genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444052--2444388	95	3.6	93	77	7	324	22	22	14	40	1.91
2444346--2444617	137	2.0	138	83	2	350	23	25	10	40	1.86
2444307--2444623	46	6.9	46	80	2	298	22	24	11	41	1.87
2446845--2446892	19	2.5	19	96	0	87	33	10	18	37	1.85
2446946--2446973	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2446926--2446991	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
2448409--2448520	30	3.7	30	85	1	152	25	29	18	25	1.98
2448409--2448591	31	5.9	31	79	7	176	24	30	16	29	1.96
2448403--2448644	62	4.0	61	81	8	226	23	29	15	30	1.96
2448532--2448812	33	8.6	32	75	11	189	23	30	13	33	1.92
2448620--2448812	101	1.9	102	82	5	248	23	30	12	34	1.91
2448524--2448784	68	4.0	66	80	11	277	22	30	12	34	1.91
2448862--2449283	43	9.1	43	79	12	340	25	27	17	29	1.98
2448818--2449319	49	10.5	49	79	10	470	24	27	18	30	1.98
2448818--2449380	284	2.0	285	83	2	727	24	26	18	30	1.98
2450163--2450299	19	7.7	19	71	20	73	32	12	20	34	1.90
2450185--2450276	32	2.9	32	98	0	175	30	11	21	35	1.90
2450184--2450338	83	1.9	83	97	0	292	30	12	21	36	1.90
2450268--2450338	32	2.2	32	97	0	133	29	12	21	36	1.90
2450217--2450327	51	2.2	51	98	0	213	28	11	22	36	1.89
2450383--2450410	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2453661--2453712	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2455765--2455808	20	2.2	20	91	4	70	9	22	43	25	1.82
2456239--2456276	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2462443--2462468	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2462423--2462486	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2464978--2465031	20	2.7	20	100	0	108	25	14	14	44	1.84
2467321--2467487	51	3.3	51	77	8	160	29	23	14	32	1.94
2467613--2467782	51	3.3	50	78	10	182	30	28	11	30	1.92
2474185--2474760	288	2.0	289	98	0	1118	30	14	26	27	1.95
2480148--2480185	15	2.5	15	84	12	51	89	2	7	0	0.57
2480148--2480183	19	1.9	18	88	5	54	88	2	8	0	0.59
2480148--2480188	14	2.9	14	85	7	55	87	2	9	0	0.62
2481262--2481505	55	4.3	55	86	6	294	29	27	20	22	1.98
2481164--2481715	265	2.1	268	87	4	792	27	28	18	25	1.98
2481527--2481718	55	3.4	55	81	8	240	29	28	19	23	1.98
2481582--2481867	155	1.8	155	91	1	475	27	29	18	24	1.98
2481757--2481945	61	3.1	60	82	5	229	25	29	16	28	1.97
2481311--2482150	216	3.9	215	87	3	1121	26	28	18	26	1.98
2481953--2482161	61	3.5	60	80	7	232	25	27	19	27	1.99
2484142--2484235	20	4.7	19	83	7	116	29	17	11	41	1.84
2486800--2486968	51	3.3	50	75	10	146	30	27	10	30	1.90
2488188--2488306	51	2.3	50	86	2	157	31	27	10	30	1.91
2488025--2488435	131	3.1	128	80	9	384	28	25	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488190--2488522	182	1.8	180	83	5	438	29	26	10	34	1.90
2488371--2488485	51	2.3	49	83	5	140	29	26	11	33	1.91
2490449--2490483	4	8.8	4	93	0	52	22	5	0	71	1.07
2493278--2493330	20	2.7	20	84	0	61	32	11	16	39	1.85
2500849--2500880	16	2.0	17	88	11	50	9	21	18	50	1.75
2504931--2504984	20	2.7	21	85	8	76	35	18	12	33	1.89
2509219--2509245	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2511558--2511598	21	1.9	22	85	5	57	41	4	31	21	1.74
2520799--2520833	12	2.8	13	91	8	56	82	0	0	17	0.66
2520798--2520833	13	2.8	12	88	12	54	83	0	0	16	0.65
2522486--2522705	79	2.8	79	83	0	278	28	27	12	31	1.93
2523153--2523201	23	2.2	22	81	3	53	14	2	16	67	1.33
2524571--2524804	130	1.8	130	91	0	389	43	13	11	31	1.80
2524667--2525160	183	2.8	178	84	7	622	43	10	10	35	1.74
2526501--2526525	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2528966--2529851	129	6.9	129	74	6	550	29	18	31	20	1.96
