genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187397--187518	51	2.4	50	80	4	145	31	13	26	28	1.93
187458--187752	79	3.8	79	85	4	384	32	14	24	28	1.94
187688--187864	51	3.5	50	83	6	214	34	12	25	27	1.92
190154--190223	20	3.8	20	71	24	82	40	14	20	25	1.90
190173--190201	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
190154--190223	33	2.1	33	97	0	131	40	14	20	25	1.90
190327--190381	21	2.6	21	100	0	110	32	18	21	27	1.96
190925--190997	36	2.1	36	84	5	96	28	24	15	31	1.95
198534--198643	51	2.2	51	91	4	186	36	10	24	29	1.88
198584--198980	158	2.5	158	82	4	435	35	12	25	27	1.91
198586--198980	79	5.0	77	78	8	350	34	12	25	27	1.91
201439--201493	20	2.7	21	91	2	85	49	12	12	25	1.76
204395--204435	21	1.9	21	85	5	55	34	9	0	56	1.32
217511--217540	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
219747--219782	18	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
220842--220882	21	2.0	21	85	9	57	56	0	2	41	1.13
221215--221281	36	1.9	35	85	11	93	29	23	11	34	1.91
221721--221764	22	2.0	22	90	0	70	38	11	20	29	1.87
221891--221915	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
222931--222987	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
222973--223001	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
222989--223041	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223073--223140	33	2.1	32	89	8	102	35	17	14	32	1.91
224558--224615	15	3.9	16	73	10	52	43	0	0	56	0.99
224576--224615	16	2.4	17	84	16	57	42	0	0	57	0.98
225538--225572	10	3.4	10	88	4	52	40	0	0	60	0.97
226112--226165	15	3.6	15	72	25	51	46	0	1	51	1.11
226107--226166	29	2.0	30	84	9	79	45	1	1	51	1.21
226199--226249	26	2.0	26	88	0	75	43	0	0	56	0.99
226199--226262	12	5.2	12	73	15	51	45	0	0	54	0.99
226206--226304	47	2.0	48	84	11	128	48	0	2	49	1.12
227396--227454	25	2.4	24	78	10	66	52	0	5	42	1.23
230930--230956	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
231122--231412	30	9.5	30	70	16	129	15	58	2	23	1.49
231125--231444	36	8.0	39	73	16	230	16	58	2	22	1.48
231181--231366	6	31.0	6	76	8	83	12	60	2	24	1.43
231139--231408	45	6.2	44	72	17	172	14	58	2	24	1.48
231268--231444	30	5.8	30	73	16	141	15	59	1	23	1.45
231379--231453	36	2.1	36	84	0	96	18	57	1	22	1.48
231714--231923	96	2.2	99	82	7	243	25	43	7	23	1.79
233605--233684	33	2.5	31	82	9	97	47	8	15	28	1.75
235100--235273	74	2.4	74	89	2	271	47	8	5	39	1.55
238170--238201	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
238325--238368	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238170--238472	166	1.8	165	95	0	552	27	14	7	50	1.69
239946--239988	17	2.5	17	92	0	68	69	2	13	13	1.28
240456--240515	21	2.9	21	84	0	75	30	11	16	41	1.84
242568--242610	16	2.6	16	75	17	52	53	2	2	41	1.26
244401--244470	23	3.0	23	78	0	86	37	10	21	31	1.86
252055--252095	21	1.9	22	85	14	59	53	21	2	21	1.57
253725--253766	16	2.7	15	88	7	57	19	2	0	78	0.86
253594--254056	183	2.5	183	86	2	660	41	9	10	39	1.71
254894--254929	9	4.1	9	89	3	56	8	0	2	88	0.59
255340--255711	163	2.3	166	78	6	373	49	10	9	30	1.68
258073--258136	13	5.4	13	75	21	68	34	15	15	34	1.90
258053--258152	33	3.0	33	94	5	168	33	18	14	35	1.90
258086--258151	20	3.7	20	73	26	83	33	18	15	33	1.92
258181--258238	21	2.8	21	94	0	107	31	17	13	37	1.89
258224--258283	13	5.1	13	69	22	60	40	16	16	26	1.90
258237--258302	20	3.7	20	73	26	83	39	18	18	24	1.92
