genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783020--2784041	540	1.9	541	81	2	1266	17	21	13	46	1.83
2784211--2784258	24	2.0	24	100	0	96	29	12	8	50	1.69
2785009--2785080	20	3.5	21	81	10	78	36	11	12	40	1.79
2787268--2787297	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
2787341--2787378	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
2787364--2787388	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2791581--2792393	49	17.0	49	76	11	632	32	18	24	24	1.97
2791580--2792199	101	6.3	101	80	9	418	33	18	24	23	1.97
2791827--2792286	201	2.4	200	83	5	586	31	18	25	24	1.97
2791826--2792209	100	3.8	101	88	2	540	32	17	25	24	1.97
2792175--2792336	39	3.9	39	77	13	162	26	20	25	27	1.99
2792127--2792388	87	3.0	87	89	0	362	29	18	24	27	1.98
2792410--2792504	29	3.3	29	81	10	115	16	16	32	33	1.92
2792528--2792596	26	2.6	26	97	2	129	30	13	33	23	1.92
2792565--2792784	34	6.7	34	74	14	201	34	12	33	19	1.90
2792565--2792784	69	3.3	66	79	12	254	34	12	33	19	1.90
2792638--2792758	61	2.0	61	85	3	163	33	14	31	20	1.92
2792598--2792788	95	2.0	96	82	5	235	32	13	32	20	1.91
2792667--2792726	27	2.2	27	85	5	77	35	13	31	20	1.91
2792538--2792783	129	1.9	128	87	6	363	34	13	32	19	1.90
2792694--2792790	35	2.9	34	80	9	108	32	13	31	21	1.92
2792769--2792966	31	6.4	31	88	4	249	28	17	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2792795--2792987	31	6.2	31	86	7	191	32	16	30	21	1.95
2793987--2794012	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2794867--2794911	22	2.0	22	82	0	54	33	24	2	40	1.68
2802880--2803038	63	2.5	63	93	0	264	33	15	12	38	1.85
2803086--2803142	20	2.9	20	86	5	80	35	17	12	35	1.87
2803088--2803143	19	2.9	19	89	2	76	35	17	14	32	1.90
2803128--2803154	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2803793--2804082	131	2.2	131	80	3	316	19	23	13	43	1.87
2804108--2804253	66	2.2	66	80	7	163	19	19	11	49	1.78
2804138--2804284	66	2.2	66	84	3	181	18	19	12	50	1.77
2803971--2804465	238	2.1	238	83	4	606	18	22	13	45	1.84
2804869--2805298	218	2.0	218	88	1	639	34	12	11	40	1.80
2807143--2807533	157	2.5	157	82	4	457	30	12	12	44	1.79
2811134--2811183	25	2.0	25	92	0	82	36	24	12	28	1.91
2811473--2812064	156	3.8	154	81	5	619	25	16	19	38	1.92
2816278--2816502	27	8.3	27	85	1	279	34	13	26	25	1.93
2817894--2817943	23	2.3	21	86	6	64	6	8	8	78	1.11
2825271--2825295	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2825251--2825316	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
2828578--2828603	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2828558--2828621	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2831091--2831129	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833210--2833240	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2837415--2837455	20	2.0	20	85	0	55	24	9	17	48	1.76
2838449--2838522	20	3.7	20	85	3	96	33	16	13	36	1.88
2845483--2845530	24	2.0	23	84	4	60	77	2	8	12	1.08
2846818--2847365	27	20.1	27	81	4	544	24	31	14	29	1.94
2846793--2847407	137	4.5	136	80	7	627	25	31	14	29	1.94
2846822--2847407	164	3.6	162	80	5	642	25	32	14	28	1.94
2847244--2847818	28	19.8	28	82	5	564	29	31	16	22	1.96
2847341--2847818	148	3.3	147	85	6	614	31	31	16	21	1.95
2847806--2847855	25	2.0	25	84	0	64	32	28	20	20	1.97
2847327--2847843	87	5.9	84	75	14	281	30	31	16	21	1.96
2847272--2847861	116	5.1	113	79	9	384	29	30	16	22	1.96
2847966--2848134	48	3.5	48	90	0	241	18	28	17	34	1.94
2847991--2848074	23	3.6	23	64	17	55	20	30	13	35	1.90
2848868--2849002	40	3.6	39	71	20	135	29	15	13	41	1.85
2848939--2849015	20	3.8	20	80	0	91	32	14	10	42	1.79
