genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3053563

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803284--803447	56	3.1	53	83	12	194	40	0	3	54	1.22
803460--803498	18	2.2	18	86	4	53	38	0	0	61	0.96
804169--804196	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
805155--805212	16	3.4	17	75	18	57	60	1	1	36	1.17
805584--805628	21	2.1	22	87	4	65	24	0	2	73	0.95
805807--805850	22	1.9	24	90	9	74	34	0	0	65	0.93
805806--805870	24	2.8	23	79	9	69	41	0	0	58	0.98
806227--806295	5	13.6	5	71	19	54	37	1	0	60	1.06
806227--806271	11	4.1	11	88	0	63	35	2	0	62	1.08
806223--806295	17	4.3	17	76	10	53	38	1	0	60	1.06
806227--806280	28	1.9	28	85	7	74	38	1	0	59	1.08
806950--806996	5	9.0	5	80	15	51	23	4	0	72	1.02
806949--807002	28	2.0	27	96	3	99	24	7	0	68	1.15
809662--809700	2	20.0	2	89	5	62	48	2	0	48	1.15
809655--809700	10	4.6	10	89	7	58	50	4	0	45	1.21
809655--809700	12	4.0	12	88	8	60	50	4	0	45	1.21
810254--810296	23	1.9	22	86	13	61	53	0	2	44	1.13
810199--810392	103	1.9	104	90	1	309	44	6	3	45	1.45
811641--811743	53	1.9	53	90	3	163	33	3	13	49	1.60
812579--812605	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
813357--813421	30	2.2	30	88	0	94	33	0	10	55	1.35
813753--813798	22	2.0	23	87	4	67	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818777--818840	21	3.0	22	76	4	76	39	0	0	60	0.97
818734--818821	33	2.7	32	79	13	81	38	2	1	57	1.18
819050--819092	21	2.0	21	86	8	61	55	0	2	41	1.12
819637--819671	16	2.2	16	90	10	54	17	0	0	82	0.66
819776--819850	29	2.5	30	82	8	100	40	4	0	56	1.18
819780--819826	23	2.0	23	87	8	67	46	2	0	51	1.13
820177--820205	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
820558--820590	17	2.0	17	88	5	50	21	3	6	69	1.24
820887--821254	38	9.8	37	70	14	182	39	12	24	23	1.89
820864--821209	75	4.6	74	77	8	231	39	12	23	24	1.89
821039--821254	113	1.9	115	81	5	269	37	11	25	24	1.89
820929--821272	113	3.1	112	75	9	251	37	12	25	24	1.91
821318--821445	68	1.9	69	85	4	179	39	14	21	24	1.91
827680--827892	81	2.7	81	82	4	247	36	11	24	27	1.90
828190--828579	191	2.0	192	87	0	566	33	14	21	30	1.93
831334--831607	59	4.6	59	80	10	247	27	24	13	34	1.93
831334--831714	118	3.2	116	77	8	324	25	26	13	33	1.94
831334--833239	57	32.7	60	73	10	653	26	28	12	32	1.92
831837--832140	88	3.5	87	79	5	242	27	32	11	28	1.92
831833--832123	117	2.5	113	75	8	273	26	31	12	29	1.92
831932--833715	146	12.2	140	72	11	585	25	29	12	32	1.93
832887--832934	24	2.0	24	91	0	78	18	43	10	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832856--832961	53	2.0	55	84	3	144	23	40	10	25	1.86
831334--833251	29	65.9	29	74	9	815	26	28	12	32	1.92
833255--833715	29	15.6	28	75	9	265	26	29	12	31	1.93
833256--833715	57	7.8	57	73	10	318	26	29	12	31	1.93
833712--833937	33	6.9	33	82	2	222	29	25	18	26	1.98
833740--833978	97	2.5	97	81	0	262	30	25	17	26	1.97
833699--833978	33	8.7	32	78	6	131	30	26	17	25	1.98
834045--834179	60	2.2	60	85	2	191	32	22	22	22	1.98
834183--834521	102	3.3	103	81	4	355	24	21	16	38	1.93
834199--834519	52	6.2	52	76	3	256	24	20	16	38	1.92
835300--835339	20	2.0	21	90	5	64	40	12	20	27	1.88
837528--837580	20	2.6	21	82	11	65	39	13	16	30	1.87
837622--837698	40	1.9	40	83	0	100	35	10	12	41	1.78
840114--840308	98	2.0	98	89	2	302	29	24	12	34	1.91
840112--840359	98	2.5	98	84	1	291	27	25	13	33	1.93
854497--854521	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
858249--858365	37	3.1	36	79	13	130	19	21	16	42	1.89
858249--858366	38	3.1	38	76	9	125	19	21	16	43	1.88
