genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1396853--1397540	92	7.4	92	92	1	1097	32	18	23	25	1.97
1397174--1397239	21	3.1	21	62	33	50	28	18	27	25	1.98
1396684--1397524	276	3.0	276	90	4	1180	32	17	24	24	1.97
1397548--1397698	32	4.6	32	80	7	169	18	19	33	28	1.96
1397548--1397698	66	2.3	65	90	1	230	18	19	33	28	1.96
1397705--1398269	34	17.6	33	75	12	310	33	13	31	21	1.92
1397699--1398302	62	9.4	64	78	10	357	33	13	31	21	1.92
1397706--1398303	33	18.7	32	76	11	379	33	13	30	21	1.93
1397831--1398302	191	2.5	186	78	8	427	33	14	30	20	1.93
1397996--1398307	125	2.5	123	80	9	317	33	14	30	21	1.93
1398408--1398453	8	5.6	8	92	5	65	26	6	23	43	1.78
1399514--1399560	12	3.8	12	88	8	60	0	0	19	80	0.70
1400340--1400364	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1400409--1400492	13	5.5	13	71	28	60	34	17	14	33	1.90
1400417--1400514	19	5.8	18	71	28	90	35	17	13	33	1.88
1400409--1400512	32	3.2	32	95	4	183	34	18	13	33	1.90
1401924--1401975	13	4.3	11	80	14	50	75	0	19	5	1.01
1401917--1401975	24	2.5	24	81	10	68	74	0	20	5	1.00
1403421--1403451	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
1403497--1403549	19	2.7	20	91	2	81	37	16	15	30	1.90
1412168--1412221	20	2.7	20	88	5	74	38	18	11	31	1.86
1412826--1412855	13	2.3	13	100	0	60	23	0	16	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1420928--1420956	15	1.9	15	100	0	58	20	17	6	55	1.65
1423785--1423846	25	2.5	24	82	10	72	56	6	4	32	1.46
1423686--1423911	114	2.0	115	86	2	321	43	9	7	39	1.65
1426692--1426726	18	1.9	18	88	11	54	17	0	0	82	0.66
1428127--1428164	17	2.2	18	90	4	60	57	0	5	36	1.21
1428608--1428657	19	2.5	19	76	23	50	52	6	2	40	1.38
1429375--1429444	37	1.9	36	82	2	86	48	18	11	21	1.79
1431038--1431078	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
1435108--1435133	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1435088--1435152	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
1442768--1442814	24	2.0	24	86	0	67	10	12	6	70	1.33
1444764--1444845	28	2.9	29	84	8	98	29	17	29	24	1.97
1444828--1445061	51	4.5	52	80	3	204	35	11	24	29	1.90
1444862--1445097	51	4.6	51	81	6	221	36	12	23	27	1.91
1445034--1445207	78	2.2	78	89	2	260	32	16	24	26	1.96
1445218--1445340	51	2.4	51	83	5	149	30	10	26	32	1.90
1447703--1447728	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1447682--1447748	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
1447772--1447823	13	3.5	13	73	26	50	34	17	15	32	1.91
1447779--1447842	19	3.8	17	75	25	64	34	17	14	34	1.89
1447772--1447844	32	2.3	32	95	0	128	34	17	13	34	1.90
1448654--1449094	55	7.8	55	86	9	577	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448645--1449094	165	2.7	167	88	5	649	24	20	27	26	1.99
1448857--1448944	26	3.3	26	66	20	72	22	21	30	25	1.99
1450099--1450128	12	2.5	12	94	0	51	0	10	10	80	0.92
1462565--1462646	28	2.9	29	84	8	98	29	17	29	24	1.97
1462629--1462899	51	5.3	51	87	4	287	33	12	24	29	1.92
1462832--1463006	79	2.2	79	89	4	264	30	16	27	25	1.96
1463021--1463142	51	2.4	51	79	10	131	31	9	24	35	1.87
1465505--1465530	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1465484--1465550	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
1465986--1466011	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1467722--1467766	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1469425--1469455	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1471534--1471572	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
1473362--1473405	14	3.4	14	75	18	58	34	4	13	47	1.63
1473354--1473405	25	2.1	25	100	0	104	36	3	11	48	1.58
1473442--1473521	38	2.0	40	83	9	103	33	6	25	35	1.81