2528989--2529777	43	18.4	43	78	2	604	29	18	31	19	1.96
2529576--2529817	43	5.6	43	84	2	143	26	18	33	22	1.97
2528966--2529849	86	10.3	86	75	5	590	29	18	31	20	1.96
2530498--2530818	170	1.9	170	83	2	412	17	22	13	47	1.82
2530495--2530859	85	4.3	85	74	6	308	16	22	14	46	1.83
2536429--2536882	153	3.0	153	78	7	374	31	9	9	49	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536497--2536882	153	2.5	153	83	3	465	32	9	9	48	1.68
2537367--2537417	20	2.6	20	85	11	70	82	0	15	1	0.76
2540734--2540775	22	2.0	21	90	4	66	80	9	4	4	0.99
2541404--2541736	112	3.0	112	86	2	420	34	16	12	36	1.87
2542413--2542456	23	1.9	23	90	0	70	34	6	11	47	1.66
2542466--2542664	88	2.3	88	83	1	247	22	16	13	47	1.81
2543617--2543664	22	2.2	22	85	7	62	64	10	4	20	1.41
2543616--2543665	23	2.2	23	79	13	59	66	10	4	20	1.38
2543968--2544381	80	5.2	79	81	7	388	34	11	25	28	1.91
2544315--2544433	51	2.3	53	86	2	161	36	9	25	29	1.87
2544365--2544553	79	2.4	79	80	0	216	33	10	27	28	1.90
2545923--2545948	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2545903--2545966	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2547899--2548184	153	1.9	153	91	2	466	43	11	11	33	1.77
2549379--2550093	165	4.3	165	81	4	721	52	8	11	27	1.66
2549537--2550214	333	2.0	328	79	7	719	51	8	11	28	1.69
2551105--2551205	43	2.4	42	80	9	116	31	17	30	19	1.95
2551124--2551371	42	5.9	42	72	8	137	31	17	30	20	1.96
2551450--2551550	41	2.4	42	80	1	114	27	16	31	23	1.96
2552222--2552414	78	2.5	78	79	0	224	27	17	25	29	1.97
2564898--2565137	126	1.9	127	84	4	324	41	13	10	34	1.79
2565003--2565282	150	1.9	148	85	7	395	41	11	12	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565950--2566354	201	2.0	200	91	0	657	23	18	17	40	1.90
2575813--2576090	61	4.6	61	81	2	299	25	23	20	30	1.98
2575813--2576156	61	5.6	61	74	9	241	26	22	19	31	1.98
2579150--2579618	79	5.9	79	82	5	488	28	25	12	33	1.93
2579183--2579611	237	1.8	236	82	6	555	28	25	13	32	1.94
2579500--2579725	107	2.1	107	85	3	312	24	22	17	35	1.95
2579579--2579648	28	2.5	29	81	11	92	22	24	20	32	1.97
2579605--2579780	79	2.2	79	82	9	216	26	22	15	35	1.94
2581912--2581961	4	12.5	4	91	0	82	26	2	0	72	0.96
2586955--2587366	79	5.2	79	82	5	458	28	25	12	33	1.93
2587905--2587949	4	11.2	4	86	9	65	24	2	0	73	0.95
2588723--2589087	182	2.0	182	93	1	624	41	9	12	36	1.75
2589714--2590390	141	4.6	143	83	6	806	32	17	24	25	1.97
2589710--2590390	49	14.0	49	84	5	830	32	17	25	25	1.97
2590383--2590510	33	4.0	32	87	8	181	20	17	34	27	1.95
2590383--2590510	65	2.0	63	89	6	195	20	17	34	27	1.95
2590496--2590558	33	1.9	33	83	6	83	33	15	28	22	1.95
2590557--2590760	27	7.1	27	78	13	194	26	15	35	22	1.93
2590491--2590886	34	12.6	31	73	16	232	29	14	34	21	1.93
2590528--2590695	89	1.9	89	83	4	223	26	15	36	21	1.93
2590491--2590795	120	2.5	115	83	8	351	28	15	34	21	1.94
2590871--2590985	31	3.7	31	82	6	151	26	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590867--2590985	63	1.9	62	89	1	184	26	16	31	25	1.97
2591928--2591978	23	2.2	23	82	0	57	0	17	1	80	0.81
2591939--2591975	19	1.9	20	94	5	67	0	13	2	83	0.74
2599146--2599265	52	2.3	52	95	0	213	30	15	17	36	1.91
2599146--2599285	52	2.7	52	86	4	185	30	15	18	35	1.92
2599274--2599298	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2599363--2599387	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2601092--2601575	181	2.8	177	86	7	638	42	10	11	35	1.76
2602777--2603211	165	2.6	163	79	5	446	51	8	11	28	1.69
2604222--2605194	43	22.7	43	79	2	794	28	18	32	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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