858362--859249	38	23.8	37	72	10	454	23	23	14	38	1.91
858495--858570	34	2.2	34	90	4	118	25	15	19	39	1.91
858528--859249	75	9.6	72	70	15	256	23	23	14	38	1.92
858892--859059	71	2.3	71	78	8	169	26	23	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858652--859151	184	2.7	184	77	12	439	23	23	13	39	1.90
858853--859074	108	2.1	108	82	8	274	23	22	14	38	1.92
858809--859213	113	3.6	115	78	12	294	22	22	14	40	1.90
859877--859997	51	2.4	50	79	8	136	32	14	12	41	1.82
862312--862528	78	2.7	78	76	7	204	26	25	14	33	1.94
863898--863978	40	2.0	40	97	0	153	40	16	12	30	1.85
871106--871131	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
871170--871245	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
871190--871263	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
871170--871263	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
871869--871922	25	2.3	23	84	12	67	27	35	1	35	1.68
871880--871929	25	2.0	25	100	0	100	36	28	0	36	1.58
871883--871935	25	2.2	25	93	3	90	37	26	1	33	1.68
873733--873771	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
873757--873835	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
875842--875872	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
877676--877720	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
879934--879959	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
879998--880073	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
880019--880091	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
879998--880091	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
881464--881743	139	2.0	139	93	1	481	30	14	16	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886373--886436	22	2.7	25	83	9	82	45	0	0	54	0.99
886242--886554	121	2.6	121	88	3	463	37	3	7	51	1.48
886493--886536	22	2.1	22	87	8	65	47	0	0	52	1.00
886501--886545	22	2.0	23	91	4	74	44	0	2	53	1.13
886242--886590	121	2.9	121	84	3	447	36	4	7	51	1.52
891638--891671	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
891671--891706	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
892597--892636	14	2.7	15	76	7	55	35	5	0	60	1.19
895577--895781	105	2.0	103	88	1	302	18	16	14	50	1.78
895577--895805	105	2.2	104	85	4	295	17	15	14	52	1.74
896007--896040	14	2.4	15	85	14	54	64	0	0	35	0.94
895998--896035	7	6.2	6	90	9	51	65	0	0	34	0.93
897987--898058	20	3.5	20	79	7	74	37	13	15	33	1.87
898094--898212	51	2.3	52	89	4	179	30	15	13	40	1.86
905214--905293	40	2.0	40	83	9	101	31	10	10	48	1.69
915389--915483	25	3.8	24	76	15	79	44	1	0	54	1.07
915376--915466	16	5.9	14	72	25	60	43	0	0	56	0.99
915363--915466	5	22.0	5	66	18	62	43	0	0	56	0.99
915366--915459	32	2.9	31	81	10	100	43	0	0	56	0.99
915427--915468	13	3.3	13	83	3	59	38	0	0	61	0.96
916027--916097	25	3.0	24	73	20	67	30	5	2	60	1.34
916662--916805	76	1.9	76	86	0	207	46	11	6	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917301--917429	51	2.5	51	87	1	177	55	1	1	41	1.18
918340--918587	52	4.9	51	70	15	131	39	3	3	53	1.34
918454--918699	44	4.9	52	76	14	189	41	1	5	52	1.34
918476--918682	95	2.2	92	78	14	215	41	1	5	51	1.35
918365--918699	150	2.2	144	84	9	406	40	2	4	53	1.33
918569--918697	49	2.5	51	83	6	163	41	0	5	51	1.30
920728--920786	20	3.0	20	82	9	84	30	22	11	35	1.90
920810--920900	20	4.6	19	80	10	94	34	14	20	30	1.93
921329--921474	45	3.3	44	73	16	140	30	20	6	42	1.76
921375--921508	44	3.1	41	70	15	135	31	20	5	42	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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