903--2612275	154	2.4	153	84	5	493	33	10	7	48	1.65
2612747--2612817	26	2.9	25	78	14	78	74	1	21	2	1.02
2612771--2612812	12	3.6	12	80	3	50	73	0	23	2	0.94
2613123--2613197	20	3.8	20	78	0	87	33	12	12	42	1.79
2613123--2613200	40	2.0	39	87	2	111	33	11	12	42	1.79
2617443--2617484	20	2.1	20	86	0	57	11	9	7	71	1.31
2628373--2629565	28	41.5	28	86	3	1432	29	30	16	23	1.96
2628371--2629595	57	21.2	57	86	4	1557	28	30	16	23	1.96
2628373--2629595	115	10.6	114	87	3	1569	28	30	17	23	1.96
2630103--2630177	20	3.8	20	76	0	87	34	13	10	41	1.79
2630103--2630180	40	2.0	39	87	2	111	34	12	11	41	1.80
2635621--2635666	21	2.2	20	82	14	58	43	17	15	23	1.87
2636506--2636686	52	3.5	52	92	3	310	29	18	17	34	1.93
2636749--2636813	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
2636744--2636811	32	2.1	32	97	0	127	36	17	11	33	1.86
2636768--2636792	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637498--2638153	52	13.6	51	75	14	518	31	17	25	25	1.97
2637543--2638070	145	3.7	144	89	2	740	31	17	25	24	1.97
2637643--2637927	93	3.0	93	79	11	271	32	17	26	23	1.97
2637498--2638153	197	3.4	189	79	11	592	31	17	25	25	1.97
2637938--2638015	39	2.0	39	94	0	138	23	23	24	29	1.99
2637502--2638167	91	7.0	95	79	12	537	30	17	25	25	1.97
2638158--2638247	32	2.8	32	84	5	110	35	14	31	18	1.91
2638219--2638485	58	4.6	59	87	3	348	20	16	33	29	1.94
2638229--2638485	27	8.9	27	76	13	237	18	17	33	31	1.94
2639924--2640008	10	8.4	10	82	10	93	1	1	11	85	0.70
2639912--2639993	18	4.5	17	82	13	92	1	1	10	86	0.68
2639912--2640008	19	5.1	19	82	12	110	2	1	12	84	0.76
2639912--2639995	30	2.7	31	87	12	111	1	1	10	86	0.67
2639913--2639993	37	2.2	37	86	10	112	1	1	11	86	0.69
2639912--2640008	20	5.1	20	82	9	105	2	1	12	84	0.76
2639927--2639995	1	69.0	1	79	0	75	0	1	8	89	0.53
2652815--2652860	21	2.2	20	82	14	58	43	17	15	23	1.87
2653779--2653803	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2653841--2653941	32	3.1	32	89	1	157	34	15	13	35	1.88
2653865--2653921	13	3.9	13	74	24	51	31	14	17	36	1.89
2654862--2654911	21	2.4	21	80	3	57	68	2	0	30	1.01
2655032--2655068	3	12.7	3	94	5	67	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655026--2655068	12	3.6	11	90	9	59	72	0	0	27	0.85
2658013--2658345	112	3.0	112	84	1	409	34	15	12	37	1.85
2658718--2658761	21	2.1	21	100	0	88	34	13	15	36	1.87
2658836--2659001	81	2.0	81	84	1	215	22	16	14	46	1.83
2658853--2659052	81	2.5	82	86	1	276	21	15	15	48	1.81
2659078--2659133	23	2.4	24	84	6	78	30	7	14	48	1.70
2659103--2659348	88	2.8	86	86	3	303	22	17	12	47	1.81
2661069--2661269	79	2.5	78	82	10	237	37	13	21	27	1.91
2661118--2661290	79	2.2	78	82	8	208	35	14	23	27	1.93
2661236--2661343	53	2.0	53	87	3	155	33	17	22	26	1.96
2661357--2661473	51	2.3	52	83	4	157	30	11	26	30	1.92
2661147--2661563	130	3.2	130	85	4	502	33	13	24	28	1.93
2661488--2661584	51	1.9	51	91	0	158	32	9	25	31	1.88
2661147--2661610	130	3.6	129	83	5	479	33	12	24	28	1.93
2661484--2661600	51	2.3	51	83	2	155	29	10	29	29	1.90
2663919--2663967	20	2.5	19	86	6	71	46	12	12	28	1.77
2664407--2664454	22	2.2	22	85	7	62	64	10	4	20	1.41
2664832--2665157	80	4.1	81	77	9	303	36	11	23	28	1.90
2664786--2665131	80	4.3	80	77	9	285	35	12	23	28	1.91
2664786--2665157	161	2.3	161	79	7	387	36	11	23	28	1.90
2665110--2665225	51	2.2	52	84	3	144	33	11	24	31	1.90
2668939--2669331	163	2.4	163	79	5	348	51	9	10	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2669209--2669507	154	1.9	154	82	5	372	51	8	12	27	1.68
