genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  5  of  20  ( 2389 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637036--637620	55	10.4	55	87	5	816	26	25	21	25	2.00
637044--637601	226	2.5	220	89	6	859	26	25	21	25	2.00
637033--637620	281	2.1	281	91	3	959	26	25	21	25	2.00
638461--638524	19	3.7	19	72	23	77	34	10	18	35	1.86
638462--638537	32	2.4	32	93	0	134	34	13	18	34	1.89
639286--639324	20	1.9	21	89	5	62	33	7	17	41	1.79
639379--639404	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
641810--641856	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
641978--642003	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
648074--648117	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
648151--648204	19	2.7	20	85	11	74	27	14	18	38	1.90
650933--651151	78	2.8	79	85	2	298	29	25	11	33	1.91
653056--653097	21	2.0	21	86	4	59	23	14	11	50	1.76
656021--656064	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
658815--659004	103	1.9	101	85	4	265	47	14	12	25	1.80
659258--659330	23	3.2	23	64	24	64	50	19	8	21	1.73
659255--659346	45	2.0	45	97	0	175	50	17	7	25	1.72
662464--662499	17	2.1	17	89	0	54	86	2	11	0	0.68
668902--668947	23	2.0	23	95	0	83	39	6	28	26	1.81
671539--671579	17	2.3	18	84	15	59	36	0	0	63	0.95
671572--671622	19	2.6	20	84	9	70	60	0	0	39	0.97
671573--671622	20	2.6	20	87	6	77	62	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671721--671760	21	2.0	20	90	9	64	27	5	7	60	1.45
674081--674127	24	2.0	23	84	8	60	59	4	0	36	1.17
674079--674130	23	2.3	21	81	12	59	55	3	0	40	1.18
675075--675140	1	66.0	1	75	0	51	3	9	1	86	0.74
675074--675140	20	3.5	20	83	6	84	2	10	1	85	0.78
675089--675139	26	1.9	26	88	4	75	1	9	1	86	0.73
675848--675893	23	2.1	22	88	11	69	30	0	2	67	1.03
677734--677762	12	2.5	12	94	5	51	10	24	6	58	1.55
680323--680576	136	1.9	136	92	3	431	26	12	19	41	1.87
681582--681620	8	5.0	8	87	6	53	84	0	12	2	0.72
681582--681620	15	2.5	15	91	4	60	84	0	12	2	0.72
683521--683581	16	3.8	16	78	6	61	47	3	1	47	1.28
685747--685802	26	2.2	26	83	6	69	23	10	26	39	1.87
687034--687173	51	2.7	52	82	5	160	21	14	31	32	1.93
687080--687369	52	5.6	51	85	4	343	24	12	32	30	1.92
691041--691096	21	2.7	21	80	5	60	44	16	12	26	1.83
693623--693835	78	2.7	78	75	11	227	30	20	8	40	1.83
693832--694011	79	2.3	79	86	5	249	29	22	12	35	1.91
693706--693961	127	2.0	125	82	4	309	29	20	10	39	1.86
693838--694121	79	3.6	78	75	9	216	29	21	10	37	1.88
693652--694043	206	1.9	207	84	2	529	30	19	10	39	1.85
693876--694121	79	3.1	82	78	7	231	29	20	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694347--694395	24	2.1	22	81	7	53	14	4	18	63	1.46
706735--706981	101	2.4	102	77	11	254	23	12	32	31	1.92
706860--706974	49	2.2	50	82	13	135	19	14	35	30	1.92
713427--713575	80	1.9	80	86	9	214	28	22	12	36	1.91
722170--722220	22	2.3	23	86	10	70	43	1	0	54	1.11
722370--722422	16	3.4	16	80	15	74	45	0	0	54	0.99
722368--722418	15	3.3	15	79	15	68	45	0	0	54	0.99
722466--722509	14	3.1	15	80	9	56	56	0	0	43	0.99
722968--723006	21	1.9	20	85	15	53	61	0	0	38	0.96
723080--723108	9	3.3	9	90	9	51	65	0	0	34	0.93
724084--724118	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
725593--725653	16	3.8	16	74	8	61	54	1	3	40	1.27
726502--726538	16	2.3	16	90	0	56	64	0	2	32	1.07
729951--730030	18	4.5	17	81	10	90	51	1	1	46	1.17
729959--730035	36	2.1	37	86	11	106	53	1	1	44	1.17
731052--731091	20	2.0	20	85	0	53	30	2	2	65	1.19
