genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151142--2151184	17	2.4	18	78	17	54	37	0	0	62	0.95
2153130--2153168	17	2.4	17	91	4	62	71	0	0	28	0.86
2154788--2154848	30	2.0	31	93	3	106	37	13	13	36	1.83
2155840--2155866	8	3.4	8	100	0	54	40	11	11	37	1.76
2157019--2157065	16	2.8	16	83	6	58	42	6	10	40	1.65
2158322--2158356	18	1.9	18	94	0	61	28	31	14	25	1.95
2160220--2160896	166	4.2	165	75	15	582	27	12	9	50	1.71
2160452--2161362	466	2.0	454	87	5	1323	27	13	9	49	1.72
2161001--2161599	165	3.6	165	78	7	552	30	12	8	49	1.69
2162085--2162129	11	4.0	11	88	11	65	73	0	26	0	0.84
2162085--2162138	23	2.3	23	87	6	74	72	0	25	1	0.95
2163410--2163465	3	19.7	3	82	10	73	69	0	1	28	0.98
2163413--2163470	30	1.9	31	92	3	100	68	0	3	27	1.05
2166365--2166411	23	2.1	22	84	4	58	68	14	0	17	1.22
2166680--2166793	49	2.3	49	84	6	140	28	10	28	31	1.90
2166634--2166999	127	2.9	126	78	8	380	33	11	24	30	1.91
2166849--2167139	79	3.7	79	81	2	316	33	12	25	28	1.92
2170152--2170216	34	1.9	33	87	3	94	33	16	27	21	1.95
2170191--2170294	39	2.6	39	78	4	102	40	15	24	20	1.90
2170260--2170362	40	2.5	41	80	3	118	35	16	25	22	1.94
2170205--2170365	39	4.0	40	72	12	114	40	14	24	19	1.90
2170348--2170860	61	8.4	61	85	5	619	30	19	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170348--2170860	123	4.2	123	86	4	666	30	19	25	24	1.98
2170348--2170860	184	2.8	181	83	6	617	30	19	25	24	1.98
2171834--2171898	15	4.2	14	78	18	51	4	4	6	84	0.86
2171831--2171898	10	6.7	10	78	9	57	4	5	5	83	0.89
2177929--2177966	14	2.7	14	84	12	51	84	2	10	2	0.83
2178292--2178358	20	3.3	20	85	0	98	31	14	13	40	1.85
2179692--2179747	20	2.9	19	81	5	67	35	10	17	35	1.85
2183847--2183878	16	2.0	17	88	11	50	50	18	21	9	1.75
2186111--2186157	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
2187888--2187927	20	2.0	20	90	0	62	32	10	20	37	1.85
2187766--2187989	95	2.4	95	75	8	222	31	14	16	37	1.89
2190184--2190211	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2190165--2190231	33	2.0	33	88	5	100	41	13	14	29	1.85
2194267--2194411	50	2.9	50	98	0	281	30	18	18	32	1.95
2194420--2194444	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2194487--2194511	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2195503--2195571	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
2195437--2196008	49	11.7	49	86	4	773	30	17	26	26	1.97
2196001--2196142	33	4.4	33	83	8	170	18	16	35	29	1.92
2196008--2196138	65	2.0	67	86	5	187	18	16	35	29	1.93
2196140--2196342	35	6.1	34	82	10	235	33	11	36	18	1.87
2196214--2196365	27	5.1	27	74	20	133	30	13	36	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196214--2196365	62	2.5	60	91	2	232	30	13	36	19	1.90
2196431--2196540	52	2.1	55	87	5	163	36	15	24	23	1.94
2196747--2196787	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2196827--2196897	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2196867--2197003	53	2.6	53	94	1	229	38	17	16	27	1.91
2197036--2197091	21	2.6	22	94	5	96	28	25	8	37	1.86
2197672--2197738	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2197989--2198130	48	2.9	49	88	2	214	26	17	30	24	1.97
2198118--2198324	33	6.4	32	86	6	276	18	16	34	29	1.93
2198130--2198321	67	2.9	65	92	3	312	17	17	34	30	1.93
2198330--2198394	34	1.9	34	90	0	103	35	13	33	16	1.89
2198405--2198698	33	9.2	32	77	10	219	33	12	32	21	1.91
2198488--2198544	27	2.2	26	84	6	78	31	12	33	22	1.91
2198452--2198571	60	2.0	60	91	3	197	32	12	33	21	1.91
2198418--2198698	93	3.0	91	78	12	259	32	12	32	22	1.92
2198582--2198798	30	7.1	30	81	6	222	33	13	30	23	1.93