258223--258302	33	2.4	33	100	0	160	38	18	17	25	1.92
258845--258944	52	1.9	52	100	0	200	37	28	4	31	1.75
269691--269728	20	1.9	19	94	5	67	28	18	15	36	1.92
269713--269737	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
270735--270768	17	2.0	17	94	0	59	26	23	26	23	2.00
276779--276824	3	15.3	3	95	0	83	30	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278492--278538	20	2.4	20	89	3	69	42	17	8	31	1.79
279489--279531	19	2.3	19	100	0	86	13	13	11	60	1.59
284249--284346	44	2.2	44	94	0	169	33	8	6	52	1.56
288247--288292	24	1.9	24	100	0	92	28	4	17	50	1.65
291769--291856	34	2.7	32	72	19	83	44	0	0	55	0.99
292384--292434	20	2.7	18	74	14	57	47	0	1	50	1.12
292795--292819	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
293859--293899	19	2.1	20	86	4	57	34	0	0	65	0.93
294426--294459	13	2.6	13	80	0	50	38	5	8	47	1.59
295272--295327	31	2.0	30	86	13	75	58	0	0	41	0.98
295286--295353	15	4.5	15	67	15	50	57	1	0	41	1.08
296319--296362	23	1.9	23	86	9	63	34	0	0	65	0.93
303958--304019	16	4.1	16	70	16	51	51	0	0	48	1.00
303961--304017	28	2.0	28	82	0	69	52	0	0	47	1.00
305096--305168	31	2.3	32	85	4	94	52	1	5	41	1.33
307204--307243	21	2.0	21	85	5	55	0	27	2	70	1.01
307438--307494	10	5.2	11	79	12	55	42	0	0	57	0.98
307482--307515	8	4.2	8	92	0	59	38	0	0	61	0.96
310217--311006	79	10.1	79	79	6	757	27	24	12	35	1.91
310217--311006	157	5.0	155	80	5	741	27	24	12	35	1.91
318185--318235	25	2.0	25	100	0	102	37	11	0	50	1.39
323081--323175	42	2.3	40	76	18	104	53	1	1	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323133--323181	23	2.1	23	85	7	64	48	0	0	51	1.00
323140--323173	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
323163--323193	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
330088--330136	24	2.0	26	88	8	75	63	0	2	34	1.06
330087--330133	21	2.4	19	82	7	58	65	0	2	31	1.04
330118--330200	33	2.5	33	78	7	89	54	1	2	42	1.21
331420--331480	18	3.5	17	72	14	54	60	0	11	27	1.31
332860--332898	5	8.0	5	88	5	62	76	0	0	23	0.78
332860--332898	14	2.7	14	92	4	60	76	0	0	23	0.78
334437--334490	16	3.2	18	71	28	64	44	0	0	55	0.99
334439--334498	16	3.8	16	75	16	61	45	0	0	55	0.99
334457--334504	24	1.9	25	87	8	71	45	0	0	54	0.99
334500--334534	11	3.2	11	87	0	52	31	0	2	65	1.07
335282--335438	5	31.2	5	68	14	74	59	0	3	36	1.13
335278--335438	11	15.4	11	71	16	87	59	0	3	37	1.13
335282--335434	27	5.4	27	72	16	123	60	0	3	36	1.13
335602--335634	16	2.1	16	88	11	50	45	0	0	54	0.99
335984--336108	32	4.0	31	75	19	109	60	0	0	39	0.97
336020--336070	17	3.1	17	73	21	63	56	0	0	43	0.99
336258--336282	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
337201--337249	23	2.1	24	84	3	64	44	0	0	55	0.99
337213--337259	23	2.0	24	84	12	62	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337213--337260	25	2.0	23	88	8	69	41	0	0	58	0.98
337579--337639	29	2.0	31	81	15	74	52	3	3	40	1.34
338023--338080	26	2.2	26	87	3	80	67	0	0	32	0.91
338046--338133	22	3.9	23	74	22	80	56	0	0	43	0.99
338054--338133	9	8.6	10	73	17	50	55	0	0	45	0.99
338721--338791	17	4.1	16	70	13	52	63	1	0	35	1.03
338882--338928	23	2.0	25	87	8	71	36	2	0	61	1.08
338833--338966	55	2.6	51	73	14	121	49	2	0	47	1.19
339023--339060	15	2.5	16	83	12	53	52	2	0	44	1.14
340391--340453	21	3.0	21	78	15	60	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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