2670669--2670790	43	2.9	42	79	2	145	31	19	30	18	1.96
2671747--2671965	78	2.8	78	82	5	255	31	16	24	27	1.96
2673546--2674274	361	2.0	361	98	0	1413	26	20	17	36	1.94
2684490--2684720	125	1.8	127	86	3	342	39	14	12	32	1.84
2684587--2684868	153	1.9	150	87	6	417	40	12	13	34	1.82
2685587--2685991	201	2.0	200	90	1	641	23	17	16	41	1.89
2686926--2686951	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2687013--2687085	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2686990--2687067	21	3.7	21	75	6	77	28	15	11	44	1.81
2686990--2687085	41	2.3	42	92	3	158	29	16	12	41	1.85
2689528--2689552	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2691567--2691597	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2695659--2695684	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2695746--2695818	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2695723--2695818	41	2.3	42	94	3	167	29	17	12	40	1.86
2696282--2696348	35	2.0	32	86	13	91	55	11	13	19	1.69
2704187--2704211	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2704196--2704252	19	3.0	20	76	7	64	33	12	17	36	1.87
2710629--2710669	22	2.0	21	85	9	57	29	17	0	53	1.44
2711297--2711734	231	1.9	231	96	0	804	25	28	20	25	1.99
2714168--2714572	201	2.0	200	90	2	634	23	17	16	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714927--2714993	35	2.0	32	86	13	91	55	11	13	19	1.69
2722823--2722847	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2722832--2722888	19	3.0	20	76	7	64	33	12	17	36	1.87
2729267--2729307	22	2.0	21	85	9	57	29	17	0	53	1.44
2729935--2730372	231	1.9	231	96	0	804	25	28	20	25	1.99
2732806--2733210	201	2.0	200	90	2	634	23	17	16	42	1.89
2733566--2733632	35	2.0	32	86	13	91	55	11	13	19	1.69
2741471--2741495	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2741480--2741536	19	3.0	20	76	7	64	33	12	17	36	1.87
2747914--2747954	22	2.0	21	85	9	57	29	17	0	53	1.44
2748582--2749019	231	1.9	231	96	0	804	25	28	20	25	1.99
2752843--2752868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2765416--2765465	20	2.5	20	93	3	84	24	16	18	42	1.89
2770275--2770305	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2770259--2770325	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
2774975--2775011	13	2.8	13	95	0	65	32	16	16	35	1.91
2776964--2777042	21	3.8	21	81	13	101	45	0	25	29	1.54
2776976--2777029	18	2.8	19	88	11	83	48	0	22	29	1.51
2777617--2777659	20	2.0	22	91	8	72	46	23	13	16	1.83
2778728--2778767	14	3.1	13	86	10	55	82	0	17	0	0.67
2780333--2780519	60	3.1	60	86	4	263	22	17	14	44	1.85
2780333--2780566	120	2.0	119	83	7	296	20	16	16	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2781682--2781865	66	2.8	65	73	11	171	19	23	13	44	1.85
2781517--2781996	131	3.7	129	79	5	446	18	22	13	45	1.84
2781699--2781995	65	4.6	65	72	9	228	18	21	14	45	1.84
2782057--2782204	66	2.3	65	83	1	170	19	19	12	47	1.81
2782097--2782506	131	3.1	129	76	10	370	17	21	12	48	1.80
2782369--2782783	171	2.4	171	83	7	486	18	22	14	44	1.85
2782721--2783377	131	5.0	130	74	8	418	17	21	15	46	1.84
2782689--2783298	66	9.2	66	69	10	327	17	21	15	45	1.85
2783236--2783675	172	2.6	169	78	6	434	17	22	14	46	1.83
2783561--2783833	65	4.2	65	76	5	246	19	21	13	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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