genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279892--2279958	33	2.0	33	85	0	89	29	31	11	26	1.92
2280285--2280366	30	2.8	30	88	1	121	37	6	23	32	1.79
2282733--2282804	34	2.1	35	84	7	94	56	12	13	16	1.66
2283134--2283183	19	2.5	20	90	3	75	42	16	14	28	1.86
2283861--2283903	16	2.6	16	85	10	52	51	11	0	37	1.39
2285203--2285229	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
2285298--2285367	33	2.1	33	84	5	88	37	10	14	38	1.79
2287041--2287066	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2291693--2291723	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2293527--2293571	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2295788--2295813	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2297644--2297677	3	11.3	3	93	0	59	38	0	32	29	1.58
2298142--2298166	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2299776--2299800	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
2303146--2303172	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2305835--2305859	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2307029--2307100	20	3.7	18	72	18	56	37	15	16	30	1.90
2307089--2307165	20	3.5	20	73	23	75	23	15	24	36	1.94
2307087--2307175	47	1.9	46	97	2	169	22	14	24	38	1.92
2307470--2307531	18	3.4	18	88	0	88	45	8	4	41	1.55
2315404--2315433	15	2.0	15	93	0	51	43	13	10	33	1.77
2315787--2315821	17	2.1	17	88	0	52	54	0	8	37	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321329--2321372	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2323178--2323216	13	3.0	13	92	0	69	35	15	15	33	1.89
2325294--2325324	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2327127--2327171	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2329388--2329445	13	4.0	13	76	23	62	29	15	17	37	1.90
2329368--2329463	32	3.0	32	93	1	156	28	14	17	39	1.89
2329401--2329463	19	3.6	19	76	24	84	28	15	19	36	1.92
2331578--2331603	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2333496--2333521	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2333476--2333541	33	2.0	33	93	0	114	33	15	12	39	1.84
2333474--2333541	20	3.8	20	72	25	69	35	14	11	38	1.83
2333749--2333783	15	2.3	15	100	0	70	20	48	5	25	1.71
2344013--2344701	155	4.5	155	75	8	543	37	19	18	24	1.94
2347147--2347357	79	2.7	78	78	4	217	33	16	25	25	1.96
2347314--2347382	28	2.5	28	85	0	84	23	17	36	23	1.95
2347267--2347956	211	3.3	211	94	0	1209	32	12	27	27	1.92
2347523--2347594	28	2.6	28	84	0	81	23	19	34	22	1.96
2347371--2347970	52	11.5	51	68	14	263	32	11	27	29	1.91
2347734--2347805	28	2.6	27	84	8	83	22	18	36	23	1.95
2350311--2350336	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2350360--2350443	13	5.5	13	71	28	60	36	16	13	33	1.87
2350368--2350462	19	5.7	18	72	27	93	36	16	12	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350360--2350464	32	3.3	32	98	0	201	36	17	12	34	1.87
2350521--2350576	21	2.7	21	94	0	94	37	14	10	37	1.81
2351285--2352285	55	17.3	59	81	11	1036	25	20	27	26	1.99
2351285--2352286	116	8.7	110	85	8	1058	25	20	27	26	1.99
2351931--2352012	26	3.1	26	63	18	60	21	21	30	25	1.99
2351934--2352023	28	3.2	28	63	19	71	23	20	30	26	1.98
2352049--2352139	29	3.2	29	64	14	73	25	19	28	26	1.99
2352195--2352384	100	1.9	101	90	1	301	28	17	29	24	1.97
2353354--2353400	9	4.9	9	85	12	58	0	2	10	87	0.63
2353348--2353390	16	2.8	16	89	3	61	0	6	6	86	0.72
2353354--2353401	22	2.3	21	86	10	64	0	2	10	87	0.62
2365820--2366020	79	2.6	79	83	4	237	30	15	27	25	1.96
2366031--2366425	52	7.6	52	67	11	189	32	10	26	29	1.90
2365921--2366408	211	2.3	211	93	2	829	31	11	27	28	1.92
2366182--2366253	28	2.6	28	84	0	81	23	19	34	22	1.96
2366272--2366418	51	2.8	53	82	6	167	34	8	24	32	1.86