734653--734693	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
736392--736455	29	2.2	28	83	5	83	37	20	3	39	1.68
738659--738703	18	2.4	18	82	10	56	62	4	4	28	1.34
740751--740807	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
740731--740828	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
740729--740826	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740869--740893	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
740882--741030	52	2.9	50	87	6	199	33	17	16	32	1.93
745979--746096	61	1.9	61	100	0	236	33	13	19	33	1.91
750638--750760	44	2.8	43	93	1	201	43	15	17	24	1.87
756162--756217	26	2.1	26	83	6	67	60	0	0	39	0.97
756180--756227	21	2.2	22	85	10	64	64	0	0	35	0.94
758673--758737	30	2.3	27	82	12	69	47	0	0	52	1.00
758725--758774	12	4.2	12	79	7	57	48	2	2	48	1.24
759342--759374	17	1.9	18	88	11	52	42	0	3	54	1.15
760446--760482	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
760989--761021	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
761508--761549	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
762529--762562	17	2.0	17	94	0	59	47	2	11	38	1.55
764478--764785	158	2.0	152	94	3	535	37	19	13	30	1.90
764818--765070	121	2.1	121	96	0	463	30	18	15	35	1.92
765645--765707	19	3.7	18	70	25	64	33	11	15	39	1.83
765647--765717	32	2.2	32	92	0	115	33	11	16	38	1.85
765761--765785	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
765741--765807	34	2.0	33	88	2	98	25	17	13	43	1.86
768261--768336	27	2.8	28	85	2	100	23	35	21	19	1.96
768290--768466	79	2.2	79	81	2	203	23	30	17	28	1.97
768319--768596	130	2.1	130	99	0	547	23	28	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768449--768654	79	2.6	79	74	6	202	25	27	15	32	1.95
774758--776013	55	21.9	54	84	8	1237	27	27	19	24	1.99
774762--776013	346	3.6	336	84	8	1508	27	27	20	24	1.99
774760--776013	401	3.1	398	86	6	1657	27	27	20	24	1.99
775549--775631	26	3.1	26	62	16	60	32	30	19	18	1.95
775561--775650	29	3.2	29	67	20	82	28	30	18	22	1.97
775739--775880	29	5.1	29	63	24	90	28	30	19	21	1.97
776696--776788	19	5.6	17	70	27	67	33	15	16	35	1.89
776694--776796	32	3.2	32	95	0	179	32	14	17	35	1.90
776715--776769	13	3.8	13	75	25	56	36	14	16	32	1.89
776840--776864	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
776820--776886	34	2.0	33	88	2	98	25	17	13	43	1.86
779296--779371	28	2.7	28	86	8	93	25	30	15	28	1.96
779426--779633	79	2.6	79	80	4	258	27	24	12	35	1.91
789942--790003	1	62.0	1	73	0	52	87	6	6	0	0.68
789942--789985	9	4.9	9	91	8	72	88	9	2	0	0.59
789943--790003	8	7.8	8	85	7	63	86	6	6	0	0.69
789942--790003	15	4.0	15	79	12	63	87	6	6	0	0.68
790955--791138	94	1.9	94	83	10	237	23	29	16	30	1.96
791070--791368	55	5.4	54	84	6	350	27	28	19	24	1.99
791180--791578	210	1.9	210	88	3	606	26	28	19	26	1.99
791416--791657	61	4.1	60	81	6	244	24	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791416--791657	122	2.0	119	82	7	296	24	26	19	28	1.99
791648--791809	42	3.8	44	77	12	149	20	27	11	40	1.87
791648--791829	42	4.2	42	73	8	143	19	26	10	42	1.85
791819--791915	40	2.4	40	82	6	106	18	22	9	49	1.76
791819--791905	41	2.1	42	81	12	99	20	21	9	48	1.77
794570--794643	28	2.7	27	79	10	87	25	31	18	24	1.98
794629--794745	51	2.3	51	85	4	155	29	30	11	28	1.92
794698--794909	79	2.7	78	78	6	241	27	23	14	34	1.93
797533--797929	164	2.4	166	76	9	389	49	7	11	31	1.66
799445--799491	22	2.2	22	84	3	60	38	0	4	57	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20