2198559--2198798	91	2.6	90	84	7	286	32	12	31	23	1.92
2198582--2198801	61	3.6	62	81	7	252	33	13	30	23	1.92
2206928--2207048	52	2.3	52	95	0	215	28	18	19	34	1.95
2206928--2207068	52	2.7	52	87	4	196	29	17	19	33	1.95
2207057--2207081	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2207146--2207170	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207482--2207999	49	11.1	49	74	15	456	29	18	26	26	1.98
2207476--2207999	88	5.6	98	81	8	405	29	18	26	25	1.98
2207694--2207937	39	5.7	39	70	19	175	26	18	27	27	1.98
2207645--2207989	88	3.9	88	90	0	548	28	18	26	26	1.98
2208001--2208277	33	8.5	33	80	9	252	35	15	29	19	1.92
2207996--2208277	66	4.4	65	79	10	292	36	14	29	19	1.92
2208120--2208265	32	4.4	33	78	10	111	38	14	29	17	1.90
2207996--2208217	94	2.3	94	82	9	261	37	13	27	20	1.91
2207989--2208252	126	2.1	126	84	6	333	35	14	29	20	1.92
2208260--2208405	31	4.7	31	81	6	172	28	16	32	23	1.96
2209358--2209432	20	3.8	20	85	0	105	32	16	12	40	1.84
2224410--2224620	28	7.4	28	80	5	226	29	29	18	22	1.97
2224557--2224641	32	2.7	31	85	5	100	28	29	17	24	1.97
2225316--2225392	20	3.8	20	74	6	84	29	12	15	41	1.85
2225356--2225490	51	2.7	51	90	3	202	26	17	10	45	1.81
2231641--2231671	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
2233724--2233955	79	2.9	79	80	5	272	34	13	23	28	1.93
2233899--2234000	52	2.0	51	86	5	143	35	16	19	28	1.94
2233752--2234143	209	1.9	210	80	4	461	34	13	23	28	1.92
2233964--2234331	79	4.7	79	79	5	329	34	11	25	28	1.91
2235608--2235635	11	2.5	11	100	0	56	46	17	10	25	1.80
2238890--2238915	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239622--2239665	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2241471--2241509	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2243580--2243610	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2245413--2245457	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2254493--2254549	20	2.8	20	83	2	60	26	12	10	50	1.72
2256969--2257083	51	2.3	51	89	0	167	27	26	12	33	1.92
2257020--2257166	79	1.9	79	84	5	199	26	25	12	34	1.92
2260565--2260598	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2260904--2261233	44	7.7	44	72	11	238	23	24	14	37	1.92
2260890--2261189	88	3.5	85	84	7	362	23	23	13	39	1.90
2261304--2261561	85	3.0	84	86	2	365	15	25	15	43	1.86
2262746--2263296	165	3.4	159	78	11	570	30	10	8	49	1.67
2263362--2263646	49	5.7	49	78	5	268	24	26	18	30	1.98
2263362--2263602	101	2.4	101	84	2	306	24	27	17	29	1.98
2264469--2264636	20	9.8	20	68	31	140	33	14	11	39	1.83
2264491--2264650	13	14.2	13	69	28	116	32	15	13	39	1.85
2264471--2264668	33	6.0	33	98	1	371	32	15	12	39	1.85
2264501--2264668	20	7.8	20	65	22	74	32	15	12	39	1.85
2267782--2268252	166	2.8	165	84	1	548	30	12	8	49	1.69
2268002--2268304	166	1.8	165	81	5	378	33	9	8	47	1.68
2268766--2268810	22	2.0	23	86	4	65	77	0	17	4	0.92
2269002--2269069	31	2.2	31	100	0	136	22	14	5	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2270039--2270089	8	6.2	8	82	17	61	72	0	1	25	0.95
2270026--2270079	15	3.4	17	82	12	69	72	0	1	25	0.95
2270029--2270089	20	2.9	22	73	14	65	72	0	3	24	1.00
2270026--2270089	31	2.0	31	88	8	94	71	0	3	25	1.00
2270028--2270088	28	2.1	29	85	8	81	73	0	3	22	0.97
2272015--2272039	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2272024--2272080	19	3.0	20	79	7	73	33	15	15	35	1.90
2272116--2272181	33	2.0	33	93	0	114	34	18	15	31	1.92
2272115--2272177	20	3.6	18	72	28	55	31	17	15	34	1.92
2278540--2278579	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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