2368662--2368880	79	2.8	79	85	4	273	33	11	24	30	1.90
2368817--2368933	51	2.3	51	83	12	143	33	11	23	31	1.90
2369055--2369272	51	4.3	51	79	3	215	33	13	25	27	1.93
2371575--2371738	20	7.8	19	78	15	130	42	15	15	26	1.87
2375477--2375503	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2375488--2375542	18	2.9	18	86	7	83	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375587--2375613	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
2387708--2387744	16	2.4	17	82	17	53	24	8	16	51	1.71
2391852--2391887	19	1.9	18	94	5	63	41	13	11	33	1.80
2391972--2392845	471	1.9	469	79	6	1014	37	10	17	33	1.85
2392514--2392932	154	2.7	152	78	9	399	38	11	18	31	1.86
2395511--2395584	21	3.6	20	81	3	76	43	16	13	27	1.85
2395632--2395687	19	2.8	19	83	8	67	30	16	10	42	1.82
2399874--2399917	21	2.2	20	87	4	61	25	4	2	68	1.20
2405544--2406028	154	3.2	149	81	7	530	51	8	8	31	1.61
2406083--2406123	21	2.0	21	85	0	55	65	2	7	24	1.30
2405652--2406093	154	2.9	153	79	5	369	51	9	8	30	1.63
2407123--2407899	43	18.3	43	74	5	378	37	14	25	22	1.92
2407824--2408003	82	2.2	83	80	5	211	41	12	26	20	1.87
2407968--2408126	82	1.9	82	81	0	183	49	17	19	13	1.80
2408055--2408160	41	2.6	41	73	8	108	50	18	16	14	1.77
2407890--2408111	123	1.8	123	84	2	302	47	17	21	13	1.82
2407890--2408147	123	2.1	123	81	2	286	47	17	20	13	1.82
2408223--2408859	43	14.9	43	70	9	273	38	17	22	21	1.93
2408383--2408621	128	1.9	128	81	5	295	38	17	22	21	1.93
2408285--2408695	85	4.8	84	79	4	313	38	18	22	21	1.93
2408286--2408748	171	2.7	171	78	1	444	38	17	22	21	1.93
2408843--2408988	41	3.6	41	79	9	120	41	16	22	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408874--2409130	82	3.1	79	72	11	205	41	15	21	21	1.90
2409670--2409910	74	3.3	74	75	10	226	45	14	15	24	1.83
2409703--2410123	146	2.8	146	83	4	486	44	15	15	25	1.85
2409538--2410123	76	7.9	75	73	7	309	44	14	15	25	1.85
2409949--2410325	202	1.9	201	82	6	476	45	14	16	23	1.84
2410410--2410523	60	1.9	60	85	3	158	44	16	19	19	1.87
2411010--2411432	44	9.7	43	67	17	199	43	13	18	24	1.85
2410985--2411438	88	5.2	88	77	5	434	42	12	18	25	1.86
2411021--2411430	176	2.3	176	82	4	481	44	12	18	24	1.84
2412218--2412570	164	2.1	165	79	8	391	32	12	9	44	1.76
2413122--2413164	19	2.3	19	84	8	52	79	0	13	6	0.93
2414345--2414369	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2414325--2414388	32	2.0	32	87	9	94	28	17	15	39	1.90
2414440--2414492	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
2416709--2416751	21	2.1	21	87	12	63	53	4	13	27	1.60
2420578--2420604	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2422477--2422532	22	2.5	22	94	0	94	37	3	35	23	1.72
2423091--2423143	19	2.7	20	88	2	72	30	15	20	33	1.93
2423094--2423143	20	2.6	19	87	3	64	32	16	20	32	1.94
2423188--2423217	13	2.3	13	94	0	51	36	20	13	30	1.90
2423173--2423235	33	1.9	33	87	6	92	33	14	19	33	1.91
2428969--2429021	20	2.7	20	91	2	81	30	16	16	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429071--2429095	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2432313--2432340	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2432385--2432455	32	2.2	32	92	0	124	35	16	12	35	1.87
2432393--2432478	19	4.7	19	71	21	67	32	15	13	38	1.87
2432424--2432478	22	2.7	19	78	10	65	30	14	14	40	1.86
2434335--2434365	15	2.1	15	93	0	53	45	0	25	29	1.54
2438915--2438941	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2442267--2442296	15	1.9	16	93	6	53	80	0	6	13	0.91
2444048--2444322	47	5.8	47	77	3	250	23	21	15	40	1.91
2444045--2444322	142	1.9	144	86	1	398	23	21	15	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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