genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1258859--1259321	209	2.2	208	81	4	538	33	13	25	27	1.93
1259277--1259350	28	2.6	29	85	10	100	22	17	32	27	1.97
1259336--1259467	51	2.6	51	80	0	165	31	10	27	31	1.90
1261811--1261836	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1261823--1261864	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
1261889--1261942	21	2.7	20	75	8	56	38	12	12	35	1.82
1262556--1262854	42	7.2	42	70	19	105	39	12	28	20	1.88
1262675--1262854	42	4.1	44	76	12	176	41	12	27	18	1.86
1262741--1262854	43	2.7	42	84	9	151	38	15	26	19	1.92
1262991--1263181	55	3.4	55	79	11	222	25	20	25	28	1.99
1262991--1263162	61	2.9	61	83	8	207	26	20	25	27	1.99
1263046--1263341	155	1.9	154	91	0	484	26	19	28	25	1.99
1263201--1263394	54	3.4	55	85	7	239	23	21	27	26	1.99
1262838--1263497	209	3.1	211	85	6	804	26	19	28	25	1.99
1277048--1277121	28	2.6	28	84	0	85	24	17	32	25	1.97
1276971--1277169	107	1.9	107	84	4	267	32	15	24	27	1.95
1277112--1277220	51	2.1	51	81	3	121	33	13	22	31	1.93
1276831--1277331	237	2.1	240	80	4	550	33	13	25	26	1.94
1277164--1277358	80	2.5	79	83	0	237	33	13	25	28	1.93
1277311--1277481	51	3.4	51	72	13	127	35	13	24	26	1.92
1277464--1277535	28	2.6	29	82	10	96	26	18	30	25	1.98
1277523--1277653	51	2.6	51	77	1	147	32	11	25	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1280081--1280134	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
1281424--1281845	161	2.6	160	80	2	468	30	28	10	30	1.90
1281424--1281871	81	5.6	80	72	7	287	30	28	10	30	1.90
1281440--1281839	81	5.0	80	74	5	338	31	28	10	30	1.90
1281879--1281942	28	2.3	28	78	5	67	28	29	18	23	1.98
1283041--1283344	156	1.9	155	83	6	391	40	18	14	26	1.89
1283687--1283738	22	2.3	22	74	9	52	55	15	0	28	1.40
1283678--1284288	163	3.7	163	77	7	544	45	17	7	29	1.74
1285870--1285894	10	2.5	10	100	0	50	20	20	8	52	1.71
1291025--1291049	12	2.1	12	100	0	50	84	16	0	0	0.63
1292260--1292361	41	2.5	42	81	1	116	19	30	13	36	1.91
1292536--1292626	31	2.9	32	73	4	96	29	32	24	13	1.93
1292455--1292744	148	2.0	149	88	0	429	30	29	23	17	1.97
1292869--1293021	68	2.2	68	86	4	211	32	26	24	16	1.96
1293587--1293636	20	2.4	21	83	6	66	38	12	18	32	1.87
1296142--1296527	193	2.0	194	93	1	668	30	20	11	38	1.87
1297182--1297229	6	8.0	6	88	0	69	35	0	16	47	1.47
1299609--1299672	29	2.3	27	81	10	74	37	3	3	56	1.31
1300133--1300162	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
1300603--1300654	21	2.5	21	80	0	59	55	0	1	42	1.10
1300616--1300698	25	3.1	27	77	18	68	44	0	2	53	1.13
1301203--1301257	26	2.1	26	82	3	65	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1303123--1303181	21	2.7	22	76	12	68	59	0	0	40	0.97
1303135--1303183	21	2.4	20	90	10	73	57	0	0	42	0.99
1303350--1303399	15	3.4	15	78	13	59	64	2	0	34	1.05
1307208--1307271	32	2.0	32	100	0	128	37	12	6	43	1.68
1311236--1311268	16	2.0	17	88	5	50	33	0	3	63	1.10
1311249--1311300	27	2.0	26	81	11	61	34	0	5	59	1.21
1311275--1311357	21	4.0	21	70	7	71	43	0	0	56	0.99
1311287--1311335	18	2.9	16	80	19	55	48	0	0	51	1.00
1311755--1311840	16	5.3	16	78	8	84	37	1	4	56	1.27
1311755--1311826	33	2.2	32	88	11	103	36	0	5	58	1.22
1311772--1311842	33	2.2	33	87	5	99	38	1	2	57	1.22
1313470--1313511	21	2.0	21	95	0	75	40	19	16	23	1.91
1316889--1316951	21	3.0	21	72	11	65	55	0	0	44	0.99
1317043--1317097	20	2.8	20	82	15	55	54	1	0	43	1.10
1317062--1317108	20	2.3	21	82	10	62	59	0	0	40	0.97
1317916--1317953	20	1.9	20	88	0	58	47	2	0	50	1.15
1318912--1319003	21	4.5	20	81	11	89	39	16	15	29	1.89
1318910--1318983	20	3.7	20	82	13	98	36	18	16	28	1.93
1321964--1322032	33	2.1	33	83	5	86	34	11	14	39	1.82