2848861--2848993	71	1.9	71	95	0	239	30	16	13	39	1.87
2850883--2851131	97	2.6	97	96	0	453	24	30	14	30	1.95
2853339--2853396	21	2.8	21	82	15	75	20	25	1	51	1.57
2858113--2858203	34	2.8	34	82	14	111	31	26	12	29	1.92
2858682--2858729	24	2.0	24	100	0	96	45	12	20	20	1.83
2861616--2861655	21	1.9	21	90	10	64	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2861990--2862020	13	2.4	13	100	0	62	45	16	6	32	1.72
2862194--2862230	3	12.3	3	94	0	56	67	5	0	27	1.12
2862250--2862365	39	3.0	39	73	9	94	43	4	0	51	1.21
2862315--2862359	20	2.4	18	85	10	56	33	8	0	57	1.30
2862420--2862454	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2863319--2863384	2	33.5	2	90	3	89	42	0	6	51	1.26
2863884--2863953	2	35.0	2	89	0	104	51	4	0	44	1.21
2864169--2864245	10	7.7	10	77	11	86	53	9	0	37	1.33
2864169--2864248	6	13.3	6	81	0	79	52	8	0	38	1.33
2864169--2864248	16	4.9	16	83	6	97	52	8	0	38	1.33
2864181--2864247	28	2.4	28	100	0	134	53	8	0	37	1.32
2863812--2864630	295	2.9	281	90	8	1292	37	14	10	37	1.81
2864464--2864513	2	25.0	2	85	0	64	52	6	0	42	1.26
2874579--2874619	21	2.0	20	85	4	55	53	14	12	19	1.72
2876061--2876118	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
2876157--2876181	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2876190--2876314	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
2879983--2880017	18	2.0	17	88	5	52	51	8	22	17	1.72
2880227--2880354	49	2.5	51	82	5	143	35	18	23	21	1.95
2880072--2880407	101	3.4	98	75	8	270	35	15	23	25	1.94
2880065--2880374	52	6.0	51	73	6	205	36	14	23	25	1.93
2880464--2880615	32	4.8	32	87	4	182	18	16	34	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2880586--2880908	165	2.0	165	90	2	515	22	17	26	32	1.97
2880953--2881023	28	2.6	28	88	2	99	26	21	26	25	1.99
2882369--2882439	12	5.8	12	82	11	74	0	0	16	83	0.66
2882369--2882439	27	2.6	30	78	17	59	0	0	16	83	0.66
2887631--2887712	42	2.0	42	97	0	155	39	15	13	31	1.87
2889048--2889079	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2889866--2889902	19	2.0	19	89	5	58	51	8	0	40	1.32
2894314--2894391	40	2.0	39	84	2	102	41	12	11	34	1.80
2894317--2894391	20	3.8	20	76	0	69	41	12	12	34	1.79
2897141--2897180	20	2.0	21	95	5	73	35	12	20	32	1.90
2897287--2897347	19	3.1	19	75	13	59	29	16	14	39	1.88
2903203--2903277	37	2.0	37	84	0	96	21	22	18	37	1.94
2903306--2903368	12	5.2	12	77	11	58	47	1	1	49	1.20
2903403--2903459	23	2.8	19	73	23	53	52	0	0	47	1.00
2904183--2904230	20	2.5	19	83	12	62	45	0	4	50	1.21
2904393--2904421	13	2.1	14	93	6	51	51	0	13	34	1.42
2904584--2904643	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
2905201--2905238	3	12.7	3	88	0	58	34	0	5	60	1.19
2905203--2905238	15	2.4	15	100	0	72	33	0	5	61	1.19
2905911--2905958	23	2.1	23	84	7	62	45	0	2	52	1.12
2905995--2906028	16	2.1	16	88	5	50	58	0	0	41	0.98
2906067--2906095	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2906297--2906351	24	2.3	23	79	14	58	58	0	0	41	0.98
2906293--2906351	17	3.3	19	81	13	72	57	0	0	42	0.98
2912447--2912724	148	1.9	149	83	0	360	23	16	18	41	1.89
2920281--2920353	20	3.6	20	77	3	92	38	13	16	31	1.88
2920298--2920374	21	3.7	21	77	3	84	44	11	15	28	1.82
2920281--2920374	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
2920413--2920438	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2924500--2924530	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2926609--2926647	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2928442--2928499	30	1.9	30	100	0	116	27	3	24	44	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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