1474145--1474170	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1483944--1483977	17	1.9	17	88	5	50	82	11	2	2	0.89
1485843--1485958	50	2.3	50	83	1	142	44	10	18	25	1.82
1486221--1486282	19	3.2	19	74	14	54	45	14	14	25	1.83
1486249--1486321	32	2.3	32	90	4	112	36	12	16	34	1.86
1486338--1486379	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1486366--1486391	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1488741--1488866	52	2.4	52	82	3	164	32	26	11	29	1.91
1488877--1489110	79	3.0	77	82	6	301	29	27	12	30	1.93
1488803--1489001	107	1.9	107	83	7	260	30	29	12	28	1.92
1501516--1501566	14	3.6	13	82	12	57	84	11	3	0	0.75
1502635--1502833	55	3.5	55	82	5	229	26	27	21	24	1.99
1502690--1502988	155	1.9	155	91	1	492	25	27	20	27	1.99
1502537--1502931	210	1.9	211	90	0	639	24	28	20	27	1.99
1502569--1503044	210	2.3	203	81	8	558	24	28	20	26	1.99
1502854--1503099	55	4.4	56	81	9	284	26	27	22	23	2.00
1502854--1503099	116	2.2	115	84	7	308	26	27	22	23	2.00
1502637--1503252	265	2.3	266	83	6	757	24	28	21	25	1.99
1503018--1503193	94	1.9	95	90	1	282	23	31	21	22	1.98
1503239--1503383	42	3.3	42	80	14	161	20	26	15	37	1.92
1506737--1506865	52	2.5	52	86	5	188	29	17	17	35	1.93
1506874--1506898	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1510504--1510528	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1513868--1513996	52	2.5	52	94	0	231	28	17	18	35	1.93
1514074--1514156	19	4.6	19	78	18	97	38	18	10	32	1.85
1514110--1514134	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1514091--1514154	32	2.0	33	96	3	121	34	18	12	34	1.89
1514857--1514912	21	2.7	21	100	0	112	35	10	17	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1514942--1515003	19	3.2	19	74	14	54	41	14	17	25	1.88
1514991--1515015	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1514970--1515042	32	2.3	32	92	0	119	32	12	20	34	1.90
1514972--1515034	19	3.7	17	76	24	62	33	12	19	34	1.89
1517449--1517582	52	2.6	50	79	8	160	31	24	11	32	1.91
1517593--1517824	79	3.0	78	84	5	308	27	27	14	30	1.95
1517516--1517715	107	1.9	107	81	7	244	28	27	15	29	1.96
1519609--1519649	21	2.0	20	85	4	55	68	2	0	29	1.03
1523714--1523778	33	2.0	33	87	6	96	32	21	21	24	1.98
1523827--1523858	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1524337--1535859	42	272.5	41	71	9	3106	41	15	24	17	1.89
1524383--1535859	84	135.7	83	72	8	4127	41	15	24	17	1.89
1524420--1524786	131	2.8	131	80	6	333	44	18	21	15	1.87
1524383--1535008	209	50.3	210	71	8	2135	41	15	24	17	1.89
1525074--1526226	543	2.1	541	83	2	1461	41	16	25	16	1.89
1524585--1535295	251	42.3	248	71	10	1592	41	15	24	18	1.89
1527184--1527639	250	1.8	251	82	6	584	38	14	28	18	1.90
1528022--1528471	250	1.8	250	84	3	629	41	14	25	18	1.88
1528785--1528968	90	2.1	89	80	3	199	41	14	27	17	1.88
1530184--1530904	257	2.8	257	84	2	874	42	15	23	18	1.89
1535769--1535879	42	2.6	42	84	2	125	42	17	22	18	1.89
1536647--1536672	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1536627--1536690	33	2.0	32	84	3	83	26	10	20	42	1.85
1536732--1536785	21	2.6	21	82	5	65	31	16	14	37	1.89
1538763--1538805	20	2.0	22	86	8	63	4	30	46	18	1.69
1539250--1539287	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1541725--1541755	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
1541743--1541798	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
1541733--1541916	53	3.3	54	73	19	164	29	23	9	37	1.86
1541765--1541880	34	3.6	34	72	18	115	28	22	9	39	1.85
1543946--1544106	84	1.9	84	80	9	186	54	3	16	25	1.59
1545618--1545642	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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