1323248--1323272	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
1323320--1323371	19	2.7	19	84	0	68	36	15	13	34	1.87
1323360--1323384	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323341--1323403	32	1.9	33	90	3	101	38	15	15	30	1.89
1324297--1324333	16	2.2	17	90	4	58	59	10	13	16	1.61
1329090--1329141	20	2.6	20	100	0	104	26	11	15	46	1.80
1329130--1329155	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1329110--1329173	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1329090--1329180	20	5.0	18	79	18	66	26	12	18	42	1.85
1329620--1329655	16	2.2	16	100	0	72	13	38	5	41	1.68
1329656--1329699	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1331471--1331496	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1335408--1335452	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1337670--1337695	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1337650--1337713	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1341100--1341166	20	3.3	19	76	12	62	40	10	13	35	1.79
1341110--1341174	21	3.1	21	73	4	69	36	10	15	36	1.82
1341951--1342410	52	8.8	52	70	12	199	33	15	25	25	1.95
1342431--1342536	32	3.3	32	77	2	133	19	17	31	31	1.96
1342728--1342789	28	2.2	28	88	0	88	30	17	24	27	1.97
1342853--1342902	14	3.6	14	94	0	82	44	14	8	34	1.74
1342852--1342911	14	4.1	15	86	4	70	43	13	10	33	1.77
1342853--1342911	28	2.1	29	87	3	84	42	13	10	33	1.78
1344110--1344142	7	4.9	7	85	7	50	0	0	12	87	0.53
1344110--1344145	9	3.8	9	86	13	54	0	0	13	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1346027--1346067	21	2.0	20	90	4	64	48	9	19	21	1.77
1346928--1347060	71	1.9	71	88	3	205	41	13	18	27	1.87
1348005--1348030	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1347985--1348048	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1350118--1350160	20	2.1	20	82	4	50	11	25	41	20	1.86
1350592--1350630	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1354522--1354566	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1356786--1356811	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1356766--1356829	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1361012--1361196	50	3.9	50	71	20	169	41	12	17	29	1.86
1361059--1361135	20	3.8	20	79	6	84	40	11	14	33	1.82
1361012--1361183	90	1.9	90	91	2	283	40	12	17	29	1.86
1362195--1362480	28	10.1	28	80	6	281	22	17	31	29	1.96
1364941--1365138	80	2.5	79	81	2	200	30	15	28	25	1.96
1365094--1365165	28	2.6	27	84	8	83	25	18	33	23	1.97
1365176--1365328	54	2.9	52	87	3	209	36	10	21	31	1.87
1365193--1365328	51	2.6	53	85	8	179	37	11	21	29	1.89
1367688--1367713	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1381364--1381521	71	2.2	71	87	0	226	43	10	17	29	1.81
1387147--1387171	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1388148--1388273	22	5.8	21	77	11	112	38	15	13	33	1.86
1388150--1388273	65	1.9	65	86	3	178	37	15	13	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389635--1389701	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1390307--1390360	20	2.7	20	77	8	56	31	14	14	38	1.87
1395645--1395717	20	3.6	20	78	10	94	36	13	19	30	1.90
1395528--1395656	52	2.5	52	89	0	213	29	17	17	36	1.92
1395665--1395741	21	3.7	21	77	10	95	35	11	16	36	1.86
1395644--1395738	41	2.3	41	98	0	181	37	12	17	31	1.88
1395772--1395819	19	2.5	19	90	6	71	37	20	10	31	1.87
1395808--1395832	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1395791--1395852	32	1.9	33	93	3	108	37	19	9	33	1.84
1396683--1397540	49	18.1	48	80	10	939	32	17	24	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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